#NEXUS [written Mon May 03 11:09:04 EDT 2010 by Mesquite version 2.7 (build 510) at dhcp128036183007.central.yale.edu/128.36.183.7] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=93; TAXLABELS Parazoanthus_aff_juanfernandezii_.FRA. Parazoanthus_aff_juanfernandezii_.CA. Parazoanthus_juanfernandezii Parazoanthus_axinellae Parazoanthus_anguicomus Parazoanthus_capensis Parazoanthus_aff_swiftii_.Sal. Parazoanthus_aff_swiftii_.GAL. Parazoanthus_aff_swiftii_.Nur. Parazoanthus_swiftii Parazoanthus_aff_parasiticus_.NIP. Parazoanthus_aff_parasiticus_.NCs. Parazoanthus_aff_parasiticus_.MAD. Parazoanthus_parasiticus Parazoanthus_aff_parasiticus_.NCd. Parazoanthus_aff_parasiticus_.SUL. Parazoanthus_aff_catenularis_.SEN. Parazoanthus_puertoricense Parazoanthus_catenularis Epizoanthus_cutressi Parazoanthus_sp_.SUL5. Parazoanthid_sp_.EBISCO. Parazoanthid_sp_.CORSARO. Parazoanthid_sp_.NC3. Parazoanthus_sp_.G1. Parazoanthid_sp_.M2. Parazoanthid_sp_.Cape_Verde. Parazoanthid_sp_.Principe. Corallizoanthus_tsukaharai Epizoanthus_aff_tsukaharai_.NZ. Epizoanthus_aff_tsukaharai_.CA. Parazoanthus_lucificum Gerardia_savaglia Gerardia_macaronesica Parazoanthus_gracilis Parazoanthus_aff_tunicans_.SUL. Parazoanthus_cf_gracilis_.NC2. Parazoanthus_cf_gracilis_.NC1. Isozoanthus_antumbrosus Parazoanthus_tunicans Parazoanthid_sp_.yellow_polyp. Zoanthidea_sp_.302. Zoanthidea_sp_.Mada1. Epizoanthus_patagonichus Epizoanthus_californicus Epizoanthus_minutus Mesozoanthus_fossii_.1. Mesozoanthus_fossii_.3. Epizoanthus_aff_arenaceus_.HI. Epizoanthus_cf_arenaceus Epizoanthus_cf_ramosus Epizoanthus_incrustatus Epizoanthus_illoricatus Epizoanthus_aff_illoricatus Isozoanthus_giganteus Isozoanthus_cf_giganteus Epizoanthus_cf_balanorum Epizoanthus_scotinus Epizoanthus_paguricola Epizoanthus_lindhali Epizoanthus_sp_.Deep_Med. Epizoanthus_fiordicus 'Epizoanthus sp .Sub-Antarctic.' Palythoa_cf_grandis Zoanthus_pulchellus Zoanthus_vietnamensis Zoanthus_kuroshio Zoanthus_gigantus Zoanthus_sansibaricus Palythoa_tuberculosa Palythoa_sp_.289. Palythoa_mutuki Palythoa_aff_caesia Palythoa_aff_mutuki Palythoa_aff_sakurajimensis Sphenopus_marsupialis Palythoa_heliodiscus 'Palythoa sp .FS-2005.' 'Protopalythoa sp .FS-2005.' Acrozoanthus_sp_.Sulawesi. 'Acrozoanthus sp .FS-2005.' 'Isaurus sp .FS-2005.' Isaurus_tuberculatus Isaurus_sp_.BIK_IOtsNM1. Palythoa_cf_caribaeorum Palythoa_cf_tuberculosa Palythoa_singaporensis Palythoa_sp_.Mada. 'Zoanthus sp .FS-2005.' Zoanthus_cf_sansibaricus Zoanthus_sociatus Edwardsiid_sp_.BAR. Edwardsiid_sp_.CUR. ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Concatenated_mito_nuc_93; DIMENSIONS NCHAR=11296; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Parazoanthus_aff_juanfernandezii_.FRA. 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Parazoanthus_aff_juanfernandezii_.CA. 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Parazoanthus_juanfernandezii 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Parazoanthus_axinellae 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Parazoanthus_aff_swiftii_.Sal. 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Parazoanthus_aff_parasiticus_.NIP. 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Parazoanthus_aff_parasiticus_.NCd. 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Parazoanthus_catenularis 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Epizoanthus_cutressi 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Parazoanthid_sp_.EBISCO. 