#NEXUS
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BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=48;
	TAXLABELS
		Acropora_millepora Alcyonidium_diaphanum Anopheles_gambiae Apis_mellifera Aplysia_californica Arenicola_marina Argopecten_irradians Ascaris_suum Barentsia_elongata Bugula_neritina Capitella_sp. Cerebratulus_lacteus Ciona_intestinalis Crassostrea_gigas Cristatella_mucedo Daphnia_pulex Echinococcus_granulosus Euprymna_scolopes Eurythoe_complanata Flaccisagitta_enflata Flustra_foliacea Helobdella_robusta Homarus_americanus Homo_sapiens Hydra_magnipapillata Hypsibius_dujardini Idiosepius_paradoxus Ixodes_scapularis Lineus_viridis Lumbricus_rubellus Macrostomum_lagnano Nematostella_vectensis Novocrania_anomala Paraplanocera_sp. Pedicellina_cernua Philodina_roseola Phoronis_muelleri Phoronis_ijimai Pomphorhynchus_laevis Priapulus_caudatus Schistosoma_mansoni Sipunculus_nudus Spadella_cephaloptera Strongylocentrotus_purpuratus Takifugu_rubripes Terebratalia_transversa Tubulipora_sp. Xiphinema_index 
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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
	DIMENSIONS  NCHAR=7671;
	FORMAT DATATYPE = Protein GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	Acropora_millepora             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	Bugula_neritina                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	Ciona_intestinalis             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	Euprymna_scolopes              MSHRKFSAPRHGSKGFLPKKRSKRHRGKIKAFPKDDPKKPVHLTAFLGYKAGMTHILREVDRPGSKVNKKEVVECVSILECPPIMCVGIVGYIDTPRGPRAFKTIWAEHLGEECRRRFYKNWSSSKRKAFTKHKKKCQDEAGRKSIENDYKKIVRYCTSVRIIAHTQIRLLKKRQKKAHIAEIQLNGGTIADKVKWAREHLEKPIFIADVFQQDELIDIIGVTQGKGMKGVTSRWQYKNL-RGNAQGLRKVAAL------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------IPAIF-CPQSAQIFQFVMT?MMKNSRHPYCVSEYAGHQTSAESWGTGRAVARIPRVRGG?THRSGQGAFGNMCRGGRM?APTKTWRRWHRKINVNQRRYAMCSAVAASGVTALVESKGHRVQDVAEMPLVINDKVQEYKKTKEAVTLLRQLKAWNDIEKVYKSKRFRAGKGKMRNRRRIMRKGPLLVYEKDNGIVKAFRNIPGITTINVKHLNLRRIAPGGHVGRFIIWTESAFRKLDNIYGTWKQESKTGYNLPMPKMSNSDLTRI-----------------------------ELRAYSKTIGGEKNGETRKVRVSRFPRHLPTQVAKRKLFSQHKRRLRASIRPGTVLILVAGRHRGKRVVFLKQLTGLLLVTGPFALNGCPLRRVNQIYTIATKTRLKIKPVKIPSRINDDYFRRKSLKNEGELFAKEEYTLSNERKEDQLAVDKQILKVIKSLKGYLETMFALKNKMYPH-----------------------TLRKKKRMLMFTRAERYVKEFRIRLRRMARKGNFYVPDEPKVAFIMRIRGINGVHRRPRKLMQLFRLRQINNGVFIKVNKA?LHMLKICEPYVTWGYPNLKSVRELIYKRGYGKIDKKRIPLNDNGIICMEDLIHEIFTAGKHFKQASNFLWPFKLSTPRGGWVRKNHYNDGGDFGNREEKINGLLRKMVTPLFEKRPKTFGIRQDIHPKRDLTRFAKCPRYVRIQSQKAV?YQRLKVPPPINQFQGLDKQLATQLFKLLDKYKPETKQAKKARLRARAERRAPTKRPPVVRAGCNTVTTLIQQKKAQLVVIAHDVDPIELVLYLPALCRKMGVPYCIVKGKARLGRVVRRRTCSSLAITQVNPEDRANLNKLVESVKTNFNDRFEEIRRHWGGGILGAKSQARLTKLERVRAKEIAMGRVIRSQRKGAGSVFRAHTKHRKGAAKLRPIDFAERHGYIKGVVRDIIHDPGRGAPLARVSFRDPYRYKRKTETFVCAEGLYTGQFLYCGKKATLQVGNILPLGAMPEGTIICSVEEKTGDRGKLARASGNYATVISHNLETKKSRIKLPSGAKKIVSSTNRIIAGGGRMDKPLLKAGRAYYKYKAKKNCWPKVRGVAMNPVEHPHGGGNHQHIGKASTVRRDTSAGRKVGLIAARRTGMGRRPARCYRYCKNKPYPKSRFCRGVPDPKIRIFDLGRKKARVDEFPLCIHLVSDEFEQISSEALEAGRICANKYLVKHCGKDAFHLRIRLHPFHVRINKMLSCAGADRLQTGMRGAFGKPQGTVARVHIGQVIMSVRAKEMHETMIVEALRRAKFKFPGRQKIVISKKWGFTKWDRENYGPMRTAGTLIPDGVSVQYKPEHGPLKFWK------------------SRKRRFIESVELQM?FEDYDPQKDKRFSGTVKLKYIPRPKLRVCILGDQQHMDEAKLNQVPCMDADALKKLNKNKKLVKKLAKKYDAFLASDSLIKQIPRILGPGLNKAGKFPTPISHAESMTGKVEETKATIKFQMKKVLCLAVCVGHVKMSPDNLYSNISLAINFLVSLLKKNWQNVRALYIKSTMGPSQRIY------PTAVRTVYIRAAGGEV?CTSSSRPKNGPHGLSPKKVGDDNAKGTQDCKGLKITVKLTTQNRQAAVSVVPSAASLIIKALKEPARDRKKVKHIKHNGNLTFDDIISVARTMRRSMSKTLAGTCKEILGTAQSVGCTVDNQPPHDIIDLINEGEYEVPILIDARGHLLGRLATVVAKCLLQGQRVVIVRSEGINISGHFHRNKMKYLDYLKKRCNVNPARGPFHFRAPSKIFFRTVRGMLPHNNKRGKEALGRLKAFEGIPPPYNQRKRMIVPSALRIIRLKPGRKYCDLNRLAHEVGWKYQAVTATLEERRKAKSAVFAGRSKLKLALDRKAKELVADKIKKQQKVIEQYGKFVEVGRVAYIVSGTYSGRLCAITDVIDQNKALVIGPLTGVPLRAINFKSLHLTRFNFRHSAKSQEVKTAWERKAISRRWAQTKWAKKIECRKKKAQMTDFDRYKLMRAKQSRNKIIRLQ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MARYASEAENLSKSAKARGSLLRVHFKNTRETAQAIKRMHLKRAVRYLKSVMERKEIVPFRRFCGGVGRHAQAKQWTQGRWPKKSAVFLLQLLKNAESNAEFKGLDTDHLVIEHIQVNQAPKMRRRTYRAHGRINPFMSSPCHIEVILTEKEVPVPKPRKKVSQKKLKKQKMMMRMRARGLKEYKVIGRELPTPPLFQMRIFASETCSAKSRFWYFASQLRKLKKTRGEIVCCHRIFERKPGTIKNYGIWLRYQSRSGIHNMYKEYRDLSAAGGVTQCYRDMGARHRARPSSIQIIRVETVVPKKCRRAYIKQFHDAKIKFPLPHRVLHNPRFTTRRPYTNFMTNTKGYRRGTRHMFARSFRRHGTIPLSTYMKVYKRGQIVDVKGNGAIQKGMPHKSYHGRTGRIYNVSQHAVGVIVNKRVKHRIIPKRINLRIEHVKPSKCQEDFFKRISECQKLKLKRKPPRKKHFVITKNKPIVLEPIPYEFVA-----RGGTAGGKFKISLGLPVGAVINCADNTGAKNLYVIAVSGIKGRLNRLPAAGCGDMLVATVKKGKPELRKKVMPAVVIRQRKPFRRKDGVFIYFEDNAGVIVNNKGEMKGSAITGPVAKECADLWPRIASNASSIAAKAKANRAKKAILKGVNTKRAKKIRTNVRFRRPRTFRQPRDPKYPRKSTCKRFDQFRIVKYPLTTESAMKKIEDNNTLVFIVDKKANKHQINQAVKKLYDIDAEKVNTLIRPDGEKKAYVKLVSDYDALDIANKIGIIMKIEVCSFSGYKIYPGHGKRMVKTDGKVMQFLNAKCERSMKRNPRKINWTVLYRRKHKKGEEVTKKRTRRTAKFQRAIAGATLSDIMAKRNQKPEVRKAQREQAIRAAKEKQKAKAAKKPMGKFMKSSKVVLVLSGRYAGRKAVIVKNYDDATQDRGYSHALVAGIDRYPRKVTKRMGKRKMKERSKLKTFVKVLNYNHLMPTRYVNLDKSCVNKDAFRDPALKRKARREVKGKLEEKYKTGKNRWFFQKLRF????????????????????????????????????????????????????????????????????????MSADLQWMIIRKNNSFLIKLSKEPNNLKGRHSFRFNGLIHKKTVGIEPCKDGKGIVFVTHPSATFNRVDMKKDPRRTLTAIYRRDLKMAAMRKASAVIRSQRPLVKKAMAKSKNHTNHNQNRKAHRNGIYRPKKHRFPSMTGVDRKYLRNLRFAKKHNK-----------ENINSRLALVMKS?KYVLGYKQALKTLRQGKAKLVIIANNSPPFR-------------------------------------------------------KSSMNEVITKECTIHLHKKVYGVKLKKKAPKAIKKIKMFAERMMRTKDVRIDTKLNKHIWSNGIRHVPFRIRVRLSRRRNEDEDSPNKLYTLVTHVPCVNFKGTQTMNVE----------LSYNTKSNR?EVSKTPGGKLVYLYVKKLGTTPKCGDCKRKLMGVTAARPIRWMSMSRRQKKVSRSYGGSRCHLCVRNRIVRAFLIEEQKIVVRVMKAKEGTKKGRLYAKAVFTGYKRNQYEHTALLKIDGVLDRKETFYLGKKCAYVYKAKRKTNVPGSHIRIIWGKVTRPHGNSGAVRAKFRKNLPARAIGRRIRVMLYPSRI???