#NEXUS
[written Thu Nov 11 17:06:29 CET 2010 by Mesquite  version 2.74 (build 550) at AG-Hausdorf-5/134.100.201.176]

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=42;
	TAXLABELS
		Acropora_millepora Alcyonidium_diaphanum Apis_mellifera Aplysia_californica Arenicola_marina Argopecten_irradians Ascaris_suum Barentsia_elongata Bugula_neritina Capitella_sp. Cerebratulus_lacteus Ciona_intestinalis Crassostrea_gigas Cristatella_mucedo Daphnia_pulex Euprymna_scolopes Eurythoe_complanata Flaccisagitta_enflata Flustra_foliacea Helobdella_robusta Homarus_americanus Homo_sapiens Hypsibius_dujardini Idiosepius_paradoxus Ixodes_scapularis Lineus_viridis Lumbricus_rubellus Nematostella_vectensis Novocrania_anomala Pedicellina_cernua Philodina_roseola Phoronis_muelleri Phoronis_ijimai Priapulus_caudatus Schistosoma_mansoni Sipunculus_nudus Spadella_cephaloptera Strongylocentrotus_purpuratus Takifugu_rubripes Terebratalia_transversa Tubulipora_sp. Xiphinema_index 
	;

END;


BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
	DIMENSIONS  NCHAR=11544;
	FORMAT DATATYPE = Protein GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	Acropora_millepora             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	Alcyonidium_diaphanum          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	Apis_mellifera                 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	Arenicola_marina               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	Bugula_neritina                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	Ciona_intestinalis             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	Daphnia_pulex                  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	Euprymna_scolopes              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	Flaccisagitta_enflata          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	Hypsibius_dujardini            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	Idiosepius_paradoxus           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	Nematostella_vectensis         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	Philodina_roseola              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	Phoronis_ijimai                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	Priapulus_caudatus             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	Strongylocentrotus_purpuratus  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VINYNHLLPTRYINFD--TVNKDCFRDPALKKKARREAKAKLEERYKTGKNRWFFQKLRFRNFHLRKNCPTINLDKVWSLVSEQTRVNYIDVVRAGYHKVLGKGPVIVKAKFFSQSAEKKIKEVGGACVLVA-SRDIQWAVIRKTSCFLRKFSKEPNNLKGINSFRHNGLIHKRVVGVEPAPDGKGVVLVTKPAKAMVRIPLTKGGRPTMTSIYKSGLMKAAQRPASQILRSQKPVSVKRMAKSKNHTNHNQNKKDHRNGIKKPRRVRYPSLKGVDPKLLRNMHFSRKHNK?