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Parazoanthid_sp_.CORSARO. 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Parazoanthid_sp_.NC3. 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Parazoanthus_sp_.G1. 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Parazoanthid_sp_.M2. 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Parazoanthid_sp_.Cape_Verde. 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Parazoanthid_sp_.Principe. 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Parazoanthus_lucificum 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Parazoanthid_sp_.yellow_polyp. 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Zoanthidea_sp_.302. 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Zoanthidea_sp_.Mada1. 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Mesozoanthus_fossii_.1. 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Mesozoanthus_fossii_.3. 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Epizoanthus_scotinus 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Epizoanthus_paguricola 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Epizoanthus_sp_.Deep_Med. 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Epizoanthus_fiordicus 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'Epizoanthus sp .Sub-Antarctic.' 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Zoanthus_gigantus 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Palythoa_tuberculosa 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'Palythoa sp .FS-2005.' 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Acrozoanthus_sp_.Sulawesi. 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Isaurus_tuberculatus 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Isaurus_sp_.BIK_IOtsNM1. 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Zoanthus_sociatus 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Edwardsiid_sp_.BAR. CGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGCCTCCTGATTGGCGCCGCGGCCCCGGCAACGG------AGCAGCGGAT--TGTCGAAAAGTTGGTCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTA-ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACCG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATCGAA-----TCCAAGCGTGCAATTTCCGCGGAAATTCGTAC????????????TGCA--CCGTGAAC-TGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACCGAACCGTTGGGGGTCGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTCAGATAGCGTTAAATGGCGA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCGAGTGGTTCTTCTTCCCCTCTTCGCACCGGCGGCGGCGAACATTAGAGACGATCCGTGCGCGCTCGCGGCGGTTCCGATATTTTGTCTTCGTCGGCGGAGTGTTGCGGCGGTGGAGGTTCTGCGGCGTCTCGCAGCCCC?????????????????????TGCATTTTT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTAAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGTGATAAAAACACCTGTCAAACT?????????????????????GAACTTGT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTC--GAACAATGCGCTTCGACGAGAGAGAAAAACG?????????AGAGATAACTTTTAACGGTGGATCTCTTGGCTCGTGCATCGATGAAGAACGCAGCCAGGTGCGATAACTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAAATGGCGCTCTTGGGTTTTCCCAGGAGCATGTCTGTCTGAGTGTCGGTTTCCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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GCAAACCCGAAAGGTAA-AA-TCTTCCGCCTGAGTAGTACGATCGCAAGATTAAAATTCAAAAACTTTGGCTGTTCACTACTTCGATTAGAGGAGCGTGTAGTTTAATTCGATGGTCCGCGCGAAACCTCACCCTAACTTGAATC?????????????????????????????????????????????????????????