#NEXUS
[written Fri Nov 12 12:49:27 CET 2010 by Mesquite  version 2.74 (build 550) at AG-Hausdorf-5/134.100.201.176]

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=48;
	TAXLABELS
		Acropora_millepora Alcyonidium_diaphanum Anopheles_gambiae Apis_mellifera Aplysia_californica Arenicola_marina Argopecten_irradians Ascaris_suum Barentsia_elongata Bugula_neritina Capitella_sp. Cerebratulus_lacteus Ciona_intestinalis Crassostrea_gigas Cristatella_mucedo Daphnia_pulex Echinococcus_granulosus Euprymna_scolopes Eurythoe_complanata Flaccisagitta_enflata Flustra_foliacea Helobdella_robusta Homarus_americanus Homo_sapiens Hydra_magnipapillata Hypsibius_dujardini Idiosepius_paradoxus Ixodes_scapularis Lineus_viridis Lumbricus_rubellus Macrostomum_lagnano Nematostella_vectensis Novocrania_anomala Paraplanocera_sp. Pedicellina_cernua Philodina_roseola Phoronis_muelleri Phoronis_ijimai Pomphorhynchus_laevis Priapulus_caudatus Schistosoma_mansoni Sipunculus_nudus Spadella_cephaloptera Strongylocentrotus_purpuratus Takifugu_rubripes Terebratalia_transversa Tubulipora_sp. Xiphinema_index 
	;

END;


BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
	DIMENSIONS  NCHAR=5710;
	FORMAT DATATYPE = Protein GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	Acropora_millepora             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	Daphnia_pulex                  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	Eurythoe_complanata            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	Paraplanocera_sp.              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	Philodina_roseola              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	Phoronis_muelleri              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	Phoronis_ijimai                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	Pomphorhynchus_laevis          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	Priapulus_caudatus             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---------------------------KVKAFPKDDKSKPVHLTAFITYKAGMSHIVREVDKPGSKVNKKEVVEAVTVLEAPPMVIVGIIGYVETPRGMRSLKTVWAEHIAEDCRRRLYKNWYRSKKKAFTKTSKKWQDDLGKKEIERDLAKIKKYCKVVRVIAHTQMKLMRHRQKKAHIMEIQLNGGSVTEKVNWARERLEKTVSIDQVFAADEMIDVIGVTKGKGTKGVTSRWHTKKLPRKTHKGLRKVACIGAWHPSRVRYTVARAGQKGYHHRTEINKKVYRIGKSALKKNGSTEFDLTEKTINPMGGFPHYGMVNQDYVMIRGCRVLTLRKSLEKIDLKFIDTSSKFGHGRFQTHAEKKTFMGKLKGVMRFSKKVGGEKNGGERKVLIKKSPALLESVRIKRKPFSKHKRTLRKSLTPGTVVIILAGRHKGKRAVFLKQLSGLLLITGPHKLNACPLRRINQIYVIATKTKLDISKVKIPENLDDKYFRRARKAKEPDIFKNEGYVLSDQRKKDQQEVDSQLLATIKYLFGYLGSMWSLRKNEYPHKKLPSVPESLLKRRKEKAEIRAKKKSNELKREIFRRAEKYIKTFRERLKMVTKKGNFYVPDEPRLAFVIRIRGINGIHPRVRKILQLFRLRQINNGVFVKLNKATVNMLRIVEPYVAWGYPNVKSIHDLIMKRGHAKIKGQRIPIMDNNIICVPDLIHEIASVGPNFRLATNYLWPFKLNNPSGGWRKKVHYVEGGDYGNREDKINLLLRRMQNPLFEKRPKNFGIGQDIQPKRDLSRFVRWPKYVRLQRQRAVLYQRLKVPPPINQFFALDRQTASQVFRLMDKYRPETKHAKKARLHERAEKQAPSKRPPVVRSGVNTVTSLVEKKKAQLVVIAHDVDPIEIVIFLPALCRKMGVPYCIVKGKARLGHVVHRKTASCLAITTVQPDDKPALSKLVDAVKANYNDRFDEIRRQWGGNVLGSKSAARIAKLEKARAKEMQMGRRIRGQRKGAGQIFRAHNKHRKGPAKLRAVDFAERHGYIKGVVKDIIHDPGRGAPLAIVVFRDPYKYKLRKETMIAPEGMHSGQFVFCGKKATVQVGNILPLSQMPEGTIICNLEEKTGDRGRLARTSGNYATVIAHNPDSKKTRVRLPSGSKKVLPSANRIVAGGGRTDKPVLKAGRAYWKYKAKRNCWPKVRGVCMNPVDHPFGGGNHQHIGKPSTIRRDASAGRKVGLIAARRTGMGRRPARCYRYCKNKPYPKSRFCRGVPDPKIRIFDLGRKKAMVDDFPLCIHLISDEFEQLSSEALEAARICANKYLVKHCGKDSFHFRVRAHPYHVRINKMLSCAGADRLQTGMRGAYGKPQGTVARVQIGQVIMSVRAKEQHRAQVIEALRRAKYKFPGRQHVLVSKKWGFTKYDRDQYEAWRAEGRLTPDGVNAKYMSQHGPFSHWIMPPKLDPNEIKIVYLRCVGGEVGATSSLAPKVGPLGLSPKKIGDDIAKATGDWKGLKITIKLTIQNRQAKIDVVPSAASLIIKELKEPPRDRKKQKNIKHAGNLSLDQIMGIGKQMRRSMARKLEGTIKEILGTCQSVGCTVDGQHPHDIIDKIRSGDIKIPVVIDGKGHLLGRLASIVAKSLLQGQKIVVVRSEDLNISGSFYRNKLKYLEFLRKRCNINPKRGPYHFRAPSKIFVRTVRGMLPHKLHRGQEALRRLKAFEGVPPPYDKTKRLVAPEALRVICLKPRRKYCSVGRLSHEVGWKYQGVVKKLEAKRKVKGNLRHKKKKLETKLMEKAKENVSKKIEKYQKIIEGYGKFVQIGRVALVAEGPDQGKLCTIVDVIDSNRALVDGPLTGVRRKAASLKRLHLTKFALRPSARTRTVKKVWDGSKIKEEWPKSSWAKKLKAKKLRAQLTDFDRFKLMKAKQARNRLVRSEMGAYKYLEELWKRKQSDVLRFLLRVRAWEFRQLPVVHRATQPSRLDKARRLGYKAKQGYVIVRAAVRRGGRKRPNSKGIVYGKPKHHGINQLKFVRNLRSVAEERATEKFSLRVLNSYWVNQDATYKYFEIIMVDHSHKTIRRDPRINWIANAVHKGRENRGLTSAGRKARGLIQGGSWRGNWKRRNTLSLRRYR-IHYSREPDNPTKSCRARGSDLRVHFKNTRETAQAVKKMPLKRAIRYLKNVTEKKEVIPFRRFSGGVGRKAQAKAFTQGRWPKKSADFLLQLLRNAESNAEYKGLDTDHLVIEHISIQRAAKMRRRTYRAHGRINPYMSSPCHVEVILTEKEDVVSKPKKKESKKKQKRQ-----LKASGLKEYIVIGRRVPKPPLFKMRLFAPNVIVAKSRFWYFLCALKKIKKANGEIVSIEQVQEKKPLRIKNFGIWLRYDSRTGTHNMYREYRDLTTAAAVTQCYRDMGARHRAQADSIQIIKVEEVAASKCRRPHITQFHNPKIMFPVTQVIKNVSRFTTRRPKTYFMVNPKGYRRGTRHLFSRKFRHHGAEPLSTFLRVYKRGDIVDIKGNGAFQKGMPHKFYHGKTGRVFNVTKHAVGVIVNKRVRTRIIPKRINIRIEHIKPSKCRLDFLKRVHENEKKRLKRVPPRKAHIVTKKNAPEWIAPIRYE---MSKRGRGGTSGSKFRISLGLPVGAVINCADNTGAKNLFVIAVYGVRGRLNRLPAAGAGDMVVVSVKKGKPELRKKVLQAVVIRQRKPLRRKDGTFIYFEDNAGVIVNNKGEMKGSAITGPVAKECADLWPRVAANASSIAATAKALKVKKAIVKGAHSHRRRKIRTSVHFRRPKTLCLPRKPKYPRKSVPQRLDHYCVIKHPLTTESAMKKIEDNNTLVFIVHLRANKHQIKAAVKKLYSIEAAKVNTLVRPDGQKKAYVRLAQDYDALDVANKIGIIMKTETCFYSGLKIYPGHGKRAVRTDGRVHIFISAKCERGLKRNPRNVSWTVLYHRKHKKGEEITKRKSKKTQKFQRAIGTTSLADIMAKRNQKPEFRKAQREQAVKAAKEKVRAQTAKKV-SRDIQWAVIRKTSCFLRKFSKEPNNLKGINSFRHNGLIHKRVVGVEPAPDGKGVVLVTKPAKAMVRIPLTKGGRPTMTSIYKSGLMKAAQRPASQILRSQKPVSVKRMAKSKNHTNHNQNKKDHRNGIKKPRRVRYPSLKGVDPKLLRNMHFSRKHNK?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????KEKSAASEVVTREYTINLHKRIHGIGFKKRAPRAIKEIRKFAACQMGTPDVRVDTRVNKHIWSQGVKNVPFRVRVRLSRRRNEDEDSPHKLYTLVTFVPVPRFKGLTTVNVD?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GRLYVKAIFTGYRRNQREHTSLLRIDGVFNKNDAFYLGKRCCYVYKAPHKTKCPGTRVRAIWGKVTRSHGNTGAVRAKFHRNLPAKAMGRRIRVMLYPSRI???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MVNVPKSRRTFCAG-KCRKHTVHKVSQYKKGKESTHAQGRRRYDRKQRGFGGQSKPIFRKKAKTTKKIVLRMECSECKHKKQLALKRCKHFELGGQKKTRGQMIQF???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????IIEPSLRLLASKYNCEKMICRKCYARLPPRATNCRKKKCGHSNNLRPTKKLKMRYVAAYLLAQLGGNNEPSLADVKKILGSVGIDAEDDKAKKVIESLKGKNVEELIEGKTKLASVPSAAGVAASAAAPAAAGGAAPAQEKKEEKKKEEKEESDDDMGFGLFD---------------GRGGKEWVPVTKLGRLVKEGKIKKLEEIYLYSLPIKEFEIIDFFLLKDEVLKIMPVQKQTRAGQRTRFKAFVAIGDYNGHVGLGVKCSKEVATAIRGAIIAAKLSVVPVRRGYWGNKIGKPHTVPCKVTGKCGSVLVRLIPAPRGTGIVSAPVPKKLLQMAGIDDCYTSATGSTATLGNFAKATYAAIARTYSYLTPDLWKEMPLEKTPYQQHADFLAKQQMSAPTSKLIKPGEKTSDIEQHVSQALIELENADIKTQLRELYFVGAKEIEVKIVVVFVPVPQLKGYQKIQPRLVRELEKKFSGKHVVFIAKRRILPKPKRGKQKRPRSRTLTAVHDAIMADLVYPAEIVGKRVRVKLDGSRLIKVHLDKTQQTNVEHKVDTFSGVYKHLTGKDVVFEFPD---KVYTTPRRPFEKERLDQELKLIGEYGLRNKREVWRVKYTLAHIRKLARELLTLEEKDPRRLFEGNALLRRLVRIGVLSEDRMKLDFVLGLRVEDFLERRLQTQVFKKGLAKSIHHARVMILQRHIRVRRQLVNVPSFIVRLDSEKHIDLSVKSPYGAGRPGRVKRKNMKKATGMLMPKKDRVAIYEYVFKEGVCVAKKDYRIPVLNLHVIKAMQSLVSRGYAKEQFAWKHYYWTLTSEGIAYLRDFLHLPAEIVPATLKRTDRDQYRRFGDKADAGPGEAMDVQTALQIVLKQALIADGLSRGIREAAKALDKRQAHLCVLAENCDEPLYVKLVEALCASHQIPLIKVKDKKTLGEWVGLCKIDREGKPRKVVPCSSVAVTDYGSEVPAHDVLRQYFDMGRMHNPGKGISQSALPYRRSVPTWLKMTPEDVKEQIYKLAKKGLRPSQIGVILRDSHGVAQVRWVTGNKILRILKAKGLAAEIPEDLYHLIKKAVNMRKHLERSRKDKDSKFRLILVEARIHRLARYYKTKRMLPPTWKYESSTASALVS--RMDVLADALRSISNAEKRGKRQVLIRPSSKVIIRFLTVMMKHGYIGEFEVVDDHRNGNIVVNLTGRIKKCGVTRQGFDVGKQRLEK------------------------------------------KAPIESVQVFGRKKTATAVARGHGLIKVNGRPLELIEPEILRFKLQEPLLILGKDKFSGVDIRVRVNGGGHVAQIYAIRQSISKAIVAFYQKYVDEASKKELKDLLTQYDRSLLVADPRRCEPKKFGGPGARSRYQKSYRFQHILRVMNTNIDGRKVPFAMTAIKGVGRRYAHVVCKKAGVDGTKRAGEMSDDEVEKLITVMSNPRQYKIPDWFLNRQKDIKDGKYSQVMSNILDSKIREDLERLKKIRAHRGLRHFWGLRVRGQHTKTTGRRGRTVGVSKKKMGKPKGIKTARKLKLHRQAQRWHDKDYKKAHLGTRWKANPFGGASHAKGIVLEKVGVEAKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPRDGCLNFIEENDEVLVAGFGRKGHAVGDIPGVRFKVVKVANVALWALYKGKKERPRSMPLARDLLHPDPVHERRKCKLKRLVQHPNSFFMDVKCPGCFKITTVFSHAQTVVVCVGCNTVLCQPTGGKARLTEGCSFRKKQY