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????KEKSAASEVVTREYTINLHKRIHGIGFKKRAPRAIKEIRKFAACQMGTPDVRVDTRVNKHIWSQGVKNVPFRVRVRLSRRRNEDEDSPHKLYTLVTFVPVPRFKGLTTVNVDSVTPINKKIVKKRRKPFLRHHFDRYDKLKATWRRPRGIDNRCRRRFKGTRLMPKVGYGSNKKTRHMLPNGFRKFLIHNVKDLDILLMQNRRFCGEISHSVSAKKRKSIVERANQLNIRLTNGSARLRTEENE?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MARVKCHELRGKKREELLKQLDELRQELASLRVAKVTGSKLSKIRVVRKSIARILIVINQTTKENLRKFYKGKKRLPLDLRYKKTRAIRRALTKHELSLKTDKQKKKERCFPARKYTVKAGRLYVKAIFTGYRRNQREHTSLLRIDGVFNKNDAFYLGKRCCYVYKAPHKTKCPGTRVRAIWGKVTRSHGNTGAVRAKFHRNLPAKAMGRRIRVMLYPSRI???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MVNVPKSRRTFCAG-KCRKHTVHKVSQYKKGKESTHAQGRRRYDRKQRGFGGQSKPIFRKKAKTTKKIVLRMECSECKHKKQLALKRCKHFELGGQKKTRGQMIQF--KGTSSFGKRHNKTHTMCRRCGRSSYHIQKHQCSACGYPSKRIRKYNWSVKAIRRKTTGTGRMRHMKIVHRRFRNGFREGTVAKSR???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MGAHKTFRIKQKLAKFQKKNRPVPQWVRMRTDNKIRYNAKRRHWRRTKLKLIIEPSLRLLASKYNCEKMICRKCYARLPPRATNCRKKKCGHSNNLRPTKKLKMPREDKATWKSNYFLKLINFLEEYPKCFIVGVDNVGSKQMQEIRIALRGKGEVLMGKNTMIRKAIRGHLQKNAALEKLLPHIVGNVGFVFTKDDLGEVREAITSKKVAAPAKAGSIAPVDVLLPAQNTGLGPEKTSFFQALSIPTKIAKGTIEILSDVNLIKAGDKVGASEAALLNMLSIFPFSYGLIIEQVYDSGTVFNPSVLDMTTEDLRAKFVQGVQNLASVCLAINYPTLASVGHTFVNGLKNLMAIAAESDVTFKEALKDPSKFAAA--------------------------------------------------------------PSAAG-AASAAAPAAEESDDDMGFGLFDMRYVAAYLLAQLGGNNEPSLADVKKILGSVGIDAEDDKAKKVIESLKGKNVEELIEGKTKLASVPSAAGVAASAAAPAAAGGAAPAQEKKEEKKKEEKEESDDDMGFGLFD---------------GRGGKEWVPVTKLGRLVKEGKIKKLEEIYLYSLPIKEFEIIDFFLLKDEVLKIMPVQKQTRAGQRTRFKAFVAIGDYNGHVGLGVKCSKEVATAIRGAIIAAKLSVVPVRRGYWGNKIGKPHTVPCKVTGKCGSVLVRLIPAPRGTGIVSAPVPKKLLQMAGIDDCYTSATGSTATLGNFAKATYAAIARTYSYLTPDLWKEMPLEKTPYQQHADFLAKQQ-------------------------RELAEDGYS?VEVRKTPTRTEVIIIATRTQNVLGEKGRRIRELTSLVQKRFGFDEGTVELYAEKVGNRGLCAVAQCESLRYKLIGGLAVRRACYGVLRFIMESQAKGCEVIVSGKLRGQRAKAMKFVDGLMIHSGEPTNEYLQKAVRHVQLRQGVLGIKVKIMLPHDPKGAIGPKNPLPHNVQIVEPKDEQPPPYSEHKDLKMAVGKNKRLSKAGKKGGKKKIVDPFSRKEWYVIKAPSMFKNREVGHTIVNRTQGTKIASEGLKGRVFEVSLGDLEASFRKFRLVCEDVQGKYCLTNFHGMNFTRDKLCSLVKKWQSLIEAHVDVKTNDGFLLRMFCIGFTKKHPDQQRKTSYAQHSQIRQIRTKMIEIMSREVAASDLREVVNKLIPDSIGGDIAKACQGIYPLHDVYVRKVKVLKNPKFEIGRLMELHGKQDPGMKIDRPEGYEPPTFESVMVRGPRKHLKRLNAPKHWMLDKLSGAFAPRPSSGPHKLRECLPLALFLRNRLKYALTYDESKRIMKQRLIKVDGKVRTEVTYPAGIMDVISVEKTGENFRLVYDTKGRYAIHRIAPEEAKYKLCKVNKTKGVPFLVTHDGRTIRYPDPSIKAHDSIVLDIATSKITDYIKFDSGNQCMVTGGHNVGRIGLVTHRERHPGGFDIVHVKDSAGSTFATRLNNIFIIGKGYISLPRGKGVRLTVAEERDRRLQAKEMPEIRLFGKWQLDAIDVGDMSLADYIAVKEKHAKYVPHSAGRYQVKRFRKAQCPIVERLVCSLMMHGRNNGKKLLAMRIVKHAFEIIHLLTGENPVQVLVNAIINSGPREDSTRIGRAGTVRRQAVDVSPLRRVNQATWLLCTGAREAAFRNIKTIAECLSDELINAAKGSSNSYAIKKKDELERVAKSNR--LNIAYPATGCQKVFDFEDEKKVRIFYDKRISQEVDASSLGDEWKGYIFRISGGNDKQGFPMKQGVLTNQRVRLLLGKGHSCYRPRRTGERKRKSVRGCIVDNLSVLSLVIVKKGEQDIPGLTDTTVPRRLGPKRASKIRKLFNLTKEDDVRQYVVRRPIQKAPKIQRLVTPLVLQRKRHRLSLKKRRAVKRREDAAEYAKLLAQRAKEKAQEKLARSSASRSSMSAPTSKLIKPGEKTSDIEQHVSQALIELENADIKTQLRELYFVGAKEIEVKIVVVFVPVPQLKGYQKIQPRLVRELEKKFSGKHVVFIAKRRILPKPKRGKQKRPRSRTLTAVHDAIMADLVYPAEIVGKRVRVKLDGSRLIKVHLDKTQQTNVEHKVDTFSGVYKHLTGKDVVFEFPDMGISRDHWHKRRKTGGKRKPMHKKRKYELGRPPANTKRIHVIRVRGGNSKFRALRLDTGNFSWGSESRKTRIIDVVYNASNNELVRTKTLVKGAIAVIDGTPFRQWYEAHYALPLAKRSKKKKYSDRQKGKVEPGLEDQFQGGRLLASISSRPGQVGRCDGYILEGKELEFYQRKIKAKK---KVYTTPRRPFEKERLDQELKLIGEYGLRNKREVWRVKYTLAHIRKLARELLTLEEKDPRRLFEGNALLRRLVRIGVLSEDRMKLDFVLGLRVEDFLERRLQTQVFKKGLAKSIHHARVMILQRHIRVRRQLVNVPSFIVRLDSEKHIDLSVKSPYGAGRPGRVKRKNMKKATGMLMPKKDRVAIYEYVFKEGVCVAKKDYRIPVLNLHVIKAMQSLVSRGYAKEQFAWKHYYWTLTSEGIAYLRDFLHLPAEIVPATLKRTDRDQYRRFGDKADAGPGQTERAFQKQPNVFLNRKKPLRWIRNIGLGFKTPRAAIEGTYIDKKCPFTGNVSIRGRILSGVVVKTKMQKTIVIRRDYLHFVKKYNRFEKRHKNMSVHLSPCFRDVKVGDVVTVGECRPLSKTVRFNVLKVSKKKGFEKFEAMDVQTALQIVLKQALIADGLSRGIREAAKALDKRQAHLCVLAENCDEPLYVKLVEALCASHQIPLIKVKDKKTLGEWVGLCKIDREGKPRKVVPCSSVAVTDYGSEVPAHDVLRQYFDMGRMHNPGKGISQSALPYRRSVPTWLKMTPEDVKEQIYKLAKKGLRPSQIGVILRDSHGVAQVRWVTGNKILRILKAKGLAAEIPEDLYHLIKKAVNMRKHLERSRKDKDSKFRLILVEARIHRLARYYKTKRMLPPTWKYESSTASALVSEQPVVSLAPPIAEGEVRFGVAHIFASFNDTFVHITDLSGRETICKVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVTERCKQLGITALHIKLRATGGTRTKTPGPGAQSALRALARAGMKIGRIEDVTPVPTDSTRRKGGRRGRRLELKKKRTFRKFTYRGVDLDQLLDMNHEQLMKLLARQRRKLARGLKRKYQSLLKRLRKAKPHLEKPACVKTHIVLPEMVGSVGIYNGKQFNQVEVKPEMIGHYLAEFSISYKPVKHGRPGIGATHSSRFIPLK--RMDVLADALRSISNAEKRGKRQVLIRPSSKVIIRFLTVMMKHGYIGEFEVVDDHRNGNIVVNLTGRIKKCGVTRQGFDVGKQRLEK------------------------------------------KAPIESVQVFGRKKTATAVARGHGLIKVNGRPLELIEPEILRFKLQEPLLILGKDKFSGVDIRVRVNGGGHVAQIYAIRQSISKAIVAFYQKYVDEASKKELKDLLTQYDRSLLVADPRRCEPKKFGGPGARSRYQKSYR-GRVRTKTVKKAARVIIEKYYTKLTLDFDTNKRICEEIAIIPSKKLRDKIAGFVTHLMKRIQKAPVRGISIK?QEEERERRDNYVPEISVIDIEVDQEAKEMLDQMEIGIHNMQVTPTFQHILRVMNTNIDGRKVPFAMTAIKGVGRRYAHVVCKKAGVDGTKRAGEMSDDEVEKLITVMSNPRQYKIPDWFLNRQKDIKDGKYSQVMSNILDSKIREDLERLKKIRAHRGLRHFWGLRVRGQHTKTTGRRGRTVGVSKKK--SVKDVEQHDFVRQVASFLKKTNKVKVPWADLVKLAKFKELAPTDPDWYF?RTASIARHLYFRSPAGVGAFTKVYGGRQRKGTRPSHFCRGSSSVARKALQTLEAIKWVEKGARQLSKQGRKDLDRIASQ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MQNEQGEFVDMYVPRKCSASNRIISAKDHASVQIDLVDIDTGRMTGNVKRYAICGAIRLMGESDDCINRLAKRDGIIPKNFMGKPKGIKTARKLKLHRQAQRWHDKDYKKAHLGTRWKANPFGGASHAKGIVLEKVGVEAKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPRDGCLNFIEENDEVLVAGFGRKGHAVGDIPGVRFKVVKVANVALWALYKGKKERPRSTLRTRKAMTNRLLCRKQMVVDILHPNKASVSKAEIGEKLAKMYKSTADLVVCFGFKTHFGGGRSTGFALIYDSMDYMKKFEPKYRLARKGLFKRRLGRKQRKERKNRMKKVRGTAKAKVG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MTKKRRNGGRSKKGRGHVNPIRCTNCGRCTPKDKAIKKYVVRNIVEAAAVRDISDASVYYALPKLYFKLHYCVSCAIHSKVVRNRSREARKDRTPPPRFMPMPLARDLLHPDPVHERRKCKLKRLVQHPNSFFMDVKCPGCFKITTVFSHAQTVVVCVGCNTVLCQPTGGKARLTEGCSFRKKQY-KKRKKKTYTTPKKNKHKRKKVKLAVLKYYKVDENGKITRLRKECTSESCGAGVFMAAHFDRYYCGKCYMTWVYSEPQQLAKVTKILGRTGSQGQCTQVRVEFLDDSIIRNVKGPVREGDISTLLESEREARRLRMGHANIHWSHPRKYGPGSRSCRVCFSHHGLIRKYGLFLCRRCFREYAADIGFKKLD????????????????????????????????????????????????????????????-------MQLRQEDVVKFLVCQTHVGARNVDFRMEQYVYKRKDGIYIVNLKKTWEKLLLAARAIAAIENPADVCVISARPYGQRAILKFASHIGATPVAGRFTPGTFTNQIQKAFREPRLLVVCDPRTDHQAITEASYVNIPVIAFCNTDSPLKLVDIAIPGNNKGIKSVGLLWWMLAREILIIRGQNTRDMGFIMVDLYFYRDPEEVEKEEQLE

