NEXUS
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[Matrix accession#: M1624]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1624;
	DIMENSIONS  NTAX=17;
	TAXLABELS
		Spizellomyces_pseudodichotomus	Spizellomyces_plurigibbosus	Spizellomyces_kniepii	Rhizophydium_sp	Rhizophlyctis_rosea	Powellomyces_sp	Piromyces_PrI	Orpinomyces_KF3	Orpinomyces_KF2	Orpinomyces_KF1	Neocallimastix_frontalis_SR4	Kochiomyces_dichotomus	Gaertneriomyces_semiglobiferus	Anaeromyces_K9	Anaeromyces_K5	Anaeromyces_JF1	Anaeromyces_BF1
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1624;
	DIMENSIONS NCHAR=430;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Spizellomyces_pseudodichotomus       ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCTTC-CTGGTATTCCGGGGA-GCATGCCCGTTTCAGAATCATTAAAAT---CTCACCGCAGTGGAGCTTTTCG-----G---AGCTCCGCTTTTGAGTGGATTTGGATGCTT-T------GTTTCGACAATCGT-----CTTA---AAATGATAGTG---------TGTGCATCCATCGACTATTCC--TTGGGTTACCAAAGTGCA-ACAGATTTTTCTATTTCGCTT--TGACAGCTCTTGGGGTTGGA----CGGAAGCATATACCCAACT--TCTTAACAACTGTTT-----TGCCCTTGGGTAAAACA-------TTTGATAACTTGGTCTGAAATCGGGCAAGAAAACCCGCTGAACTTAA
		Spizellomyces_plurigibbosus          ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCTCC-CTGGTATTCCGGGGA-GCATGCCCGTTTCAGAATCATTTTAAT---ATCTCACCAAGTTATGGGTGGA---------AGCTCATAACAAGGTGGAATTTGGATGTTT-TT---GTCTCTGTACAATCAT-----CTTA---AAGTGATCGTA---------TGTGCTTGAGTGTGCTCTGGCAGTTGGGTA-CCAACGTGCA-ACACATTTTATCTTTTCGCTT-TGGTATTTAAATGAAATCAGG-TACCTGAAGCGTATATTTGCTGGCTTACAGATCTTATGC-----ATAAAGCATGTATGGCT------T-CTGATAACTTGGTCTGAAAT-GGGCAAGAAAACCCGCTGAACTTAA
		Spizellomyces_kniepii                ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCTCC-CTGGTATTCCGGGGA-GCATGCCCGTTTCAGAATCATTAAAAT---CTCACAAACCTCGGTTTCTTGG----------GAAAACGGGAGGCGTGGATTTGGGTGCTT-TT---GCGGCTTTGCCAGCGA-TGCACCTG--TAAATGATTGCGA--------CGTGCGCCAATT-GTCTTGTCAACTGGTCGTCCGAAGCGCA-ACAGATTCA-TCTATTCGTTT-TGGTC??C?GC--TGGCTGATTTG---GAGGCACGGGACTCAACT-TATCAACCGGGGTCC-----TGCGGTTTTGCAGGACT------TGCTGATAACTTGGTCTGAAATCGGGCAAGAAAACCCGCTGAACTTAA
		Rhizophydium_sp                      ---CGATACGTAATGTGAATTGC---TTTCCGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCATATTGCACTCC-TTT---------GGA-GTATGCCTGTTTGAGAATCCGCGAT--------GATCTCT-TTGGAGGACGTCGAGTG-----------------TCCCGTTTGGGTG-----CTTGGAAA---------TGGATGCTTTGCCGGC------------GTGTGTGAGCGCGCGACGA-----TCCAGCGC----GTCGGCATCT---GTGTGTGTTTGGT------CTGTGT-------TTCTGTTTGGTTAGAGTGCTCTGT--GCTACACCAAAACAACAGACACACC------AAGACACCAAAACACC-----------AAAAATAGATCTCAAATCAGGTAGGAAAACCCGCTGAACTTAA
		Rhizophlyctis_rosea                  ATGCGATACGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCTCC-CTGGTATTCCGGGGA-GCATGCCTGTTTGAGAATCAGTAAAATCCTCAAGACTTCTGTTTGAGAGTGACGGACTCGGCTTCGGCTAGGTCCTTCCGTTTGAGCAGTAGTCTTGGAAAATGGACTGTTGATTGTTTCTTCGGGAACAAAATCATAGTCTTAAGGTAAGCCTCGAAGCCTTCCTTTGCTATGGACAGGATTTCAGATGCATGAACGGTGTTTCACTGCGTAATACATCTGTGATTGGTTCTGGTGCATTGAAAGCTGTTTCGATCCCACTTAAATTTCGGGAGAAGGATGTTTCGACATCGTATATCCTTGAACACTTGGTCTCAAATCAGGTAGGAAAACCCGCTGAACTTAA
