NEXUS
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[Matrix accession#: M1462]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1462;
	DIMENSIONS  NTAX=8;
	TAXLABELS
		Alternaria_toxicogenica	Alternaria_solani_4	Alternaria_solani_3	Alternaria_solani_1	Alternaria_limicola	Alternaria_infectoria	Alternaria_brassicicola	Alternaria_alternata
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1462;
	DIMENSIONS NCHAR=432;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Alternaria_toxicogenica       AAGTTCTAGTTAGATGCAAGCAAGTAGTGATTAGTGGTGATAGATTAAATTTAAGAAATTAAATTGAAGAAACATAATTTTAATACACAAAAAAGAATCAATTTGCCTAGATAATCCAATTATTAAGTAATGAATTAGTATCTAATTAGAGACCCGAAGAGTAGTGATCTTACCATGGTCAGGCTTATAAAAGGCCGAATGGGTTATCGTTGTAAAGATATCCAAAGAACTGTGGTAAGTTAGTGAAAGACAATCCTGACTACTATAGCTGGTTTTCCGCGAAACATATGTAAGTATGTAGTTTAAATAACATCATAGCAGGTACAGAACTGTGATCTCGGACAATTTGTGCATTAATATCCTATTAGGGTATATAATGCCTTGTGCATATGGGGGGGTCGTGAAGACTCTATTCGCGAGTATTTGCTCTCG
		Alternaria_solani_4           AAGTTCTAGTTAGATGCAAGCAAGTAGTGATTAGTGGTGATATATTAAATACAAG-----AAA---------CATAATATAAATACACAAAAAAGAATCAATTTGCCTAGATAATCCAATTATTAAGTAATGAATTAGTATCTAATTAGAGACCCGAAGAGTAGTGATCTTACCATGGTCAGGCTTATAAAAGGCCGAATGGTTTATCGTTGTAAAGATATCCAAAGAACTGTGGTAAGTTAGTGAAAGACAATTCTGACTACTATAGCTGGTTTTCCGCGAAACATATGTAAGTATGTAGTTTAAATAACATCATAGCAGGTACAGAACTGTGATCTCGGACAATTTGTGCGTTAATATCCTATTAGGGTATATAATGCCTTGTGCATATGGGGGGGTCGTGAAGACTCTATTCGCGAGTATTTGCTCTCG
		Alternaria_solani_3           AAGTTCTAGTTAGATGCAAGCAAGTAGTGATTAGTGGTGATATATTAAATACAAG-----AAA---------CATAATATAAATACACAAAAAAGAATCAATTTGCCTAGATAATCCAATTATTAAGTAATGAATTAGTATCTAATTAGAGACCCGAAGAGTAGTGATCTTACCATGGTCAGGCTTATAAAAGGCCGAATGGTTTATCGTTGTAAAGATATCCAAAGAACTGTGGTAAGTTAGTGAAAGACAATTCTGACTACTATAGCTGGTTTTCCGCGAAACATATGTAAGTATGTAGTTTAAATAACATCATAGCAGGTACAGAACTGTGATCTCGGACAATTTGTGCATTAATATCCTATTAGGGTATATAATGCCTTGTGCATATGGGGGGGTCGTGAAGACTCTATTCGCGAGTATTAGCTCTCG
		Alternaria_solani_1           AAGTTCTAGTTAGATGCAAGCAAGTAGTGATTAGTGGTGATATATTAAATACAAG-----AAA---------CATAATATAAATACACAAAAAAGAATCAATTTGCCTAGATAATCCAATTATTAAGTAATGAATTAGTATCTAATTAGAGACCCGAAGAGTAGTGATCTTACCATGGTCAGGCTTATAAAAGGCCGAATGGTTTATCGTTGTAAAGATATCCAAAGAACTGTGGTAAGTTAGTGAAAGACAATTCTGACTACTATAGCTGGTTTTCCGCGAAACATATGTAAGTATGTAGTTTAAATAACATCATAGCAGGTACAGAACTGTGATCTCGGACAATTTGTGCATTAATATCCTATTAGGGTATATAATGCCTTGTGCATATGGGGGGGTCGTGAAGACTCTATTCGCGAGTATTTGCTCTCG
