#NEXUS [written Thu Apr 28 22:12:19 EDT 2011 by Mesquite version 2.73 (build 544) at ComPhy.local/10.0.1.7] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Eunapius_sp_JF816199 Eunapius_sp_JF816200 Oncosclera_sp_JF816201 Oncosclera_sp_JF816202 Eunapius_sp_JF816203 Eunapius_sp_JF816204 Eunapius_sp_JF816205 Spongillina_sp_JF816206 Spongillina_sp_JF816207 Eunapius_sp_JF816208 Eunapius_sp__JF816209 Eunapius_sp_JF816210 Eunapius_sp_JF816211 Baikalospongia_bacillifera_DQ176780 Baikalospongia_bacillifera_EU000570 Baikalospongia_bacillifera_DQ167167 Baikalospongia_dzhegatajensis_EF025856 Baikalospongia_intermedia_EU000567 Baikalospongia_intermedia_DQ167168 Baikalospongia_recta_EU000569 Lubomirskia_abietina_DQ167170 Lubomirskia_baicalensis_EU000568 Lubomirskia_baicalensis_DQ167169 Swartschewskia_papyracea_EU000571 Swartschewskia_papyracea_DQ167171 Ochridaspongia_sp_EF025855 Pachydictyum_globosum_DQ167177 Pachydictyum_incrustans_DQ167178 Corvomeyenia_sp_DQ176781 Echinospongilla_brichardi_EU000573 Ephydatia_fluviatilis_AJ843884 Ephydatia_fluviatilis_DQ167174 Ephydatia_fluviatilis_DQ176777 Ephydatia_fluviatilis_DQ087505 Ephydatia_muelleri_DQ176778 Ephydatia_muelleri_DQ167172 Ephydatia_sp_DQ167173 Eunapius_carteri_DQ167175 Eunapius_fragilis_DQ176779 Eunapius_fragilis_AJ843882 Eunapius_sp_DQ167181 Nudospongilla_vasta_DQ167179 Nudospongilla_vasta_DQ167180 Spongilla_lacustris_EU000572 Spongilla_lacustris_AJ843883 Spongilla_lacustris_DQ167176 Trochospongilla_horrida_EF025854 Trochospongilla_pennsylvanica_DQ087503 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE LTA_C13; DIMENSIONS NCHAR=536; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Eunapius_sp_JF816199 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACCGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGCGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Eunapius_sp_JF816200 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACCGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGCGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Oncosclera_sp_JF816201 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATCTCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCCGTTGATATGGCCATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCCTTAKTTGTATGATcTA???T?A?A?CAGC??????A??aTTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Oncosclera_sp_JF816202 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATCTCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCCGTTGATATGGCCATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGG?ATTACAATG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Eunapius_carteri_DQ167175 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCAATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCATTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACCGGATGGACAGTATACCCCCCTTTAGCAGGCATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACAACAATCTTTAATATGAGAGCGCCTGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC Eunapius_fragilis_DQ176779 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Trochospongilla_pennsylvanica_DQ087503 