#NEXUS [written Wed Aug 27 10:48:19 EEST 2014 by Mesquite version 2.75 (build 564) at kostas-PC/192.168.1.3] BEGIN TAXA; TITLE 'Combined taxa COI+ITS1+16S'; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Brachionus_plicatilis_1 Brachionus_plicatilis_2 Brachionus_sp._Nevada_1 Brachionus_sp._Austria_1 Brachionus_sp._Austria_2 Brachionus_sp._Austria_3 Brachionus_manjavacas_1 Brachionus_manjavacas_2 Brachionus_sp._Almenara_1 Brachionus_ibericus_1 Brachionus_sp._Tiscar_1 Brachionus_sp._Cayman_1 Brachionus_sp._Cayman_2 Brachionus_rotundiformis_1 Brachionus_quadridentatus_1 Plationus_patulus Brachionus_plicatilis_3 Brtachionus_plicatilis_4 Brachionus_plicatilis_5 Brachionus_ibericus_2 Brachionus_rotundiformis_2 Brachionus_sessilis_Balaton_1 Brachionus_sessilis_Balaton_2 Brachionus_sessilis_Doirani_1 Brachionus_sessilis_Doirani_2 Brachionus_sessilis_3 Brachionus_calyciflorus_1 Brachionus_calyciflorus_2 Brachionus_calyciflorus_3 Brachionus_calyciflorus_4 Brachionus_ibericus_3 Brachionus_ibericus_4 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GCTGGTTTTATCGGCCTGAGTATGAGTCTTTTAATCCGTCTAGAGCTTGGTGTTGTAGGTCCATTTTTATCAGATGAGCACCTTTATAACGTCATTGTAAC?GCTCATGCCTTCATTATAATTTTTTTTATAGTTATGCCTATTTCTATAGGTGGTTTTGGTAATTGGCTCATTCCACT?ATGTTAGGGGTTGCTGATATGGCTTTCCCTCGTATAAATAATTTGTCATTTTGACTTCTTATTCCTTCTTTTACATTCCTTCTTCTTTCTTCTATTCTAGATTCAGGGGTTGGAACTGGTTGAACTGTTTACCCCCCCCTCTCTGATTCTAAGTACCATTCCGGTATTTCAGTTGATCTTGCTATTTTTAGCCTTCATTTAGCAGGAATTTCTTCTAT?CTTGGCAGAATTAATTTTCTTACTACCATTGTTTGTTCTCGTACTACTAAAGTCATTTCCCTTGA?CGTATGCCTCTTATACTTTGAGCTATCTCAGTTACTGCTGTCCTTTTGATTACTAGATTGCCTGTTTTGGCTGGTGCCATCACCATGCTCTTAACTGATCGTAATCTTAACCTATTAGCGTAGTTTT----ACTACTAATACTACAAGCGCAAACACTTTTGTGTTTATGCGTTAT-----------AAACCACAGTG---GC--TTGGAAGCAATTTCAAGTCAATGTAAC----AAAATCCATACTTGCTTG---AGTAT--G-GTCGGGTACCTATGCATGTTGTGATGTTTAACAACACAACATC-ATAAGCGATGTATGCTTTT--------CATCGT-ATGGCGTAAAGATTATTCAATAGGTT--TTTGAATAACGCCCGCT--TCGCATTAAAATAATCGCATTTATTTATGTTGTATGTGTAAAAAACA-ATGTTATGATCTATGTCATTAAGCACTTATTTAAATAAATACTTTTATCGAATTAGTTTAAATGCTTGTTTGTAAAGCTCATGTGAATTAAAGTGGCATAATAGAGTGTGGTAGCGTGATGTATGTTTTCTTAATTA-GAAATCTGTTCAAAGAATGATATGGGGAGACTCTTTTTC--TTTTATATTA-AATAAACTTAAAATTTAAGTGAAAATTCTTAACTATTTAAAAAAGACGAGAAGACCCCACAAATCTTAATTT--------------------------ATTTACATGGGGACTATTGAGTATTCTAATAGA---------TCTA----ATCTTTATTCTTTGCTAAGTTACTTTGGGGATAA-C--AGGGTAAAGGACCTGGAGAGT ; END; BEGIN TREES; Title 'Bayesian COI+ITS1+16S'; LINK Taxa = 'Combined taxa COI+ITS1+16S'; TRANSLATE 1 Brachionus_plicatilis_1, 2 Brachionus_plicatilis_2, 3 Brachionus_sp._Nevada_1, 4 Brachionus_sp._Austria_1, 5 Brachionus_sp._Austria_2, 6 Brachionus_sp._Austria_3, 7 Brachionus_manjavacas_1, 8 Brachionus_manjavacas_2, 9 Brachionus_sp._Almenara_1, 10 Brachionus_ibericus_1, 11 Brachionus_sp._Tiscar_1, 12 Brachionus_sp._Cayman_1, 13 Brachionus_sp._Cayman_2, 14 Brachionus_rotundiformis_1, 15 Brachionus_quadridentatus_1, 16 Plationus_patulus, 17 Brachionus_plicatilis_3, 18 Brtachionus_plicatilis_4, 19 Brachionus_plicatilis_5, 20 Brachionus_ibericus_2, 21 Brachionus_rotundiformis_2, 22 Brachionus_sessilis_Balaton_1, 23 Brachionus_sessilis_Balaton_2, 24 Brachionus_sessilis_Doirani_1, 25 Brachionus_sessilis_Doirani_2, 26 Brachionus_sessilis_3, 27 Brachionus_calyciflorus_1, 28 Brachionus_calyciflorus_2, 29 Brachionus_calyciflorus_3, 30 Brachionus_calyciflorus_4, 31 Brachionus_ibericus_3, 32 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