#NEXUS [written Fri Jun 14 17:22:33 EDT 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at Simba.local/172.29.128.98] BEGIN TAXA; TITLE Taxa_from_B.lapidarius_phylogeography_LWRh_data_set; DIMENSIONS NTAX=248; TAXLABELS Bombus_alagesianus_A001TR Bombus_erzurumensis_E001TR Bombus_incertus_I001TR Bombus_lapidarius_L001NW Bombus_lapidarius_L002NW Bombus_lapidarius_L003NW Bombus_lapidarius_L004NW Bombus_lapidarius_L005SW Bombus_lapidarius_L006GOT Bombus_lapidarius_L007GOT Bombus_lapidarius_L008GOT Bombus_lapidarius_L009GOT Bombus_lapidarius_L010GOT Bombus_lapidarius_L011ALA Bombus_lapidarius_L012ALA Bombus_lapidarius_L013ALA Bombus_lapidarius_L014ALA Bombus_lapidarius_L015ALA Bombus_lapidarius_L016NW Bombus_lapidarius_L017NW Bombus_lapidarius_L018NW Bombus_lapidarius_L019SW Bombus_lapidarius_L020BE Bombus_lapidarius_L021BE Bombus_lapidarius_L022BE Bombus_lapidarius_L023FR Bombus_lapidarius_L024BE Bombus_lapidarius_L025DE Bombus_lapidarius_L026DE Bombus_lapidarius_L027DE Bombus_lapidarius_L028DE 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rates = gamma; unlink statefreq = ( all ) revmat = ( all ) shape = ( all ) pinvar = ( all ); mcmcp ngen = 15000000; set autoclose = yes; mcmc nruns = 2 file = COI_LAP_MB_Lyra.nex1; sump burnin = 380000; sumt burnin = 380000; mcmc file = ACOI_LAP_MB_Lyra.nex2; sump burnin = 380000; sumt burnin = 380000; mcmc file = COI_LAP_MB_Lyra.nex3; sump burnin = 380000; sumt burnin = 380000; mcmc file = COI_LAP_MB_Lyra.nex4; sump burnin = 380000; sumt burnin = 380000; mcmc file = COI_LAP_MB_Lyra.nex5; sump burnin = 380000; sumt burnin = 380000; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 711; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 711; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 711; END; BEGIN TREES; Title 'LWRh_NJ_neighbour joining based on B. lapidarius LWRh alignment'; LINK Taxa = Taxa_from_B.lapidarius_phylogeography_LWRh_data_set; TRANSLATE 1 Bombus_alagesianus_A001TR, 2 Bombus_erzurumensis_E001TR, 3 Bombus_incertus_I001TR, 4 Bombus_lapidarius_L001NW, 5 Bombus_lapidarius_L002NW, 6 Bombus_lapidarius_L003NW, 7 Bombus_lapidarius_L004NW, 8 Bombus_lapidarius_L005SW, 9 Bombus_lapidarius_L006GOT, 10 Bombus_lapidarius_L007GOT, 11 Bombus_lapidarius_L008GOT, 12 Bombus_lapidarius_L009GOT, 13 Bombus_lapidarius_L010GOT, 14 Bombus_lapidarius_L011ALA, 15 Bombus_lapidarius_L012ALA, 16 Bombus_lapidarius_L013ALA, 17 Bombus_lapidarius_L014ALA, 18 Bombus_lapidarius_L015ALA, 19 Bombus_lapidarius_L016NW, 20 Bombus_lapidarius_L017NW, 21 Bombus_lapidarius_L018NW, 22 Bombus_lapidarius_L019SW, 23 Bombus_lapidarius_L020BE, 24 Bombus_lapidarius_L021BE, 25 Bombus_lapidarius_L022BE, 26 Bombus_lapidarius_L023FR, 27 Bombus_lapidarius_L024BE, 28 Bombus_lapidarius_L025DE, 29 Bombus_lapidarius_L026DE, 30 Bombus_lapidarius_L027DE, 31 Bombus_lapidarius_L028DE, 32 Bombus_lapidarius_L029DE, 33 Bombus_lapidarius_L030PL, 34 Bombus_lapidarius_L031PL, 35 Bombus_lapidarius_L032PL, 36 Bombus_lapidarius_L033PL, 37 Bombus_lapidarius_L034PL, 38 