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Tortyra_cuprinella_1 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Zodia_scintillana_1 TATTTGGGATAATTTCTCATATTATTTCTCAAGAAAGAGGTAAAAAGGAAACTTTTGGTTGTTTAGGGATAATTTATGCTATAATGGCTATTGGATTATTAGGATTTGTTGTATGAGCTCACCATATATTTACAGTAGGAATAGATATCGATACTCGAGCTTATTTTACTTCAGCTACTATAATTATTGCCGTTCCTACAGGAATTAAAATTTTTAGATGATTAGCTACTTTACATGGAACACAAATCAATTATTCCCCTTCTATATTATGAAGATTAGGATTTGTATTTTTATTTACTGTAGGAGGTTTAACAGGAGTAGTATTAGCTAATTCATCTATTGACATTACCTTACATGACACTTATTATGTAGTAGCTCATTTTCATTATGTTCTTTCTATAGGGGCAGTATTTGCTATTATAGCAAGCTTTATTCATTGATACCCTTTATTTACAGGATTAACCTTAAATGATTACCTTTTAAAAATTCAATTTTTTACTATATTTATCGGAGTAAATTTAACATTTTTTCCTCAACATTTTCTCGGATTAGCAGGTATACCTCGTCGTTACTCTGATTTTCCTGATGCTTATTTATCTTGAAATTTAGTATCTTCTATTGGTTCTTATATTTCTTTTTTAGCAATTTTATTAATATTAATTATTGTGTGAAAATCTTTTATAGATCAACGAATTATTATTTTTTCTTACAATATACCATCATCAATTGAATGATATCAAAATTTACCCCCTGCTGAACATTCATATAATGAATTACCC?????????TCATTTAATCTACAAATGCGGCGGTATCGACAAACGTACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGAGGCCCAGGAAATGGGTAAGGGTTCCTTCAAATACGCCTGGGTGTTGGACAAACTGAAGGCTGAACGTGAACGTGGTATCACCATCGACATCGCTTTGTGGAAATTCGAGACCGCTAAATACTATGTCACCATTATTGACGCCCCTGGACACAGAGATTTCATCAAGAACATGATCACTGGTACTTCTCAGGCTGACTGCGCCGTGTTGATTGTTGCTGCTGGTACTGGTGAGTTCGAAGCTGGTATCTCAAAGAATGGTCAGACTCGTGAACACGCTCTGCTCGCTTTCACACTCGGTGTCAAGCAATTGATTGTTGGTGTAAACAAGATGGACTCCACTGAGCCTCCTTACAGTGAATCCCGTTTCGAGGAAATCAAAAAGGAAGTTTCTTCTTACATTAAGAAAATTGGATACAACCCTGCTGCTGTTGCTTTCGTTCCTATCTCTGGCTGGCACGGAGATAACATGTTGGAGCCCTCAACCAAAATGCCTTGGTTCAAGGGGTGGAACGTAGAACGCAAGGAAGGTAAAGCTGACGGAAAATGCCTTATTGAGGCTTTGGATGCCATCCTTCCCCCTGCTCGTCCTACAGACAAGCCCCTCCGTCTTCCACTTCAGGACGTGTACAAAATTGGTGGTATCGGTACAGTACCCGTCGGCAGAGTTGAAACTGGTGTTCTTAAACCCGGAACCATTGTTGTATTTGCCCCAGCCAACCTTACCACTGAAGTCAAGTCCGTTGAAATGCACCACGAAGCTCTGCAAGAAGCTGTACCCGGAGACAATGTTGGTTTCAACGTAAAGAACGTGTCGGTCAAGGAGTTAAGACGTGGTTACGTAGCTGGTGACTCCAAGAACAACCCACCCAAGGGAGCTGCTGACTTCACAGCCCAAGTCATTGTTCTTAACCACCCTGGTCAAATCTCTAACGGGTACACACCTGTCCTTGATTGCCACACAGCTCACATTGCCTGTAAATTCGCTGAAATTAAAGAAAAGGTTGACCGTCGTACTGGTAAATCAACTGAGGACAACCCTAAATCTATCAAATCTGGTGATGCTGCCATTGTCAATCTGGTACCTTCCAAGCCCTTATGTGTTGAGTCCTTCCAGGAGTTCCCC??CGTGTACGGTCAAGACATGCTGGATGCGGCTACCAAGTTTTCGATCGGTTGGCGATGCTCTAAAGGATCGATTTGACGGTGCATCCCGAGTAATGGCGCACAATGCTGACCTAGAAGCTACAGTGCAGCGAAATGAAGCAGCACCACACCGTGTCCCCCGAAGAGATCGGTACCGCTTCCAGCTGCGACCAAACAATCCGGATCACAAAGCACCGGGAATGAAGGATCTGGTTTACTTAGAGTCCTCACCGGGCTTYTGCGAGAAGAACCCGCGGCTCGGAATCCCTGGAACACACGGGCGCTCCTGCAACGACACCAGTATAGGAGTCGACGGCTGTGACCTGATGTGCTGCGG?CGCGGTTATCG?ACCGAGACCATGTTCGTCGTGGAGCGATGCAAY Zodia_scintillana_2 