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Phoma_sclerotioides_var_viridis_MT6x2x6_etc ATATACTCCATAGGTTATATGAGCACTGACCCTCGGGGTCGCGTAACGGGAAAACGCGTCTATGGGGGTAAACTGTCAAACTCCGGGGAACTCCTAAAGCTTAAGGTACCAAGCCACGCGCGAAAGCACGTAGGTGGCTGAAGTAATTACTCAGGTATGGTAACAAACCTTAAGATGCGTGAAAACAAAATGGACAATCGCGGATCTAAGTCAGCAATATTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATGATATTGTTGTAAAAGAGCAACGAGTAGACGGCAGTTTATTCATTAAATCATATTTAATGAATTTAAGGTGTATTCTACAGGGTTCCGAAAGGAATAGAGATATAAAACTCGGTTTCAATATGCAACAAAGTTGAAACTCCTACATAAAAAGCCCATCTAAACAATTCGATTTAAAAAAATTTTCTACCTATCGTTCTACTATTGTAAATCCTGAAGTCTGATCTGGTTTAATAGATGGTGAAGGTTCGTTTAGTATAATCATAAGCAAAAGTAAAGTTCGTACATTAGGTTGACGTGCTGAATTAAAATTTCAATTAGGTCTACACACAAAAGATCTTAACTTATTATGTCTATTACAACAACATTTAGGTGGTATTGGTTCTATTCATCTAGCTCAAAACCGAGATATAGTTAATTATTCAATAGATTCAATTAAAGATTTAAATAACCTTATTATTAATTTAGAGAAATATCCGTTATTAACTCAAAAAGCCGCGGATTTATTATTATTTAAAAAAGCGGTGGAACTTGTTAATAATAAAGCCCATCTCACTTTAGAAGGTCTAGAAAAAATAGTAAACATAAAAGCATCCATGAATTTAGGTTTATCTGACATGTTAATATCAGAGTTTCCTGGACATGTTCCAGTTGAAAGACCTGTAATAAATAATGACAATGTAATTTTAAACCCTTATTGAATTTCAGGTTTTGTTAGCGCTGAGGGAAACTTTGATGTTCGTGTACCATCCACCAATAGTAAACTGGGTTATCGAGTACAATTGAGATTTAGAATATCTCAACATAGTAGAGATCTTATATTAATGCAGAAAATAATTGAATACTTAGGATCAGGAAAAATCTATAAATATGCTGGTAAATCTGCTATTAGTTTAACAATAGTTGATTTTAAAAATATTACCAATATATTAGTTCCATTTTTTAATGAAAACCCTATAATTGGTATAAAATTACATGATTATCTTGACTGATGTAAGATCCATAGTTTAATGCTTAATCGTTCTCATCTTACTGTTGAAGGTATAAATTCTATTAGAAAGATAAAATCTGGTATGAACACAGGTAGAAATTTTGAAAATAATTAACCATTGTTAATATAAAACCCTTAATAAATCAATTGCAAGATAAATTTTATTTTATGCATAACCAAAGGTTCTTTAGTTATTTAAGCTTATTCACTTTTATGATGGTTATATTAGTTACAGCAAACAGTTACCTATTAATGTTTGTAGGTTGAGAGGGTGTAGGGGTTTGTTCCTATCTTTTAGTATGTTTCTGATTTACTAGAATAGCAGCAAACCAAAGTTCTCTTTCAGCTTTTTTAACCAACAGGGTGGGTGATTGTTTTTTAACTATAGGTATGTTTGCGATTCTTTGAGGTTTTGG Phoma_medicaginis_Pmed1NY ATATATTCAATTGGTTATATGAGTAATGACCCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CATAACCAGAGATTTTTCAGTTATTTAAGCTTATTCACATTTATGATGCTTATATTAGTTACAGGAGATAGCTTTTTATTAATGTTCGTAGGTTGAGAGGGTGTTGGAGTTTGTTCCTATCTTTTAGTATCTTTTTGATCTTCTAGAATAGCAGCTAATCAAAGCTCTCTTTCGGCATTTTTAACTAACAGAGTAGGAGATTGTTTCTTAACTATAGGTATGTTTGCCATTTTACTATCATATGG ; END; BEGIN TREES; Title 'NADchar: 1 of 39828 MP trees, NADH dehydrogenase subunit 5 intron protein, Phoma sclerotioides isolates'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x7r, 2 Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x15r, 3 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz2x14cr, 4 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_All_Isolates_of_sclerotioides, 5 Phoma_sclerotioides_var_macrospora_Chz7x25cr, 6 Phoma_sclerotioides_var_macrospora_All_Isolates_of_macrospora, 7 Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME5x2x5r, 8 Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz10x18r, 9 Phoma_sclerotioides_var_steubenii_All_Isolates_of_steubenii, 10 Phoma_sclerotioides_var_steubenii_ME1x3x11lf, 11 Phoma_sclerotioides_var_viridis_Chz17x19Cr, 