NEXUS
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[Matrix accession#: M1675]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1675;
	DIMENSIONS  NTAX=13;
	TAXLABELS
		Coreopsis_stillmanii	Coreopsis_cyclocarpa	Coreopsis_mutica	Coreopsis_maritima	Coreopsis_gigantea	Coreopsis_hamiltonii	Coreopsis_calliopsidea	Coreopsis_bigelovii	Coreopsis_californica	Coreopsis_douglasii	Coreopsis_senaria	Coreopsis_petrophila	Dahlia_coceinea
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1675;
	DIMENSIONS NCHAR=504;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Coreopsis_stillmanii         TCGAATCCTG-AT-AGCAGA-C--ACCCGTGGACATGT-AAAACAACCGGTTTTACGAG-ACCAATGCTTTTGTGTGTTGGCCCTTGTAAATCC--TTGTTGACTTGTGTT-CG-TGTCTACCAC-TTTTGGTTTACATGGAT-GTCAAGTTGGCACAACTAACAACCC--GGCACAACACGTGCCAAGGAAAA-ACAAACTTAAA-GGGCTCGT-GCCACGACGCCCCGTTT-ACGGTGCGCGACGTGCATGTGGCCTCTTTGT-AAAC-CATCACGTCGCCTCCACCAACC-TCTC--TTCTAGGGACTTGTT-GG-TTGGGGCGGAGATTGGTCTCCTATGCCCAT--GGCATGGTTGGCCTAAATTGGAGTCCCTT-ATGAGTGACGCACGACTAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCGTCTCTTGTT-GTGCGTTCGGTTCATATGGGTTAAGCTCTAT--AAG-ACC-TG-ATGTGTTG-C-TATGGACGATGCTTCGAT
		Coreopsis_cyclocarpa         TCGAAACCTG-AT-AGCAGAAC-AACCCGTGAACAAGTACGAACAATCGGCTTTGCGGGGACCAAAGCTTTT--GCTTTGAGCCTCGTAAAGCCCCTCGTCGACGCGTGTT-CA-TG-CCACC--TTTGGGG-TGTCCTGGAT-GTTAACTCGGCACAAC-AACAACCCCCGGCACAACACGTGCCAAGGAAAA-CAAAACTTAAA-GAGCTCGT-GCCAAGACGCCC?GTTT-ACGGTGCGCGCCTTGTACGTGGCCTCTTTGT-AAAC-CATCAAGTCGCCCCTACCTTCCTTCCCTTGTCA-GGGACGTGTT-GGATCGGGGCGGAGATTGGTCTCCTGTGTCCAT--GGCACGGTTGGCCTAAATGGTAGTCTCTTTGTGAGTGACGCACGACAAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCTTCTCGTGTC-GTGTGTCTGGTTCACAAGGGTGAAGCTCTT-?AAA--ACCCTTGACGCATTGTC-TTTTGACGATCGTTCGAT