;


END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  5710;

END;

BEGIN TREES;
	Title Imported_trees;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Acropora_millepora,
		2 Alcyonidium_diaphanum,
		3 Anopheles_gambiae,
		4 Apis_mellifera,
		5 Aplysia_californica,
		6 Arenicola_marina,
		7 Argopecten_irradians,
		8 Ascaris_suum,
		9 Barentsia_elongata,
		10 Bugula_neritina,
		11 Capitella_sp.,
		12 Cerebratulus_lacteus,
		13 Ciona_intestinalis,
		14 Crassostrea_gigas,
		15 Cristatella_mucedo,
		16 Daphnia_pulex,
		17 Echinococcus_granulosus,
		18 Euprymna_scolopes,
		19 Eurythoe_complanata,
		20 Flaccisagitta_enflata,
		21 Flustra_foliacea,
		22 Helobdella_robusta,
		23 Homarus_americanus,
		24 Homo_sapiens,
		25 Hydra_magnipapillata,
		26 Hypsibius_dujardini,
		27 Idiosepius_paradoxus,
		28 Ixodes_scapularis,
		29 Lineus_viridis,
		30 Lumbricus_rubellus,
		31 Macrostomum_lagnano,
		32 Nematostella_vectensis,
		33 Novocrania_anomala,
		34 Paraplanocera_sp.,
		35 Pedicellina_cernua,
		36 Philodina_roseola,
		37 Phoronis_muelleri,
		38 Phoronis_ijimai,
		39 Pomphorhynchus_laevis,
		40 Priapulus_caudatus,
		41 Schistosoma_mansoni,
		42 Sipunculus_nudus,
		43 Spadella_cephaloptera,
		44 Strongylocentrotus_purpuratus,
		45 Takifugu_rubripes,
		46 Terebratalia_transversa,
		47 Tubulipora_sp.,
		48 Xiphinema_index;
	TREE Imported_tree_0 = ((1:0.179586,32:0.116675)1.00:0.057348,25:0.405112,(44:0.258268,((13:0.293272,(45:0.052346,24:0.034128)1.00:0.123863)1.00:0.025517,(((20:0.076324,43:0.034453)1.00:0.279165,(36:0.328519,39:1.05983)1.00:0.157982,40:0.248814,(((8:0.330802,48:0.214566)1.00:0.1159,26:0.421034)0.82:0.017173,(28:0.214751,(23:0.272812,(16:0.210638,(4:0.12276,3:0.272261)1.00:0.070695)1.00:0.043129)1.00:0.039524)0.98:0.018655)0.94:0.021757)0.61:0.007633,(((31:0.395169,(34:0.243023,(41:0.184032,17:0.190014)1.00:0.317112)0.90:0.023253)1.00:0.113773,(9:0.064076,35:0.075968)1.00:0.171637)0.90:0.021788,(((15:0.174321,(47:0.220411,(2:0.528591,(10:0.040538,21:0.051981)1.00:0.063034)1.00:0.129996)0.52:0.014633)1.00:0.054175,(((38:0.055934,37:0.054911)1.00:0.099506,(33:0.10392,46:0.12037)0.99:0.019172)0.93:0.011249,(12:0.032768,29:0.045253)1.00:0.119479)0.99:0.011864)0.94:0.01257,((42:0.136981,19:0.089204)0.96:0.017725,(6:0.133755,(11:0.163507,(30:0.130281,22:0.117714)1.00:0.072089)0.50:0.008787)1.00:0.028586)1.00:0.014436,(((7:0.095801,14:0.093375)1.00:0.042669,5:0.198853)0.99:0.018307,(18:0.032107,27:0.027999)1.00:0.256717)1.00:0.028774)0.93:0.012958)1.00:0.025612)1.00:0.041581)0.86:0.009408)1.00:0.113474);

END;


BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  5710;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Mk1 (est.)':  1 -  5710;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1289562568200;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 972580743335538094;
			tell It;
				setDefaultOrder  7 37 31 0 40 45 21 24 46 22 13 44 43 2 38 1 20 33 8 35 18 25 15 17 10 36 28 29 11 6 14 41 47 16 9 5 27 12 39 32 4 19 34 26 42 23 3 30;
				attachments ;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 8686295313154620663;
			mqVersion 274;
			checksumv 0 2 2128797794 null  getNumChars 5710 numChars 5710 getNumTaxa 48 numTaxa 48   short false   bits 1048575   states 1048575   sumSquaresStatesOnly 2.484988111611779E15 sumSquares 2.484988111611779E15   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 495;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 950 924;
			setLocation 8 8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #972580743335538094 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #972580743335538094;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 455 857;
					setLocation 8 8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.arrow;
					endTell;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #972580743335538094  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 1620.1289562560731.1503571151374156735;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 455 857;
					setLocation 8 8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
						endTell;
						setEdgeWidth 6;
						orientUp;
						setCornerMode Right_Angle  50;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings;
				tell It;
					setOn on;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;