NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:02:34]
[Matrix accession#: M1499]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1499;
	DIMENSIONS  NTAX=22;
	TAXLABELS
		Eschericia_coli	Neisseria_gonorrhoea	Cucurbita_sp.	Chlamydia_trachomatis	Chromatium_vinosum	_Pseudomonas_aeruginosa	Treponema_pallidum	Thermus_thermophilus	Rhodobacter_sphaeroides	Bartonella_bacilliformis	Bradyrhizobium_japonicum	Rhizobium_meliloti	Caulobacter_crescentus	Plasmodium_falciparum	Trypanosoma_brucei	Euglena_gracilis	Dictyostelium_discoideum	Drosophila_melanogaster	Homo_sapiens	Saccharomyces_cerevisiae	Schizosaccharomyces_pombe	Arabidopsis_thaliana
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1499;
	DIMENSIONS NCHAR=513;
	FORMAT DATATYPE = PROTEIN SYMBOLS = " 1 2 3 4 " MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Eschericia_coli                 AKDVKFGNDARVKMLRGVNVLADAVKVTLGPKGRNVVLDKSFGAPTITKDGVSVAREIELEDKFENMGAQMVKEVASKANDAAGDGTTTATVLAQAIITEGLKAVAAGMNPMDLKRGIDKAVTAAVEELKALSVPCSDSKAIAQVGTISANSDETVGKLIAEAMDKVGKEGVITVEDGTGLQDELDVVEGMQFDRGYLSPYFINKPETGAVELESPFILLADKKISNIRE-MLPVLEAVAKAGKPLLIIAEDVEGEALATAVVNTIRGIVKVAAVKAPGFGDRRKAMLQDIATLTGGTVISEEIGMELEKLEDLGQAKRVVINKDTTTIIDGVGIQGRVAQIRQQIEEATSDYDREKLQERVAKLAGGVAVIKVGAATEVEMKEKKARVEDALHATRAAVEEGVVAGGGVALIRVASKL--ADLQNVGIKVALRAMEAPLRQIVLNCGEEPSVVANTVKGGDYGYNAATEEYGNMIDMGILDPTKVTRSALQYAASVAGLMITTECMVTDLPK
		Neisseria_gonorrhoea            AKDVQFGNEVRQKMVNGVNILANAVRVTLGPKGRNVVVDRAFGGPHITKDGVTVAKEIELKDKFENMGAQMVKEVASKTNDVAGDGTTTATVLAQSIVAEGIKYVTAGMNPTDLKRGIDKAVAALVEELKNIAKPCDTSKEIAQVGSISANSDEQVGAIIAEAMEKVGKEGVITVEDGKSLENELDVVEGMQFDRGYLSPYFINDAEKQIAGLDNPFVLLFDKKISNIRD-LLPVLEQVAKASRPLLIIAEDVEGEALATLVVNNIRGVLKTVAVKAPGFGDRRKAMLQDIAILTGGVVISEEVGLSLEKLDDLGQAKRIEIGKENTTVIDGFGIEARVAEIRQQIETATSDYDKEKLQERVAKLAGGVAVIKVGAATEVEMKEKKDRVEDALHATRAAVEEGVVAGGGVALLRARAALENLH-QEAGVQIVLRAVESPVRQIVANAGGEPSVVVNKVLEGKYGYNAGSGEYGDMIGMGVHDPAKVTRSALQHAASIAGLMLTTDCMIAEIPE