		Coreopsis_mutica             TCGAACCCTG-AT-AGCAGAAC-AACCCGTGAACAAGTAAGAACAATTGGCTTTGCGAGGACCGAAGCTTTG--GTTTTGATCCTCGTAAGGCCTCTCGTCGACGCGTGTT-CA-TG-CCACC-CATTAGGG-TGTCCTGGAT-GTCAAGTCGGCACAAC-AACAACCCCC-GCACAACACGTGCCAAGGAAAA-CTAAACTTAAAAGGGTCCGT-GCCATGACGCCCCGTTT-ACGGTGCGCGCGTTGTACGTGGCCTCTTTGT-AAAC-CATCAAGTCGCCCCCACCATCCATCCCTTGTC--GGGACGTGTT-GGATCGGGGCGGAGATTGGTCTCCCGTGTCCAT--GGCGCGGTTGGCCTAAATAGGAGTCCCTTTGTGAGTGACGCACGACAAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCTTCTCGTGTC-GTGCGTTTGGTTCATTTGGGTGAAACTCTTAGAAA--ACCCTTGGCGCGTTGTC-TTGTGATGATGCTTCGAT
		Coreopsis_maritima           TCGAACCCTGCAC-AGCAGAAC-GACCCGTGAACATGT-AAAACAACCGG-TTTGCGAGGACCAATGCTTTT--GTGTTGAGCCTCGTGGAGCC--TCGTCGACTTGCATT-CA-TGTCCACC-C-TTTGGGTTGGCCTGGAT-GTCAAGTCGGCAAAACTAACAACYC---GCACAAYACGTGCCAAGGAAAA-CCAAACTTAAA-GGGTCCGT-GCCATGATGCCCCGTTT-ACGGTGTGCACGTTGCATGTGGCCTCTTTGT-AAAC-CATCACGTCGCCCCAACCAACCGTCCC--ATCAAAGGACTCGTT-GGATTGGGGCGGAGATTGGCCTCCTATGCCCGT--GGCACGGTTGGCCTAAATAGAAGTCCCTTCATGAGTGACGCACGACTAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCGTCTCGTGTC-GTGCGTTCGGTTCATGCGGGTTAAGCTCTAT-AAAG-ACCCTT-ACGTGTTGTC-CTATG-CAATGCTTCGAT
		Coreopsis_gigantea           TCGAACCCTGC---AGCAGAAC-GACCCGTGAACATGT-AAAACAACCGGTTTTACGAGGACCAATGCTTTT--GTCTTGAKCCTCGTGGAGCC--TCGTCGACTTGTATT-CA-TGTCCACC-C-TTTGGGTTGGCCTGGAT-GTCAAGTCGGCAAAACTAACAACCC---GCACAACACGTGCCAAGGTWAA-CCAAACTTAAA-GGGTCCGT-GCCATGATGCCCCGTTT-ACGGTGTGCATGTTGCATGTGGCCTCTTTGT-AAAC-CATCACGTCGCCCCAACCAACCGTCCC--ATCAAAGGACTCGTT-GGATTGGGGCGGAGATTGGCCTCCCATGCCCGT--GGCACGGTTGGCCTAAATAGAAGTCCCTTCATGAGTGACGCACGACTAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCGTCTCGTGTC-GTGCGTTCGGATCATGCGGGTTAAGCTCTAT-AAAG-ACCCTT-ACGTGTTGTC-CTATG-CAATGCTTCGAT
		Coreopsis_hamiltonii         TCGAACCCTGCAC-AGCAGA-C--ACC-GTGAACATGT-AAAACA-C-G-C-TTATGAG-ACCAATGATTT---GTCTTGAGCCTTATGGAGCC--TTGTTGACTTGTATT-CC-TAGCCACCTC-TTTTGGTTGTCTTGGAT-GTCAAGTTGGCACAACTAACAACTC--GGCACAACACGTGCCAAGGAAAA-CAAAACATAAA-GGGCT-GTTGYGATGACACCCCGTT--AGGGTGTGCTCGTTGCACATGGCTTTTTTGT-AAAC-CATCACGTCGCTCCCACCAACTGTCAC--TTAACGGGACTTGTTTGGATTGGGGCGGAGATTGGTCTCCCGTGCCAAT--GGCATGGTTGGTCTAAATGGAAGTCCCTTCATGTGTGACACACGACTAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCGTCTCGTGTT-GTGTGTTCGGTTCATGCGGGTTAAGCTTTAT--AAG-ACCCTG-ATGTGTTGTC-CAACAT-AATGCTTCGAT