		Powellomyces_sp                      ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCTTC-CTGGTATTCCGGGGA-GCATGCTCGTTTCAGAATCATTAAACT---CTCAAAAACCATACGGTTTTCG----------GACCGTGTGGGGCTTGGATGTGTGCGGGA-ACTGCCCTTCGGGGCAGCCGC-----TTTA---ATTTGATTGTG---------TGTGTCACGGTAAACCAT----GCCGGGAACAC-AAGAGCA-ACAGATTTC--TATTTCTCTTGTGACTCGGACGTGTGATA-------TCGGGTCATCCACCCCATCAATTATACAGGATGCGC-----CTCTACTTTGATGCGTG------TTCTGATTACTTGGTCTGAAATCGAGCAAGAAAACCCGCTGAACTTAA
		Piromyces_PrI                        ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATAC-GTGAATCATCGAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTCTAGTTTACTAGAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATTCTCATAAAAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Orpinomyces_KF3                      ATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATAC-GTGAATCATCAAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTCTAGTTTACTAGAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATTCTCATAAAAAACATTGTTTTTTT----------------------ATGGTTATGAGTGTTT-TACA-ACGATAAACAAGTTGTTTCACTTTA---AATTGATTTTTAA--------AAGCCAATTTTTGG-TT-----TTATCTAATAAAATTGGA-TAAAATTTT---------CCCGTAA-AAAGGAATAAACTTTTC-------AGTTTTAATAGTTAAAACTT--AATTGTGCCTA-----ATTTAAAAGGAAATTTA-----ACAAAAATAACTTGATCTCAAATCAGATAAGAGTACCCGCTGAACTTAA
		Orpinomyces_KF2                      ATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATAC-GTGAATCATCAAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTCTAGTTTACTAGAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATTCTCATAAAAAACATTGTTTTTTT----------------------ATGGTTATGAGTGTTT-TACA-ACGATAAACAAGTTGTTTCACTTTA---AATTGATTTTTAA--------AAGCCAATTTTTGG-TT-----TTATCTAATAAAATTGGA-TAAAATTTT---------CCCGTAA-AAAGGAATAAACTTTTC-------AGTTTTAAAAGATAAAACTTTTAATTGAGCCTA-----ACT-AAAAGGAAATTTA-----ACAAAA-TAACTTGATCTCAAATCAGATAAGAGTACCCGCTGAACTTAA
		Orpinomyces_KF1                      ATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATAC-GTGAATCATCAAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTCTAGTTTACTAGAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATTCTCATAAAAA-CATTGTTTTT------------------------ATGGTTATGAGTGTTT-TACA-ACGATAAACAAGTTGTTTCACTTTA---AATTGATTTTTAA--------AAGCCAATTTTTGG-TT-----TTATCTAATAAAATTGGA-TAAAATTTT---------CCCGTAA-AAAGGAATAA-CTTTTC-------AGTTTTAATAGTTAAAACTT--AATTGTGCCTA-----ATT-AAAAGGAAATTTA-----ACAAAA-TAACTTGATCTCAAATCAGATAAGAGTACCCGCTGAACTTAA
		Neocallimastix_frontalis_SR4         ATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATAC-GTGAATCATCAAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTTTAGTTTACTAAAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATTCTCATAAAAACATTTTTGTTTTT----------------------ATGGTTATGAGTGTTT-TACA-ACGATAAACAAGTTGTTTCACTTTA---AATTCATTTTAATT------TAAGACCATTTTTGG-TT-----TTAATAA--AAAATTGGA-TAAAATTTT---------CCCGTAA-AAAGGAATAAACTTTTC-------AGTTTTT-TAATTATTACCAACAAACG-GTCCG-----ATTTAAAAGGAAATTTAT---AATTTAAATAACTTGATCTCAAATCAGATAAGAGTACCCGCTGAACTTAA
		Kochiomyces_dichotomus               ATGCGA-ACGTAGTGTGAATTGCAGAATATAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-CTGGTATTCCGGGGA-GCATGCCCGTTTCAGTACCATTAAATT---CTCACAAGCTCTTTTTGCTTTGTAATGA---AGCAATCTGAGCGGGTGGATATGGGCGCTT-TTTGAGTAGCTACACTTTTGGGTGTAGTTGCGCAATCGCCTGGAATTCATTTGCGTGCTGCAGTTCGGCTCTTTTGCCGGTCAATC-AAGTGCA-ACAGATTTT-TCTATTCGCTTGTGAACGGTAAATATGGCAGTGCTGCTCGGTATGCAGAATACAATTATACCAGCTGTAGTTC-----TTTGGAGCTGCA---TC------TGTT--TAACTTGGTCTGAAATCGGGTAAGAAAACCCGCTGAACTTAA
