NEXUS
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[Matrix accession#: M1623]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1623;
	DIMENSIONS  NTAX=20;
	TAXLABELS
		Piromyces_PrI	Piromyces_polycephalus	Orpinomyces_sp_2	Orpinomyces_sp_1	Orpinomyces_sp	Orpinomyces_KF3	Orpinomyces_KF2	Orpinomyces_KF1	Neocallimastix_patriciarum	Neocallimastix_hurleyensis	Neocallimastix_frontalis_SR4	Neocallimastix_frontalis	Caecomyces_communis	Anaeromyces_sp_AUC2	Anaeromyces_sp_AUC1	Anaeromyces_sp	Anaeromyces_K9	Anaeromyces_K5	Anaeromyces_JF1	Anaeromyces_BF1
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1623;
	DIMENSIONS NCHAR=334;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Piromyces_PrI                      AAGGATCATTAATAAATGGCTCGAT-------TTTTAGAGCATTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT-GTTTGAAATAATTTTTTTTT---------------AAAA---TTATT------GATGTCTTTCCC--------TGTTGAATTGGTTGGT----CGTAAGACTAA---GTGATTCTCAGGTGATAG-------TCAATAA----TTTTT--------------AAAAAGACCTTTTTTTAAATTAAA-CTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAATTA-TTTTTA------TAATATAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Piromyces_polycephalus             AAGGATCATTAAAAAATTCTGACTCTTAAAAGAGTTAGA--AACAATAATCATCCTACCCTATGCGAATTTGTTTGTTTGAAATAATTTTTTTTTTGATA-------AAAAAAA---TTATTT----GAATGTCTTTCCC--------TGATGCTTTGAGGAGTTTTTTTTTATAAAGACTTCTGGAGCTCAGGGGATAGA--TTTCAAATTAT----TTTTTTTTAT-------TAAGAAAGACCTTTTTTTTAAATAAAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAAAAAATTTTTTTAAAA-TAATATAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Orpinomyces_sp_2                   AAGGATCATTAAAAAATAAT--CACAGTTTTGTG---AT--TTTAATAATCATCCTACCCTGTGTGAATTTGTT---TTGTAAA------------------------GAAAAT---TTATGT-------TGTCTATCCC--------TGGTGGTTTTT-GG----AAAAGTTGAAAAACTTTTTC--------GAATCC---TCAGGGACTAG---GCTTT-CAT---------------AGACCTTTTTTT-AAATTAAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAATTT--ATTTT---TAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Orpinomyces_sp_1                   AAGGATCATTAAAAAATAAT--CACAGTTTTGTG---AT--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT---TTGTTT-------------------------GAAAAT---TTATGT-------TGTCTATCCC--------TGGTGGTTTT--GG----AAAAGTTGAAAAACTTTTTC--------GAATCC---C-AGGGACTAG---GCTTT-CAT---------------AGACCTTTTTTT-AAATTAAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAATTT--ATTTT---TAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Orpinomyces_sp                     AAGGATCATTAAAAAATAAT--CACAGTTTTGTG---AT--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT---TTGTAAA------------------------GAAAAT---TTATGT-------TGTCTATCCC--------TGGTGGTTTTTTGG----AAAAGTTGAAAAACTTTTTC--------GAATCC---TCAGGGACTAG---GCTTT-CAT---------------AGACCTTTTTTTTAAATTAAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAATTT--ATTTT---TAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Orpinomyces_KF3                    AAGGATCATTAAAAAATAAT--CACTGTATTGTG---AT--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT---TTGTTT-------------------------GAAAAT---TTATGT-------TGTCTATCCC--------TGGTGGTTTT--GG----AAAAGTTGAAAAACTTTTTC--------GAATCC---C-AGGGACTAG---GCTTT-CAT---------------AGACCTTTTTTT-AAATTAAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAATTT--ATTTT---TAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Orpinomyces_KF2                    