TATTTGGGATAATTTCTCATATTATTTCTCAAGAAAGAGGTAAAAAGGAAACTTTTGGTTGTTTAGGGATAATTTATGCTATAATGGCTATTGGATTATTAGGATTTGTTGTATGAGCTCACCATATATTTACAGTAGGAATAGATATCGATACTCGAGCTTATTTTACTTCAGCTACTATAATTATTGCCGTTCCTACAGGAATTAAAATTTTTAGATGATTAGCTACTTTACATGGAACACAAATCAATTATTCCCCTTCTATATTATGAAGATTAGGATTTGTATTTTTATTTACTGTAGGAGGTTTAACAGGAGTAGTATTAGCTAATTCATCTATTGACATTACCTTACATGACACTTATTATGTAGTAGCTCATTTTCATTATGTTCTTTCTATAGGGGCAGTATTTGCTATTATAGCAAGCTTTATTCATTGATACCCTTTATTTACAGGATTAACCTTAAATGATTACCTTTTAAAAATTCAATTTTTTACTATATTTATCGGAGTAAATTTAACATTTTTTCCTCAACATTTTCTCGGATTAGCAGGTATACCTCGTCGTTACTCTGATTTTCCTGATGCTTATTTATCTTGAAATTTAGTATCTTCTATTGGTTCTTATATTTCTTTTTTAGCAATTTTATTAATATTAATTATTGTGTGAAAATCTTTTATAGATCAACGAATTATTATTTTTTCTTACAATATACCATCATCAATTGAATGATATCAAAATTTACCCCCTGCTGAACATTCATATAATGAATTACCCAACTACTGGTCATTTAATCTACAAATGCGGCGGTATCGACAAACGTACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGAGGCCCAGGAAATGGGTAAGGGTTCCTTCAAATACGCCTGGGTGTTGGACAAACTGAAGGCTGAACGTGAACGTGGTATCACCATCGACATCGCTTTGTGGAAATTCGAGACCGCTAAATACTATGTCACCATTATTGACGCCCCTGGACACAGAGATTTCATCAAGAACATGATCACTGGTACTTCTCAGGCTGACTGCGCCGTGTTGATTGTTGCTGCTGGTACTGGTGAGTTCGAAGCTGGTATCTCAAAGAATGGTCAGACTCGTGAACACGCTCTGCTCGCTTTCACACTCGGTGTCAAGCAATTGATTGTTGGTGTAAACAAGATGGACTCCACTGAGCCTCCTTACAGTGAATCCCGTTTCGAGGAAATCAAAAAGGAAGTTTCTTCTTACATTAAGAAAATTGGATACAACCCTGCTGCTGTTGCTTTCGTTCCTATCTCTGGCTGGCACGGAGATAACATGTTGGAGCCCTCAACCAAAATGCCTTGGTTCAAGGGGTGGAACGTAGAACGCAAGGAAGGTAAAGCTGACGGAAAATGCCTTATTGAGGCTTTGGATGCCATCCTTCCCCCTGCTCGTCCTACAGACAAGCCCCTCCGTCTTCCACTTCAGGACGTGTACAAAATTGGTGGTATCGGTACAGTACCCGTCGGCAGAGTTGAAACTGGTGTTCTTAAACCCGGAACCATTGTTGTATTTGCCCCAGCCAACCTTACCACTGAAGTCAAGTCCGTTGAAATGCACCACGAAGCTCTGCAAGAAGCTGTACCCGGAGACAATGTTGGTTTCAACGTAAAGAACGTGTCGGTCAAGGAGTTAAGACGTGGTTACGTAGCTGGTGACTCCAAGAACAACCCACCCAAGGGAGCTGCTGACTTCACAGCCCAAGTCATTGTTCTTAACCACCCTGGTCAAATCTCTAACGGGTACACACCTGTCCTTGATTGCCACACAGCTCACATTGCCTGTAAATTCGCTGAAATTAAAGAAAAGGTTGACCGTCGTACTGGTAAATCAACTGAGGACAACCCTAAATCTATCAAATCTGGTGATGCTGCCATTGTCAATCTGGTACCTTCCAAGCCCTTATGTGTTGAGTCCTTCCAGGAGTTCCCCATCGTGTACGGTGAAGACATGCTGGATGCGGCTACCAAGTTTTCGATCGGTTGGCGATGCTCTAAAGGATCGATTTGACGGTGCATCCCGAGTAATGGCGCACAATGCTGACCTAGAAGCTACAGTGCAGCGAAATGAAGCAGCACCACATCGTGTCCCCCGAAGAGATCGGTACCGCTTCCAGCTGCGACCAAACAATCCGGATCACAAAGCACCGGGAATGAAGGATCTGGTTTACTTAGAGTCCTCACCGGGCTTCTGCGAGAAGAACCCGCGGCTCGGAATCCCTGGAACACACGGGCGCTCCTGCAACGACACCAGTATAGGAGTCGACGGCTGTGACCTGATGTGCTGCGGCCGCGGT??????????????????????????????????????? ; END; BEGIN TREES; Title all_gn_cdn_added; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Alasea_corniculata, 2 Anthophila_alpinella_1, 3 Anthophila_alpinella_2, 