GAGCTATCAGCCCCTGGGTCCATGTTAGGGGATGATCAATTATATAATGTTATAGTTACAGCCCATGCTTTTCTAATGATATTTTTCTTAGTTATGCCAGTAATGATTGGGGGATTTGGAAATTGATTCGTGCCACTATATATTGGTGCACCCGATATGGCTTTTCCAAGATTAAATAATATTAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCTTTAACTCTATTATTAGGATCTGCTTTTGTAGAGCAAGGGGTTGGTACAGGATGGACAGTATATCCCCCTTTAGCAGGGATACAAGCACATTCTGGGGGATCAGTTGATATGGCAATATTTAGTCTTCACTTGGCGGGTATTTCTTCGATATTAGGGGCTATGAATTTTATCACTACAATCTTTAATATGAGAGCGCCCGGTATTACAATGGATAGAATGCCATTATTTGTATGATCTATTTTAATAACAGCCTTTTTATTATTATTATCTTTACCTGTATTAGCTGGTGGTATAACAATGCTTTTAACAGATAGAAATTTTAATACAAC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED = 1: 1 - 535\3, 2: 2 - 536\3, 3: 3 - 534\3; CODONPOSSET CodonPositions = 1: 1 - 535\3, 2: 2 - 536\3, 3: 3 - 534\3; END; BEGIN TREES; Title LTA_C13; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Eunapius_sp_JF816199, 2 Eunapius_sp_JF816200, 3 Oncosclera_sp_JF816201, 4 Oncosclera_sp_JF816202, 5 Eunapius_sp_JF816203, 6 Eunapius_sp_JF816204, 7 Eunapius_sp_JF816205, 8 Spongillina_sp_JF816206, 9 Spongillina_sp_JF816207, 10 Eunapius_sp_JF816208, 11 Eunapius_sp__JF816209, 12 Eunapius_sp_JF816210, 13 Eunapius_sp_JF816211, 14 Baikalospongia_bacillifera_DQ176780, 15 Baikalospongia_bacillifera_EU000570, 16 Baikalospongia_bacillifera_DQ167167, 17 Baikalospongia_dzhegatajensis_EF025856, 18 Baikalospongia_intermedia_EU000567, 19 Baikalospongia_intermedia_DQ167168, 20 Baikalospongia_recta_EU000569, 21 Lubomirskia_abietina_DQ167170, 22 Lubomirskia_baicalensis_EU000568, 23 Lubomirskia_baicalensis_DQ167169, 24 Swartschewskia_papyracea_EU000571, 25 Swartschewskia_papyracea_DQ167171, 26 Ochridaspongia_sp_EF025855, 27 Pachydictyum_globosum_DQ167177, 28 Pachydictyum_incrustans_DQ167178, 29 Corvomeyenia_sp_DQ176781, 30 Echinospongilla_brichardi_EU000573, 31 Ephydatia_fluviatilis_AJ843884, 32 Ephydatia_fluviatilis_DQ167174, 33 Ephydatia_fluviatilis_DQ176777, 34 Ephydatia_fluviatilis_DQ087505, 35 Ephydatia_muelleri_DQ176778, 36 Ephydatia_muelleri_DQ167172, 37 Ephydatia_sp_DQ167173, 38 Eunapius_carteri_DQ167175, 39 Eunapius_fragilis_DQ176779, 40 Eunapius_fragilis_AJ843882, 41 Eunapius_sp_DQ167181, 42 Nudospongilla_vasta_DQ167179, 43 Nudospongilla_vasta_DQ167180, 44 Spongilla_lacustris_EU000572, 45 Spongilla_lacustris_AJ843883, 46 Spongilla_lacustris_DQ167176, 47 Trochospongilla_horrida_EF025854, 48 Trochospongilla_pennsylvanica_DQ087503; TREE PAUP_1 = (29:0.015725,((47:0.003982,((42:0.0,43:0.0):0.003811,(48:0.001896,(27:0.0,28:0.00193):0.0):0.0):0.00385):0.003842,((44:0.0,(46:0.0,(45:0.0,((40:0.0,(38:0.0,39:0.0):0.0):0.003773,(5:0.0,(12:0.0,(10:0.0,(7:0.0,(6:0.0,(2:0.0,(11:0.0,(1:0.0,13:0.007679):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.001875):0.0):0.0):0.001892):0.0,(((8:0.0,30:0.0):0.001874,(9:0.0,(3:0.0,4:0.0):0.003862):0.0):0.007783,(((24:0.00187,(37:0.0,41:0.001868):0.0):0.0,(34:0.0,(33:0.0,(32:0.0,(31:0.0,(25:0.0,(17:0.0,26:0.001998):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.001873):0.001868,(15:0.0,(18:0.0,(19:0.0,(20:0.0,(22:0.0,(23:0.0,(35:0.0,(36:0.0,(14:0.0,(16:0.0,21:0.001874):0.00188):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.005716):0.0):0.0):0.015725)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; END;