AAGGATCATTAAAAAATAAT--CACAGTTTTGTG---AT--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT---TTGTAAA------------------------GAAAAT---TTATGT-------TGTCTATCCC--------TGGTGGTTTTTTGG----AAAAGTTGAAAAACTTTTTC--------GAATCC---CTAGGGACTAG---GCTTT-CAT---------------AGACCTTTTTTT-AAATTAAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAATTT--ATTTT---TAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAGTGGATCT
		Orpinomyces_KF1                    AAGGATCATTAAAAAATAAT--CACAGTTTTGTG---AT--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT---TTGTTT-------------------------GAAAAT---TTATGT-------TGTCTATCCC--------TGGTGGTTTT--GG----AAAAGTTGAAAAACTTTTTC--------GAATCC---CCAGGGACTAG---GCTTT-CAT---------------AGACCTTTTTTT-AAATTAAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAATTT--ATTTT---TAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Neocallimastix_patriciarum         AAGGATCATTAAAAAATATCA-CTCGATTGAGAGT--GA--TTTAATAATCATCCTACC-TTTGTGAATTTGTT----TGTAATG--------------------------------TTATTTATG---TTGTCTATCCC-----TTGGAA-AGTTTGTTC-------------ATTTAA--ACCC-----AGGGAATAGGCTTTCATAAATAA---GTTTTTTTT-----AAAGTCTTAAAAGACCTTTT---AAAATTAAACTTTTGTATTC-TTTGTCTAAAATTTTTTTTTT---AAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Neocallimastix_hurleyensis         AAGGATCATTAAAAAATATCA-CTTGATTGAGAGT--GA--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTTTGTTTGAAATAATTTTTTTTTGATTT----TAAAAAAAAA---TTATTTATGGTTTTGT-TATCCC-----AAAAATTGGTTTGTTTGTTGCAAAAGACAAGTGAATCATT------AGGGAATAGGCTTTCATAAATAA---GTTTTTTTT-----AAAGTCTTAAAG-----------------AAACTTTTGTATTCATTTGTCTAAA-TTA-TTTTTA---AAATAATTTAAAAACAACTTTTTGACAATGGATCT
		Neocallimastix_frontalis_SR4       AAGGATCATTAAAAAATATCG-CTCGATTGAGAGT--GA--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT-GTTTGTAATAATTTTTTTTGATTTT-----AAAAAAAAA---TTATTTATGGTTTTGTCTATCCC-----TAAAATTGGTTTGTTGT------GAAATGAATCAA--ATTT-----AGGGAATAGGCTTTCATAAATAA---GTTTTTTTT-----AAAGTCTTAAAGACCTTTTTT--AAAATTAAACTTTTGTATTCATTTGTCTAAA--TCTTTTTTT---AAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Neocallimastix_frontalis           AAGGATCATTAAAAAATATCG-CTCGATTGAGAGT--GA--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT-GTTTGAAATAATTTTTTTTTGACGTGGAATAAAAAAAAAAAATTATTTATGGTTTTGT-CTATCC-----CTAAATTGGTTTGTTTGTTGCAAAAGACAAGTGAATCATTT-----AGGGAATAGGCTTTCCTAAATAATTGATTTTTTTTTTTCCAATGTCTTAAAAGACCTTTTTTTAAAATTAAACTTTTGTATTCATTTGTCTAAA-ATAATTTTTA---AAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Caecomyces_communis                AAGGATCATTAAAAAATATCG-CTCGATTGAGAGT--GA--TTTAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTT-GTTTGAAATAATTTTTTTTTGACGTGGAATAAAAAAAAAA--TTATTTATGGTTTTGT-CTATCC-----CTAAATTGGTTTGTTTGTTGTAAAAGACAAGTGAATCATTT-----AGGGAATAGGCTTTCCTAAATAATTGATTTTTTTT---CCAATGTCTTAAAAGACCTTTTTTTAAAATTAAACTTTTGTATTCATTTGTCTAAA-ATAATTTTTA---AAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Anaeromyces_sp_AUC2                