#NEXUS
[written Thu Nov 11 17:21:48 CET 2010 by Mesquite  version 2.74 (build 550) at AG-Hausdorf-5/134.100.201.176]

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=36;
	TAXLABELS
		Acropora_millepora Alcyonidium_diaphanum Apis_mellifera Aplysia_californica Arenicola_marina Argopecten_irradians Ascaris_suum Barentsia_elongata Bugula_neritina Capitella_sp. Cerebratulus_lacteus Crassostrea_gigas Daphnia_pulex Euprymna_scolopes Flaccisagitta_enflata Flustra_foliacea Homarus_americanus Homo_sapiens Hypsibius_dujardini Idiosepius_paradoxus Lineus_viridis Lumbricus_rubellus Nematostella_vectensis Novocrania_anomala Pedicellina_cernua Philodina_roseola Phoronis_muelleri Phoronis_ijimai Priapulus_caudatus Sipunculus_nudus Spadella_cephaloptera Strongylocentrotus_purpuratus Takifugu_rubripes Terebratalia_transversa Tubulipora_sp. Xiphinema_index 
	;

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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
	DIMENSIONS  NCHAR=11544;
	FORMAT DATATYPE = Protein GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	Acropora_millepora             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	Alcyonidium_diaphanum          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	Aplysia_californica            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	Arenicola_marina               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	Bugula_neritina                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	Daphnia_pulex                  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	Euprymna_scolopes              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	Hypsibius_dujardini            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	Idiosepius_paradoxus           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	Nematostella_vectensis         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	Philodina_roseola              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	Phoronis_ijimai                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	Priapulus_caudatus             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	Spadella_cephaloptera          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	Strongylocentrotus_purpuratus  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VINYNHLLPTRYINFD--TVNKDCFRDPALKKKARREAKAKLEERYKTGKNRWFFQKLRFRNFHLRKNCPTINLDKVWSLVSEQTRVNYIDVVRAGYHKVLGKGPVIVKAKFFSQSAEKKIKEVGGACVLVA-SRDIQWAVIRKTSCFLRKFSKEPNNLKGINSFRHNGLIHKRVVGVEPAPDGKGVVLVTKPAKAMVRIPLTKGGRPTMTSIYKSGLMKAAQRPASQILRSQKPVSVKRMAKSKNHTNHNQNKKDHRNGIKKPRRVRYPSLKGVDPKLLRNMHFSRKHNK?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????KEKSAASEVVTREYTINLHKRIHGIGFKKRAPRAIKEIRKFAACQMGTPDVRVDTRVNKHIWSQGVKNVPFRVRVRLSRRRNEDEDSPHKLYTLVTFVPVPRFKGLTTVNVDSVTPINKKIVKKRRKPFLRHHFDRYDKLKATWRRPRGIDNRCRRRFKGTRLMPKVGYGSNKKTRHMLPNGFRKFLIHNVKDLDILLMQNRRFCGEISHSVSAKKRKSIVERANQLNIRLTNGSARLRTEENE?