4 Anthophila_fabriciana_1, 5 Anthophila_fabriciana_2, 6 Asterivora_homotypa, 7 Brenthia_hexaselena_1, 8 Brenthia_hexaselena_2, 9 Brenthia_monolychna_1, 10 Brenthia_monolychna_2, 11 Brenthia_pavonacella_1, 12 Brenthia_pavonacella_2, 13 Brenthia_sp._Taiwan, 14 Brenthia_stimulans_1, 15 Brenthia_stimulans_2, 16 Choreutis_amethystodes, 17 Choreutis_basalis, 18 Choreutis_hyligenes_1, 19 Choreutis_hyligenes_2, 20 Choreutis_ophiosema_1, 21 Choreutis_ophiosema_2, 22 Choreutis_pariana_1, 23 Choreutis_pariana_2, 24 Choreutis_pariana_3, 25 Choreutis_xanthogramma_1, 26 Choreutis_xanthogramma_2, 27 Hemerophila_diva_1, 28 Hemerophila_diva_2, 29 Hemerophila_felis_1, 30 Hemerophila_felis_2, 31 Hemerophila_houttuinialis_1, 32 Hemerophila_houttuinialis_2, 33 Hemerophila_immarginata_1, 34 Hemerophila_immarginata_2, 35 Hemerophila_JR5_1, 36 Hemerophila_JR5_2, 37 Hemerophila_JR6_1, 38 Hemerophila_JR6_2, 39 Hemerophila_JR7_1, 40 Hemerophila_JR7_2, 41 Hemerophila_JR8_1, 42 Hemerophila_JR8_2, 43 Hemerophila_nr._gradella, 44 Hemerophila_xutholopa_1, 45 Hemerophila_xutholopa_2, 46 Limacodidae_1, 47 Limacodidae_2, 48 Millieria_dolosalis_1, 49 Millieria_dolosalis_2, 50 Oecophoridae_1, 51 Oecophoridae_2, 52 Oecophoridae_3, 53 Oecophoridae_4, 54 Phormoestes_palmettovora_1, 55 Phormoestes_palmettovora_2, 56 Prochoreutis_inflatella_1, 57 Prochoreutis_inflatella_2, 58 Prochoreutis_myllerana, 59 Rhobonda_gaurisana_1, 60 Rhobonda_gaurisana_2, 61 Saptha_beryllitis, 62 Saptha_divitiosa, 63 Saptha_libanota, 64 Sesiidae_1, 65 Sesiidae_2, 66 Tebenna_gemmalis_1, 67 Tebenna_gemmalis_2, 68 Tebenna_gnaphaliella_1, 69 Tebenna_gnaphaliella_2, 70 Tebenna_onustana_1, 71 Tebenna_onustana_2, 72 Tortricidae_Argyrotaenia, 73 Tortricidae_Megalota, 74 Tortricidae_Mictopsichia, 75 Tortyra_cuprinella_1, 76 Tortyra_cuprinella_2, 77 Tortyra_nr._malacozona, 78 Tortyra_spectabilis_1, 79 Tortyra_spectabilis_2, 80 Tortyra_sporodelta_1, 81 Tortyra_sporodelta_2, 82 Yponomeutidae, 83 Zodia_scintillana_1, 84 Zodia_scintillana_2; 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CHARSET WG_2nd = 1974 1977 1980 1983 1986 1989 1992 1995 1998 2001 2004 2007 2010 2013 2016 2019 2022 2025 2028 2031 2034 2037 2040 2043 2046 2049 2052 2055 2058 2061 2064 2067 2070 2073 2076 2079 2082 2085 2088 2091 2094 2097 2100 2103 2106 2109 2112 2115 2118 2121 2124 2127 2130 2133 2136 2139 2142 2145 2148 2151 2154 2157 2160 2163 2166 2169 2172 2175 2178 2181 2184 2187 2190 2193 2196 2199 2202 2205 2208 2211 2214 2217 2220 2223 2226 2229 2232 2235 2238 2241 2244 2247 2250 2253 2256 2259 2262 2265 2268 2271 