AAGGATCATTAATAAATTTTCCAACAAATGTGT--TGGA-TAATAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTTTGTTTGAAATAATTTTTTTTT-------------AAAAAA---TTATTTA---GAATGTCTTTCCC--------TGAAATTGTGAGGAGCT---TGTAATGGTGAATTGCAATTC--AGGGGATAGA--TTTTCTAGTAA----TTTTTT------------AGGAAAGACCTTTTTT-AAAATAAAACTTTATGTATTCATTTGTCTAAAAAAAATTTTTAAATAA-TAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Anaeromyces_sp_AUC1                AAGGATCATTAATAAATTTTCCAACAAATGTGT--TGGA-TAATAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTTTGTTTGAAATAATTTTTTTTT-------------AAAAAA---TTATTTA---GAATGTCTTTCCC--------TGAAATTGTGAGGAGCT---TGTAATGGTGAATTGCAATTC--AGGGGATAGA--TTTTCTAGTAA----TTTTTT------------AGGAAAGACCTTTTTTTAAAATAAAACTTTATGTATTCATTTGTCTAAAAAAA-TTTTTAAATAAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Anaeromyces_sp                     AAGGATCATTAAAAAATTCTGCCATTGTTTGGTG---GA--AACAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTTG-TTTGTAATAATTTTTTA------------AAAGAAAAA---TTATTTAC-----TGTCTATCTCCTGAATAGTAAAAGTTGGAAGGGAGTAAAATCTAGGAAACTTTTGCTTTC-AGGGAATAG---TATGTTAATAA---ATTTTTCATTT-----------TAAGACCTTTTTTTTAAATTTAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAATTA--TTTTT---AAATAAT?TAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Anaeromyces_K9                     AAGGATCATTAATAAATTTTCCAACGATCC--TGTTGGAATAATAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTTTGTTTGAAATAATTTTTTTTTT------------AAAAAA---TTATTT----GAATGTCTTTCCC--------TGAAATTGTGAGGAGC----TGTAATGGTAACTTGCAATTC--AGGGGATAGA--TTTTCTAGTAA----TTTTTT------------AGGAAAGACCTTTTTTTAAAATAAAACTTTATGTATTCATTTGTCTAAAAAAAATTTTTAAATAA-TAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Anaeromyces_K5                     AAGGATCATTAATAAATTTTCCAACGAATTGGTGTTGGAATAATAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTTTGTTTGAAATAATTTTTTTTTT------------AAAAAA---TTATTTA---GAATGTCTTTCCC--------TGAAATTGTGAGGAGC----TGTAATGGTAACTTGCAATTC--AGGGGATAGA--TTTTCGAGTAA----TTTTTT------------AGGAAAGACCTTTTTTTAAAATAAAACTTTTCGTATTCATTTGTCTAAAAAAATTTTTAAATAAA-TAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Anaeromyces_JF1                    AAGGATCATTAATAAATTT-CCAACAAATGTGT--TGGA-TAATAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTTTGTTTGAAATAATTTTTTTTTT------------AAAAAA---TTATTTA---GAATGTCTTTCCC--------TGAAATTGTGAGGAAAC---TGTAATGGTGAATTGCAATTC--AGGGGATAGA--TTTTCTAGTAA----TTTTTT------------AGGAAAGACCTTTTTTTAAAATAAAACTTTATGTATTCATTTGTCTAAAAAAAATTTTTAAATAAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
		Anaeromyces_BF1                    AAGGATCATTAATAAATTT-CCAACAAATGTGTGTTGGA-TAATAATAATCATCCTACCCTTTGTGAATTTGTTTGTTTGAAATAATTTTTTTTT-------------AAAAAA---TTATTT----GAATGTCTTTCCC--------TGAAATTGTGAGGAGCT---TGTAATGGTGACTTGCAATTCC-AGGGGATAGA--TTTTCTAGTAA----TTTTTT------------AGGAAAGACCTTTTTTTAAAATAAAACTTTTTGTATTCATTTGTCTAAAAAAA-TTTTTAAATAAATAATTTAAAAACAACTTTT-GACAATGGATCT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 334 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET 18S = 1 - 9 ; 
 CHARSET ITS1 = 10 - 323 ; 
 CHARSET 5.8S = 324 - 334 ; 
 CHARPARTITION 18S_5.8S = 18S: 1 - 9 , Default: 10 - 323 , 5.8S: 324 - 334 ; 
 CHARPARTITION COMBINED = 18S: 1 - 9 , ITS1: 10 - 323 , 5.8S: 324 - 334 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS GAPMODE = NEWSTATE ; 
 END;