#NEXUS [written Tue Aug 24 11:31:37 EDT 2010 by Mesquite version 2.7 (build 510) at dhcp128036183004.central.yale.edu/128.36.183.4] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=52; TAXLABELS Rhizopus_oryzae Amanita_muscaria Botryosphaeria_dothidea Botryotinia_fuckeliana Camarops_ustulinoides Capnodium_coffeae Capronia_pilosella Chlorociboria_aeruginosa Cladonia_caroliniana Combea_mollusca Cudoniella_cf_clavus Debaryomyces_hansenii Dendrographa_leucophaea_f_minor Dermatocarpon_miniatum Diaporthe_eres Dothidea_insculpta Eleutherascus_lectardii Ganoderma_australe Geoglossum_nigritum Glomerella_cingulata Lachnum_virgineum Lecanactis_abietina Lempholemma_polyanthes Lichenoconium_aeruginosum Lichenoconium_erodens Lichenoconium_lecanorae Lichenoconium_usneae Lobaria_scrobiculata Monilinia_laxa Morchella_cf_esculenta Mycosphaerella_fijiensis Nectria_cinnabarina Peltula_umbilicata Penicillium_freii Phaeotrichum_benjaminii Phoma_herbarum Pleospora_herbarum_var_herbarum Pyrenula_pseudobufonia 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Dothidea_insculpta 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Eleutherascus_lectardii 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Ganoderma_australe 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Geoglossum_nigritum 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Glomerella_cingulata 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Lachnum_virgineum 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Lichenoconium_aeruginosum 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Lobaria_scrobiculata 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Monilinia_laxa 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Morchella_cf_esculenta 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Peltula_umbilicata 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Penicillium_freii 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Phaeotrichum_benjaminii 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Phoma_herbarum 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Pyrenula_pseudobufonia 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Scutellinia_scutellata 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Sparassis_crispa 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Sphinctrina_turbinata 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Suillus_cavipes 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Taphrina_wiesneri 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Verpa_conica 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Verticillium_dahliae 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Xylaria_hypoxylon 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; END; BEGIN TREES; Title Lichenoconium_Ascomycota_TB; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Rhizopus_oryzae, 2 Amanita_muscaria, 3 Botryosphaeria_dothidea, 4 Botryotinia_fuckeliana, 5 Camarops_ustulinoides, 6 Capnodium_coffeae, 7 Capronia_pilosella, 8 Chlorociboria_aeruginosa, 9 Cladonia_caroliniana, 10 Combea_mollusca, 11 Cudoniella_cf_clavus, 12 Debaryomyces_hansenii, 13 Dendrographa_leucophaea_f_minor, 14 Dermatocarpon_miniatum, 15 Diaporthe_eres, 16 Dothidea_insculpta, 17 Eleutherascus_lectardii, 18 Ganoderma_australe, 19 Geoglossum_nigritum, 20 Glomerella_cingulata, 21 Lachnum_virgineum, 22 Lecanactis_abietina, 23 Lempholemma_polyanthes, 24 Lichenoconium_aeruginosum, 25 Lichenoconium_erodens, 26 Lichenoconium_lecanorae, 27 Lichenoconium_usneae, 28 Lobaria_scrobiculata, 29 Monilinia_laxa, 30 Morchella_cf_esculenta, 31 Mycosphaerella_fijiensis, 32 Nectria_cinnabarina, 33 Peltula_umbilicata, 34 Penicillium_freii, 35 Phaeotrichum_benjaminii, 36 Phoma_herbarum, 37 Pleospora_herbarum_var_herbarum, 38 Pyrenula_pseudobufonia, 39 Pyxine_subcinerea, 40 Roccellographa_cretacea, 41 Saccharomyces_cerevisiae, 42 Schismatomma_decolorans, 43 Scutellinia_scutellata, 44 Sparassis_crispa, 45 Sphinctrina_turbinata, 46 Spiromastix_warcupii, 47 Suillus_cavipes, 48 Taphrina_deformans, 49 Taphrina_wiesneri, 50 Verpa_conica, 51 Verticillium_dahliae, 52 Xylaria_hypoxylon; TREE ML_tree_from_RAxML = ((((47:0.10122584940141577,2:0.05391139286660998):0.033970807772220356,(18:0.02564596281416312,44:0.038280099026879025):0.011582329057676505):0.11499319286330914,(((((43:0.03559347571510236,17:0.03388155874450615):0.018100502000925195,(30:0.018172115642454856,50:0.004069563245393546):0.05230772705221358):0.01185375155494518,(19:0.022475896528758,(((((10:0.04306929368242555,40:0.029861321652781186):0.016342680739489766,(22:0.004644270688736306,(13:0.01012147123746786,42:0.0038842687013643856):0.004259749383552913):0.027142148256019055):0.05606581386654598,((((37:0.016462084121969426,36:9.750794620783554E-4):0.05773694200175348,(26:1.48409897670478E-6,(24:0.005125981591553503,(25:1.48409897670478E-6,27:0.001019662192865518):1.48409897670478E-6):0.0016340177184248552):0.01789290305888115):0.016124365103927906,3:0.022573756116343515):0.00412819971600555,(35:0.05416668561618165,((31:0.030492328726864096,6:0.022321315127572017):0.011441833776364636,16:0.028434401464888577):0.005619427482363127):0.0052224018290500645):0.012396335089918331):0.005556940269376777,(((52:0.04604543167011763,(5:0.029892978860326914,(15:0.06511373460826732,((51:0.07269098402894701,20:0.03251968350021042):0.029106895924335876,32:0.0434665545925148):0.02411493074817158):0.011325921406541777):0.013554050211283194):0.11364710668953654,((11:0.011947990325383944,21:0.011082454778573704):0.007966195239345372,((4:0.008961880722021209,29:9.99967240921003E-4):0.030528589530705405,8:0.04868025349464258):0.004607982306840502):0.021832365655131348):0.011982515886402293,((39:0.08474154133401883,(9:0.019019269456964357,28:0.061884012479925685):0.007951605978438477):0.01622940755735169,(45:0.04596222395950776,((38:0.059994737113983856,(14:0.05558042439081208,7:0.039250394426071915):0.021517274480380842):0.01658539273245997,(46:0.05067302917173937,34:0.05310310788780178):0.031245795155643317):0.011114209014678937):0.013243377127227033):0.0020544270310583904):0.004642731437102369):0.005514544288238495,(23:0.0760097149726535,33:0.03701117659308811):0.04075359520787878):0.004318042354752116):0.013908568641317239):0.06256415498382241,(12:0.06267278893345611,41:0.11552139162208476):0.08557492097979215):0.04870072205373301,(48:0.001707828307113996,49:1.48409897670478E-6):0.06658809156597381):0.05449108563049794):0.10647447727414142,1:0.10647447727414142); 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