NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 21:03:23] [Matrix accession#: M1630] BEGIN TAXA; TITLE M1630; DIMENSIONS NTAX=169; TAXLABELS Xerus_rutilus Xerus_inauris Tamiasciurus_mearnsi Tamiasciurus_hudsonicus Tamiasciurus_douglasii Tamias_umbrinus Tamias_townsendii_AF147676 Tamias_townsendii_AF147674 Tamias_striatus Tamias_sonomae Tamias_siskiyou Tamias_sibiricus Tamias_senex Tamias_rufus_AF147663 Tamias_rufus_AF147662 Tamias_ruficaudus Tamias_quadrivittatus_AF147660 Tamias_quadrivittatus_AF147658 Tamias_quadrimaculatus Tamias_panamintinus Tamias_palmeri Tamias_ochrogenys Tamias_obscurus Tamias_minimus_AF147650 Tamias_minimus_AF147645 Tamias_merriami Tamias_durangae Tamias_dorsalis_AF147641 Tamias_dorsalis_AF147639 Tamias_cinericollis_AF147638 Tamias_cinericollis_AF147636 Tamias_canipes Tamias_bulleri Tamias_amoenus_AF147632 Tamias_amoenus_AF147630 Spermophilus_xanthoprymnus Spermophilus_washingtoni Spermophilus_variegatus_utah Spermophilus_variegatus Spermophilus_undulatus_AF157912 Spermophilus_undulatus_AF157906 Spermophilus_tridecemlineatus_arenicola Spermophilus_townsendi_vigilis Spermophilus_townsendi_townsendi Spermophilus_townsendi_mollis Spermophilus_townsendi_idahoensis Spermophilus_tereticaudus Spermophilus_suslicus_AF157898 Spermophilus_suslicus_AF157895 Spermophilus_spilosoma_marginatus_AF157911 Spermophilus_spilosoma_AF157846 Spermophilus_saturatus Spermophilus_richardsoni Spermophilus_relictus_AF157876 Spermophilus_relictus_AF157867 Spermophilus_pygmaeus_AF157910 Spermophilus_pygmaeus_AF157907 Spermophilus_perotensis Spermophilus_parryi_plesius Spermophilus_parryi_kenicotti Spermophilus_parryi Spermophilus_pallidicauda Spermophilus_musicus Spermophilus_mohavensis Spermophilus_mexicanus_parvidens Spermophilus_mexicanus_mexicanus Spermophilus_major_AF157905 Spermophilus_major_AF157903 Spermophilus_madrensis_AF157947 Spermophilus_madrensis_AF157946 Spermophilus_lateralis_trepidus_AF157950 Spermophilus_lateralis_trepidus_AF157887 Spermophilus_fulvus Spermophilus_franklinii_AF157894 Spermophilus_franklinii_AF157893 Spermophilus_erythrogenys_AF157875 Spermophilus_erythrogenys_AF157855 Spermophilus_elegans_elegans Spermophilus_dauricus Spermophilus_columbianus_ruficaudus Spermophilus_columbianus_columbianus Spermophilus_citellus_relictus Spermophilus_citellus Spermophilus_brunneus_brunneus Spermophilus_beldingi_creber Spermophilus_beechyi Spermophilus_atricapillus Spermophilus_armatus Spermophilus_annulatus Spermophilus_adocetus Spermophilopsis_leptodactylus Sciurus_vulgaris_gi8347068 Sciurus_vulgaris_AB030028 Sciurus_stramineus Sciurus_niger Sciurus_lis_AB043881 Sciurus_lis_AB030024 Sciurus_carolinensis Sciurus_aestuans Sciurus_aberti_kaibabensis Sciurus_aberti_chuscensis Sciurus_aberti_barberi Sciurillus_pusillus Pteromys_volans Pteromys_momonga Petinomys_setosus Petaurista_philippensis Petaurista_petaurista Petaurista_leucogenys Petaurista_elegans Petaurista_alborufus Pedetes_surdaster Paraxerus_cepapi Microsciurus_flaviventer Marmota_vancouverensis Marmota_sibirica_sibirica Marmota_olympus Marmota_monax_ochracea Marmota_monax_monax