		Alternaria_limicola           AAGTTCTAGTTAGATGCAAGCAAGTAGTGATTAGTGGTGATATATTAAATACAAG-----AAA---------CATAATATAAATACACAAAAAAGAATCAATTTGCCTAGATAATCCAATTATTAAGTAATGAATTAGTATCTAATTAGAGACCCGAAGAGTAGTGATCTTACCATGGTCAGGCTTATAAAAGGCCGAATGGGTTATCGTTGTAAAGATATCCAAAGAACTGTGGTAAGTTAGTGAAAGACAATTCTGACTACTATAGCTGGTTTTCCGCGAAACATATGTAAGTATGTAGTTTAAATAACATCATAGCAGGTACAGAACTGTGATCTCGGACAATTTGTGCATTAATATCCTATTAGGGTATATAATGCCTTGTGCATATGGGGGGGTCGTGAAGACTCTATTCGCGAGTATTTGCTCTCG
		Alternaria_infectoria         AAGTTCTAGTTAGATGCAAGCAAGTAGTGATTAGTGGTGATAGATTAAATTTAAGAAATTAAATTGAAGAAACATAATTTTAATACACAAAAAAGAATCAATTTGCCTAGATAATCCAATTATTAAGTAATGAATTAGTATCTAATTAGAGACCCGAAGAGTAGTGATCTTACCATGGTCAGGCTTATAAAAGGCCGAATGGGTTATCGTTGTAAAGATATCCAAAGAACTGTGGTAGGTTAGTGAAAGACAATCCTGACTACTATAGCTGGTTTTCCGCGAAACATATGTAAGTATGTAGTTTAAATAACATCATAGCAGGTACAGAACTGTGATCTCGGACAATTTGTGCATTAATATCCTATTAGGGTATATAATGCCTTGTGCATATGGGGGGGTCGTGAAGACTCTATTCGCGAGTATTTGCTCTCG
		Alternaria_brassicicola       AAGTTCTAGTTAGATGCAAGCAGCTAGTGATTAGTGGTGATAGATTAAATTTAAGAAATTAAATTGAAGAAACATAATTTTAATACACAAAAAAGAATCAATTTGCCTAGATAATCCAATTATTAAGTAATGAATTAGTATCTAATTAGAGACCCGAAGAGTAGTGATCTTACCATGGTCAGGCTTATAAAAGGCCGAATGGGTTATCGTTGTAAAGATATCCAAAGAACTGTGGTAAGTTAGTGAAAGACAATCCTGACTACTATAGCTGGTTTTCCGCGAAACATATGTAAGTATGTAGTTTAAATAACATCATAGCAGGTACAGAACTGTGATCTCGGACAATTTGTGCATTAATATCCTATTAGGGTATATAATGCCTTGTGCATATGGGGGG-TCGTGAAGACTCTATTCGCGAGTATTTGCTCACG
		Alternaria_alternata          AAGTTCTAGTTAGATGCAAGCAAGTAGTGATTAGTGGTGATAGATTAAATTTAAGAAATTAAATTGAAGAAACATAATTTTAATACACAAAAAAGAATCAATTTGCCTAGATAATCCAATTATTAAGTAATGAATTAGTATCTAATTAGAGACCCGAAGAGTAGTGATCTTACCATGGTCAGGCTTATAAAAGGCCGAATGGGTTATCGTTGTAAAGATATCCAAAGAACTGTGGTAAGTTAGTGAAAGACAATCCTGACTACTATAGCTGGTTTTCCGCGAAACATATGTAAGTATGTAGTTTAAATAACATCATAGCAGGTACAGAACTGTGATCTCGGACAATTTGTGCATTAATATCCTATTAGGGTATATAATGCCTTGTGCATATGGGGGGGTCGTGAAGACTCTATTCGCGAGTATATGCTCTCG
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 432 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;