????TGTGACCGGTATTGCATGGCCGTCGTAAGTCCGTGTGTTAAGC-TAAAAGGGACCCAACCCCGATT-TG??????????????????????????????????GGAGGAAGTCAGGTCTTATGATCCGAATGTTAGGGGATAATATGCGCTACATTTTCTTATACAATGGGAGACAA-AAAAAGTGAAACCCAAAAGTAAGAGTTCGGAAGGTCGCTGTAAATCGACCGGAAGTTGGATTTAATAGTAATCGGAAAGTAGAGCGTTTCGGTGAAA-TGGTACAAGTGTTAGCACAAATTGCCCGTCACCTTTACCTAGAATGGTTGTTCGGACGCC-----------------TTAGGTGGTTACGAGCGC???????????????????????????????????????????????????????????????????????CTACGAGGTAAAGCAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Edwardsiid_sp_.CUR. CGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGCCTCCTGATTGGCGCCGCGGCCCCGGCAACGG------AGCAGCGGAC--TGTCGAAAAGTTGGTCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTA-ACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACCG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGCAAATTTGTCCAAGC?????????????????????????AAGAGTTCTTGCTACT--CCGTGAACC-GT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCGAACCGTTGGGGGTCGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTGTCAGAGCGTTAAATAGCGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCGAGC-GTTC????????GCCTTCGCACCTGCGG??????????????????????????????????????????????????????????????????GTGTAGAGGCGGCG?????????CGGCGTCTCGCAGCCCC?????????????????????TGCACTTGT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTCTACAAACGTAACGAATCGACTGAAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGT--GC????????????????????AAAAAAGCGAG???????AGAAACAACTTTTAACGGTGGATCTCTTGGCTCGTGCATCGATGAAGAACGCAGCCAGGTGCGATAACTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAAATGGCGCTCTTGGGTTTTCCCAGGAGCATGTCTGTCTGAGTGTCGGTTTCCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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GCAACCCCGAAAGGTAA-AA-TCTTCCGCCTGAGTAGTACGATCGCAAGATTAAAATTCAAAAACTTTGGCTGTTCACTACTTCGATTAGAGGAGCGTGTAGTTTAATTCGATGGTCCGCGCGAAACCTTACCCTAACTTGAATC?????????????????????????????????????????????????????????????TGTGACCGGTATTGCATGGCCGTCGTAAGTCCGTGTGTTAAGC-TAAAAGGGACCCAACCCCGATT-TG??????????????????????????????????GGAGGAAGTCAGGTCTTATGATCCGAATGTTAGGGGATAATATGCGCTACATTTTCTTATACAATGGGAAACAAAAAAAAGTGAAACCCCAAAGTAAGAGCTCGGAAGGTCGCTGTAAATCGACCGGAAGTTGGATTTAATAGTAATTGGATAGTAGAGCGTTCCGGTGAAA-TGGTACAAGTGTTAGCACAAATTGCCCGTCACCTTTACCTAGAATGGTTGTTCGGACGCC-----------------TTAGGTGGTTACGAGCGC???????????????????????????????????????????????????????????????????????CTACGAGGTAAAGCAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; OPTIONS MSTAXA = UNCERTAIN; END; BEGIN TREES; Title Concatenated_mito_nuc_TB; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Parazoanthus_aff_juanfernandezii_.FRA., 2 Parazoanthus_aff_juanfernandezii_.CA., 3 Parazoanthus_juanfernandezii, 4 Parazoanthus_axinellae, 5 Parazoanthus_anguicomus, 6 Parazoanthus_capensis, 7 Parazoanthus_aff_swiftii_.Sal., 8 Parazoanthus_aff_swiftii_.GAL., 9 Parazoanthus_aff_swiftii_.Nur., 10 Parazoanthus_swiftii, 11 Parazoanthus_aff_parasiticus_.NIP., 12 Parazoanthus_aff_parasiticus_.NCs., 13 Parazoanthus_aff_parasiticus_.MAD., 14 Parazoanthus_parasiticus, 15 Parazoanthus_aff_parasiticus_.NCd., 16 Parazoanthus_aff_parasiticus_.SUL., 17 Parazoanthus_aff_catenularis_.SEN., 18 Parazoanthus_puertoricense, 19 Parazoanthus_catenularis, 20 Epizoanthus_cutressi, 21 Parazoanthus_sp_.SUL5., 22 Parazoanthid_sp_.EBISCO., 23 Parazoanthid_sp_.CORSARO., 24 Parazoanthid_sp_.NC3., 25 Parazoanthus_sp_.G1., 26 Parazoanthid_sp_.M2., 27 Parazoanthid_sp_.Cape_Verde., 