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????IIEPSLRMLASKYNCEKMICRKCYARLHPRATNCRKRKCGHSNNLRPKKKLK------LACVYAALILADDQVAVTADKLQTILKAANCNVEPYWPTLFARALDGVDIKLLTQVGSMTAPSVAAPAAAADESDDDMGFGLFD--------------------------------------------------------------SMTASPSVAAPAAA-ADAPAAAAAAEKVEEKKKEESDESDD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	Eurythoe_complanata            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	Hypsibius_dujardini            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	Philodina_roseola              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	Phoronis_ijimai                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	Pomphorhynchus_laevis          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	Schistosoma_mansoni            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	Strongylocentrotus_purpuratus  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	Xiphinema_index                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DMGFGLFD---------------GRGGKEWVPVTKLGRLVKEGKIKKLEEIYLYSLPIKEFEIIDFFLLKDEVLKIMPVQKQTRAGQRTRFKAFVAIGDYNGHVGLGVKCSKEVATAIRGAIIAAKLSVVPVRRGYWGNKIGKPHTVPCKVTGKCGSVLVRLIPAPRGTGIVSAPVPKKLLQMAGIDDCYTSATGSTATLGNFAKATYAAIARTYSYLTPDLWKEMPLEKTPYQQHADFLAKQQ--LNIAYPATGCQKVFDFEDEKKVRIFYDKRISQEVDASSLGDEWKGYIFRISGGNDKQGFPMKQGVLTNQRVRLLLGKGHSCYRPRRTGERKRKSVRGCIVDNLSVLSLVIVKKGEQDIPGLTDTTVPRRLGPKRASKIRKLFNLTKEDDVRQYVVRRPIQKAPKIQRLVTPLVLQRKRHRLSLKKRRAVKRREDAAEYAKLLAQRAKEKAQEKLARSSASRSSMSAPTSKLIKPGEKTSDIEQHVSQALIELENADIKTQLRELYFVGAKEIEVKIVVVFVPVPQLKGYQKIQPRLVRELEKKFSGKHVVFIAKRRILPKPKRGKQKRPRSRTLTAVHDAIMADLVYPAEIVGKRVRVKLDGSRLIKVHLDKTQQTNVEHKVDTFSGVYKHLTGKDVVFEFPDMGISRDHWHKRRKTGGKRKPMHKKRKYELGRPPANTKRIHVIRVRGGNSKFRALRLDTGNFSWGSESRKTRIIDVVYNASNNELVRTKTLVKGAIAVIDGTPFRQWYEAHYALPLAKRSKKKKYSDRQKGKVEPGLEDQFQGGRLLASISSRPGQVGRCDGYILEGKELEFYQRKIKAKK---KVYTTPRRPFEKERLDQELKLIGEYGLRNKREVWRVKYTLAHIRKLARELLTLEEKDPRRLFEGNALLRRLVRIGVLSEDRMKLDFVLGLRVEDFLERRLQTQVFKKGLAKSIHHARVMILQRHIRVRRQLVNVPSFIVRLDSEKHIDLSVKSPYGAGRPGRVKRKNMKKATGMLMPKKDRVAIYEYVFKEGVCVAKKDYRIPVLNLHVIKAMQSLVSRGYAKEQFAWKHYYWTLTSEGIAYLRDFLHLPAEIVPATLKRTDRDQYRRFGDKADAGPGQTERAFQKQPNVFLNRKKPLRWIRNIGLGFKTPRAAIEGTYIDKKCPFTGNVSIRGRILSGVVVKTKMQKTIVIRRDYLHFVKKYNRFEKRHKNMSVHLSPCFRDVKVGDVVTVGECRPLSKTVRFNVLKVSKKKGFEKFEAMDVQTALQIVLKQALIADGLSRGIREAAKALDKRQAHLCVLAENCDEPLYVKLVEALCASHQIPLIKVKDKKTLGEWVGLCKIDREGKPRKVVPCSSVAVTDYGSEVPAHDVLRQYFDMGRMHNPGKGISQSALPYRRSVPTWLKMTPEDVKEQIYKLAKKGLRPSQIGVILRDSHGVAQVRWVTGNKILRILKAKGLAAEIPEDLYHLIKKAVNMRKHLERSRKDKDSKFRLILVEARIHRLARYYKTKRMLPPTWKYESSTASALVS--RMDVLADALRSISNAEKRGKRQVLIRPSSKVIIRFLTVMMKHGYIGEFEVVDDHRNGNIVVNLTGRIKKCGVTRQGFDVGKQRLEK------------------------------------------KAPIESVQVFGRKKTATAVARGHGLIKVNGRPLELIEPEILRFKLQEPLLILGKDKFSGVDIRVRVNGGGHVAQIYAIRQSISKAIVAFYQKYVDEASKKELKDLLTQYDRSLLVADPRRCEPKKFGGPGARSRYQKSYR-GRVRTKTVKKAARVIIEKYYTKLTLDFDTNKRICEEIAIIPSKKLRDKIAGFVTHLMKRIQKAPVRGISIK?QEEERERRDNYVPEISVIDIEVDQEAKEMLDQMEIGIHNMQVTPTFQHILRVMNTNIDGRKVPFAMTAIKGVGRRYAHVVCKKAGVDGTKRAGEMSDDEVEKLITVMSNPRQYKIPDWFLNRQKDIKDGKYSQVMSNILDSKIREDLERLKKIRAHRGLRHFWGLRVRGQHTKTTGRRGRTVGVSKKKMGKPKGIKTARKLKLHRQAQRWHDKDYKKAHLGTRWKANPFGGASHAKGIVLEKVGVEAKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPRDGCLNFIEENDEVLVAGFGRKGHAVGDIPGVRFKVVKVANVALWALYKGKKERPRSTLRTRKAMTNRLLCRKQMVVDILHPNKASVSKAEIGEKLAKMYKSTADLVVCFGFKTHFGGGRSTGFALIYDSMDYMKKFEPKYRLARKGLFKRRLGRKQRKERKNRMKKVRGTAKAKVGMPLARDLLHPDPVHERRKCKLKRLVQHPNSFFMDVKCPGCFKITTVFSHAQTVVVCVGCNTVLCQPTGGKARLTEGCSFRKKQYQLAKVTKILGRTGSQGQCTQVRVEFLDDSIIRNVKGPVREGDISTLLESEREARRLR-------MQLRQEDVVKFLVCQTHVGARNVDFRMEQYVYKRKDGIYIVNLKKTWEKLLLAARAIAAIENPADVCVISARPYGQRAILKFASHIGATPVAGRFTPGTFTNQIQKAFREPRLLVVCDPRTDHQAITEASYVNIPVIAFCNTDSPLKLVDIAIPGNNKGIKSVGLLWWMLAREILIIRGQNTRDMGFIMVDLYFYRDPEEVEKEEQLE

;


END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  7671;

END;

BEGIN TREES;
	Title Imported_trees;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Acropora_millepora,
		2 Alcyonidium_diaphanum,
		3 Anopheles_gambiae,
		4 Apis_mellifera,
		5 Aplysia_californica,
		6 Arenicola_marina,
		7 Argopecten_irradians,
		8 Ascaris_suum,
		9 Barentsia_elongata,
		10 Bugula_neritina,
		11 Capitella_sp.,
		12 Cerebratulus_lacteus,
		13 Ciona_intestinalis,
		14 Crassostrea_gigas,
		15 Cristatella_mucedo,
		16 Daphnia_pulex,
		17 Echinococcus_granulosus,
		18 Euprymna_scolopes,
		19 Eurythoe_complanata,
		20 Flaccisagitta_enflata,
		21 Flustra_foliacea,
		22 Helobdella_robusta,
		23 Homarus_americanus,
		24 Homo_sapiens,
		25 Hydra_magnipapillata,
		26 Hypsibius_dujardini,
		27 Idiosepius_paradoxus,
		28 Ixodes_scapularis,
		29 Lineus_viridis,
		30 Lumbricus_rubellus,
		31 Macrostomum_lagnano,
		32 Nematostella_vectensis,
		33 Novocrania_anomala,
		34 Paraplanocera_sp.,
		35 Pedicellina_cernua,
		36 Philodina_roseola,
		37 Phoronis_muelleri,
		38 Phoronis_ijimai,
		39 Pomphorhynchus_laevis,
		40 Priapulus_caudatus,
		41 Schistosoma_mansoni,
		42 Sipunculus_nudus,
		43 Spadella_cephaloptera,