		Gaertneriomyces_semiglobiferus       ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCAAATCTTTGAACGCACATTGCGCTTC-CTGGTATTCCGGGGA-GCATGCCCGTTTCAGAATCATTTAATT---CTCAAACAAACTTGTTTGTTTG---------------------GAAATGATTAGTCTGATT-TTTCCAAATCAGTCTGATTGA------------AAATGATTGTG---------CATGCCGGCCCAAGAGT------CCGGAAGCTTCAACTGCA-GCAGATTTA-TCTATTCTTTTGAAGCTTTCCGTTTTGAGTCTT----GGGAATCGTTTGCTGCCTCAACTTAGTATACAGTGA-----ATTAGTTCTGTGGAACTG---ATTCCTGAAAACTTGGTCTGAAATCGGGCAAGAAAACCCGCTGAACTTAA
		Anaeromyces_K9                       ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATAC-ATGAATCATCGAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTTTAGTTTACTAAAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATCTTCATAAAAAA-TTTATTTTTTTT---------------------ATGGTTTTGAGTGTTT-TACA-ACGATA--CAAGTTGTTTCACTTTA---AATTGAATTTTTA--------AATTGGATTTGAAAATT-----TCAATTTTTAAAATTGGA-TAAAATTTT---------CCTTTAAGCAAGGAATAACCTAGAC-------AATTTTAAAAATAGTTTTCT--TATT----CAA-----AACAAAAAGGAAATTTT-------TTAAACAACTTGATCTCAAATCAGATAAGAGTACCCGCTGAACTTAA
		Anaeromyces_K5                       ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATAC-GTGAATCATCGAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTTTAGTTTACTAAAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATCTTCATAAAAAA-TTTATTTTTT-----------------------ATGGTTTTGAGTGTTT-TACA-ACGATA--CAAGTTGTTTCACTTTA---AATTGAATTTTTA--------AATTGGATTTGAAAATT-----TCAATTTTTAAAATTGGA-TAAAATTTT---------CCTTTTC-CAAGGAATAACCTAGAC-------AATTTTAAAAATAGTTTTCA--TATT----CAA-----AACAAAAAGGAAATTTT-------TTAAACAACTTGATCTCAAATCAGATAAGAGTACCCGCTGAACTTAA
		Anaeromyces_JF1                      ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATAC-GTGAATCATCGAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTTTAGTTTACTAAAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATCTTCATAAAAAAATTTATTTTTTTTT------------------T-ATGGTTTTGAGTGTTT-TACA-ACGATA--CAAGTTGTTTCACTTTA---AATTGAATTTTTA--------AATTGGATTTGAAAATT-----TCAATTTTTAAAATTGGA-TAAAATTTT---------CCTTTAAGCAAGGAATAACCTAGAC-------AATTTTAAAAATAGTTTTCT--TATT----CAA-----AACAAAAAGGAAATTTT-------TTAAACAACTTGATCTCAAATCAGATAAGAGTACCCGCTGAACTTAA
		Anaeromyces_BF1                      ATGCGATAAGTAGTGTGAATTGCAGAATAC-GTGAATCATCGAATCTTCGAACGCATATTGCACTTTTTTAGTTTACTAAAAAAGTATGTCTGTTTGAGTATCAGTAAAATATCTTCATAAAAAAATTTATTTTTTTT---------------------ATGGTTTTGAGTGTTT-TACA-ACGATA--CAAGTTGTTTCACTTTA---AATTGAATTTTTA--------AATTGGATTTGAAAATT-----TCAATTTTTAAAATTGGA-TAAAATTTT---------CCTTTAAGCAAGGAATAACCTAGAC-------AATTTTAAAAATAGTTTTCT--TATT----CAA-----AACAAAAAGGAAATTTT-------TTAAACAACTTGATCTCAAATCAGATAAGAGTACCCGCTGAACTTAA
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 430 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET 5.8S = 1 - 100 ; 
 CHARSET ITS2 = 101 - 389 ; 
 CHARSET 28S = 390 - 430 ; 
 CHARPARTITION 5.8S_28S = 5.8S: 1 - 100 , Default: 101 - 389 , 28S: 390 - 430 ; 
 CHARPARTITION COMBINED = 5.8S: 1 - 100 , ITS2: 101 - 389 , 28S: 390 - 430 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS GAPMODE = NEWSTATE ; 
 END;