#NEXUS
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BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=48;
	TAXLABELS
		Acropora_millepora Alcyonidium_diaphanum Anopheles_gambiae Apis_mellifera Aplysia_californica Arenicola_marina Argopecten_irradians Ascaris_suum Barentsia_elongata Bugula_neritina Capitella_sp. Cerebratulus_lacteus Ciona_intestinalis Crassostrea_gigas Cristatella_mucedo Daphnia_pulex Echinococcus_granulosus Euprymna_scolopes Eurythoe_complanata Flaccisagitta_enflata Flustra_foliacea Helobdella_robusta Homarus_americanus Homo_sapiens Hydra_magnipapillata Hypsibius_dujardini Idiosepius_paradoxus Ixodes_scapularis Lineus_viridis Lumbricus_rubellus Macrostomum_lagnano Nematostella_vectensis Novocrania_anomala Paraplanocera_sp. Pedicellina_cernua Philodina_roseola Phoronis_ijimai Phoronis_muelleri Pomphorhynchus_laevis Priapulus_caudatus Schistosoma_mansoni Sipunculus_nudus Spadella_cephaloptera Strongylocentrotus_purpuratus Takifugu_rubripes Terebratalia_transversa Tubulipora_sp. Xiphinema_index 
	;

END;


BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
	DIMENSIONS  NCHAR=10469;
	FORMAT DATATYPE = Protein GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	Acropora_millepora             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	Alcyonidium_diaphanum          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	Philodina_roseola              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	Phoronis_ijimai                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	Phoronis_muelleri              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	Priapulus_caudatus             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	Sipunculus_nudus               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	Spadella_cephaloptera          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	Strongylocentrotus_purpuratus  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???????????????????????????????????????????????????KEKSAASEVVTREYTINLHKRIHGIGFKKRAPRAIKEIRKFAACQMGTPDVRVDTRVNKHIWSQGVKNVPFRVRVRLSRRRNEDEDSPHKLYTLVTFVPVPRFKGLTTVNVDSVTPINKKIVKKRRKPFLRHHFDRYDKLKATWRRPRGIDNRCRRRFKGTRLMPKVGYGSNKKTRHMLPNGFRKFLIHNVKDLDILLMQNRRFCGEISHSVSAKKRKSIVERANQLNIRLTNGSARLRTEENE?