#NEXUS [written Mon Nov 15 21:52:26 EST 2010 by Mesquite version 2.73 (build 544) at ComPhy.local/10.0.1.7] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=74; TAXLABELS Chaunostoma_mecistandrum Neoeplingia_leucophylloides Lepechinia_mexicana_Hidalgo Lepechinia_mexicana_Peublo Lepechinia_lamiifolia Lepechinia_radula Lepechinia_salviaefolia Lepechinia_chamaedryoides Lepechinia_hastata Lepechinia_caulescens Lepechinia_glomerata Lepechinia_calycina Melissa_officinalis Salvia_glutinosa Salvia_pryzwalskii Salvia_aristata Zhumeria_majdae Salvia_axillaris Salvia_polystachya Salvia_patens Salvia_greatae Salvia_mellifera Dorystaechas_hastata Meriandra_bengalensis Salvia_officinalis Salvia_henryi Salvia_roemeriana Rosmarinus_officinalis Perovskia_atriplicifolia Pogogyne_douglasii Acanthomintha_lanceolata Monardella_villosa Glechon_marifolia Cunila_microcephala Cunila_incana Rhabdocaulon_strictus Calamintha_arkansana Rhododon_ciliatus Poliomintha_incana Clinopodium_ashei Conradina_grandiflora 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Lepechinia_radula 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Lepechinia_hastata 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Lepechinia_calycina 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Salvia_glutinosa 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Salvia_pryzwalskii 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Salvia_aristata 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Salvia_axillaris 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Salvia_polystachya 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Salvia_patens 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Salvia_greatae 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Meriandra_bengalensis 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Salvia_officinalis 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Salvia_henryi 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Salvia_roemeriana 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Rosmarinus_officinalis 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Perovskia_atriplicifolia 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Monardella_villosa 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Glechon_marifolia 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Cunila_incana 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Rhododon_ciliatus 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Conradina_grandiflora 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Monarda_citrodora 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Hedeoma_piperitum 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Clinopodium_vulgare 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Ziziphora_clinopodioides 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Mentha_arvensis 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Thymbra_capitata 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Heterolamium_debile 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Dracocephalum_bullatum 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Lophanthus_lipskyanus 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Lycopus_uniflorus 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Cleonia_lusitanica 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Horminum_pyrenaicum 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Plectranthus_cremnus 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Ocimum_basilium 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Lavandula_angustifolia 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Collinsonia_canadensis 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Elscholtzia_ciliata 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Lamium_maculatum 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; END; BEGIN TREES; Title ML_tree_from_chloroplast_data; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Chaunostoma_mecistandrum, 2 Neoeplingia_leucophylloides, 3 Lepechinia_mexicana_Hidalgo, 4 Lepechinia_mexicana_Peublo, 5 Lepechinia_lamiifolia, 6 Lepechinia_radula, 7 Lepechinia_salviaefolia, 