NEXUS
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[Matrix accession#: M2991]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2991;
	DIMENSIONS  NTAX=6;
	TAXLABELS
		Ustilago_hordei	Pseudozyma_prolifica	Ustilago_maydis	Ustilago_scitaminea	Sporisorium_sorghi	Sporisorium_reilianum
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2991;
	DIMENSIONS NCHAR=645;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Ustilago_hordei             TCTCTAAACCTACCTGTACTTGGATACATTAATCTAAGTCTAACAAACCTAGGACTATATACAATTCTAACAGTATATCTAGTACTAGCACTTCACATTATGGGAAGTAACAACAAACAACTAATTCCAAGTCGATGGAGTATCTCACTAGAAAGTTGTTTTGCTTCTGTACAAGGACTAGTTAAATCACAAATTGGTGGAGCTAACGAAATGTACCTACCATTTATTTACTCTCTATTCTTCTTTATCCTTATTGCAAACCTAAGTGGTAACGTACCATACGGATTTACAGTAGCTACATCAATTATGGTAAGTATTGGTCTAAGTATGACAATCTTCATCGGAGTTACAATTCTTGGTCTACAACTACACAAAGTACACTTCTTCTCATTCTTCGTTCCTTCAGGAACACCTCTAGGACTAGTACCTCTACTAGTACCTATTGAGCTAATTTCATACCTAGCACGAGCTTTCTCACTTGGAGTTCGACTATTCGCCAACACAGTAGCGGGACACACTCTACTTAAAATCCTTTCAGGATTCCTAGCTCCAATGTTCACATCAGGTGCTATTACAGCTCTTATTACTCTAATCCCATTCTGTATCTTTATAGCACTAATTGGACTAGAAATTTCAGTTTCATTC
		Pseudozyma_prolifica        TCTCTAAATCTACCAGTACTTGGATACATTAATCTAAGTCTAACAAACCTAGGACTATATACAATTCTAACAGTATATCTAGTACTAGCACTTCACATTATGGGAAGTAACAACAAACAACTAATTCCAAGTCGATGGAGTATTGCTCTAGAAAGTAGTTTTGCTTCAGTACATGGACTAGTTAAATCACAAATTGGTGCTGCTAACGAAATGTACCTACCATTTATCTACTCACTATTCTTCTTTATCCTTATCGCTAACCTAAGTGGTAACGTTCCATACGGATTTACAGTTGCTACTTCAATTATGGTAAGTATTGGTCTAAGTATGACAATCTTCATTGGAGTCACAATCCTTGGTCTACGACTACACAAAGTACACTTCTTCTCATTCTTCGTTCCCTCAGGTACACCACTAGGACTAGTACCTCTACTAGTACCTATTGAACTGATTTCATACCTAGCACGAGCTTTCTCACTTGGAGTTCGGCTATTCGCCAACGTTACAGCAGGTCACGTTCTAATGAAAATTCTTGCAGGATTCCTAGCTCCTCTATTTACTTCTACTTTTATTATTTCAGTACTAACTGTTCTACCATTTATCATTTTTACGGGTATTATCGGTCTAGAAATTGCAGTTTCATTT
		Ustilago_maydis             TCTCTAAATCTACCAGTACTTGGATACATTAATCTAAGTCTAACAAACCTAGGACTATATACAATTCTAACAGTATATCTAGTACTAGCACTTCACATTATGGGAAGTAACAACAAACAACTAATTCCAAGTCGATGGAGTATTGCTCTAGAAAGTAGTTTTGCTTCAGTACATGGACTAGTTAAATCACAAATTGGTGCTGCTAACGAAATGTACCTACCATTTATCTACTCACTATTCTTCTTTATCCTTATCGCTAACCTAAGTGGTAACGTTCCATACGGATTTACAGTTGCTACTTCAATTATGGTAAGTATTGGTCTAAGTATGACAATCTTCATTGGAGTCACAATCCTTGGTCTACGACTACACAAAGTACACTTCTTCTCATTCTTCGTTCCCTCAGGTACACCACTAGGACTAGTACCTCTACTAGTACCTATTGAACTGATTTCATACCTAGCACGAGCTTTCTCACTTGGAGTTCGGCTATTCGCCAACGTTACAGCAGGTCACGTTCTAATGAAAATTCTTGCAGGATTCCTAGCTCCTCTATTTACTTCTACTTTTATTATTTCAGTACTAACTGTTCTACCATTTATCATTTTTACGGGTATTATCGGTCTAGAAATTGCAGTTTCATTT