		Coreopsis_calliopsidea       TCGAACCCTGCGT-CGCATAAC-CACCGGTGAACATGT-AAAACATCTGGCTTTACGAGGACCAACGCTTCT--G-CTTTGCCCTTGTGGAGCC--TCGTCGACTTGTATTTCC--GGACACC-C-TTTGGGCTGTCTTGAAA-GTCAAACCGGCAAAACTAACAACTC---GCACAACACGTGCCAAGGAAAA-CCAAACTTAAA-GGGCATGT-GCCATGATGCCCCGTTTTACGGTG-GCTTGTAGCATGTTGCATCTTTAAAAAAC-TATCACGTCGCCCC-ACCAACCGTCCC--GTCAAAGGAATCGTT-GGATTGGGGCGTATATTGGCCTCTTGTGCCCAT--GGCATGGCTGGCTTAAATAGAAGTCCCTTCATGAGTGACGCACAACTAGTGGTGGTTGATAAAACTGTCGTCTCATGT--GTGCGTTTCGTTCATGCGGGTTAAGATTT-T-AAAG-ACCCTT-ATGTGTTGTC-CTRTGACAACGCTTCGAW
		Coreopsis_bigelovii          TCGAACCCTGCAC-AGCAGAAC-AACCCGTGAACATGT-AAAACAACCGGCTTTACGAGGACCAATGATTTT--GTCTTGAGCCTTATGGAGCC--TTGTTGACTTGTATT-CC-TGGCTACCTC-TTTTGGTTGTCTTGGAT-GTCAAGTTGGCACAACTAACAACTC---GCACAACACGTGCCAAGGAAAA-CAAAACATAAA-GGGCT-GTTGTGATGACACCCCGTT--AGGGTGTGCTCGTTGCACGTAAATTCTTTGTTAAAC-CATCACGTCGCTCCCACCAACTGTCCT--TTAATGGGACTCGTT-TGATTGGGGCGGAGATTGGTCTCCCGTGCCCAT--GGCATGGTTGGTCTAAATCGAAGTCCCTTCATGTGTGACACACGACTAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCGTCTCGTGTT-GTGTGTTCGGTTCATGAGGGGTAAGCTTTAT-AAAG-ACCCTG-ATGTGTTGTC-CTACGACAATGCTTCGAT
		Coreopsis_californica        TCGAACCCTGCAC-AGCAGAAC-AACCCGTGAACATGT-AAAACAACTGGC-TTACGAGTCCCAATGCTTTT--GTCTTGTGCCTCGTAAATCC--TTGTTGACTTGTATT-CA-TGTCCACCAC-TTTTGGTTGTCATGGAT-GTCAAGTTGGCACAACTAACAAATC---GCACAACATGTGCCAAGGAAAAATAAAACTTAAA-GGGCTTGT-GCCATGATGCCCCGTTT-ACGGTGTGCGTTGTGCATGTTGCCTCTTTGT-AA-C-CATCACGTCGCCCC-ACCAACCATCCC--ATCATGGGACTTGTT-GGTTTGGGGCGGAGATTGGTCTCCTATGCCCTTCCGGCATGGCTGGCCTAAATGGAAGTCCCTACATGAGTGACGCACGACTAGTGGTGGTTGTTAAGACTGTCGTCTCTTGTTTGTGTGTTCGGTTCATGCGGGTTAAGCTCTAC--AAG-ACCCTA-ACGTGT-GTC-CAATGACGATGCTTCGAT
		Coreopsis_douglasii          ?CGA-CCCTTCAC-AA?AGGAC-?ACCCGTGGAAAT-T-AAAAAAACTGGCCTTACGAATCTCMATTCYTTT--KTTTT-GCCCTCGTAAATCC--TTGTTGACTTGTATT-CA-TGTTTGCCAC-TTTCGGTTTTCATGGAT-ATCAAGTTGGCACAACTAACAACCC--GGCACAACACGTGCCAAGGAAAAACAA-ACTTTAA-GGGCTCGT-GCCATGAC?CCCCGTTT-ACGGTGTGTGTCGTGCATGTTCCC?C??TGT-AAACA-ATCACGTCGCCCC-GCCAACCATCCC--ATCATGGGACGTGTT-CGCTAGGGGCGGATATTGGTCTCCTATGCCCTT--GGCATGGTTGGCCTAAATGGAAGTCCCTTCATGAGTGACGCACGACTAGTGGTGGTTGTTAAGACTGTCGTATCTTGTT-GTGCGTTTGGTTCATGTGGGTTAGGCTCTAT-AAAG-ACCCTA-ACGTGTTGTC-CAATGACAATGCTTCGAT
