#NEXUS [written Mon Oct 11 22:48:20 EDT 2010 by Mesquite version 2.73 (build 544) at ComPhy.local/10.0.1.3] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Hydrilla_verticillata Najas_marina_MI.Lk16 Najas_marina_MN.PelicanLk Najas_marina_MN.BeckerLk Najas_marina_FL.CapeCoral Najas_marina_MN.FloridaLk Najas_minor_MI.HeritagePk Najas_minor_CT.PachaugPd Najas_minor_CT.LkWinnemaug Najas_minor_CT.MansfieldHollow Najas_gracillima_CT.KnowltonPd Najas_gracillima_CT.BerlinPd Najas_gracillima_CT.PachaugPd Najas_gracillima_CT.BigelowHollow Najas_gracillima_CT.GayCitySP Najas_tenuifolia_Australia Najas_browniana_Australia Najas_arguta_Brazil Najas_guadalupensis_subsp_floridana_FL.FIU Najas_guadalupensis_subsp_floridana_FL.BonitaSpgs Najas_flexilis_CT.DogPd Najas_flexilis_CT.ETwinLk Najas_flexilis_CT.GreatPd Najas_flexilis_VT.BurrPd Najas_hybrid_CT.LeonardLk_paternal Najas_hybrid_CT.ETwinLk_paternal Najas_hybrid_CT.MaltbyLk_paternal Najas_guadalupensis_subsp_muenscheri_NY.HudsonR Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_CT.Wononscopomuc Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_LA.LSU Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_GA.LkSeminole Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_OK.LkMurray Najas_hybrid_CT.LeonardLk_maternal Najas_hybrid_CT.ETwinLk_maternal Najas_hybrid_CT.MaltbyLk_maternal Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_CT.TylerLk Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_CT.BantamLk Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_MN.NisswaLk Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_MI.Lk16 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Indels; DIMENSIONS NCHAR=93; FORMAT DATATYPE = STANDARD GAP = - MISSING = ? 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Najas_marina_MN.FloridaLk 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Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_CT.Wononscopomuc 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Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_CT.BantamLk 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Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_MN.NisswaLk ????????????????????GAAGGATCATTGTCGATGCCTTGGGAGGATTAAGCGAATTGGTGATCAACCCGT----GGTGG-----GGAGACGGATCGGCAATCCCTTGTCGTTCCCCCC------TGCCGCAATCGTGTCTTTCCCTTC-CTTCTCGCCATGCTGGCGGGC---AAGGAT-GGCATGCACGAAACTT-AACAAACCCTCGGCGCGGGACGCGTC-AAGGACCATAGAAAC--GCG-ATGAGGGGGCGTCGGCGCAGCTTGATCTCGTGTACGCAC--GATGCGCA--TGCTGA---TCCATGTCCCTG-TCGTACC----AAYTAACGATGACTCTCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGGAGCCATCAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCGCATGTACCATCGCTCCTCCACCTCCTCTCCCTTAGAGGATGCGTGGTTCGGTGAGCTGGAATTTGGCTGTCCGTGTTTCGG??????--???????????-?????????????????-?????????????????????????--????????-??-???--?????????????????????????-?????--?????????????????-????????---?????????????????---????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-??????-------------???????????????????????-?????????????????????????????????????????----??????----?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-???????????????????????????????????????????????????????????---------???????????????????????????????????????????????????????????-----???????????------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-----????????????????-------?????????????????????