2274 2277 2280 2283 2286 2289 2292 2295 2298 2301 2304 2307 2310 2313 2316 2319 2322 2325 2328 2331 2334 2337 2340 2343 2346 2349 2352 2355 2358 2361 2364 2367 2370 2373; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 2374; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED = 1: 3 - 777\3 781 - 1969\3 1973 - 2372\3, 2: 1 - 778\3 782 - 1970\3 1974 - 2373\3, 3: 2 - 779\3 780 - 1971\3 1972 - 2374\3; CODONPOSSET CodonPositions = 1: 3 - 777\3 781 - 1969\3 1973 - 2372\3, 2: 1 - 778\3 782 - 1970\3 1974 - 2373\3, 3: 2 - 779\3 780 - 1971\3 1972 - 2374\3; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 2374; END; BEGIN mrbayes; partition bygenebycodon = 9 : EF1a_1st , EF1a_2nd , EF1a_3rd , COI_1st , COI_2nd , COI_3rd , WG_1st , WG_2nd , WG_3RD; set partition = bygenebycodon; Lset applyto = ( 1 ) nst = 6 rates = invgamma; Lset applyto = ( 2 ) nst = 6 rates = invgamma; Lset applyto = ( 3 ) nst = 6 rates = invgamma; Lset applyto = ( 4 ) nst = 6 rates = invgamma; Lset applyto = ( 5 ) nst = 6 rates = invgamma; Lset applyto = ( 6 ) nst = 6 rates = gamma; Lset applyto = ( 7 ) nst = 6 rates = invgamma; Lset applyto = ( 8 ) nst = 2 rates = invgamma; Lset applyto = ( 9 ) nst = 6 rates = invgamma; unlink shape = ( all ); unlink pinvar = ( all ); unlink revmat = ( all ); unlink statefreq = ( all ); unlink tratio = ( all ); prset applyto = ( all ) ratepr = variable; prset applyto = ( 1 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); prset applyto = ( 2 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); prset applyto = ( 3 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); prset applyto = ( 4 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); prset applyto = ( 5 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); prset applyto = ( 6 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); prset applyto = ( 7 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = fixed ( equal ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); prset applyto = ( 8 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = fixed ( equal ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); prset applyto = ( 9 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ) brlenspr = unconstrained : exp ( 36.0 ) statefreqpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) revmatpr = Dirichlet ( 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 , 1.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ); outgroup Ypn_US_1; mcmcp ngen = 20000000 startingtree = random nchains = 4 savebrlens = yes samplefreq = 1000 printfreq = 10; END;