		Cucurbita_sp.                   AKDVKFGVEARGLMLKGVEDLADAVKVTMGPKGRTVVIEQSFGAPKVTKDGVTVAKSIEFKDKVKNVGASLVKQVANATNDVAGDGTTCATILTKAIFTEGCKSVASGMNAMDLRRGISMAVDSVVTNLKSRARMISTSEEIAQVGTISANGEREIGELIAKAMEKVGKEGVITISDGKTMDNELEVVEGMKLDRGYISPYFITNQKNQKCELDDPLIIIYEKKIS-SINAVVKVLELALKKQRPLLIVSEDVESEALATLILNKLRAGIKVCAIKAPGFGENRKAGLQDLAVLTGGQVITEELGMNLEKLDMLGSCKKITISKDDTVILDGAGIEERCDQIRSGIEASTSDYDKEKLQERLAKLSGGVAVLKIGGASEAEVGEKKDRVTDALNATKAAVEEGIVPGGGVALLYASKELDKLPTQKIGVQIIQNALKTPVHTIASNAGVEGAVVVGKLLEQDLGYDAAKGEYVDMVKAGIIDPLKVIRTALVDAASVSSLMTTTEVVVVELPK
		Chlamydia_trachomatis           AKNIKYNEEARKKIQKGVKTLAEAVKVTLGPKGRHVVIDKSFGSPQVTKDGVTVAKEVELADKHENMGAQMVKEVASKTADKAGDGTTTATVLAEAIYTEGLRNVTAGANPMDLKRGIDKAVKVVVDQIKKISKPVQHHKEIAQVATISANNDAEIGNLIAEAMEKVGKNGSITVEEAKGFETVLDVVEGMNFNRGYLSSYFATNPETQECVLEDALVLIYDKKISGIKD-FLPILQQVAESGRPLLIIAEDIEGEALATLVVNRIRGGFRVCAVKAPGFGDRRKAMLEDIAILTGGQLISEELGMKLENLAMLGKAKKVIVSKEDTTIVEGMGLEARCESIKKQIEDSSSDYDKEKLQERLAKLSGGVAVIRVGAATEIEMKEKKDRVDDAQHATIAAVEEGILPGGGTALIRCIPTLEAFLPEQIGARIVLKALSAPLKQIAANAGKEGAIIFQQVMSRSEGYDALRDAYTDMLEAGILDPAKVTRSALESAASVAGLLLTTEALIAEIPE
		Chromatium_vinosum              AKDVKFGGDARVRMMEGVNILANAVKVTLGPKGRNVVLEKSFGAPTVTKDGVSVAKEIELKDKFENMGAQMVKEVASKTSDIAGDGTTTATVLAQAMVREGLKAVAAGMNPMDLKRGMDKAVEAATEELKKLSKPCPRPMAIAQVGTISANSDDSIGTIIAEAMEKVGKEGVITVEDGTSLQNELDVVEGMQFDRGYLSPYFINNQQSQSAELDAPYILLYDKKISNIRD-LLPVLEGVAKAGKPLLIIAEDVEGEALATLVVNTIRGIVKVCAVKAPGFGDRRKAMLQDIAILTGATVISEEVGLSLEKLTDLGTAKRVQVGKDETTIIDGSGIKARCEQIRAQVEETSSDYDREKLQERLAKLAGGVAVIKVGAATEIEMKEKKARVEDALHATRAAVEEGIVPGGGVALVRAIAAVKDLK-QDVGIAIARRAMEEPLRQIVANAGEEPSVILHKVAEGTFGYNAANGEYGDMVEMGILDPTKVTRSALQNSCSVAGLMITTEAMIADEPK