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MARVKCHELRGKKREELLKQLDELRQELASLRVAKVTGSKLSKIRVVRKSIARILIVINQTTKENLRKFYKGKKRLPLDLRYKKTRAIRRALTKHELSLKTDKQKKKERCFPARKYTVKAGRLYVKAIFTGYRRNQREHTSLLRIDGVFNKNDAFYLGKRCCYVYKAPHKTKCPGTRVRAIWGKVTRSHGNTGAVRAKFHRNLPAKAMGRRIRVMLYPSRI???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MVNVPKSRRTFCAG-KCRKHTVHKVSQYKKGKESTHAQGRRRYDRKQRGFGGQSKPIFRKKAKTTKKIVLRMECSECKHKKQLALKRCKHFELGGQKKTRGQMIQF--KGTSSFGKRHNKTHTMCRRCGRSSYHIQKHQCSACGYPSKRIRKYNWSVKAIRRKTTGTGRMRHMKIVHRRFRNGFREGTVAKSR???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MGAHKTFRIKQKLAKFQKKNRPVPQWVRMRTDNKIRYNAKRRHWRRTKLKLIIEPSLRLLASKYNCEKMICRKCYARLPPRATNCRKKKCGHSNNLRPTKKLKMPREDKATWKSNYFLKLINFLEEYPKCFIVGVDNVGSKQMQEIRIALRGKGEVLMGKNTMIRKAIRGHLQKNAALEKLLPHIVGNVGFVFTKDDLGEVREAITSKKVAAPAKAGSIAPVDVLLPAQNTGLGPEKTSFFQALSIPTKIAKGTIEILSDVNLIKAGDKVGASEAALLNMLSIFPFSYGLIIEQVYDSGTVFNPSVLDMTTEDLRAKFVQGVQNLASVCLAINYPTLASVGHTFVNGLKNLMAIAAESDVTFKEALKDPSKFAAA--------------------------------------------------------------PSAAG-AASAAAPAAEESDDDMGFGLFDMRYVAAYLLAQLGGNNEPSLADVKKILGSVGIDAEDDKAKKVIESLKGKNVEELIEGKTKLASVPSAAGVAASAAAPAAAGGAAPAQEKKEEKKKEEKEESDDDMGFGLFD---------------GRGGKEWVPVTKLGRLVKEGKIKKLEEIYLYSLPIKEFEIIDFFLLKDEVLKIMPVQKQTRAGQRTRFKAFVAIGDYNGHVGLGVKCSKEVATAIRGAIIAAKLSVVPVRRGYWGNKIGKPHTVPCKVTGKCGSVLVRLIPAPRGTGIVSAPVPKKLLQMAGIDDCYTSATGSTATLGNFAKATYAAIARTYSYLTPDLWKEMPLEKTPYQQHADFLAKQQ-------------------------RELAEDGYS?VEVRKTPTRTEVIIIATRTQNVLGEKGRRIRELTSLVQKRFGFDEGTVELYAEKVGNRGLCAVAQCESLRYKLIGGLAVRRACYGVLRFIMESQAKGCEVIVSGKLRGQRAKAMKFVDGLMIHSGEPTNEYLQKAVRHVQLRQGVLGIKVKIMLPHDPKGAIGPKNPLPHNVQIVEPKDEQPPPYSEHKDLKMAVGKNKRLSKAGKKGGKKKIVDPFSRKEWYVIKAPSMFKNREVGHTIVNRTQGTKIASEGLKGRVFEVSLGDLEASFRKFRLVCEDVQGKYCLTNFHGMNFTRDKLCSLVKKWQSLIEAHVDVKTNDGFLLRMFCIGFTKKHPDQQRKTSYAQHSQIRQIRTKMIEIMSREVAASDLREVVNKLIPDSIGGDIAKACQGIYPLHDVYVRKVKVLKNPKFEIGRLMELHGKQDPGMKIDRPEGYEPPTFESVMVRGPRKHLKRLNAPKHWMLDKLSGAFAPRPSSGPHKLRECLPLALFLRNRLKYALTYDESKRIMKQRLIKVDGKVRTEVTYPAGIMDVISVEKTGENFRLVYDTKGRYAIHRIAPEEAKYKLCKVNKTKGVPFLVTHDGRTIRYPDPSIKAHDSIVLDIATSKITDYIKFDSGNQCMVTGGHNVGRIGLVTHRERHPGGFDIVHVKDSAGSTFATRLNNIFIIGKGYISLPRGKGVRLTVAEERDRRLQAKEMPEIRLFGKWQLDAIDVGDMSLADYIAVKEKHAKYVPHSAGRYQVKRFRKAQCPIVERLVCSLMMHGRNNGKKLLAMRIVKHAFEIIHLLTGENPVQVLVNAIINSGPREDSTRIGRAGTVRRQAVDVSPLRRVNQATWLLCTGAREAAFRNIKTIAECLSDELINAAKGSSNSYAIKKKDELERVAKSNR--LNIAYPATGCQKVFDFEDEKKVRIFYDKRISQEVDASSLGDEWKGYIFRISGGNDKQGFPMKQGVLTNQRVRLLLGKGHSCYRPRRTGERKRKSVRGCIVDNLSVLSLVIVKKGEQDIPGLTDTTVPRRLGPKRASKIRKLFNLTKEDDVRQYVVRRPIQKAPKIQRLVTPLVLQRKRHRLSLKKRRAVKRREDAAEYAKLLAQRAKEKAQEKLARSSASRSSMSAPTSKLIKPGEKTSDIEQHVSQALIELENADIKTQLRELYFVGAKEIEVKIVVVFVPVPQLKGYQKIQPRLVRELEKKFSGKHVVFIAKRRILPKPKRGKQKRPRSRTLTAVHDAIMADLVYPAEIVGKRVRVKLDGSRLIKVHLDKTQQTNVEHKVDTFSGVYKHLTGKDVVFEFPDMGISRDHWHKRRKTGGKRKPMHKKRKYELGRPPANTKRIHVIRVRGGNSKFRALRLDTGNFSWGSESRKTRIIDVVYNASNNELVRTKTLVKGAIAVIDGTPFRQWYEAHYALPLAKRSKKKKYSDRQKGKVEPGLEDQFQGGRLLASISSRPGQVGRCDGYILEGKELEFYQRKIKAKK---KVYTTPRRPFEKERLDQELKLIGEYGLRNKREVWRVKYTLAHIRKLARELLTLEEKDPRRLFEGNALLRRLVRIGVLSEDRMKLDFVLGLRVEDFLERRLQTQVFKKGLAKSIHHARVMILQRHIRVRRQLVNVPSFIVRLDSEKHIDLSVKSPYGAGRPGRVKRKNMKKATGMLMPKKDRVAIYEYVFKEGVCVAKKDYRIPVLNLHVIKAMQSLVSRGYAKEQFAWKHYYWTLTSEGIAYLRDFLHLPAEIVPATLKRTDRDQYRRFGDKADAGPGQTERAFQKQPNVFLNRKKPLRWIRNIGLGFKTPRAAIEGTYIDKKCPFTGNVSIRGRILSGVVVKTKMQKTIVIRRDYLHFVKKYNRFEKRHKNMSVHLSPCFRDVKVGDVVTVGECRPLSKTVRFNVLKVSKKKGFEKFEAMDVQTALQIVLKQALIADGLSRGIREAAKALDKRQAHLCVLAENCDEPLYVKLVEALCASHQIPLIKVKDKKTLGEWVGLCKIDREGKPRKVVPCSSVAVTDYGSEVPAHDVLRQYFDMGRMHNPGKGISQSALPYRRSVPTWLKMTPEDVKEQIYKLAKKGLRPSQIGVILRDSHGVAQVRWVTGNKILRILKAKGLAAEIPEDLYHLIKKAVNMRKHLERSRKDKDSKFRLILVEARIHRLARYYKTKRMLPPTWKYESSTASALVSEQPVVSLAPPIAEGEVRFGVAHIFASFNDTFVHITDLSGRETICKVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVTERCKQLGITALHIKLRATGGTRTKTPGPGAQSALRALARAGMKIGRIEDVTPVPTDSTRRKGGRRGRRLELKKKRTFRKFTYRGVDLDQLLDMNHEQLMKLLARQRRKLARGLKRKYQSLLKRLRKAKPHLEKPACVKTHIVLPEMVGSVGIYNGKQFNQVEVKPEMIGHYLAEFSISYKPVKHGRPGIGATHSSRFIPLK--RMDVLADALRSISNAEKRGKRQVLIRPSSKVIIRFLTVMMKHGYIGEFEVVDDHRNGNIVVNLTGRIKKCGVTRQGFDVGKQRLEK------------------------------------------KAPIESVQVFGRKKTATAVARGHGLIKVNGRPLELIEPEILRFKLQEPLLILGKDKFSGVDIRVRVNGGGHVAQIYAIRQSISKAIVAFYQKYVDEASKKELKDLLTQYDRSLLVADPRRCEPKKFGGPGARSRYQKSYR-GRVRTKTVKKAARVIIEKYYTKLTLDFDTNKRICEEIAIIPSKKLRDKIAGFVTHLMKRIQKAPVRGISIK?QEEERERRDNYVPEISVIDIEVDQEAKEMLDQMEIGIHNMQVTPTFQHILRVMNTNIDGRKVPFAMTAIKGVGRRYAHVVCKKAGVDGTKRAGEMSDDEVEKLITVMSNPRQYKIPDWFLNRQKDIKDGKYSQVMSNILDSKIREDLERLKKIRAHRGLRHFWGLRVRGQHTKTTGRRGRTVGVSKKK--SVKDVEQHDFVRQVASFLKKTNKVKVPWADLVKLAKFKELAPTDPDWYF?RTASIARHLYFRSPAGVGAFTKVYGGRQRKGTRPSHFCRGSSSVARKALQTLEAIKWVEKGARQLSKQGRKDLDRIASQ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MQNEQGEFVDMYVPRKCSASNRIISAKDHASVQIDLVDIDTGRMTGNVKRYAICGAIRLMGESDDCINRLAKRDGIIPKNFMGKPKGIKTARKLKLHRQAQRWHDKDYKKAHLGTRWKANPFGGASHAKGIVLEKVGVEAKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPRDGCLNFIEENDEVLVAGFGRKGHAVGDIPGVRFKVVKVANVALWALYKGKKERPRSTLRTRKAMTNRLLCRKQMVVDILHPNKASVSKAEIGEKLAKMYKSTADLVVCFGFKTHFGGGRSTGFALIYDSMDYMKKFEPKYRLARKGLFKRRLGRKQRKERKNRMKKVRGTAKAKVG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MTKKRRNGGRSKKGRGHVNPIRCTNCGRCTPKDKAIKKYVVRNIVEAAAVRDISDASVYYALPKLYFKLHYCVSCAIHSKVVRNRSREARKDRTPPPRFMPMPLARDLLHPDPVHERRKCKLKRLVQHPNSFFMDVKCPGCFKITTVFSHAQTVVVCVGCNTVLCQPTGGKARLTEGCSFRKKQY-KKRKKKTYTTPKKNKHKRKKVKLAVLKYYKVDENGKITRLRKECTSESCGAGVFMAAHFDRYYCGKCYMTWVYSEPQQLAKVTKILGRTGSQGQCTQVRVEFLDDSIIRNVKGPVREGDISTLLESEREARRLRMGHANIHWSHPRKYGPGSRSCRVCFSHHGLIRKYGLFLCRRCFREYAADIGFKKLD????????????????????????????????????????????????????????????-------MQLRQEDVVKFLVCQTHVGARNVDFRMEQYVYKRKDGIYIVNLKKTWEKLLLAARAIAAIENPADVCVISARPYGQRAILKFASHIGATPVAGRFTPGTFTNQIQKAFREPRLLVVCDPRTDHQAITEASYVNIPVIAFCNTDSPLKLVDIAIPGNNKGIKSVGLLWWMLAREILIIRGQNTRDMGFIMVDLYFYRDPEEVEKEEQLE