12 Phoma_sclerotioides_var_viridis_All_isoaltes_of_viridis, 13 Phoma_sclerotioides_var_viridis_WI5x1x5, 14 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_ME1x3x8st, 15 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_ME3x4x15cr_etc, 16 Phoma_sclerotioides_var_steubenii_ME3x4x16cr, 17 Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_MT2x1x3, 18 Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_All_Isolates_of_saskatchewanii, 19 Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_SK7x34, 20 Phoma_sclerotioides_var_obscurus_MT2x1x4, 21 Phoma_sclerotioides_var_obscurus_All_Isolates_of_obscurus, 22 Phoma_sclerotioides_var_obscurus_MT2x3x6, 23 Phoma_sclerotioides_var_viridis_NH4x2x3x8r, 24 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x1, 25 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x7_SK7x8, 26 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x11, 27 Phoma_sclerotioides_SK7x12, 28 Phoma_sclerotioides_var_champlainii_VT3x2x1x7r, 29 Phoma_sclerotioides_var_viridis_LMNxD, 30 Phoma_sclerotioides_var_viridis_MT6x2x6_etc, 31 Phoma_medicaginis_Pmed1NY; TREE PAUP_39828 = ((((((((1:6.0,2:6.0):1.0,28:1.0):0.0,(11:0.0,12:0.0,13:0.0,(29:0.0,30:0.0):1.0):4.0,((20:0.0,21:0.0):1.0,22:0.0):2.0):1.0,5:0.0,6:0.0,7:0.0,8:0.0,9:0.0,10:0.0,16:2.0,17:0.0,19:0.0):40.0,18:1.0):1.0,(3:0.0,4:0.0,(14:0.0,15:0.0):1.0,23:0.0):3.0,(26:0.0,27:1.0):1.0):0.0,25:0.0):19.0,24:0.0,31:25.0); END; BEGIN TREES; Title 'NADchar: Best ML tree, NADH dehydrogenase subunit 5 intron protein, Phoma sclerotioides isolates'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x7r, 2 Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x15r, 3 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz2x14cr, 4 Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_All_Isolates_of_sclerotioides, 5 Phoma_sclerotioides_var_macrospora_Chz7x25cr, 6 Phoma_sclerotioides_var_macrospora_All_Isolates_of_macrospora, 7 Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME5x2x5r, 8 Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz10x18r, 9 Phoma_sclerotioides_var_steubenii_All_Isolates_of_steubenii, 10 Phoma_sclerotioides_var_steubenii_ME1x3x11lf, 11 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Phoma_sclerotioides_var_viridis_MT6x2x6_etc, 31 Phoma_medicaginis_Pmed1NY; TREE ML = (31:0.27588376,((23:1.0E-8,(3:1.0E-8,((7:1.0E-8,(5:1.0E-8,((18:1.0E-8,(17:1.0E-8,(19:1.0E-8,(10:1.0E-8,(9:1.0E-8,((8:1.0E-8,(((28:1.0E-8,(1:1.0E-8,2:1.0E-8):0.00378872):6.2638E-4,(22:1.0E-8,(20:1.0E-8,21:1.0E-8):7.6809E-4):0.00153907):1.0E-8,((30:1.0E-8,29:1.0E-8):6.0699E-4,((11:1.0E-8,12:1.0E-8):1.0E-8,13:1.0E-8):1.0E-8):0.00243613):6.0887E-4):1.0E-8,6:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8,16:0.00153685):1.0E-8):1.0E-8):7.7414E-4,(27:7.7103E-4,(26:7.7299E-4,(25:1.0E-8,24:1.0E-8):1.0E-8):7.7222E-4):1.0E-8):0.001552):1.0E-8):1.0E-8,4:1.0E-8):7.7534E-4,(15:1.0E-8,14:1.0E-8):1.0E-8); END;