		Coreopsis_senaria            TCGAACCCTGCAA-AGCAGAAC-GACCCGTGAACATGTACAAACATCTGGCTTTATGAGGACCGAAGCTTTT--GTTTTGAGCCTTGTAAAGCC--TCGTCGACCTGTGTT-CA-TGGC-ATCCC-TTGGGG-TGTCATGGAT-GTCAGGTTGACACAACTAACTTTTC---GCACAACACGTGCCAAGGAAAA-CAATACTTAAA-CGACTCGT-GCCATGCCGCCCCGTTT-ACGGTAAGCGCGTTGCACGTGGCCTCTTTGT-AA-CACATCACGTCGCCCCCACCAACCGTCCCC-TTCTCGGGACTTGTT-GGATCGGGGCGGAGATTGGTCTCCCGTTCCCAT--GGCGCGGTTGGCCTAAATAGAAGACCCTTCATGAGTGACGCACGACTAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCGTATCGTGTC-GTGTGTTCGGTTCATGCGGGTAGAACTCCYTAAAAG-ACCCTC-ACGTGTTGTC-CTGTGACAATGCTTCGAT
		Coreopsis_petrophila         TCGAACCCTGCAT-AGCAGAAC-AACCCGSGAACTTGTAAAAACATCTGGTTTTACGAGGACCAAAGCTTTT--GTTTTGAGTCTCGTAGAGCC--TCGCTGG-TTGCGCC-CA-TGGCCGTC-C-TATGGGCTGTCATGGATCTT?AGGCCGGCACAACTAACCAATC--GGCACAAGACGTGCCAAGGAAAAAAAATACTTAAA-GGGCCCGT-GTCATGTCGCCCCGTTT-ACGGTAAGCGTGCTGTGCGTGGCCTCTTTGT-AA-CCCATCACGTCGCCCC-ACTAACCATCC--------------TGTT-GGAGTGAGGCGGAGAATGGTCTCCTGTTCCTTT--GGTGCGGTTGGCCTAAATAAAAGTTCCTTCATGTGTGACGCACGACTAGTGGTGGTTGATAAGACTGTCGTATCATGTC-GTGCGTTCGGCTCATGCAGGTTAAACTTTTT-AAAG-ACCCTG-ACGTGTTGTCCTAGT---GATGCTTCGAT
		Dahlia_coceinea              TCGAAACCTGCAT-GGCAGAAC-AACCCGTGAACAAGTAAAAACATCCGGCTTGACACGAACCGGAACTTAT--GTTTTGGGTCGTGTGAAGTC--TTGTCGGCATGCGT--CAGTGGCTGCC-C-T-TGGGC-GTCTTGGAT-GTCATGTTGGCATAAC-AACAACCC---GCACAACACGTGCCAAGGACAA-CTAAACTTTAA-G-GCTCGT-GCCACGACGCCCCGTTA-TCGGTGTGCG?GTTGTATGTTGCTTCTTTGT-AAAC-CATCACGTCGCCCC-ACCAATCATCCT--GTCTTGGGAGGTGTT-GGGTCGGGGCGGAGATTGGCCTCCCGTTCCCAC-TGGCGCGGTTGGCCTAAATAGGAGTCCCTTCGTGAGCGACGCACGACTAGTGGTGGTTGTTAAGACTGTCGGCTCGTGTC-GTGCGTCTTGTTCATGCGGGTGATACTCT-T-AAAGTACCCGG-ACGCGTTGTC-TTGTTATGATGCTTCGAT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 504 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;