		_Pseudomonas_aeruginosa         AKEVKFGDSARKKMLVGVNVLADAVKATLGPKGRNVVLDKSFGAPTITKDGVSVAKEIELKDKFENMGAQLVKDVASRPTDAAGDGTTTATVLAQAIVNEGLKAVAAGMNPMDLKRGIDKATVAIVAQLKELAKPCADTKAIAQVGTISANSDESIGQIIAEAMEKVGKEGVITVEEGSGLENELSVVEGMQFDRGYLSPYFVNKPDTMAAELDSPLLLLVDKKISNIRE-MLPVLEAVAKAGRPLLIVAEDVEGEALATLVVNNMRGIVKVAAVKAPGFGDRRKAMLQDIAILTGGTVISEEVGLSLEGLEHLGNAKRVVINKENTTIIDGAGIEARVLQIRKQIEETTSDYDREKLQERLAKLAGGVAVIKVGAATEVEMKEKKAPVEDALHATRAAVEEGVVPGGGVALVRALQAIEGLK-QNVGIALLRRAVESPVRQIVANAGDEPSVVVDKVKQGSYGFNAATGVYGDMIEMGILDPAKVTRSALQAAASIGGLMITTEAMVAEIVE
		Treponema_pallidum              ANELLFNEEARKKLLSGVEQISSAVKVTLGPKGRNVLLEKGYGAPTVTKDGVSVAKEVELEDPFENMGAQLLKEVATKTNDVAGDGTTTATVLAYSMVREGLKAVAAGMTPLELKRGMDKAVAIAVDDIKQNSKGIKSNEEVAHVASVSANNDKEIGRILASAIEKVGNDGVIDVDEAQTMETVTEFVEGMQFDRGYISSYFVTDRDRMETVYENPYILIYDKSISTMKD-LLPLLEKIAQTGRPLLIIAEDVEGEALATLVVNSLRGTLKTCAVKAPGFGDRRKEMLEDIAILSGGQVISEDLGLKLESIALLGQAKSVKVDKENTTIIDGSGIKDRIEQIKKQIEASTSDYDSEKLKERLAKLSGGVAVIKIGAVTEVEMKEKKHRVEDALNATRAAIEEGIVAGGGLALIQAAAALEKADLEAVGFKIVRRALEEPIRQISENAGIDGAVVAEKAK-EKIGFDASKMEWVDMIKVGIIDPAKVTRSALQNAASVSGLLLTTECAIAAIGQ
		Thermus_thermophilus            AKILVFDEAARRALERGVNAVANAVKVTLGPRGRNVVLEKKFGSPTITKDGVTVAKEVELEDHLENIGAQLLKEVASKTNDVAGDGTTTATVLAQAIVREGLKNVAAGANPLALKRGIEKAVEAAVEKIKALAIPVEDRKAIEEVATISAN-DPEVGKLIADAMEKVGKEGIITVEESKSLETELKFVEGYQFDKGYISPYFVTNPETMEAVLEDAFILIVEKKVSNVRE-LLPILEQVAQTGKPLLIIAEDVEGEALATLVVNKLRGTLSVAAVKAPGFGDRRKEMLKDIAAVTGGTVISEELGFKLENLSMLGRAERVRITKDETTIVGGKGIEARINGIKKELETTDSEYAREKLQERLAKLAGGVAVIRVGAATETELKEKKHRFEDALNATRAAVEEGIVPGGGVTLLRAISAVEELIKEATGAKIVRRALEEPARQIAENAGYEGSVIVQQILAETYGFNAATGEFVDMVEAGIVDPAKVTRSALQNAASIGALILTTEAVVAEKPE
		Rhodobacter_sphaeroides         AKDVKFDTDARDRMLRGVNILADAVKVTLGPKGRNVVIDKSFGAPRITKDGVSVAKEIELSDKFENMGAQMVKEVASRTNDEAGDGTTTATVLAQAIIKEGLKAVAAGMNPMDLKRGIDLATSKVVEAIKAAARPVNDSHEVAQVGTISANGEAQIGRFIADAMQKVGNEGVITVEENKGLETEVEVVEGMQFDRGYLSPYFVTNADKMTAELDDVYILLHEKKLSSLQP-MVPLLEAVIQSQKPLLIIAEDVEGEALATLVVNKLRGGLKIAAVKAPGFGDRRKAMLQDIAILTGGQVISEDLGMKLENIDMLGRAKKISINKDNTTIVDGNGIDARVAQIRNQIEETSSDYDREKLQERVAKLAGGVAVIRVGGMTEVEVKERKDRVDDALNATRAAVQEGIVVGGGVALIQGGKALDGLTGQNAGITIVRRALEAPLRQIAQNAGVDGSVVAGKVRESNFGFNAQTEEYGDMFKFGVIDPAKVVRTALEDAASVASLLITTEAMIADKPE