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MARVKCHELRGKKREELLKQLDELRQELASLRVAKVTGSKLSKIRVVRKSIARILIVINQTTKENLRKFYKGKKRLPLDLRYKKTRAIRRALTKHELSLKTDKQKKKERCFPARKYTVKAGRLYVKAIFTGYRRNQREHTSLLRIDGVFNKNDAFYLGKRCCYVYKAPHKTKCPGTRVRAIWGKVTRSHGNTGAVRAKFHRNLPAKAMGRRIRVMLYPSRI???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MVNVPKSRRTFCAG-KCRKHTVHKVSQYKKGKESTHAQGRRRYDRKQRGFGGQSKPIFRKKAKTTKKIVLRMECSECKHKKQLALKRCKHFELGGQKKTRGQMIQF--KGTSSFGKRHNKTHTMCRRCGRSSYHIQKHQCSACGYPSKRIRKYNWSVKAIRRKTTGTGRMRHMKIVHRRFRNGFREGTVAKSR???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MGAHKTFRIKQKLAKFQKKNRPVPQWVRMRTDNKIRYNAKRRHWRRTKLKLIIEPSLRLLASKYNCEKMICRKCYARLPPRATNCRKKKCGHSNNLRPTKKLKMPREDKATWKSNYFLKLINFLEEYPKCFIVGVDNVGSKQMQEIRIALRGKGEVLMGKNTMIRKAIRGHLQKNAALEKLLPHIVGNVGFVFTKDDLGEVREAITSKKVAAPAKAGSIAPVDVLLPAQNTGLGPEKTSFFQALSIPTKIAKGTIEILSDVNLIKAGDKVGASEAALLNMLSIFPFSYGLIIEQVYDSGTVFNPSVLDMTTEDLRAKFVQGVQNLASVCLAINYPTLASVGHTFVNGLKNLMAIAAESDVTFKEALKDPSKFAAA--------------------------------------------------------------PSAAG-AASAAAPAAEESDDDMGFGLFDMRYVAAYLLAQLGGNNEPSLADVKKILGSVGIDAEDDKAKKVIESLKGKNVEELIEGKTKLASVPSAAGVAASAAAPAAAGGAAPAQEKKEEKKKEEKEESDDDMGFGLFD---------------GRGGKEWVPVTKLGRLVKEGKIKKLEEIYLYSLPIKEFEIIDFFLLKDEVLKIMPVQKQTRAGQRTRFKAFVAIGDYNGHVGLGVKCSKEVATAIRGAIIAAKLSVVPVRRGYWGNKIGKPHTVPCKVTGKCGSVLVRLIPAPRGTGIVSAPVPKKLLQMAGIDDCYTSATGSTATLGNFAKATYAAIARTYSYLTPDLWKEMPLEKTPYQQHADFLAKQQ-------------------------RELAEDGYS?VEVRKTPTRTEVIIIATRTQNVLGEKGRRIRELTSLVQKRFGFDEGTVELYAEKVGNRGLCAVAQCESLRYKLIGGLAVRRACYGVLRFIMESQAKGCEVIVSGKLRGQRAKAMKFVDGLMIHSGEPTNEYLQKAVRHVQLRQGVLGIKVKIMLPHDPKGAIGPKNPLPHNVQIVEPKDEQPPPYSEHKDLKMVRGPRKHLKRLNAPKHWMLDKLSGAFAPRPSSGPHKLRECLPLALFLRNRLKYALTYDESKRIMKQRLIKVDGKVRTEVTYPAGIMDVISVEKTGENFRLVYDTKGRYAIHRIAPEEAKYKLCKVNKTKGVPFLVTHDGRTIRYPDPSIKAHDSIVLDIATSKITDYIKFDSGNQCMVTGGHNVGRIGLVTHRERHPGGFDIVHVKDSAGSTFATRLNNIFIIGKGYISLPRGKGVRLTVAEERDRRLQAK--LNIAYPATGCQKVFDFEDEKKVRIFYDKRISQEVDASSLGDEWKGYIFRISGGNDKQGFPMKQGVLTNQRVRLLLGKGHSCYRPRRTGERKRKSVRGCIVDNLSVLSLVIVKKGEQDIPGLTDTTVPRRLGPKRASKIRKLFNLTKEDDVRQYVVRRPIQKAPKIQRLVTPLVLQRKRHRLSLKKRRAVKRREDAAEYAKLLAQRAKEKAQEKLARSSASRSSMSAPTSKLIKPGEKTSDIEQHVSQALIELENADIKTQLRELYFVGAKEIEVKIVVVFVPVPQLKGYQKIQPRLVRELEKKFSGKHVVFIAKRRILPKPKRGKQKRPRSRTLTAVHDAIMADLVYPAEIVGKRVRVKLDGSRLIKVHLDKTQQTNVEHKVDTFSGVYKHLTGKDVVFEFPDMGISRDHWHKRRKTGGKRKPMHKKRKYELGRPPANTKRIHVIRVRGGNSKFRALRLDTGNFSWGSESRKTRIIDVVYNASNNELVRTKTLVKGAIAVIDGTPFRQWYEAHYALPLAKRSKKKKYSDRQKGKVEPGLEDQFQGGRLLASISSRPGQVGRCDGYILEGKELEFYQRKIKAKK---KVYTTPRRPFEKERLDQELKLIGEYGLRNKREVWRVKYTLAHIRKLARELLTLEEKDPRRLFEGNALLRRLVRIGVLSEDRMKLDFVLGLRVEDFLERRLQTQVFKKGLAKSIHHARVMILQRHIRVRRQLVNVPSFIVRLDSEKHIDLSVKSPYGAGRPGRVKRKNMKKATGMLMPKKDRVAIYEYVFKEGVCVAKKDYRIPVLNLHVIKAMQSLVSRGYAKEQFAWKHYYWTLTSEGIAYLRDFLHLPAEIVPATLKRTDRDQYRRFGDKADAGPGQTERAFQKQPNVFLNRKKPLRWIRNIGLGFKTPRAAIEGTYIDKKCPFTGNVSIRGRILSGVVVKTKMQKTIVIRRDYLHFVKKYNRFEKRHKNMSVHLSPCFRDVKVGDVVTVGECRPLSKTVRFNVLKVSKKKGFEKFEAMDVQTALQIVLKQALIADGLSRGIREAAKALDKRQAHLCVLAENCDEPLYVKLVEALCASHQIPLIKVKDKKTLGEWVGLCKIDREGKPRKVVPCSSVAVTDYGSEVPAHDVLRQYFDMGRMHNPGKGISQSALPYRRSVPTWLKMTPEDVKEQIYKLAKKGLRPSQIGVILRDSHGVAQVRWVTGNKILRILKAKGLAAEIPEDLYHLIKKAVNMRKHLERSRKDKDSKFRLILVEARIHRLARYYKTKRMLPPTWKYESSTASALVSELKKKRTFRKFTYRGVDLDQLLDMNHEQLMKLLARQRRKLARGLKRKYQSLLKRLRKAKPHLEKPACVKTHIVLPEMVGSVGIYNGKQFNQVEVKPEMIGHYLAEFSISYKPVKHGRPGIGATHSSRFIPLK--RMDVLADALRSISNAEKRGKRQVLIRPSSKVIIRFLTVMMKHGYIGEFEVVDDHRNGNIVVNLTGRIKKCGVTRQGFDVGKQRLEK------------------------------------------KAPIESVQVFGRKKTATAVARGHGLIKVNGRPLELIEPEILRFKLQEPLLILGKDKFSGVDIRVRVNGGGHVAQIYAIRQSISKAIVAFYQKYVDEASKKELKDLLTQYDRSLLVADPRRCEPKKFGGPGARSRYQKSYR-GRVRTKTVKKAARVIIEKYYTKLTLDFDTNKRICEEIAIIPSKKLRDKIAGFVTHLMKRIQKAPVRGISIK?QEEERERRDNYVPEISVIDIEVDQEAKEMLDQMEIGIHNMQVTPTFQHILRVMNTNIDGRKVPFAMTAIKGVGRRYAHVVCKKAGVDGTKRAGEMSDDEVEKLITVMSNPRQYKIPDWFLNRQKDIKDGKYSQVMSNILDSKIREDLERLKKIRAHRGLRHFWGLRVRGQHTKTTGRRGRTVGVSKKK--SVKDVEQHDFVRQVASFLKKTNKVKVPWADLVKLAKFKELAPTDPDWYF?RTASIARHLYFRSPAGVGAFTKVYGGRQRKGTRPSHFCRGSSSVARKALQTLEAIKWVEKGARQLSKQGRKDLDRIASQ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MGKPKGIKTARKLKLHRQAQRWHDKDYKKAHLGTRWKANPFGGASHAKGIVLEKVGVEAKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPRDGCLNFIEENDEVLVAGFGRKGHAVGDIPGVRFKVVKVANVALWALYKGKKERPRSTLRTRKAMTNRLLCRKQMVVDILHPNKASVSKAEIGEKLAKMYKSTADLVVCFGFKTHFGGGRSTGFALIYDSMDYMKKFEPKYRLARKGLFKRRLGRKQRKERKNRMKKVRGTAKAKVG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MTKKRRNGGRSKKGRGHVNPIRCTNCGRCTPKDKAIKKYVVRNIVEAAAVRDISDASVYYALPKLYFKLHYCVSCAIHSKVVRNRSREARKDRTPPPRFMPMPLARDLLHPDPVHERRKCKLKRLVQHPNSFFMDVKCPGCFKITTVFSHAQTVVVCVGCNTVLCQPTGGKARLTEGCSFRKKQY-KKRKKKTYTTPKKNKHKRKKVKLAVLKYYKVDENGKITRLRKECTSESCGAGVFMAAHFDRYYCGKCYMTWVYSEPQQLAKVTKILGRTGSQGQCTQVRVEFLDDSIIRNVKGPVREGDISTLLESEREARRLRMGHANIHWSHPRKYGPGSRSCRVCFSHHGLIRKYGLFLCRRCFREYAADIGFKKLD-------MQLRQEDVVKFLVCQTHVGARNVDFRMEQYVYKRKDGIYIVNLKKTWEKLLLAARAIAAIENPADVCVISARPYGQRAILKFASHIGATPVAGRFTPGTFTNQIQKAFREPRLLVVCDPRTDHQAITEASYVNIPVIAFCNTDSPLKLVDIAIPGNNKGIKSVGLLWWMLAREILIIRGQNTRDMGFIMVDLYFYRDPEEVEKEEQLE