Marmota_menzbieri_zachidovi Marmota_marmota_marmota_AF143930 Marmota_marmota_marmota_AF143929 Marmota_Marmota Marmota_himalayana_robusta Marmota_flaviventris_obscura Marmota_flaviventris_luteola Marmota_caudata_caudata Marmota_caudata_aurea Marmota_camtschatica_doppelmayri Marmota_camtschatica_camtschatica Marmota_caligata_caligata Marmota_broweri Marmota_bobak_bobak_AF143917 Marmota_bobak_bobak_AF143916 Marmota_baibacina_kastchenkoi Marmota_baibacina_centralis Idiurus_macrotis Hylopetes_phayrei Graphiurus_murinus Glis_glis Glaucomys_volans_GVO389531 Glaucomys_volans_AF157921 Glaucomys_sabrinus_griseifrons Glaucomys_sabrinus_AF359221 Glaucomys_sabrinus_AF359211 Glaucomys_sabrinus_AF271668 Glaucomys_sabrinus_AF030390 Eliomys_quercinus Cynomys_parvidens Cynomys_mexicanus Cynomys_ludovicianus Cynomys_leucurus Cynomys_gunnisoni Cavia_porcellus Castor_fiber Callosciurus_prevostii_2 Callosciurus_prevostii_1 Callosciurus_nigrovittatus Callosciurus_finlaysonii Callosciurus_erythraeus_2 Callosciurus_erythraeus_1 Belomys_pearsonii Aplodontia_rufa Anomalurus_sp_ASP389526 Ammospermophilus_leucurus Ammospermophilus_interpres Ammospermophilus_harrisii_AHU46172 Ammospermophilus_harrisii_AF157926 Allactaga_elater ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M1630; DIMENSIONS NCHAR=1140; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Spermophilus_townsendi_mollis 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Spermophilus_spilosoma_marginatus_AF157911 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Spermophilus_spilosoma_AF157846 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Spermophilus_saturatus 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Spermophilus_richardsoni 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Spermophilus_relictus_AF157876 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Spermophilus_perotensis 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Spermophilus_parryi_plesius 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Spermophilus_parryi_kenicotti 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Spermophilus_parryi 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Spermophilus_pallidicauda 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Spermophilus_musicus 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Spermophilus_mohavensis 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Spermophilus_mexicanus_parvidens 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Spermophilus_mexicanus_mexicanus 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Spermophilus_major_AF157905 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Spermophilus_major_AF157903 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Spermophilus_madrensis_AF157947 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Spermophilus_fulvus 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Spermophilus_franklinii_AF157893 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Spermophilus_erythrogenys_AF157875 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Spermophilus_erythrogenys_AF157855 