;


END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  11544;

END;

BEGIN TREES;
	Title Imported_trees;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Acropora_millepora,
		2 Alcyonidium_diaphanum,
		3 Apis_mellifera,
		4 Aplysia_californica,
		5 Arenicola_marina,
		6 Argopecten_irradians,
		7 Ascaris_suum,
		8 Barentsia_elongata,
		9 Bugula_neritina,
		10 Capitella_sp.,
		11 Cerebratulus_lacteus,
		12 Crassostrea_gigas,
		13 Daphnia_pulex,
		14 Euprymna_scolopes,
		15 Flaccisagitta_enflata,
		16 Flustra_foliacea,
		17 Homarus_americanus,
		18 Homo_sapiens,
		19 Hypsibius_dujardini,
		20 Idiosepius_paradoxus,
		21 Lineus_viridis,
		22 Lumbricus_rubellus,
		23 Nematostella_vectensis,
		24 Novocrania_anomala,
		25 Pedicellina_cernua,
		26 Philodina_roseola,
		27 Phoronis_muelleri,
		28 Phoronis_ijimai,
		29 Priapulus_caudatus,
		30 Sipunculus_nudus,
		31 Spadella_cephaloptera,
		32 Strongylocentrotus_purpuratus,
		33 Takifugu_rubripes,
		34 Terebratalia_transversa,
		35 Tubulipora_sp.,
		36 Xiphinema_index;
	TREE Imported_tree_0 = ((1:0.183979,23:0.11343)1.00:0.17159,32:0.263275,((33:0.051123,18:0.032148)1.00:0.15496,((15:0.079212,31:0.036315)1.00:0.326236,((26:0.584538,(29:0.247551,(((7:0.345757,36:0.209279)1.00:0.138729,19:0.48943)0.99:0.025709,(17:0.281293,(13:0.206962,3:0.184731)1.00:0.043283)1.00:0.060316)1.00:0.020872)0.61:0.008429)0.77:0.008904,((8:0.06689,25:0.074154)1.00:0.203388,((((((35:0.278003,(2:0.60369,(9:0.0454,16:0.051547)1.00:0.061539)1.00:0.148898)1.00:0.072336,(28:0.064182,27:0.068946)1.00:0.091273)0.73:0.012375,(24:0.099724,34:0.117433)1.00:0.025153)0.73:0.010143,(11:0.030434,21:0.041676)1.00:0.127616)0.73:0.008803,(30:0.153003,(5:0.130962,(10:0.178825,22:0.200715)0.93:0.012294)1.00:0.025334)0.99:0.015108)0.70:0.005158,(((6:0.099575,12:0.096215)1.00:0.043823,4:0.186012)1.00:0.020871,(14:0.052644,20:0.012861)1.00:0.236101)1.00:0.02905)0.66:0.00803)1.00:0.027315)0.74:0.005854)1.00:0.039629)0.72:0.009177);

END;


BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  11544;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Mk1 (est.)':  1 -  11544;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1289492509234;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 3602110245688499851;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 6659386298400480149;
			mqVersion 274;
			checksumv 0 2 2804323448 null  getNumChars 11544 numChars 11544 getNumTaxa 36 numTaxa 36   short false   bits 1048575   states 1048575   sumSquaresStatesOnly 3.578212120865253E15 sumSquares 3.578212120865253E15   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 564;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1207 924;
			setLocation 8 8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #3602110245688499851 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #3602110245688499851;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 643 857;
					setLocation 8 8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;