;


END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  11544;

END;

BEGIN TREES;
	Title Imported_trees;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Acropora_millepora,
		2 Alcyonidium_diaphanum,
		3 Apis_mellifera,
		4 Aplysia_californica,
		5 Arenicola_marina,
		6 Argopecten_irradians,
		7 Ascaris_suum,
		8 Barentsia_elongata,
		9 Bugula_neritina,
		10 Capitella_sp.,
		11 Cerebratulus_lacteus,
		12 Ciona_intestinalis,
		13 Crassostrea_gigas,
		14 Cristatella_mucedo,
		15 Daphnia_pulex,
		16 Euprymna_scolopes,
		17 Eurythoe_complanata,
		18 Flaccisagitta_enflata,
		19 Flustra_foliacea,
		20 Helobdella_robusta,
		21 Homarus_americanus,
		22 Homo_sapiens,
		23 Hypsibius_dujardini,
		24 Idiosepius_paradoxus,
		25 Ixodes_scapularis,
		26 Lineus_viridis,
		27 Lumbricus_rubellus,
		28 Nematostella_vectensis,
		29 Novocrania_anomala,
		30 Pedicellina_cernua,
		31 Philodina_roseola,
		32 Phoronis_muelleri,
		33 Phoronis_ijimai,
		34 Priapulus_caudatus,
		35 Schistosoma_mansoni,
		36 Sipunculus_nudus,
		37 Spadella_cephaloptera,
		38 Strongylocentrotus_purpuratus,
		39 Takifugu_rubripes,
		40 Terebratalia_transversa,
		41 Tubulipora_sp.,
		42 Xiphinema_index;
	TREE Imported_tree_0 = ((1:0.182091,28:0.116256)1.00:0.167791,38:0.263825,((12:0.353755,(39:0.050195,22:0.03348)1.00:0.126254)1.00:0.027479,((18:0.079513,37:0.036087)1.00:0.324996,((31:0.577769,(34:0.245661,(((7:0.347346,42:0.211992)1.00:0.139114,23:0.492564)0.98:0.02453,(25:0.228093,(21:0.281412,(15:0.210335,3:0.181765)1.00:0.040233)1.00:0.040568)1.00:0.023956)1.00:0.018075)0.61:0.00822)0.90:0.010439,(35:0.847981,(8:0.065896,30:0.076009)1.00:0.212409,((((14:0.177225,(41:0.277518,(2:0.608592,(9:0.049979,19:0.04753)1.00:0.060181)1.00:0.149339)0.99:0.020954)1.00:0.0664,((33:0.066233,32:0.069482)1.00:0.097773,(29:0.100974,40:0.117327)1.00:0.021687)0.91:0.012992)0.65:0.008371,(26:0.041898,11:0.030971)1.00:0.132537)0.71:0.009409,((36:0.143031,17:0.083033)0.99:0.019903,(5:0.132843,10:0.184115,(27:0.132314,20:0.112173)1.00:0.077977)1.00:0.031156)0.97:0.009649)0.67:0.005219,(((6:0.099271,13:0.098173)1.00:0.045067,4:0.184338)1.00:0.020444,(16:0.052181,24:0.013968)1.00:0.238539)1.00:0.028097)0.99:0.028661)0.80:0.005044)1.00:0.040084)0.94:0.009433);

END;


BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  11544;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Mk1 (est.)':  1 -  11544;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1289491591140;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 588597207232560423;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 714240281047516601;
			mqVersion 274;
			checksumv 0 2 1868366212 null  getNumChars 11544 numChars 11544 getNumTaxa 42 numTaxa 42   short false   bits 1048575   states 1048575   sumSquaresStatesOnly 4.219206994496919E15 sumSquares 4.219206994496919E15   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 495;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 978 925;
			setLocation 8 8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #588597207232560423 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #588597207232560423;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 483 858;
					setLocation 8 8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;