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Spermophilus_elegans_elegans ATGACAAACATCCGCAAAACTCACCCTTTAATTAAAATCGTCAACCACTCCTTTATCGACTTACCTGCACCCTCCAACATCTCTGCATGATGAAACTTTGGGTCTCTTCTAGGCCTCTGCCTAGCAATCCAAATCCTCACTGGATTATTTCTAGCAATACATTATACATCTGATACTATAACAGCCTTTTCATCAGTTACTCACATTTGCCGAGATGTAAATTATGGTTGACTAATCCGCTATATACATGCTAACGGCGCATCTATATTCTTTATCTGCCTCTTTCTTCATGTAGGCCGAGGACTATACTATGGCTCATATACTTATTTTGAAACATGAAACATTGGAGTCATTCTCTTATTCGTAGTAATAGCCACAGCTTTCATGGGCTATGTTCTTCCCTGAGGTCAAATGTCATTCTGAGGAGCAACTGTAATTACTAACCTTTTATCCGCTATTCCGTACATTGGAACANCCCTAGTAGAATGAATTTGAGGCGGCTTCTCAGTAGANNNAGCTACTCTAACACGATTTTTCGCATTCCACTTATNNCTTCCATTTATTATCGCAGCTCTAGTTATAGTTCACCTTCTTTTCCTTCACGAAACTGGATCAAACAACCCCTCAGGCCTTATTTCTGATTCAGATAAAATCCCCTTTCACCCATATTACACCATCAAAGATATCCTTGGAGTCCTTCTTCTTATTTTAGCCCTAATAACTCTAGTCCTGTTTTCACCTGATCTTCTAGGAGACCCTGATAATTATACACCCGCAAACCCCCTAAGCACCCCACCTCACATCAAACCAGAATGATATTTCCTATTTGCCTACGCTATCCTCCGATCCATCCCTAACAAACTAGGAGGTGTATTAGCCTTAGTATTCTCAATTCTTATCCTAATACTTTNCCCACTCCTCCATCTATCTAAACAACGAAGCATAATATTTCGACCACTAAGTCAATGCATATTCTGAATTCTAGTAGCAGACCTATTTGCATTAACCTGAATTGGAGGACAACCCGTTGAATATCCATTTATTATTATTGGCCAACTAGCATCAATCCTATACTTCACTATTANTCTCCTAATCTTACCAACCGTCAGCCTAATCGAAAATAAACTTCTTAAATGAAGA Spermophilus_dauricus 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Spermophilus_columbianus_ruficaudus 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Spermophilus_columbianus_columbianus 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Spermophilus_citellus_relictus ATGACAAACACTCGTAAAACCCACCCTTTAATNAAAATCATTAACCACTCTTTCATTGATCTGCCAGCACCTTCCAATATCTCTGCATGGTGAAACTTTGGATCCCTACTAGGCCTATGCCTAATTATTCAAATCCTTACTGGACTATTTCTAGCAATACACTATACATCTGACACAATAACAGCATTTTCATCAGTTACTCATATTTGCCGAGACGTAAATTATGGCTGACTTATTCGCTATATACATGCTAACGGTGCATCTATATTCTTCATCTGCCTCTTCCTTCATGTGGGCCGAGGAATATATTATGGTTCATATACTTACTTTGAAACATGGAATATTGGAGTTATCCTACTATTTGCAGTAATAGCCACAGCCTTCATAGGCTATGTTCTTCCCTGAGGCCAAATATCATTCTGAGGAGCAACTGTGATTACCAATCTCTTATCTGCTATCCCTTACATTGGTACATCTTTAGTTGAATGAATCTGAGGTGGCTTCTCAGTAGATAAAGCCACCCTAACACGATTTTTCGCATTCCATTTTATTCTTCCATTTATTATTATAGCCTTAGTCATAGTCCACCTTCTCTTTCTTCATGAGACCGGATCAAACAACCCTTCAGGTCTTATTTCTGACTCAGATAAAATCCCCTTTCACCCGTATTATACAATTAAAGACATTCTTGGAGTTATTCTTCTTATCCTAACCCTAACAGCACTAGTCCTTTTCTCACCTGACCTTCTTGGAGACCCCGACAACTATACACCCGCAAATCCCCTAAGTACTCCACCCCATATTAAACCAGAATGATACTTCTTATTTGCCTACGCTATTCTCCGATCTATTCCCAACAAATTAGGAGGTGTCTTAGCCCTAGTCTTCTCAATTCTTATCTTAATACTCTTTCCATTACTTCATTTATCCAAACAACGTAGCATAATATTTCGACCACTAAGTCAATGTGTATTCTGAATTCTAGTAGCAGATCTATTTACACTAACCTGAATCGGAGGCCAACCTGTTGAACATCCATTTATCATTATTGGCCAACTAGCATCAATCCTATATTTTACTATTATCCTTTTAATTTTACCAACTGTTAGCATAATCGAAAACAAACTTCTTAAATGAAGA Spermophilus_citellus ATGACAAACACTCGTAAAACCCACCCTTTAATNAAAATTATTAACCACTCTTTCATTGATTTACCAGCACCTTCCAACATCTCCGCATGATGAAACTTTGGATCCCTACTAGGCCTATGTCTAATTATTCAAATCCTTACTGGGTTATTTTTAGCAATACACTATACATCAGATACTATAACAGCCTTTTCATCAGTTACTCACATTTGCCGAGATGTAAACTACGGCTGACTTATTCGATACATACATGCTAATGGTGCATCTATATTCTTTATCTGCCTCTTTCTTCATGTAGGCCGAGGGTTATATTACGGCTCATACACCTACTTTGAAACATGAAATATTGGAATTATCCTCCTATTTACAGTAATAGCTACAGCTTTCATAGGCTATGTTCTTCCCTGAGGCCAAATATCATTCTGAGGGGCAACCGTAATTACCAATCTTTTATCTGCCATCCCATACATTGGTACAACCTTAGTAGAATGAATCTGAGGTGGCTTTTCAGTAGATAAAGCTACTCTAACACGATTTTTCGCATTCCATTTTATCCTTCCATTTATTATCACAGCTCTAGTCATAATTCACCTCCTTTTTCTCCATGAAACTGGGTCAAATAACCCTTCAGGCCTCATTTCTGATTCAGACAAAATCCCATTTCACCCATATTATACAATTAAAGATATCCTTGGAATTCTCCTTCTTATCCTAACCCTAATAATGCTAGTCCTATTTTCACCCGACCTTCTAGGAGACCCCGATAATTATATACCCGCAAACCCCCTAAGCACTCCACCCCATATTAAACCAGAATGATATTTCTTATTTGCCTACGCTATTCTCCGATCTATCCCTAACAAACTAGGAGGTGTTTTAGCCCTAATTTTCTCAATTCTTATCCTAATACTCTTTCCACTACTCCACCTGTCTAAACAACGTAGCATGATATTTCGACCAATAAGTCAATGTGTATTCTGAATTCTAGTGGCAGACTTGCTTACACTAACATGAATTGGAGGACAACCTGTTGAACACCCATTTGTTATCATTGGCCAGCTGGCATCAATCCTATATTTTGCTATCATCCTCTTAATTTTACCAACTGTTAGCATAATCGAGAACAAACTTCTCAAATGAAGA Spermophilus_brunneus_brunneus 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Spermophilus_beldingi_creber 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Spermophilus_beechyi 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Spermophilus_atricapillus 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Spermophilus_armatus 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Spermophilus_annulatus 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Spermophilus_adocetus 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Spermophilopsis_leptodactylus 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Sciurus_carolinensis 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Sciurus_aestuans 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Sciurus_aberti_chuscensis 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Marmota_flaviventris_obscura 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Cynomys_leucurus 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Cavia_porcellus 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Castor_fiber 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Callosciurus_prevostii_2 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Belomys_pearsonii ???????????????????????????CTACGCAAATACGTAAACCAATCTTTTATTGATCTCCCCACTCCCTCTAACATCTCAGCATGATGGTATTTCGGCTCCCTCCTAGGATTTTGCCTAATTATCCAAATCCTAACCGGACTCTTTCTGGCTATACATTACACATCAGATACAATAACCGCCTTTTCATCCGTAACCCATATCTGCCGAGACGTAAACTACGGCTGACTTATCCGATATATGCACGCAAACGGCGCCTCAATATTCTTCATCTGCCTTTTCTTACATGTAGGCCGAGGACTCTACTATGGATCCTATACTTACTTTGAAACCTGAAATATTGGAATTATTCTTTTATTTACAGTTATAGCCACAGCATTTATAGGCTATGTTCTACCATGAGGACAAATATCTTTCTGAGGAGCCACTGTCATCACAAACCTCCTTTCAGCTATCCCTTATATTGGAACTGATCTAGTAGAGTGAATCTGAGGGGGGTTTTCAGTTGACAAGGCAACCCTAACACGATTCTTCGCATTCCACTTTATCTTACCATTTATCGTAGCAGCCCTTGCAATAGTCCACCTTCTTTTCCTCCACGAAATTGGGTCAAATAATCCCCCCGGATTAATTTCTGAATCTGATAAAGTACCATTCCACCCATACTTCACAATCAAAGATATTCTTGGCGCCCTAATCTTCGGCCTTATATTTACAACCCTTATTCTATTCGCCCCTGATCTCCTAGGAGACCCTGACAACTATACTCCGGCCAATCCACTTAACACCCCTCCCCACATTAAACCAGAATGATACTTTCTAATTTATTACGCAATCCTTCGATCCATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCTTAGCATTAGTATTCTCCATCCTAATCCTTGTTCTATTCCCAATCCTCCACCTATCCAAACAACGCAGTATAATATTCCGTCCACTAAGCCAATGCGTTTTCTGAATTCTTGTAGCCGACCTCCTAACGTTAACATGAATTGGTGGCCAACCAGTTGAACACCCATTCATCACTATCGGTCAATTGGCCTCAATCATCTACTTTACAATTATCCTTATTATT????????????????????????????????????????????? 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