;


END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  10469;

END;

BEGIN TREES;
	Title Imported_trees;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Acropora_millepora,
		2 Alcyonidium_diaphanum,
		3 Anopheles_gambiae,
		4 Apis_mellifera,
		5 Aplysia_californica,
		6 Arenicola_marina,
		7 Argopecten_irradians,
		8 Ascaris_suum,
		9 Barentsia_elongata,
		10 Bugula_neritina,
		11 Capitella_sp.,
		12 Cerebratulus_lacteus,
		13 Ciona_intestinalis,
		14 Crassostrea_gigas,
		15 Cristatella_mucedo,
		16 Daphnia_pulex,
		17 Echinococcus_granulosus,
		18 Euprymna_scolopes,
		19 Eurythoe_complanata,
		20 Flaccisagitta_enflata,
		21 Flustra_foliacea,
		22 Helobdella_robusta,
		23 Homarus_americanus,
		24 Homo_sapiens,
		25 Hydra_magnipapillata,
		26 Hypsibius_dujardini,
		27 Idiosepius_paradoxus,
		28 Ixodes_scapularis,
		29 Lineus_viridis,
		30 Lumbricus_rubellus,
		31 Macrostomum_lagnano,
		32 Nematostella_vectensis,
		33 Novocrania_anomala,
		34 Paraplanocera_sp.,
		35 Pedicellina_cernua,
		36 Philodina_roseola,
		37 Phoronis_ijimai,
		38 Phoronis_muelleri,
		39 Pomphorhynchus_laevis,
		40 Priapulus_caudatus,
		41 Schistosoma_mansoni,
		42 Sipunculus_nudus,
		43 Spadella_cephaloptera,
		44 Strongylocentrotus_purpuratus,
		45 Takifugu_rubripes,
		46 Terebratalia_transversa,
		47 Tubulipora_sp.,
		48 Xiphinema_index;
	TREE Imported_tree_0 = ((1:0.184089,32:0.116062)1.00:0.045295,25:0.419727,(44:0.262782,((13:0.325984,(45:0.051919,24:0.035425)1.00:0.122895)1.00:0.02727,((20:0.07263,43:0.042831)1.00:0.301953,(((36:0.347113,39:1.20262)1.00:0.195178,40:0.243233,(((8:0.344227,48:0.20387)1.00:0.130402,26:0.464207)0.96:0.027553,(28:0.22932,(23:0.266833,(16:0.207696,(4:0.112349,3:0.284594)1.00:0.075524)1.00:0.041937)1.00:0.037864)1.00:0.022954)0.95:0.018283)0.97:0.009493,(((31:0.432791,(34:0.252546,(41:0.190494,17:0.239402)1.00:0.373993)0.87:0.020916)1.00:0.146089,(9:0.060702,35:0.08083)1.00:0.185432)0.95:0.019453,((((15:0.172592,(47:0.270968,(2:0.561011,(10:0.048404,21:0.048476)1.00:0.066235)1.00:0.129272)0.99:0.017789)1.00:0.070247,(((37:0.065147,38:0.073434)1.00:0.091018,(33:0.102434,46:0.111489)1.00:0.020369)1.00:0.013571,(12:0.031303,29:0.04203)1.00:0.121981)0.99:0.008884)0.99:0.00817,((42:0.136688,19:0.088465)0.99:0.021806,((6:0.130601,11:0.180359)0.60:0.010677,(30:0.135785,22:0.115644)1.00:0.072004)1.00:0.031484)0.99:0.012678)0.97:0.005059,(((7:0.102064,14:0.097735)1.00:0.043801,5:0.188782)1.00:0.021241,(18:0.054428,27:0.015692)1.00:0.240523)1.00:0.025797)0.74:0.008165)1.00:0.029267)0.68:0.004217)1.00:0.037791)0.95:0.008704)1.00:0.123704);

END;


BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  10469;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Mk1 (est.)':  1 -  10469;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1289559439970;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 4429247604911373627;
			tell It;
				setDefaultOrder  7 37 31 0 40 45 21 24 46 22 13 44 43 2 38 1 20 33 8 35 18 25 15 17 10 36 28 29 11 6 14 41 47 16 9 5 12 27 39 32 4 19 34 26 42 23 3 30;
				attachments ;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 3868287258750120685;
			mqVersion 274;
			checksumv 0 2 4159446924 null  getNumChars 10469 numChars 10469 getNumTaxa 48 numTaxa 48   short false   bits 1048575   states 1048575   sumSquaresStatesOnly 4.461812057012297E15 sumSquares 4.461812057012297E15   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 495;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1034 924;
			setLocation 8 8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #4429247604911373627 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #4429247604911373627;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 539 857;
					setLocation 8 8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.arrow;
					endTell;
					setActive;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;