		Bartonella_bacilliformis        AKEVKFGRDARERLLRGVDILADAVKVTLGPKGRNVVIDKSFGAPRITKDGVSVAKEIELENKFENMGAQMLREVASKTNDIAGDGTTTATVLGQAIVQEGVKAVAASMNPMDLKRGIDAAVEAVVADLFKKAKKIQTSEEIAQVATISANGAEDIGKMIADAMEKVGNEGVITVEEAKTAETELEVVEGMQFDRGYLSPYFVTNSEKMMVDLDDPYILIHEKKLSNLQS-LLPVLEAVAQSGKPLLIIAEDVEGEALATLVVNKLRGGLKIAAVKAPGFGDRRKAMLEDIAVLTSGQVISEDVGIKLENLEMLGRAKKVHVSKETTTIVDGAGINARVSQIKAQIEETTSDYDREKLQERLAKLAGGVAVIRVGGSTEVEVKEKKDRVDDALNATRAAVEEGIVPGGGTPLLRAAKALS-IKGQEAGIGIIRRALQAPARQIAHNAGEEAAVIVGKVLENCFGYNTATAQFRDLISFGIVDPVKVVRSALQNAASIASLLITTEAMVAEVPK
		Bradyrhizobium_japonicum        AKEVKFGVDARDRMLRGVDILHNAVKVTLGPKGRNVVLDKSFGAPRITKDGVTVAKEIELEDKFENMGAQMVREVASKSADAAGDGTTTATVLAAAIVREGAKSVAAGMNPMDLKRGIDMAVEAVVADLVKNSKKVTSNEEIAQVGTISANGDAEIGKFISDAMKKVGNEGVITVEEAKSLETELEVVEGMQFDRGYISPYFVTNADKMRVEMDDAYVLINEKKLSQLNE-LLPLLEAVVQSGKPLVIIAEDVEGEALATLVVNRLRGGLKVAAVKAPGFGDRRKAMLQDIAILTGGQAISEDLGIKLENLNMLGRAKKVMIDKENTTIVSGAGIEARVAQIKAQIEETTSDYDREKLQERLAKLAGGVAVIRVGGATEVEVKERKDRVDDAMHATRAAVEEGILPGGGVALLRASEHLKGIRTQKTGVEIVRKALSYPARQIAINAGEDGSVIVGKILEKDYGYDSQTGEYGNLVSKGIIDPTKVVRVAIQNAASVAALLITTEAMVAEVPK
		Rhizobium_meliloti              AKEVKFGRSGREKMLRGVDILADAVKVTLGPKGRNVVIDKSFGAPRITKDGVSVAKEIELEDKFENMGAQMVREVASKTNDIAGDGTTTATVLAQAIVREGAKAVAAGMNPMDLKRGIDLAVAEVVKDLLAKAKKINTSDEVAQVGTISANGEKQIGLDIAEAMQKVGNEGVITVEEAKTAETELEVVEGMQFDRGYLSPYFVTNPEKMVADLEDAFILLHEKKLSNLQA-MLPVLEAVVQTGKPLLIIAEDVEGEALATLVVNKLRGGLKIAAVKAPGFGDRRKAMLEDIAILTGGTVISEDLGIKLESLDMLGRAKKVSITKENTTIVDGAGIEGRVAQIKAQIEETTSDYDREKLQERLAKLAGGVAVIRVGGATEVEVKEKKDRIDDALNATRAAVQEGIVPGGGVALLRSSVKIT-VKGQDAGVNIVRRALQSPARQIVENAGDEASIVVGKILEKNFGYNAQTGEYGDMIAMGIIDPVKVVRTALQDAASVASLLITTEAMIAELPK