-------------------------------------??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????------??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????------------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????------??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????------????????????????????????????????????????????????????????????-????????????????-------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_MI.Lk16 TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGATGCCTTGGGAGGATTAAGCGAATTGGTGATCAACCCGT----GGTGG-----GGAGACGGATCGGCAATCCCTTGTCGTTCCCCCC------TGCCGCAATCGTGTCTTTCCCTTC-CTTCTCGCCATGCTGGCGGGC---AAGGAT-GGCATGCACGAAACTT-AACAAACCCTCGGCGCGGGACGCGTC-AAGGACCATAGAAAC--GCG-ATGAGGGGGCGTCGGCGCAGCTTGATCTCGTGTACGCAC--GATGCGCA--TGCTGA---TCCATGTCCCTG-TCGTACC----AATTAACGATGACTCTCGGCAACGGATATCTAGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGGAGCCATCAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCGCATGTACCATCGCTCCTCCACCTCCTCTCCCTTAGAGGATGCGTGGTTCGGTGAGCTGGAATTTGGCTGTCCGTGTTTCGGGAACAC--GGTTGGCTCGA-CGTCTGTGCTCC-GCGA-TGCGCAAGTGTCACGACGGGTGGTG--ATCGATTC-GA-ATG--CCCGTGTACGTCGTGACCTGCCGCG-TGGTG--TACC-GCTTAATCGCCC-TGCGGAGT---GGCACGATCCTGTGCCC---CTCCCAAACTATACGGACCCCAGGT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-??????-------------???????????????????????-?????????????????????????????????????????----??????----?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????TATAGAGTGAAGACAGATGTGTATAAGAAACAGCATATTGATAAAAGGAA---------TCCAAAGTCAAAAGAGCGATTAGGCTGCAAAAATAAAGGATTCTTTGCTTTCTCTTTTT-----AAATGTAAATG------------------------TTTGTGGGTCAAACCCTTTGGGTGGAAAGAGAGAAAAAGATCCGTTGACTGGATTATTTGTTTCCAGGGTATCTCTTTTTT-----GATTACTATGTACTTC-------ATTTCTTAATTTCTKATTTGA-------------------------------------TTTTAGATATACCTTGTTTTGACCATCTCGCACTATGTATCATTTGATCACTCAAGAAAGACTTTTTGCTCTGGCTTAAGTTAAGTATGTATTATTGGAAAT---GGAAAAATTCCAAAGAGATTTCGAAAAAAATAGATATGTGCAACAACACTTCCTATATCCGCTTTTCTTTCAGGAATATATTTACGTACTTGCTCATGGTCATGGTTTAAACGGATCCTTTTTTGATGAATCCACAGGTATTTTTGGTTCTGATAAGAAATCTA------GTTTGGTACTTGTGAAACGCTTCATTATTCGAATGTATCAACAGAGTTATTGGATTCATTCGTTGAATGATTCTAATCAAAATAGAATCATGGGACACAGCAATCCTTTT------GTTTTTCAAATGCTATTAGGGACCTTTGCAGTCATTCTAGAAATTCCTTTTTCCCTTTCATATTCTTTTTCTTCA------------AAAAACGAAATACCAAAATATCAGAATCTCCAATCTATTCATTCGATATTTCCTTTTTTAGAGGACAAATTTTCCCATTTAAACGATATCTTAGATATAGTAATACCCTATCCTATTCATCTTGAAATCTTGATTCAGATTCTACAATCCTGGATAAGAGATGTTCCCTCTTTGCATTTATTGCGATTTTTTTTATATGAATATCATAATGGGAATAGTTTCATTGCTCTAAATAAATCGAGTTCTCTTTTTTCAAAAAAGAATCCAAGACTATTTTTGTTCTTATATAATGCTTATGTATTGGAATATGAATCCGTATTTTGTTTTCTCCGTAGAAATTCCTCTTATTTACTATCTACATTTTTTGGAGATTTTATGGAACGAACCCATTTCTATGGGAAAATAGAGCATCTTGTAGTAGTTTTCCGTAATGATTTTCAAAAAAGTTTACAGTTTTTTACGGATCCTTGTATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAATCCATTATTGCTTCAAAGGGATCCTCTTTTTTACTGAAGAAATGGAAATGTTACTTTGTCCATTTTTGGCAATGTAATTTTTACTTTTGGTTTCAACCATATAGGATTCGTATAACCCCATTATCCAATCATTCTTTCTATTTTTTGGGTTATCTTTCAAGTGGATTAAGAAATTCTTTAGCAATAAAAAGTAAAATGCTGGAGTACTCTTTTCTAATAGACACTGTTATTAAGAAATTCGATACTATAGTTCCAGTTCTTCCTGTTGTAGGGTCCTTGTCTAAAGCTAGATTTTGTAATAAATTGGGGCATCCCATTAGTAAGTCAGTTTGGACTGACTTATCTGATTCGGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTATAGTGGATCCTCAAAAAAGCAGAGTTTATATCGAATGAAGTATATACTTCGGCTCTCGTGTGCTAAAACCTTGGCTCGTAAGCATAAAACTACAGTACGCAGTTTTTTGCAAAAATTCGGTTCAGGGTTGTTAGAAGAATTCTTTACG------GAAGAAGAAAAAGCTCTTTCTTTGGTCTTAGCAAAAACTTCTTTTTCTTCGCATGAGTTAAATAGAGAGCATATTTGGTATTTGGATATTATTCGTATCAATTCATTTGATAAATTCTTCATGATTAATATAATTAAATCAGAGGCTATCCAAATAGAATTGAAAGAAAAGAATATAAAAATTTTTGAGAGATCTAAGGGAA------TCTTTCTATTCTGAAATGCTCATGCAATAGTGGTAGAATACCTTGAGTAGACCACTTTTT-ATCGTTTTTCCAAATT-------GAGGTTTTGGATGTATACATAGGGAAAGTCGTGTGCAATGAAAAATGCAAGCACGCTTTGGGGAGGGGACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTCACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTATCATATCGAGCCAGTTGCTGGAGAGGAAGATCAATATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAGGGTTCTGTTACCAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGCTTGGAGGATTTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTTCAAGGTCCACCTCATGGAATCCAAGTCGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGTCGTCCTCTATTGGGATGTACTATTAAACCCAAATTGGGATTATCTGCGAAAAACTACGGTAGAGCCGTTTATGAATGTCTACGCGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTGAACTCACAGCCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTTCTATTTTGTGCTGAAGCAATTTATAAAGCACAAGCCGAAACGGGTGAAATTAAAGGACACTACCTGAATGCTACTGCGGCTACATGTGAAGAAATGATCAAAAGGGCCGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTATTTAACAGGGGGTTTCACTGCAAATACTAGTTTGGCTTTTTATTGCCGAGACAACGGCTTACTTCTTCATATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATACACTTTCGTGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGGGATCATATTCACTCTGGTACAGTAGTGGGTAAACTAGAAGGTGAACGTGAGATGACTTTAGGCTTTGTTGATTTACTACGTGACGATTATATCGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTTCTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCGGGTGTTCTGCCTGTAGCTTCAGGAGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTCTG ; END; BEGIN TREES; Title combined_TB; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Hydrilla_verticillata, 2 Najas_marina_MI.Lk16, 3 Najas_marina_MN.PelicanLk, 4 Najas_marina_MN.BeckerLk, 5 Najas_marina_FL.CapeCoral, 6 Najas_marina_MN.FloridaLk, 7 Najas_minor_MI.HeritagePk, 8 Najas_minor_CT.PachaugPd, 9 Najas_minor_CT.LkWinnemaug, 10 Najas_minor_CT.MansfieldHollow, 11 Najas_gracillima_CT.KnowltonPd, 12 Najas_gracillima_CT.BerlinPd, 13 Najas_gracillima_CT.PachaugPd, 14 Najas_gracillima_CT.BigelowHollow, 15 Najas_gracillima_CT.GayCitySP, 16 Najas_tenuifolia_Australia, 17 Najas_browniana_Australia, 18 Najas_arguta_Brazil, 19 Najas_guadalupensis_subsp_floridana_FL.FIU, 20 Najas_guadalupensis_subsp_floridana_FL.BonitaSpgs, 21 Najas_flexilis_CT.DogPd, 22 Najas_flexilis_CT.ETwinLk, 23 Najas_flexilis_CT.GreatPd, 24 Najas_flexilis_VT.BurrPd, 25 Najas_hybrid_CT.LeonardLk_paternal, 26 Najas_hybrid_CT.ETwinLk_paternal, 27 Najas_hybrid_CT.MaltbyLk_paternal, 28 Najas_guadalupensis_subsp_muenscheri_NY.HudsonR, 29 Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_CT.Wononscopomuc, 30 Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_LA.LSU, 31 Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_GA.LkSeminole, 32 Najas_guadalupensis_subsp_guadalupensis_OK.LkMurray, 33 Najas_hybrid_CT.LeonardLk_maternal, 34 Najas_hybrid_CT.ETwinLk_maternal, 35 Najas_hybrid_CT.MaltbyLk_maternal, 36 Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_CT.TylerLk, 37 Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_CT.BantamLk, 38 Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_MN.NisswaLk, 39 Najas_guadalupensis_subsp_olivacea_MI.Lk16; 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