28 Parazoanthid_sp_.Principe., 29 Corallizoanthus_tsukaharai, 30 Epizoanthus_aff_tsukaharai_.NZ., 31 Epizoanthus_aff_tsukaharai_.CA., 32 Parazoanthus_lucificum, 33 Gerardia_savaglia, 34 Gerardia_macaronesica, 35 Parazoanthus_gracilis, 36 Parazoanthus_aff_tunicans_.SUL., 37 Parazoanthus_cf_gracilis_.NC2., 38 Parazoanthus_cf_gracilis_.NC1., 39 Isozoanthus_antumbrosus, 40 Parazoanthus_tunicans, 41 Parazoanthid_sp_.yellow_polyp., 42 Zoanthidea_sp_.302., 43 Zoanthidea_sp_.Mada1., 44 Epizoanthus_patagonichus, 45 Epizoanthus_californicus, 46 Epizoanthus_minutus, 47 Mesozoanthus_fossii_.1., 48 Mesozoanthus_fossii_.3., 49 Epizoanthus_aff_arenaceus_.HI., 50 Epizoanthus_cf_arenaceus, 51 Epizoanthus_cf_ramosus, 52 Epizoanthus_incrustatus, 53 Epizoanthus_illoricatus, 54 Epizoanthus_aff_illoricatus, 55 Isozoanthus_giganteus, 56 Isozoanthus_cf_giganteus, 57 Epizoanthus_cf_balanorum, 58 Epizoanthus_scotinus, 59 Epizoanthus_paguricola, 60 Epizoanthus_lindhali, 61 Epizoanthus_sp_.Deep_Med., 62 Epizoanthus_fiordicus, 63 'Epizoanthus sp .Sub-Antarctic.', 64 Palythoa_cf_grandis, 65 Zoanthus_pulchellus, 66 Zoanthus_vietnamensis, 67 Zoanthus_kuroshio, 68 Zoanthus_gigantus, 69 Zoanthus_sansibaricus, 70 Palythoa_tuberculosa, 71 Palythoa_sp_.289., 72 Palythoa_mutuki, 73 Palythoa_aff_caesia, 74 Palythoa_aff_mutuki, 75 Palythoa_aff_sakurajimensis, 76 Sphenopus_marsupialis, 77 Palythoa_heliodiscus, 78 'Palythoa sp .FS-2005.', 79 'Protopalythoa sp .FS-2005.', 80 Acrozoanthus_sp_.Sulawesi., 81 'Acrozoanthus sp .FS-2005.', 82 'Isaurus sp .FS-2005.', 83 Isaurus_tuberculatus, 84 Isaurus_sp_.BIK_IOtsNM1., 85 Palythoa_cf_caribaeorum, 86 Palythoa_cf_tuberculosa, 87 Palythoa_singaporensis, 88 Palythoa_sp_.Mada., 89 'Zoanthus sp .FS-2005.', 90 Zoanthus_cf_sansibaricus, 91 Zoanthus_sociatus, 92 Edwardsiid_sp_.BAR., 93 Edwardsiid_sp_.CUR.; TREE concat_mito_nuc_trA = (((((53,(61,54)),(49,((57,(62,(51,50))),(60,(((59,58),63),52))))),(56,55)),(((((42,41),(46,(44,45))),(((40,36),(39,((37,35),38))),43)),((((88,(((((86,70),71),73),(85,((72,(79,74)),78))),75)),76),(64,(87,77))),((82,(83,84)),((89,68),(((80,81),((91,67),66)),((90,69),65)))))),((48,47),(((32,(34,33)),(30,(29,31))),(((27,((25,26),28)),(22,(23,24))),((20,(17,((18,19),21))),((((13,(15,16)),14),(11,12)),(((4,5),(6,((9,(8,7)),10))),((2,3),1))))))))),(92,93)); TREE concat_mito_nuc_trB = (((((82,(83,84)),((89,68),(((66,(67,91)),(80,81)),(65,(90,69))))),(((88,(75,(((((79,74),72),78),85),(73,(71,(70,86)))))),76),(64,(87,77)))),((((41,42),(46,(45,44))),((((38,(35,37)),39),(36,40)),43)),(((55,56),((53,(61,54)),(((((50,51),62),57),(60,((63,(59,58)),52))),49))),((47,48),(((32,(33,34)),((31,29),30)),(((27,(28,(25,26))),(22,(23,24))),((20,((21,(18,19)),17)),(((11,12),(14,((15,16),13))),(((4,5),(6,(((7,8),9),10))),((3,2),1)))))))))),(92,93)); TREE concat_mito_nuc_trC = ((((((89,68),(((66,(91,67)),(81,80)),((69,90),65))),((83,84),82)),((76,((75,88),((85,((72,(79,74)),78)),(((86,70),71),73)))),((87,77),64))),((((41,42),((45,44),46)),(43,((40,36),(((37,35),38),39)))),(((55,56),(((((50,(62,51)),57),(60,(52,((58,59),63)))),49),(53,(61,54)))),((47,48),((((33,34),32),(30,(31,29))),(((27,(28,(25,26))),(22,(24,23))),((20,(((19,18),21),17)),(((11,12),(14,(13,(16,15)))),(((6,((9,(7,8)),10)),(5,4)),((2,3),1)))))))))),(92,93)); TREE concat_mito_nuc_trD = ((((20,(31,30)),((45,(46,44)),(((54,61),53),((((50,(51,62)),57),(((63,(59,58)),52),60)),49)))),(((((42,41),(43,((39,(38,(35,37))),(40,36)))),((((88,(75,(((71,(86,70)),73),(85,(((79,74),72),78))))),76),(64,(87,77))),((82,(83,84)),((89,68),(((80,81),(66,(91,67))),(65,(90,69))))))),(55,56)),((((48,47),(32,(34,33))),29),((((27,((26,25),28)),((23,24),22)),(17,((18,19),21))),(((((16,15),13),14),(11,12)),(((4,5),(6,(10,(9,(7,8))))),((2,3),1))))))),(92,93)); TREE concat_mito_nuc_trE = ((((55,56),((53,(54,61)),((57,((62,(50,51)),(60,(((59,58),63),52)))),49))),((((((83,(84,82)),((68,89),((90,(65,69)),(((66,(91,67)),81),80)))),((87,77),64)),((((((79,74),72),(85,78)),((71,(86,70)),73)),(88,75)),76)),(((39,(38,(37,35))),(36,40)),((41,42),(46,(45,44))))),((48,47),((((18,21),(19,20)),17),((((24,22),23),((32,(33,34)),((29,31),30))),((43,(27,((25,26),28))),(((14,(13,(16,15))),(11,12)),(((4,5),(6,((9,(8,7)),10))),((2,3),1))))))))),(93,92)); TREE concat_mito_nuc_trF = ((((56,55),((53,(54,61)),((((62,(50,51)),57),(((63,(59,58)),52),60)),49))),((((((88,(75,((73,(71,(86,70))),((78,(72,(79,74))),85)))),76),(64,(77,87))),((82,(84,83)),((89,68),(((69,90),65),((80,81),((91,67),66)))))),(((39,(38,(37,35))),(36,40)),((46,(44,45)),(41,42)))),((47,48),(((22,(24,23)),(20,((17,19),(((25,(28,27)),((43,21),18)),26)))),(((30,(31,29)),(32,(33,34))),(((11,12),((13,(16,15)),14)),(((4,5),(6,((9,(8,7)),10))),((2,3),1)))))))),(92,93)); TREE concat_mito_nuc_trG = ((((55,56),((53,(61,54)),(49,((57,(62,(50,51))),(60,(((63,59),58),52)))))),((((((((81,80),((67,91),66)),(((69,90),65),(89,68))),(82,(84,83))),((87,77),64)),(((88,75),(((((79,74),72),78),85),(73,(71,(86,70))))),76)),(((((37,35),38),39),(36,40)),((41,42),(46,(44,45))))),((47,48),((22,(24,23)),(((32,(33,34)),((31,29),30)),((20,(((18,19),21),17)),((((11,12),((13,(16,15)),14)),((27,(28,(25,26))),43)),(((6,((9,(7,8)),10)),(5,4)),((2,3),1))))))))),(92,93)); TREE concat_mito_nuc_trH = ((((56,55),(49,((((62,(50,51)),57),(((63,(59,58)),52),60)),((54,61),53)))),((((((39,((35,37),38)),(40,36)),43),((46,(44,45)),(42,41))),((((89,68),(((69,90),65),(80,(((67,91),66),81)))),((83,84),82)),(64,((76,((88,(((((79,74),72),85),78),(((86,70),71),73))),75)),(77,87))))),((47,48),(((30,(31,29)),((34,33),32)),(((22,(23,24)),((28,(26,25)),27)),((20,(17,((18,19),21))),(((14,((15,16),13)),(11,12)),(((5,4),(6,(((7,8),9),10))),((2,3),1))))))))),(92,93)); TREE concat_mito_nuc_trI = ((((55,56),((53,(61,54)),(49,((57,(50,(62,51))),(60,(52,(58,(63,59)))))))),((((((((((91,67),66),81),80),(65,(69,90))),(89,68)),(84,(83,82))),(((76,(88,(75,((73,(71,(86,70))),(85,(78,((79,74),72))))))),(87,77)),64)),(((41,42),(46,(44,45))),(((36,40),(((35,37),38),39)),43))),((48,47),(((32,(34,33)),((29,31),30)),(((22,(23,24)),(27,(28,(25,26)))),((17,(((18,19),21),20)),(((11,12),(14,(13,(16,15)))),(((6,(10,(9,(7,8)))),(4,5)),((2,3),1))))))))),(92,93)); TREE concat_mito_nuc_trJ = ((((55,56),((53,(61,54)),(49,((60,((58,(63,59)),52)),(57,(50,(51,62))))))),(((((((65,(69,90)),(((66,(67,91)),81),80)),(89,68)),(84,(83,82))),(((87,77),64),(76,(((78,(85,(72,(79,74)))),(((86,70),71),73)),(88,75))))),(((45,(46,44)),(41,42)),(((36,40),(((35,37),38),39)),43))),((47,48),((((20,((21,(19,18)),17)),(((28,(26,25)),27),(22,(24,23)))),(30,(29,31))),(((33,34),32),(((11,12),((16,(13,15)),14)),(((4,5),(6,(10,(9,(8,7))))),((2,3),1)))))))),(92,93)); END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 11296; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 11296; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 11296; END;