#NEXUS
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	TITLE Taxa;
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	TAXLABELS
		Alvinellapompejana Arenicolamarina Bugulaneritina Capitellateleta Cerebratuluslacteus Chaetopterusvariegatus Cirratulidae Crassostreagigas Eiseniaandrei Eiseniafetida Eulaliaclavigera Eurythoecomplanata Flabelligeraaffinis Glyceratridactyla Haementeriadepressa Helobdellarobusta Hirudomedicinalis Laniceconchilega Lottiagigantea Lumbricusrubellus Lumbrineriszonata Malacocerosfuliginosus Myzostomacirriferum Myzostomaseymourcollegiorum Onuphisiridescens Ophelialimacina Pectinaria Perionyxexcavatus Platynereisdumerilii Pomatoceroslamarckii Ridgeiapiscesae Scoloplosarmiger Sipunculusnudus Sthenelaisboa Terebrataliatransversa Themistelageniformes Tubifextubifex Typosyllissp Urechiscaupo 
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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
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	MATRIX
	Alvinellapompejana           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	Hirudomedicinalis            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	Scoloplosarmiger             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;


END;

BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "TreebaseSubmission.nex"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Alvinellapompejana,
		2 Arenicolamarina,
		3 Bugulaneritina,
		4 Capitellateleta,
		5 Cerebratuluslacteus,
		6 Chaetopterusvariegatus,
		7 Cirratulidae,
		8 Crassostreagigas,
		9 Eiseniaandrei,
		10 Eiseniafetida,
		11 Eulaliaclavigera,
		12 Eurythoecomplanata,
		13 Flabelligeraaffinis,
		14 Glyceratridactyla,
		15 Haementeriadepressa,
		16 Helobdellarobusta,
		17 Hirudomedicinalis,
		18 Laniceconchilega,
		19 Lottiagigantea,
		20 Lumbricusrubellus,
		21 Lumbrineriszonata,
		22 Malacocerosfuliginosus,
		23 Myzostomacirriferum,
		24 Myzostomaseymourcollegiorum,
		25 Onuphisiridescens,
		26 Ophelialimacina,
		27 Pectinaria,
		28 Perionyxexcavatus,
		29 Platynereisdumerilii,
		30 Pomatoceroslamarckii,
		31 Ridgeiapiscesae,
		32 Scoloplosarmiger,
		33 Sipunculusnudus,
		34 Sthenelaisboa,
		35 Terebrataliatransversa,
		36 Themistelageniformes,
		37 Tubifextubifex,
		38 Typosyllissp,
		39 Urechiscaupo;
	TREE PAUP_1 = (1:0.172022,(27:0.399057,18:0.168684)1:0.040794,(((26:0.19779,((37:0.151051,((17:0.167581,(16:0.03993,15:0.035591)1:0.060831)1:0.122241,(28:0.075108,(20:0.032096,(10:0.01992,9:0.009149)1:0.050307)1:0.043449)1:0.084766)1:0.02866)1:0.117629,(39:0.1945,4:0.236664)1:0.036034)0.61:0.005101)0.73:0.007096,(31:0.259475,(13:0.210815,7:0.15262)0.99:0.049792,((30:0.321746,22:0.228907)1:0.036754,((((34:0.173655,32:0.264825)0.99:0.025406,12:0.175292)1:0.043966,((25:0.144452,21:0.135187)1:0.037327,(38:0.217601,(29:0.172807,(14:0.18485,11:0.145507)0.99:0.029846)0.99:0.018446)0.99:0.016)0.98:0.00941)0.99:0.01112,((36:0.148973,33:0.170719)1:0.07315,((24:0.051868,23:0.088007)1:1.52667,(6:0.207493,(5:0.310474,((19:0.38938,8:0.267266)1:0.0719,(35:0.236326,3:0.516581)0.99:0.022093)0.99:0.013776)0.99:0.011691)0.58:0.008137)0.82:0.010207)0.98:0.007854)0.99:0.014568)0.64:0.004183)0.99:0.012697)1:0.021706,2:0.168787)1:0.031401);

END;


BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  47953;

END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  47953;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Mk1 (est.)':  1 -  47953;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1288340966140;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 5266607022700573105;
			tell It;
				setSelected  3 35;
				attachments ;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 8770984745847398796;
			checksumv 0 2 583123814 null  numChars 47953   short false   bits 1048575   states 1048575   sumSquaresStatesOnly 8.570344824762542E15   NumFiles 1 NumMatrices 1;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 357;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1155 627;
			setLocation 8 22;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #5266607022700573105  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 844.1288340861714.5140085200325569271;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 798 560;
					setLocation 8 22;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
						endTell;
						setEdgeWidth 6;
						orientUp;
						setCornerMode Right_Angle  50;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setTree '((3:0.516581,35:0.236326)0.99:0.0110465,((8:0.267266,19:0.38938)1:0.0719,(5:0.310474,(6:0.207493,((23:0.088007,24:0.051868)1:1.52667,((33:0.170719,36:0.148973)1:0.07315,(((12:0.175292,(32:0.264825,34:0.173655)0.99:0.025406)1:0.043966,((21:0.135187,25:0.144452)1:0.037327,(38:0.217601,(29:0.172807,(11:0.145507,14:0.18485)0.99:0.029846)0.99:0.018446)0.99:0.016)0.98:0.00941)0.99:0.01112,((22:0.228907,30:0.321746)1:0.036754,(31:0.259475,(7:0.15262,13:0.210815)0.99:0.049792,((2:0.168787,(1:0.172022,(18:0.168684,27:0.399057)1:0.040794):0.031401)1:0.021706,(26:0.19779,((4:0.236664,39:0.1945)1:0.036034,(37:0.151051,((17:0.167581,(15:0.035591,16:0.03993)1:0.060831)1:0.122241,(28:0.075108,(20:0.032096,(9:0.009149,10:0.01992)1:0.050307)1:0.043449)1:0.084766)1:0.02866)1:0.117629)0.61:0.005101)0.73:0.007096)1:0.012697)0.99:0.004183)0.64:0.014568)0.99:0.007854)0.98:0.010207)0.82:0.008137)0.58:0.011691)0.99:0.013776)0.99:0.0110465<selected = on >);';
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #8770984745847398796 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 798 560;
					setLocation 8 22;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;