NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 21:03:46] [Matrix accession#: M1693] BEGIN TAXA; TITLE M1693; DIMENSIONS NTAX=80; TAXLABELS Trachemys_scripta Terrapene_ornata Siebenrockiella_crassicollis Sacalia_quadriocellata Sacalia_pseudocellata Sacalia_bealei Rhinoclemmys_rubida Rhinoclemmys_punctularia_punctularia Rhinoclemmys_pulcherrima_incisa Rhinoclemmys_melanosterna Rhinoclemmys_funerea Rhinoclemmys_diademata Rhinoclemmys_annulata Rhinoclemmys_aerolata Pangshura_tentoria_flaviventer Pangshura_tentoria_circumdata Pangshura_tecta Pangshura_smithii_smithii Orlitia_borneensis Ocadia_philippeni Ocadia_glyphistoma Notochelys_platynota Morenia_ocellata Melanochelys_trijuga_trijuga Melanochelys_trijuga_edeniana Mauremys_sinensis Mauremys_rivulata Mauremys_reevesii Mauremys_pritchardi Mauremys_mutica_kami Mauremys_mutica Mauremys_megalocephala Mauremys_leprosa Mauremys_japonica Mauremys_iversoni_2 Mauremys_iversoni_1 Mauremys_caspica Mauremys_annamensis Manouria_emys Malayemys_subtrijuga Leucocephalon_yuwonoi Kachuga_dhongoka Indotestudo_travancorica Indotestudo_forstenii Indotestudo_elongata Hieremys_annandalii Heosemys_spinosa Heosemys_grandis Heosemys_depressa Hardella_thurjii_thurjii Gopherus_agassizii Glyptemys_muhlenbergii Glyptemys_insculpta Geoemyda_spengleri Geoemyda_japonica Geoclemys_hamiltonii Emys_orbicularis Emys_marmorata Emys_blandingii Cyclemys_tcheponensis Cyclemys_dentata Cyclemys_atripons Cuora_zhoui Cuora_trifasciata Cuora_serrata Cuora_picturata Cuora_pani Cuora_mouhotii Cuora_mccordi Cuora_flavomarginata_sinensis Cuora_flavomarginata_evelynae Cuora_aurocapitata Cuora_amboinensis_lineata Cuora_amboinensis_kamaroma Cuora_amboinensis_couro Cuora_amboinensis_amboinensis Clemmys_guttata Chrysemys_picta Callagur_borneoensis Batagur_baska_baska ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M1693; DIMENSIONS NCHAR=2243; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Melanochelys_trijuga_trijuga 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Melanochelys_trijuga_edeniana 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Mauremys_sinensis 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Mauremys_rivulata 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Mauremys_mutica 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Malayemys_subtrijuga