		44 Strongylocentrotus_purpuratus,
		45 Takifugu_rubripes,
		46 Terebratalia_transversa,
		47 Tubulipora_sp.,
		48 Xiphinema_index;
	TREE Imported_tree_0 = ((1:0.170827,32:0.118551)1.00:0.043458,25:0.394708,(44:0.240732,((13:0.279752,(45:0.049402,24:0.03453)1.00:0.113225)1.00:0.023904,((20:0.071986,43:0.041396)1.00:0.22882,(((36:0.326152,39:1.01817)1.00:0.153501,40:0.223165,(((8:0.316196,48:0.195257)1.00:0.108128,26:0.417829)0.91:0.01853,(28:0.209416,(23:0.250413,(16:0.202885,(4:0.110042,3:0.273844)1.00:0.067468)1.00:0.039421)1.00:0.035397)1.00:0.019072)0.95:0.017938)0.97:0.010653,(((31:0.39143,(34:0.236288,(41:0.186526,17:0.200266)1.00:0.28688)0.94:0.022186)1.00:0.107158,(9:0.065225,35:0.082096)1.00:0.13401)0.98:0.022953,((((15:0.167555,(47:0.248313,(2:0.521973,(10:0.041775,21:0.047923)1.00:0.063379)1.00:0.123391)0.88:0.014212)1.00:0.058965,(((38:0.060246,37:0.073358)1.00:0.056487,(33:0.100477,46:0.109323)0.99:0.016828)0.99:0.012903,(12:0.031891,29:0.041838)1.00:0.106489)0.99:0.009348)1.00:0.01013,((42:0.147401,19:0.097243)0.59:0.001668,(6:0.127093,(11:0.168796,(30:0.129896,22:0.112549)1.00:0.06379)0.87:0.009061)1.00:0.028643)1.00:0.014733)0.93:0.005145,(((7:0.098305,14:0.09577)1.00:0.042727,5:0.184958)1.00:0.019018,(18:0.034251,27:0.02403)1.00:0.184023)1.00:0.02581)1.00:0.012278)1.00:0.026492)0.86:0.006175)1.00:0.034559)0.97:0.009533)1.00:0.107613);

END;


BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  7671;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Mk1 (est.)':  1 -  7671;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1289561558551;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 5324687157009668639;
			tell It;
				setDefaultOrder  7 37 31 0 40 45 21 24 46 22 13 44 43 2 38 1 20 33 8 35 18 25 15 17 10 36 28 29 11 6 14 41 47 16 9 5 27 12 39 32 4 19 34 26 42 23 3 30;
				attachments ;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 2995577295002149172;
			mqVersion 274;
			checksumv 0 2 3428863937 null  getNumChars 7671 numChars 7671 getNumTaxa 48 numTaxa 48   short false   bits 1048575   states 1048575   sumSquaresStatesOnly 3.253919165531124E15 sumSquares 3.253919165531124E15   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 495;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 979 902;
			setLocation 8 8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #5324687157009668639 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #5324687157009668639;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 484 835;
					setLocation 8 8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.arrow;
					endTell;
					setActive;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;