#NEXUS [written Tue May 18 17:58:00 EDT 2010 by Mesquite version 2.7 (build 510) at ComPhy.local/10.0.1.3] BEGIN TAXA; TITLE Araucariaceae_and_outgroups; DIMENSIONS NTAX=24; TAXLABELS Pinus_koraiensis Phyllocladus_asplenifolius Agathis_macrophylla Araucaria_bidwillii Araucaria_heterophylla Araucaria_columnaris Wollemia_nobilis Prumnopitys_ladei Taxodium_distichum Podocarpus_elatus Agathis_borneensis Cryptomeria_japonica Agathis_australis Agathis_robosta Araucaria_rulei Sciadopitys_verticillata Agathis_atropurpurea Taxus_baccata Araucaria_hunsteinii Agathis_microstachya Araucaria_angustifolia Araucaria_araucana Araucaria_cunninghamii Cunninghamia_lanceolata ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Araucariaceae_matK_and_rbcL; DIMENSIONS NCHAR=1965; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Pinus_koraiensis ????????????????????????????????????????????????????????????????????CCTGAATATCAGACCAAAGATACGGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGGGTGCCAGCCGAGGAAGCGGGTGCAGCAGTAGCTGCTGAATCTTCCACCGGTACATGGACCACTGTTTGGACCGATGGACTTACTAGTCTCGATCGTTACAAGGGTCGATGCTATGACATCGAGCCCGTTCCTGGAGAGGAGAATCAATTTATTGCCTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTCGAAGAAGGTTCTGTTACTAACCTGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGATTCAAGGCCCTACGGGCTCTACGTTTGGAAGATTTGCGGATTCCCCCTGCTTATTCCAAAACTTTTCAGGGTCCACCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAATACGGTCGTCCTTTATTGGGATGTACTATCAAACCAAAATTGGGTCTATCAGCCAAAAACTATGGTAGAGCAGTTTACGAATGTCTCCGTGGTGGACTCGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTAAATTCCCAACCATTCATGCGCTGGAGAGACCGTTTTGTCTTTTGTGCGGAAGCAATTAATAAGGCTCAGGCTGAGACGGGTGAAATTAAGGGACATTATTTGAATGCTACTGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGGGCAGTATTTGCAAGAGAATTGGGAGTTCCTATTGTTATGCATGACTACCTGACGGGAGGTTTTACCGCAAATACTTCTTTGGCTCATTATTGCCGAGACAACGGCCTACTTCTTCACATTCACCGCGCGATGCATGCAGTTATTGACAGACAAAGAAATCATGGTATGCATTTCCGTGTACTGGCTAAAGCATTGCGTATGTCCGGTGGAGATCATGTTCACGCCGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGGGAACGAGACGTCACTTTAGGGTTTGTTGATCTACTGCGTGATGATTTTATCGAAAAAGATCGAAGTCGTGGTGTTTACTTCACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGCGTCCTGCCCGTAGCTTCAGGAGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTTGGTGGGGGAACTTTGGGACATCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGCAGCTAATCGGGTTGCTCTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAGTGATCCGTGAAGCTTGTAAACGTTGTCTCATAGACCTTTCCCT--CAGCGAACTCATTTTCATCGAAAGATAAAACATATTATCATATTTTCTCGTCGAAAT------TCACTGAAA------AGTATCTGGTTGTTGAAGGATCCTAAAATTAACTATGTTAGATATGGTGAAAGATCTATTATAGCTATAAAAGGTACTCATCTCCTAGTGAAAAAATGTAGATATTATCTTCTACTTTTTCGGCAATGTTATTTCCATCTTTGGTC---CGAACCGTATAGGGTCTGTTCTCATCAATTATCCAAGAATTGTTCTTCTTCTCCAGGTTATTTTCTGAGGGTTCGGATGAACCCTCTTTTTGTCAGAACAAAAATGCTAGATGAGTTATTCATCGCCGATCTTATTACCAATGAATTTGATCCAATAGTTCCGATTGTACCAATACTTGGATTATTGGCTAGAGAAAAATTCTGTGACGTATCAGGACGGCCAATTAGTAAATTGTCTTGGACCAATCTAACAGATGATGATATCCTCAATCGATTTGATCAAGGTCGATGAAAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Podocarpus_elatus 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Agathis_borneensis 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Cryptomeria_japonica 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Agathis_australis 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Araucaria_rulei 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Araucaria_hunsteinii 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Agathis_microstachya 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Araucaria_angustifolia 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Araucaria_araucana 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Araucaria_cunninghamii ?????????????????GGTGTTGGATTTAAAGCTGGTGTTAGAGATTATAGATTAACTTATTATACTCCGGAATATCAGACCCTTGATACGGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTCACTCCTCAACCCGGAGTGCCCCCCGAGGAAGCAGGAGCAGCAGTAGCGGCTGAATCTTCTACCGGTACATGGACAACTGTTTGGACCGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAGGGGCGATGCTATGGCATCGAGCCTGTTCCTGGAGAGGAAACTCAATTTATTGCCTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACCAACCTGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGATTCAAAGCCCTACGGGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCCCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGCCGTCCCTTGTTGGGGTGTACTATCAAACCAAAATTGGGTCTATCTGCCAAAAATTATGGTAGAGCAGTTTACGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGACGAGAACGTGAATTCCCAACCATTCATGCGCTGGAGAGATCGTTTTGTCTTTTGTGCAGAAGCAATTTATAAAGCTCAGGCGGAGACGGGTGAAATTAAGGGGCATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGAGTAAGTTTCGCCTATGAATTGGGAGTTCCCATCGTCATGCATGACTATCTGACGGGAGGTTTTACGGCAAATACTTCGTTGGCTCATTATTGCCGAGATCATGGCCTACTTCTTCATATTCACCGCGCAATGCATGGAGTTATTACCAGACAAAAAATTCATGGTATGCACTTTCGTGTGCTGGCTAAAGCATTGCGTATGTCTGGCGGAGATCATGTTCACGCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGTGAACGAGAAGTTACTTTAGGTTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTATTTTACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGTGTTTTGCCTGTAGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCTGTATTACAGTTTGGTGGGGGAACTTTGGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATCGGGTCGCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATCCGTGAAGCAGCTAA-CGTTGTCCTATGGATCTTTTCCC--GATCGAACTCATTTTGATCGAAAAATCCAAAATATTCTCATATTTCCGCGTAAAAAT------TCAAGTAAA------AAGATCTGGTTGTTAAAGGATCCTTTCATTCACTATGTGAGATATGGAGAAAGATCCCTTATAGCTCTGAAGGGTACTCACCTTCAAGTGAAAAAATGTAGATATCATCTTCTAAACTTTTGGCAATGTTATTTCCATCTTTGGTT---CCAACCGTATAGGGTATGTATTCTTGAATTATCCAAGAATTGTTCCTCTTTTCTAGGTTTTTTTCTGAGTGTTAAAATGAAATCTCTCATGGTTAGGACCAAAATGGTAGATGATTTATTGATTACCTATATCATTACGAATGAATTCGATGCAATAGCCCCTATTAGATCCATAATAGGATTATTAGCTAAAGAAAGGTTCTGCGACATCTCAGGGCGACCAATTAGTAAATTGGCTTGGACCAGTTTATCAGATGATGATATCCTCGATCGATTCGATCGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cunninghamia_lanceolata ??????AGACTAAAGCAAGTGTCGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGATTAACTTATTATACTCCGGAATATCAGACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTCACTCCTCAACCCGGAGTACCCCCCGAAGAAGCGGGAGCAGCAGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACCACTGTTTGGACCGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAGGGGCGATGCTATGATATTGAACCCGTTCCTGGAGAGGAAACTCAATTTATTGCCTATGTAGCTTACCCTTTAGATCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTCACTTCTATTGTAGGTAATGTATTTGGATTCAAAGCCTTACGGGCTCTACGTCTGGAAGATCTACGAATTCCTCCTGCTTATTCAAAAACTTTTCAAGGCCCACCACATGGTATCCAAGTGGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGTCGTCCTTTGTTGGGATGTACTATCAAACCAAAATTGGGTCTATCTGCCAAGAATTATGGTAGAGCGGTTTACGAATGTCTCCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAATTCCCAACCATTTATGCGCTGGAGAGATCGTTTCTGCTTTTGTGCAGAAGCACTTTATAAAGCTCAGGCTGAGACGGGTGAGATTAAGGGACATTACCTGAATGCTACTGCAGGTACAAGTGAAGAAATGATGAAAAGAGCAGTATTCGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTCATGCATGACTATCTGACTGGAGGTTTTACGTCAAATACTTCGTTGGCTCATTATTGCCGAGATAACGGCCTACTTCTTCACATTCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAATCATGGTATACACTTCCGTGTACTGGCTAAAGCACTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGAACGAGAAGTCACTTTGGGTTTTGTTGATCTATTGCGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCGGGTGTTCTGCCTGTAGCTTCAGGAGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTATTACAGTTTGGTGGAGGGACTTTGGGGCATCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTGGCTAATCGGGTCGCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCACGTGAAGGTAACGAAGTGATCCGCGAAGCTACTAAACGTTGTTATATGGATCTTTTCCC--GATCGAACTCATTTTGATAAAAAGATTAAACATATTGTCATATTTCCCCGTAAAATT------TCAACGAAA------AGGATCTGGTTGTTGAAGGATCCTTTCATGCATTATGTGAGATATGGAGAAAGATCCCTTATAGCTCTAAAGGGTACTCACCTCCAAGTGAAAAAATGTAGATATCATCTGTTTCATTTTTGGCAATGCTATTTTCATCTTTGGTT---TCAACCATATAGGGTATGTAGTCTTGAATTATCCAAGACTTATTCTTCTTTTTTAGGTTATTTTCTGCATGTTAAAATGAAACCTCTCGTAGTTAGGGCCAAAATGCTAGATGATTTATTCATTACCGATCTCATTACTATTGAATTAAACCCAATAGCTCCGATTAGATCAATTCTTTTCTTTTTGGCTAAAGAAAAGTTTTGTGACATCTCAGGGCGGCCAATTAGTAAATTGTCTTGGACCAGTCTATCAGATGATGATATCCTCGATCGATTCGATCGAATTTGGATAAATCTTTTTTATTACTACAGCGGATCAATCAATCAAGATGGTTTATACCATATAAAGTATATACTTCTACTTTCATGTGCT ; END; BEGIN TREES; Title maximum_clade_credibility_tree_scenario_a; LINK Taxa = Araucariaceae_and_outgroups; TRANSLATE 1 Pinus_koraiensis, 2 Phyllocladus_asplenifolius, 3 Agathis_macrophylla, 4 Araucaria_bidwillii, 5 Araucaria_heterophylla, 6 Araucaria_columnaris, 7 Wollemia_nobilis, 8 Prumnopitys_ladei, 9 Taxodium_distichum, 10 Podocarpus_elatus, 11 Agathis_borneensis, 12 Cryptomeria_japonica, 13 Agathis_australis, 14 Agathis_robosta, 15 Araucaria_rulei, 16 Sciadopitys_verticillata, 17 Agathis_atropurpurea, 18 Taxus_baccata, 19 Araucaria_hunsteinii, 20 Agathis_microstachya, 21 Araucaria_angustifolia, 22 Araucaria_araucana, 23 Araucaria_cunninghamii, 24 Cunninghamia_lanceolata; TREE TREE1a = ((1:238.14449446551208,((18:158.32923885085776,(24:95.33633316354695,(9:44.17836729704155,12:44.17836729704155):51.15796586650541):62.99290568731081):65.28780862309333,16:223.6170474739511):14.527446991560993):60.22724377766437,(((7:132.46446937764748,(13:61.66226391159756,((11:17.033802328613234,(14:7.430196949965364,(20:3.4547514598579028,17:3.4547514598579028):3.975445490107461):9.603605378647899):9.643545316137732,3:26.677347644750967):34.9849162668466):70.80220546604991):58.20389182161185,((23:55.82566074643589,((15:9.027209295919675,6:9.027209295919675):21.199360668234533,5:30.22656996415421):25.599090782281678):95.70529479107773,((21:13.095558654407995,22:13.095558654407995):102.03135312224987,(19:13.38665930955753,4:13.38665930955753):101.74025246710033):36.40404376085576):39.1374056617457):60.42067631035488,((10:97.127898291041,8:97.127898291041):38.520964861992624,2:135.64886315303363):115.44017435658057):47.28270073356225); END; BEGIN TREES; Title maximum_clade_cridibility_tree_scenario_b; LINK Taxa = Araucariaceae_and_outgroups; TRANSLATE 1 Pinus_koraiensis, 2 Phyllocladus_asplenifolius, 3 Agathis_macrophylla, 4 Araucaria_bidwillii, 5 Araucaria_heterophylla, 6 Araucaria_columnaris, 7 Wollemia_nobilis, 8 Prumnopitys_ladei, 9 Taxodium_distichum, 10 Podocarpus_elatus, 11 Agathis_borneensis, 12 Cryptomeria_japonica, 13 Agathis_australis, 14 Agathis_robosta, 15 Araucaria_rulei, 16 Sciadopitys_verticillata, 17 Agathis_atropurpurea, 18 Taxus_baccata, 19 Araucaria_hunsteinii, 20 Agathis_microstachya, 21 Araucaria_angustifolia, 22 Araucaria_araucana, 23 Araucaria_cunninghamii, 24 Cunninghamia_lanceolata; TREE TREE1b = ((1:202.827484,((2:95.493568,(8:79.208206,10:79.208206):16.285362):94.579735,((7:49.391903,(13:23.428791,(3:10.535193,(11:7.260068,(14:3.222985,(17:1.601831,20:1.601831):1.621153):4.037084):3.275125):12.893598):25.963112):17.220165,(((4:4.891196,19:4.891196):20.026865,(21:5.128211,22:5.128211):19.78985):20.314974,(23:20.852404,(5:13.049931,(6:4.540843,15:4.540843):8.509089):7.802472):24.38063):21.379034):123.461227):12.754186):26.988716,(16:172.372543,(18:118.836212,(24:65.330109,(9:29.343876,12:29.343876):35.986233):53.506104):53.536335):57.443653); END;