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((2:1.0E-8,(246:1.0E-8,247:1.0E-8,85:1.0E-8,248:1.0E-8):0.00141632):0.00141444,(6:1.0E-8,124:1.0E-8,12:1.0E-8,22:1.0E-8,10:1.0E-8,83:1.0E-8,160:1.0E-8,212:1.0E-8,61:1.0E-8,201:1.0E-8,233:1.0E-8,135:1.0E-8,38:1.0E-8,99:1.0E-8,86:1.0E-8,185:1.0E-8,28:1.0E-8,41:1.0E-8,95:1.0E-8,111:1.0E-8,132:1.0E-8,102:1.0E-8,140:1.0E-8,25:1.0E-8,52:1.0E-8,104:1.0E-8,81:1.0E-8,191:1.0E-8,209:1.0E-8,50:1.0E-8,88:1.0E-8,150:1.0E-8,11:1.0E-8,26:1.0E-8,153:1.0E-8,228:1.0E-8,148:1.0E-8,167:1.0E-8,194:1.0E-8,197:1.0E-8,239:1.0E-8,190:1.0E-8,94:1.0E-8,59:1.0E-8,60:1.0E-8,106:1.0E-8,169:1.0E-8,30:1.0E-8,187:1.0E-8,32:1.0E-8,87:1.0E-8,53:1.0E-8,189:1.0E-8,43:1.0E-8,126:1.0E-8,4:1.0E-8,79:1.0E-8,91:1.0E-8,173:1.0E-8,195:1.0E-8,66:1.0E-8,9:1.0E-8,119:1.0E-8,57:1.0E-8,39:1.0E-8,208:1.0E-8,78:1.0E-8,180:1.0E-8,179:1.0E-8,93:1.0E-8,141:1.0E-8,155:1.0E-8,8:1.0E-8,162:1.0E-8,230:1.0E-8,177:1.0E-8,206:1.0E-8,192:1.0E-8,217:1.0E-8,181:1.0E-8,76:1.0E-8,27:1.0E-8,149:1.0E-8,183:1.0E-8,134:1.0E-8,121:1.0E-8,73:1.0E-8,125:1.0E-8,138:1.0E-8,146:1.0E-8,75:1.0E-8,77:1.0E-8,118:1.0E-8,116:1.0E-8,17:1.0E-8,223:1.0E-8,221:1.0E-8,42:1.0E-8,211:1.0E-8,36:1.0E-8,46:1.0E-8,171:1.0E-8,55:1.0E-8,98:1.0E-8,47:1.0E-8,244:1.0E-8,101:1.0E-8,232:1.0E-8,123:1.0E-8,224:1.0E-8,13:1.0E-8,220:1.0E-8,63:1.0E-8,236:1.0E-8,241:1.0E-8,45:1.0E-8,105:1.0E-8,215:1.0E-8,82:1.0E-8,240:1.0E-8,227:1.0E-8,136:1.0E-8,49:1.0E-8,242:1.0E-8,219:1.0E-8,214:1.0E-8,70:1.0E-8,74:1.0E-8,100:1.0E-8,109:1.0E-8,5:1.0E-8,7:1.0E-8,184:1.0E-8,165:1.0E-8,113:1.0E-8,164:1.0E-8,84:1.0E-8,129:1.0E-8,210:1.0E-8,205:1.0E-8,147:1.0E-8,152:1.0E-8,97:1.0E-8,120:1.0E-8,37:1.0E-8,130:1.0E-8,188:1.0E-8,229:1.0E-8,193:1.0E-8,68:1.0E-8,51:1.0E-8,58:1.0E-8,245:1.0E-8,145:1.0E-8,178:1.0E-8,207:1.0E-8,80:1.0E-8,238:1.0E-8,200:1.0E-8,218:1.0E-8,71:1.0E-8,172:1.0E-8,14:1.0E-8,107:1.0E-8,161:1.0E-8,176:1.0E-8,128:1.0E-8,133:1.0E-8,62:1.0E-8,110:1.0E-8,235:1.0E-8,131:1.0E-8,157:1.0E-8,65:1.0E-8,142:1.0E-8,72:1.0E-8,154:1.0E-8,127:1.0E-8,168:1.0E-8,69:1.0E-8,108:1.0E-8,23:1.0E-8,231:1.0E-8,15:1.0E-8,44:1.0E-8,202:1.0E-8,163:1.0E-8,158:1.0E-8,103:1.0E-8,56:1.0E-8,139:1.0E-8,54:1.0E-8,48:1.0E-8,33:1.0E-8,96:1.0E-8,237:1.0E-8,90:1.0E-8,213:1.0E-8,114:1.0E-8,16:1.0E-8,186:1.0E-8,20:1.0E-8,24:1.0E-8,225:1.0E-8,40:1.0E-8,117:1.0E-8,64:1.0E-8,143:1.0E-8,151:1.0E-8,92:1.0E-8,156:1.0E-8,18:1.0E-8,234:1.0E-8,226:1.0E-8,115:1.0E-8,222:1.0E-8,144:1.0E-8,137:1.0E-8,67:1.0E-8,112:1.0E-8,122:1.0E-8,170:1.0E-8,19:1.0E-8,35:1.0E-8,204:1.0E-8,243:1.0E-8,174:1.0E-8,182:1.0E-8,196:1.0E-8,166:1.0E-8,29:1.0E-8,34:1.0E-8,216:1.0E-8,175:1.0E-8,198:1.0E-8,159:1.0E-8,199:1.0E-8,89:1.0E-8,21:1.0E-8,203:1.0E-8,31:1.0E-8):0.00141589,1:1.0E-8,3:1.0E-8); END; BEGIN TREES; Title 'LWRh_MB_Majority rule 50% consensus based on Bayesian analyses of B. lapidarius LWRh alignment'; LINK Taxa = Taxa_from_B.lapidarius_phylogeography_LWRh_data_set; TRANSLATE 1 Bombus_alagesianus_A001TR, 2 Bombus_erzurumensis_E001TR, 3 Bombus_incertus_I001TR, 4 Bombus_lapidarius_L001NW, 5 Bombus_lapidarius_L002NW, 6 Bombus_lapidarius_L003NW, 7 Bombus_lapidarius_L004NW, 8 Bombus_lapidarius_L005SW, 9 Bombus_lapidarius_L006GOT, 10 Bombus_lapidarius_L007GOT, 11 Bombus_lapidarius_L008GOT, 12 Bombus_lapidarius_L009GOT, 13 Bombus_lapidarius_L010GOT, 14 Bombus_lapidarius_L011ALA, 15 Bombus_lapidarius_L012ALA, 16 Bombus_lapidarius_L013ALA, 17 Bombus_lapidarius_L014ALA, 18 Bombus_lapidarius_L015ALA, 19 Bombus_lapidarius_L016NW, 20 Bombus_lapidarius_L017NW, 21 Bombus_lapidarius_L018NW, 22 Bombus_lapidarius_L019SW, 23 Bombus_lapidarius_L020BE, 24 Bombus_lapidarius_L021BE, 25 Bombus_lapidarius_L022BE, 26 Bombus_lapidarius_L023FR, 27 Bombus_lapidarius_L024BE, 28 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