		Caulobacter_crescentus          AKDVYFSSDARDKMLRGVNILANAVKVTLGPKGRNVVIEKSFAAPRTTKDGVSVAKEIELADKFENLGAQMIREVASKTNDKAGDGTTTATVLAQAIVQEGLKSVAAGMNPMDLKRGIDKAVAIAIEDIKTSSKKVTTNAEIAQVGTISANGDKEVG-EIAKAMDKVGNEGVITVEEAKTAETELDVVEGMQFDRGYLSPYFITNADKMEVQLEEPLILLSRKKLSSLQP--LPVLEAVVQSGRPLLIIAEDVEGEALATLVVNKLRGGLRVAAVKAPGFGDRRKAMLEDIAILTGAQVVSEDIGIKLENLEMLGRAKKVSITKDDTTIVDGVGIEARIAQIKRQIEDTTSDYDKEKLQERLAKLAGGVAVIRVGGSTEVEVKEKKDRVDDALNATRAAADEGIVPGGGTALLKASKASA-VVGQTAGIAIVRRALQAPIRQIAENAGVEGSIVVGKILENDFGFNAQTEQYVDLVVDGVIDPAKVVRTALQNAASVAGLLITTEAAIVVSPQ
		Plasmodium_falciparum           SKDIRFGSDARTAMLTGCNKLADAVSVTLGPKGRNVIIEQSFGSPKITKDGVTVAKSIEFNNKLANLGAQMVKQVAANTNGKAGDGTTTATILARSIFQQGCKAVDSGMNPMDLLRGINKGVEKVLEYLNSIKKDVTTTEEIFNVASISN-GDKNIGQLIADTMKKVGKEGTITVTEGKTLQHELEIVEGIKFDRGYISPYFINN--SQKVELDKPYILIHEKKISTVKS-LLPVLEHVLQNQSSLLVIAEDVDSDALATLIVNKLRLGLKICAVKAPGFGEHRKALIHDIAVMTGAKVITEETGLKLDDVSYLGKAKSINVTKDSTLIMEGEGINERCESIRNAIKMNTSDYEKEKLQERLAKITGGVALIKVGGISEVEVNEIKDRIQDALCATKAAVEEGIVPGGGSALLFASKELDSVQTQRVGVNIIKDACKAPIKQIAENAGHEGSVVAGNILKDKIGFNAQEGKYVDMIESGIIDPTKVVKTAISDAASIASLMTTTEVAIVDFKD
		Trypanosoma_brucei              AKDIRFGTEARQSMLKGVQRAVEAVATTLGPKGRNVIIEQSYGAPKITKDGVTVAKSIEFKDPFENMGAQLVRQVCNKTNDLAGDGTTTSAVLVASIFSEGIKSIATGTNPIDMKRGMDRAVEVILKNIESQSRTVTNTENVVQVATISANGDVELGKLIGEAMEKVGKDGVITTQDGKTLTTELEVVEGMSVDRGYISPYFVTDAKTQKAELEDAFVLVSAKKLNNIHT-ILPVLNHVVRSGRPLLIIADDVESEALTTMIFNKLQGKLKIACVKAPGFGDNKAAMLQDIAIFSGACVVGEESGVELDAASILGSVKKATITKDDTVLLNGGGMKERVDLVRGLIERETSDYNREKLQERLAKLSGGVAVIRVGGASEVEVNEKKDRITDALCSTRAAVQEGIVPGGGPALLRASKALDGLLQQRTGVQIIRNAVRLPAHRIVANAGREGAVVVEKVLENTVGYDAQLDRYVNMFEAGIIDPARVVRVALTDAASVASLMMTAEAAVVDLPK