ATGGCCACAAACCTACGAAAAACCCATCCTATAATAAAAATTATCAACAATTCATTCATCGACCTTCCAAGCCCCTCCAACATCTCCGCCTGATGAAACTTTGGCTCACTACTAGGTACCTGCCTAATCTTACAAATCACCACAGGAATCTTCCTAGCAATACACTACTCACCAGACATTTCATTAGCATTCTCATCAATTACTCACATCACCCGAGATGTACAATACGGATGACTCATTCGCAATATACATGCTAACGGAGCCTCCATCTTCTTTATATGTATTTACCTTCACATTGGCCGAGGACTCTATTATGGTTCATACTTATACAAAGAAACTTGAAACACAGGAGTAATTCTACTATTACTAACCATAGCCACAGCATTCATAGGCTATGTCTTGCCATGAGGCCAAATATCATTTTGAGGCGCCACCGTAATTACCAACCTACTCTCAGCCACTCCATATATTGGTGATACTTTAGTACAATGAATTTGAGGCGGATTCTCAGTAGACAACGCAACCCTTACCCGATTCTTTACCTTCCACTTCCTACTCCCATTTATCATTGCCAGCTTAGCAATTGTACACCTACTATTCCTCCATGAAACAGGATCAAACAACCCAACAGGACTAAACTCAAATACTGACAAAATCCCTTTCCACCCATACTTTTCATACAAAGACCTACTAGGAATTATTCTAACTTTAACCTTACTACTAAACCTAGCCTTATTCTCCCCAAACCTTTTAGGTGACCCAGACAATTTCATACCAGCTAACCCGATATCAACTCCATCCCACATCAAACCAGAATGATACTTTCTCTTTGCATACGCAATTCTCCGATCTATCCCAAACAAACTAGGAGGCGTACTAGCTATACTATCCTCTATCCTCATATTACTTGCAATACCAGCCCTACACACATCAAAACAACGCACAGCCCTATTCCGACCACTCACTCAAATTCTATTCTGATGCTTAACAGCTAACGTACTAATCCTCACATGGATCGGAGGTCAACCAGCCGAAAATCCATTCACCACTATTGGACAAGCAGCCTCTATCCTATACTTTATAATCCCCCTAATACTTATACCTCTCACAGGATTAATTGAAAACAAAATAATAAACCAAGTGCT-GGACAGCCATC-TGTATCTGAAAA-GCA-GAACATTACGAAATTAAATCACTTCAGTCACATACTGAATTTCCGGGAATAACAAAAGCTTCACATTGTTAAT-GTGACAAAAATAGAGGTCACAGATTTTCATTAATTTCCCACTAGGCTCTGTGACTTTGACAGATGCTGGAAAACAAATGTCTTTATACAGTCCCTCTCCCTCTCTCTCTATTTCTCAGAATGCCTTATGCTGCAAGTGAAATGATAAATATTGATGCCTGAGGTCTGCCAAAGAAGCAGCTCAGATTCCAAGCAATTCTTAGGGATTACTGAACCAATCCGGTGAGGTGCTGAGCATCCTACACTCCCAAAGTCAATGGGGTTTGAGGGCACTCAGTGCCAGGCAGGATTGTGCTTCAACCACAT--TATAATTCTCATTCTTTATGGAAAGAAGCTGAGAAGCTGACTCCATACACTTTCAAAGGACAAGAATGACACTGAACAATTCCCAACATGTTCACATGCCCAGCAAAGGACTCACTTGTAAGTATCCTTTGTTATATTTATCCTTCCCATACATTGCATCAAAATGTAGTAATGCTTCAACAATTACAAAGATACAAACATTCTTCATTACTTCTCAGACAAGCTTCAGTTT-CTTACCCAGAGATGACTGGCAAA-GGGCGTGACTCAGAACTGTG-AGGATGGAGGAAAAAAAA???????CCCTAAACCTAGATATTT-AATATACAAAAATATCCGCCAGAGAACTACGAGCATAA-ACGCTTAAAACTCTAAGGACTTGGCGGTACCTCAAACCCTCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAA-TCGATAATCCACGATATACCCTACCATCTCTTGCTAA-TCCCGCCTATATACCGCCGTCACCAGCTTACCCC-TGAGGGATATAAAAAGTAAGCAAAATAACTAAA---AA--GTTAATAAGTCAGGTCAAGGTGTAGCTTACTGAGATGGGA-GAAATGGGCTACATTTTCTACATTAGAAATTAA-TTTACGGAAGGAAACTATGAAACTAGTCCTGCAAGTAGGATTTAGCAGTAAACCTGGATCA-TAATGCCTAATTT Leucocephalon_yuwonoi ATGACTACAAACCTACGAAAAACCCATCCAATAATAAAAATTATCAACAATTCATTTATCGACCTTCCAAGTCCTTCCAATATCTCCTCCTGATGAAACTTCGGATCACTACTAGGTACCTGCCTAATTCTACAAATCACCACAGGAATCTTCCTGGCAATACACTATTCACCAGACATCTCACTAGCATTCTCATCAGTATCCCATATCACCCGAGACGTACAGTATGGATGACTTATCCGCAACATACATGCCAACGGAGCCTCCATCTTCTTCATATGTATTTACCTTCACATTGGTCGAGGACTTTACTACGGTTCATACTTATATAAAGAAACCTGAAACACAGGAATTATCCTCCTATTACTAACTATAGCCACTGCCTTCGTAGGTTACGTACTACCATGAGGCCAAATATCATTCTGAGGCGCCACCGTTATCACCAACCTACTCTCAGCCACTCCTTACATTGGCAACACTTTAGTACAGTGAATTTGAGGGGGATTCTCAGTAGACAGCGCCACTTTAACTCGATTCTTTACCTTTCACTTTCTACTACCCTTCGCCATCATAGGCTTAGCAATCGTACACCTACTATTTCTTCACGAAACTGGATCAAACAACCCAACAGGATTAAACTCAAACACCGACAAAATTCCCTTCCATCCATATTTTTCGTACAAAGACTTACTAGGACTAATCCTCATACTTACCCTCATACTAGTCCTAGCATTATTTTCTCCAAACCTTCTAGGTGACCCAGACAACTTCACACCAGCTAACCCCCTATCCACCCCTCCACATATTAAACCAGAATGATACTTCCTATTCGCCTACGCAATCCTTCGATCTATCCCAAACAAACTTGGGGGCGTGCTCGCCCTATTATTCTCCATCCTTGTACTATTCACCACGCCAATCCTACACACATCAAAACAACGTACAACCTCATTCCGACCACTGACCCAAACATTATTCTGATGCCTAACAGCTAACTTACTTGTACTCACATGAATTGGAGGGCAACCAGTCGAAAATCCATTCATTACCATCGGCCAAGTAGCCTCTATTCTTTACTTCACAATCCTATTAGTACTCATACCAACTATGGGGTTAATTGAAAACAAAATACTAAACCAA?TGCT-GGACAGCCATC-TGTATCTGAAAA-GCA-GAACATTAAGAAATTAAATCACTTCAGTCACATACTGAATTTCCAGGAATAACAAAAGCATCACATTTTTAAT-GTGACAAAAATAGAGGTCACAGATTTTCATTGATCTCCCGCTAGGCTTTGTGACTTTGACAGATGCTAGAAGACAAATGTCCTTATACAGTCCCTCTCCCTCTCTCTCTATTTCTCAGAATGCCTTATGCTGCAAATGAAATGATAAATATTGATGCCTGAGCTCTGCCAAAGAAGCAGCTCAGATTCCAAGCAATTCTTAGGGATTACTGAGCCAATCCGGTGAGGTGCTGAGCATCCTCCACTCCCCAAGTTAATGGGGTTTGAGGGCACTCAGTGCCAGGCAGGATTGGGCTTCACACGCAT--TATAATTCTCATTCTTTATGGAAAGAAGCTGAGAAGCTGACTCCATACACATTCAAAGGACAAGGATGACACTGAACAATTCCCAACATGTTCACATGCCCAGCAAAGGACTCACTTGTAAGTATCCTTTGTTATATTTATCCTTCCCATACATTGCATCAAAATGTAGTAATGCTTCAACAATTACAAAGATACAAACATTCTTCATCACTTCTCAGACAAGCTTCAGTTT-CTTACCCAGAGATGACTGGCAAA-GGGCGTGACTCAGAACTGTG-AGGATGGAGGAAAAAAAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Heosemys_depressa 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Hardella_thurjii_thurjii 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Gopherus_agassizii 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Glyptemys_muhlenbergii 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Glyptemys_insculpta ATGAGTACAAACCTACGAAAAACCCACCCACTAGCAAAAATCATCAACAACTCATTCATCGACCTACCAAGCCCTTCCAACATCTCTGCTTGATGAAACTTTGGATCCTTACTAGGCGCTTGCTTAATTCTACAAACCATTACCGGAATTTTCCTAGCTATACACTACTCTCCGGATATCTCATTAGCATTCTCATCAGTAGCCCATATCACTCGAGACGTACAATATGGATGACTCATCCGCAACATACATGCCAACGGCGCCTCCCTATTCTTCATATGCATCTACCTCCACATCGGACGGGGACTTTATTACGGCTCATATCTATACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATTGCCCTACTACTACTAACAATAGCTACTGCATTCGTGGGCTACGTCCTGCCATGAGGACAAATATCCTTCTGAGGTGCCACCGTTATTACCAACCTCCTCTCAGCCATTCCATATATTGGCAATACACTAGTGCAATGAATCTGAGGGGGGTTCTCAGTAGACAACGCAACTCTAACCCGGTTCTTCACCTTCCACTTCTTACTACCATTCACCATTATAGGACTAACAATAGTACACCTGCTCTTCCTACACGAAACTGGATCAAACAACCCAACAGGACTAAACTCAAACACCGATAAAATCCCCTTCCATCCCTACTTCTCATACAAAGACCTACTAGGACTCATCTTAATATTAACCTTCCTACTAACCCTAACACTATTCTACCCCAACCTCTTAGGAGACCCAGACAACTTCACACCAGCCAACCCCCTATCCACCCCCCCACATATTAAACCAGAATGATACTTTCTTTTCGCCTACGCAATCCTACGATCAATCCCAAACAAATTAGGCGGCGTACTCGCCCTCCTACTCTCCATCCTCGTACTATTCCTGATACCCACCCTACATACATCAAAACAACGAACAATCCAATTCCGACCACTAACACAAACCCTGTTCTGATCTTTTATCGCCAACCTCCTAGTACTAACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAAAACCCATTCATCACCATCGGCCAAGTAGCCTCTACTCTCCACTTCTTAATTTTACTAATCCTAATACCCATCGCAGGAATAATCGAAAACAAAATACTAACTTAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Geoemyda_spengleri 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Geoemyda_japonica 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Emys_marmorata 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Cuora_zhoui 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Cuora_trifasciata 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Cuora_mouhotii 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Cuora_mccordi 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Cuora_flavomarginata_sinensis ATGGCCACAAACCTACGAAAAACCCACCCTATAGTAAAAATTATCAACAACTCATTTATTGACCTCCCAAGCCCTTCTAACATCTCTGCTTTATGAAACTTCGGATCACTACTAGGCACCTGCCTAATCCTACAGATCATCACCGGAATCTTCCTGGCAATACACTATTCACCAGACATCTCACTAGCATTCTCATCAGTAGCCCATATCACCCGAGATGTACAGTACGGATGACTGATCCGCAGTATACATGCCAACGGGGCCTCCATCTTCTTCATATGTATCTACCTTCATATTGGTCGAGGACTTTATTATGGCTCRTACCTCTACAAAGAAACCTGAAACACAGGAATCATCCTACTATTCCTAACTATAGCTACTGCATTCGTAGGTTACGTCCTACCATGGGGCCAAATATCATTCTGAGGTGCCACTGTCATCATGAACCTACTCTCAGGCACCCCCTACATTGGCAATACTCTCGTACAATGAATTTGAGGGGGGTTCTCAGTAGACAATGCCACCTTAACTCAATTCTTTACCTTTCATTTTCTACTCCCCTTCACCATCGCCGGTTTAGCAGCTGTACATTTACTCTTCCTCCAAGAAACTGGGTCAAATAACCCAACAGGATTAAACTCAAACGCGGACAAAATCCCCTTCCACCCCTACTTCTCATACAAAGACCTACTAGGCCTAATCTTAATGCTCACCCTCCTGCTAACCCTAGCATTATTCTCCCCAAATCTTCTAGGCGACCCAGACAACTTCACACCAGCTAACCCACTATCCACTCCCCCCCACATCAAACCAGAATGATACTTCCTCTTCGCCTATGCAATCCTTCGATCCATCCCAAACAAATTAGGAGGTGTACTTGCCCTTCTATCCTCCATCCTTGTATTATTTATAATACCAACCCTACATACCTCAAAACAACGTACAGCTTCATTCCGACCATTAACGCAAACCCTCTTCTGATGTTTAACAGCTGATCTACTAGTACTTACATGAATCGGAGGACAACCAGTCGAAGATCCATTCATCACTATTGGCCAAGTAGCCTCCATCCTATACTTCATAATTCTTTTAACACTTATACCCCTCACAGGACTAATTGAAAACAAAATACTAAACCAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cuora_flavomarginata_evelynae 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Cuora_aurocapitata 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Cuora_amboinensis_lineata 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Callagur_borneoensis 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