		Ustilago_scitaminea         TCTCTAAATCTACCAGTACTTGGGTACATTAATCTAAGTCTAACAAACCTAGGACTATATACAATTCTAACAGTATATCTAGTACTAGCACTTCACATTATGGGAAGTAACAACAAACAACTAATTCCAAGTCGATGGAGTATTGCTCTAGAAAGTAGTTTTGCTTCAGTACATGGACTAGTTAAATCACAAATTGGTGCAGCTAACGAAATGTACCTACCATTTATTTACTCACTATTCTTCTTTATCCTTATCGCTAACCTAAGTGGTAACGTTCCATACGGATTTACAGTTGCTACATCAATTATGGTAAGTATTGGTCTAAGTATGACAATCTTTATTGGAGTTACAATCCTTGGTCTACGACTACACAAAGTACACTTCTTCTCATTCTTTGTTCCTTCAGGTACACCACTAGGACTAGTACCTCTACTAGTACCTATTGAGCTGATTTCATACCTAGCACGAGCTTTCTCACTTGGAGTTCGGCTATTCGCTAACACAGTAGCGGGACACACTCTACTTAAAATCCTTTCAGGATTCCTAGCACCAATGTTCACATCAGGTGCTATTACAGCTGTTATTACTCTAATCCCATTTAGTATCTTTATCGCACTAATTGGACTAGAAATCGCAGTTTCATTT
		Sporisorium_sorghi          TCTCTAAATCTACCAGTACTTGGATACATTAATCTAAGTCTAACAAACCTAGGACTATATACAATTCTAACAGTATATCTAGTACTAGCACTTCACATTATGGGAAGTAACAACAAACAACTAATTCCAAGTCGATGGAGTATTGCGCTAGAAAGTAGCTTTGCTTCAGTACATGGACTAGTTAAATCACAAATTGGTGCAGCTAACGAAATGTATCTACCATTTATCTACTCACTATTCTTCTTTATCCTTATTGCTAACCTAAGTGGTAACGTTCCATATGGATTTACAGTTGCTACATCAATTATGGTAAGTATCGGTCTAAGTATGACAATCTTTATTGGAGTTACAATTCTTGGTCTACGACTACACAAAGTACACTTCTTCTCATTCTTCGTTCCTTCAGGTACACCACTAGGACTAGTACCTCTACTAGTACCTATTGAGCTGATTTCATACCTAGCACGAGCTTTCTCACTTGGAGTTCGGCTATTCGCCAATGTTACAGCAGGTCACGTTCTAATGAAAATTCTAGCAGGATTCCTAGCTCCTCTATTTACATCTACTTTTATTGTTTCAGTACTAACTGTTCTACCGTTTATCATTTTTACGGGTATTATTGGTCTAGAGATTGCGGTTTCATTT
		Sporisorium_reilianum       TCTCTAAATCTACCAGTACTTGGATATATTAATCTAAGTCTAACAAACCTAGGACTATATACAATTCTAACAGTATATCTAGTACTAGCACTTCACATTATGGGAAGTAACAACAAACAACTAATTCCAAGTCGATGGAGTATTGCACTAGAAAGTAGCTTTGCTTCAGTACATGGACTAGTTAAATCACAAATTGGTGCAGCTAATGAAATGTACCTACCATTTATCTACTCACTATTCTTCTTTATCCTTATTGCTAACCTAAGTGGTAACGTCCCATACGGATTTACAGTTGCTACATCAATTATGGTAAGTATCGGTCTAAGTATGACAATCTTTATTGGAGTTACAATTCTTGGTCTACGACTACACAAAGTACACTTTTTCTCATTCTTCGTTCCTTCAGGTACACCACTAGGACTAGTACCTCTACTAGTACCTATTGAGCTGATTTCATACCTAGCACGAGCTTTCTCACTTGGAGTTCGGCTATTCGCCAACACAGTAGCTGGACACACTCTACTTAAAATTCTTTCAGGATTCCTAGCACCTATGTTCACATCAGGTGCTATTACTGCTGTTATTACTCTAATTCCATTTAGTATCTTTATTGCACTAATTGGACTAGAAATCGCTGTTTCATTT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 645 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;