NEXUS
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[Matrix accession#: M2618]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2618;
	DIMENSIONS  NTAX=11;
	TAXLABELS
		Platythamnion_yezoense	Antithamnionella_sp_ATN	Antithamnion_sparsum_ASW	Antithamnion_sparsum_ASM	Antithamnion_sparsum_ASB	Antithamnion_nipponicum	Antithamnion_kylinii	Antithamnion_densum	Antithamnion_defectum	Antithamnion_callocladum	Antithamnion_aglandum
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2618;
	DIMENSIONS NCHAR=111;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Platythamnion_yezoense         -AATAATAATAAT-TAAAATATTATTTTATCGCGTATTTTACGTAAGCTTAGTAAATATAAACA-ATAAAAGCTTTAATAATTACTTAACCACCATAAGGAGTATAAAATA
		Antithamnionella_sp_ATN        ----AATCTTTA---TATCTCTAATTTTTAC--ATGCTTCATGTAAATTTAGTGAATATCAAAA--TTCAAGCTTTAATAATTGCTTAACCATCATAAGGAGTACACAATA
		Antithamnion_sparsum_ASW       AAAAAATATTAAG--ATTTTATTATTTTTTTT-ATATTTTCAGCACGCTTAGTCAAGCAAAACATATTAAAGCATTAATAATTGTTTAATCACCATAAGGAGTATACACTA
		Antithamnion_sparsum_ASM       AAAAAATATTAAG--ATTTTATTATTTTTTTT-ATATTTTCAGCACGCTTAGTCAAGCAAAACATATTAAAGCATTAATAATTGTTTAATCACCATAAGGAGTATACACTA
		Antithamnion_sparsum_ASB       AAAAAATATTAAG--ATTTTATTATTTTTTTT-ATATTTTCAGCACGCTTAGTCAAGCAAAACATATTAAAGCATTAATAATTGTTTAATCACCATAAGGAGTATACACTA
		Antithamnion_nipponicum        -AAGACTGTTTCTCTTTTATATTATTTGTTT--ATATTTTGCGTAAGCTTAGTAAATCAAAACATATTAAAATATTAATAATTGCTTAATCACCATAAGGAGTATATACTA
		Antithamnion_kylinii           AAAAAATATTGAG--ATTTTATTATTTTTTTT-ATATTTTAAGCAAGCTTAGTCAATCAAAACATATTAAAACATTAATAATTGTTTAATCACCATAAGGAGTATATACTA
		Antithamnion_densum            AAAAAATATTG-----TTT-ATTATTTTTTT--ATATTTTAAGCAAGCTTAGTCAATCAAAACATATTAAAACATTAATAATTGTTTAATCACCATAAGGAGTATATACTA
		Antithamnion_defectum          AAAAAATATTGAG--ATTTTATTATTTTTTTT-ATATTTTAAGCAAGCTTAGTCAATCAAAACATATTAAAGCATTAATAATTGTTTAATCACCATAAGGAGTATACACTA
		Antithamnion_callocladum       -AAGACTGTTTGTCTTTTATATTATTTGTTT--ATATTTTGCGTAAGCTTAGTCAATCAAAACAGATTAAAACATTAATAATTGCTTAATAACCATAAGGAGTATATAATA
		Antithamnion_aglandum          -AAGACTGTTTGTCTTTTATATTATTTGTTT--ATATTTTGCGTAAGCTTAGTCAATCAAAACATATTAAAATATTAATAATTGCTTAATCACCATAAGGAGTATATACTA
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 111 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;