8 Lepechinia_chamaedryoides, 9 Lepechinia_hastata, 10 Lepechinia_caulescens, 11 Lepechinia_glomerata, 12 Lepechinia_calycina, 13 Melissa_officinalis, 14 Salvia_glutinosa, 15 Salvia_pryzwalskii, 16 Salvia_aristata, 17 Zhumeria_majdae, 18 Salvia_axillaris, 19 Salvia_polystachya, 20 Salvia_patens, 21 Salvia_greatae, 22 Salvia_mellifera, 23 Dorystaechas_hastata, 24 Meriandra_bengalensis, 25 Salvia_officinalis, 26 Salvia_henryi, 27 Salvia_roemeriana, 28 Rosmarinus_officinalis, 29 Perovskia_atriplicifolia, 30 Pogogyne_douglasii, 31 Acanthomintha_lanceolata, 32 Monardella_villosa, 33 Glechon_marifolia, 34 Cunila_microcephala, 35 Cunila_incana, 36 Rhabdocaulon_strictus, 37 Calamintha_arkansana, 38 Rhododon_ciliatus, 39 Poliomintha_incana, 40 Clinopodium_ashei, 41 Conradina_grandiflora, 42 Monarda_citrodora, 43 Blephilia_hirsuta, 44 Hedeoma_piperitum, 45 Clinopodium_vulgare, 46 Ziziphora_clinopodioides, 47 Mentha_arvensis, 48 Thymbra_capitata, 49 Origanum_vulgare, 50 Heterolamium_debile, 51 Meehania_urticifolia, 52 Glechoma_hederacea, 53 Agastache_pallida, 54 Schizonepeta_multifida, 55 Lallemantia_canescens, 56 Dracocephalum_bullatum, 57 Hyssopus_officinalis, 58 Nepeta_cataria, 59 Lophanthus_lipskyanus, 60 Drepanocaryum_sewerzowii, 61 Cedronella_canariensis, 62 Lycopus_uniflorus, 63 Cleonia_lusitanica, 64 Prunella_vulgaris, 65 Horminum_pyrenaicum, 66 Hyptis_laniflora, 67 Plectranthus_dawoensis, 68 Plectranthus_cremnus, 69 Ocimum_basilium, 70 Lavandula_angustifolia, 71 Collinsonia_canadensis, 72 Elscholtzia_ciliata, 73 Caryopteris_incana, 74 Lamium_maculatum; TREE ML_cpDNA = (((((((1,(2,(3,4))),(((5,(6,7)),8),((9,10),(11,12)))),13),((((14,15),(16,17)),(((18,(19,20)),(21,22)),(23,24))),((25,(26,27)),(28,29)))),((((((((((30,(31,32)),(((33,34),(35,36)),(((37,38),39),((40,41),42,43)))),44),45),46),47),(48,49)),(((((50,51),52),(53,(54,(55,(56,57))))),((58,59),60)),61)),62),((63,64),65))),((((66,67),(68,69)),70),(71,72))),(73,74)); END; BEGIN SETS; CHARSET ycf = 1 - 4949; CHARSET 'ycf-rps15 spacer' = 4950 - 5667; CHARSET 'trnL-F' = 5668 - 6627; END; BEGIN TREES; Title 4_MPTs_from_chloroplast_data; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Chaunostoma_mecistandrum, 2 Neoeplingia_leucophylloides, 3 Lepechinia_mexicana_Hidalgo, 4 Lepechinia_mexicana_Peublo, 5 Lepechinia_lamiifolia, 6 Lepechinia_radula, 7 Lepechinia_salviaefolia, 8 Lepechinia_chamaedryoides, 9 Lepechinia_hastata, 10 Lepechinia_caulescens, 11 Lepechinia_glomerata, 12 Lepechinia_calycina, 13 Melissa_officinalis, 14 Salvia_glutinosa, 15 Salvia_pryzwalskii, 16 Salvia_aristata, 17 Zhumeria_majdae, 18 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Drepanocaryum_sewerzowii, 61 Cedronella_canariensis, 62 Lycopus_uniflorus, 63 Cleonia_lusitanica, 64 Prunella_vulgaris, 65 Horminum_pyrenaicum, 66 Hyptis_laniflora, 67 Plectranthus_dawoensis, 68 Plectranthus_cremnus, 69 Ocimum_basilium, 70 Lavandula_angustifolia, 71 Collinsonia_canadensis, 72 Elscholtzia_ciliata, 73 Caryopteris_incana, 74 Lamium_maculatum; TREE PAUP_1 = 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TREE PAUP_4 = ((((((((1:19.0,(2:16.0,(3:10.0,4:15.0):12.0):13.0):14.0,(((5:13.0,(6:5.0,7:6.0):2.0):17.0,8:7.0):21.0,((9:8.0,10:17.0):42.0,(11:39.0,12:27.0):3.0):3.0):6.0):12.0,13:93.0):10.0,((((14:34.0,15:50.0):49.0,(((18:109.0,(19:94.0,20:91.0):15.0):26.0,(21:27.0,22:54.0):14.0):8.0,(23:46.0,24:26.0):3.0):27.0):7.0,(16:141.0,17:92.0):40.0):47.0,((25:51.0,(26:15.0,27:9.0):74.0):51.0,(28:76.0,29:28.0):5.0):44.0):15.0):42.0,((((((((((30:81.0,(31:28.0,32:28.0):5.0):5.0,(((33:13.0,34:10.0):5.0,(35:7.0,36:11.0):3.0):2.0,(((37:35.0,38:35.0):2.0,39:30.0):2.0,((40:6.0,41:8.0):9.0,42:29.0,43:20.0):6.0):4.0):2.0):1.0,44:18.0):17.0,45:25.0):23.0,46:95.0):18.0,47:87.0):8.0,(48:51.0,49:73.0):26.0):85.0,(((((50:1.0,51:14.0):2.0,52:21.0):58.0,(53:43.0,(54:74.0,(55:149.0,(56:62.0,57:110.0):14.0):48.0):68.0):9.0):43.0,((58:84.0,59:50.0):18.0,60:120.0):94.0):13.0,61:63.0):27.0):12.0,((63:150.0,64:133.0):68.0,65:78.0):28.0):8.0,62:114.0):23.0):107.0,(((66:137.0,67:135.0):14.0,(68:101.0,69:159.0):12.0):79.0,70:222.0):43.0):28.0,(71:139.0,72:279.0):89.0):174.0,(73:337.0,74:454.0):0.0); END;