		Euglena_gracilis                GKDILFGVDARVKMLAGVNRLSQAVSVTLGPKGRNVVIEQPFGAPKITKDGVTVAKAIEFKDSFENLGAQLVRQVANTTNEIAGDGTTTSTVLANTIFSEGYKAVTQGTSPVDMKRGIDRAVEVVLQSLTEQSKTIVSKEEVTQVATISANGDVEIGQLIGHAMEKVGKAGVITVSDGKTLDTELEVVEGMSLDRGYISPYFVTNAKTQKVEIEDAFILLCQKKVSTIQQ-ILPVLEHIAKANRPLVIIADDVDSEALATLIINKINGKLKVCAVKAPGFGDNKTNMLHDVAIFTGGEVYNEELGMNLEQHRILGFAKKVSVGKDQTIILNGAGVEERKELIQGMLGKTDSSYEKEKLNERLAKLSGGVAVIKVGGASDVEVGEKKDRVTDALNATRAAVSEGIVPGGGAALLYASSALAELAAQKTGVRIVMSAIKLPAITIVKNAGGEGAVVIHQLLAEKQGYDAQQGKYVNMFEAGIIDPAKVVKTALVDAASVAGLMITTEAAITDIPA
		Dictyostelium_discoideum        GKDIKFGAECRALMLRGVEQLAAAVEVTLGPKGRNVILDQPFGQPKITKDGVTVAKHIEFADRHINLGAQLVKGVASSQNDQSGDGTTTATILTRAIFAEGCKAVAAGMNPMDLWRGINSAVEKVVGELKTISRPISSTEEISQVATISANGDKVIGNLIANAMEKIGKEGVITVQDGKTLKDELEIIEGMKFDQGFISRYFINDAKEQKCEFDDPVILVVDGKISNVQQ-LVPILELVHSKHKKLVIIADNIEGDALSALIFNKMRG-LQVCAVKAPGFGDLKRVNLQDIGVISGAQVISEELGVRLEDITMLGSAKKITIDSDSTIILDGAGIQERVELIRESLTRTTSDYDKTQLETRLAKIGGGVAVIRVGGASEVEVGEKKDRITDALNATKAAVEEGIVPGGGTALLYSTLALKKIKMQTIGVKIVRDALLIPCKTIANNAGVEGSVVIGRLLSKRYGYNAQKGVYENMIQAGIIDPTKVVRTALIDAASVASLMTTTEAMVVEIKK
		Drosophila_melanogaster         AKDVRFGPEVRAMMLQGVDVLADAVAVTMGPKGRNVIIEQSVGLAKITKDGVTVAKSIELKDKFQNIGAKLVQDLANNTNEEAGDGTTTATFLARAIAKEGFEKISKGGNPVEIRRGVMLAVETVKDNLKTMSRPVSTPEEIAQVATISANGDREIGNSVSEAMKKVGRDGVITVKDGKTLTDELEVIEGMRFDRGYISPYFINSSKGAKVEFQDALLLLSEKKISSVAEHHSPLWRLASRRRKPLVIIAEDIDGEALSTLVVNRLKIGLQVAAVKAPGFGDNRKSTLTDMAT-SGGIVFGDDSLVKLEDVSDLGQVGEVVITKDDTLLLKGKGVLRRANQIRTKIEDTTSEYEKEKLQERLARLASGVA-LRVGGSSEVEVNEKKDRVHDALNATRAAVEEGIVPGGGRPLLRCIEKLEGVETQKLGVEIVRRALRMPCMTIAKNAGVDGAMVVAKVENQAYGYDAKG-EYGNLIEKGIIDPTKVVRTAITDASGVASLLTTAEAVVTEIPK
		Homo_sapiens                    AKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGRTVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLARSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDKEIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEFQDAYVLLSEKKISSIQS-IVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQVVAVKAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEELTLNLEDPHDLGKVGEVIVTKDDAMLLKGKGIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDRVTDALNATRAAVEEGIVLGGGCALLRCIPALDSLTPQKIGIEIIKRTLKIPAMTIAKNAGVEGSLIVEKIMQSSVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDAAGVASLLTTAEVVVTEIPK
		Saccharomyces_cerevisiae        HKELKFGVEGRASLLKGVETLAEAVAATLGPKGRNVLIEQPFGPPKITKDGVTVAKSIVLKDKFENMGAKLLQEVASKTNEAAGDGTTSATVLGRAIFTESVKNVAAGCNPMDLRRGSQVAVEKVIEFLSANKKEITTSEEIAQVATISANGDSHVGKLLASAMEKVGKEGVITIREGRTLEDELEVTEGMRFDRGFISPYFITDPKSSKVEFEKPLLLLSEKKISSIQD-ILPALEISNQSRRPLLIIAEDVDGEALAACILNKLRGQVKVCAVKAPGFGDNRKNTIGDIAVLTGGTVFTEELDLKPEQIENLGSCDSITVTKEDTVILNGSGIQERIEQIKGSIDITTTSYEKEKLQERLAKLSGGVAVIRVGGASEVEVGEKKDRYDDALNATRAAVEEGILPGGGTALVKASRVLDEVVVQKLGVDIIRKAITRPAKQIIENAGEEGSVIIGKLIDEYKGYDASKSEYTDMLATGIIDPFKVVRSGLVDASGVASLLATTEVAIVDAPE
		Schizosaccharomyces_pombe       AKDLKFGVDARASLLTGVDTLARAVSVTLGPKGRNVLIDQPFGSPKITKDGVTVARSVSLKDKFENLGARLVQDVASKTNEVAGDGTTTATVLTRAIFSETVRNVAAGCNPMDLRRGIQLAVDNVVEFLQANKRDITTSEEISQVATISANGDTHIGELLAKAMERVGKEGVITVKEGRTISDELEVTEGMKFDRGYISPYFITDVKSQKVEFENPLILLSEKKVSAVQD-ILPSLELAAQQRRPLVIIAEDVDGEALAACILNKLRGQLQVVAIKAPGFGDNRRNMLGDLAVLTDSAVFNDEIDVSIEKPHHLGSCGSVTVTKEDTIIMKGAGVNDRCEQIRGVMADPNLEYEKEKLQERLAKLSGGIAVIKVGGSSEVEVNEKKDRIVDALNAVKAAVSEGVLPGAGTSFVKASLRLGDIPTQKLGVEIVRKAITRPAQTILENAGLEGNLIVGKLKELYIGYDIAKDRFVDLNEIGVLDPLKVVRTGLVDASGVASLMGTTECAIVDAPE
		Arabidopsis_thaliana            AKEIKFGVEARALMLKGVEDLADAVKVTMGPKGRNVVIEQSWGAPKVTKDGVTVAKSIEFKDKIKNVGASLVKQVANATNDVAGDGTTCATVLTRAIFAEGCKSVAAGMNAMDLRRGISMAVDAVVTNLKSKARMISTSEEIAQVGTISANGEREIGELIAKAMEKVGKEGVITIQDGKTLFNELEVVEGMKLDRGYTSPYFITNQKTQKCELDDPLILIHEKKISSINS-IVKVLELALKRQRPLLIVSEDVESDALATLILNKLRAGIKVCAIKAPGFGENRKANLQDLAALTGGEVITDELGMNLEKLSMLGTCKKVTVSKDDTVILDGAGIEERCEQIRSAIELSTSDYDKEKLQERLAKLSGGVAVLKIGGASEAEVGEKKDRVTDALNATKAAVEEGILPGGGVALLYAARELEKLPTQKIGVQIIQNALKTPVYTIASNAGVEGAVIVGKLLEQDLGYDAAKGEYVDMVKAGIIDPLKVIRTALVDAASVSSLLTTTEAVVVDLPK
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;