NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 21:04:02] [Matrix accession#: M1735] BEGIN TAXA; TITLE M1735; DIMENSIONS NTAX=68; TAXLABELS Arytinnis_hakani Arytainilla_gredi Arytinnis_equitans Arytinnis_dividens_G Arytinnis_dividens_C Arytinnis_diluta Arytainilla_delarbrei Arytainilla_cytisi Arytinnis_cognata Arytaina_vittata Arytaina_nubivaga Arytaina_genistae_PO Arytaina_genistae_SC Arytaina_devia_ssp_insularis_P Arytaina_devia_ssp_insularis_C Arytaina_adenocarpi_MO Arytaina_adenocarpi_SP Arytaina_adenocarpi_PO Acizzia_uncatoides Acizzia_hollisi Livilla_ima Arytinnis_incuba Arytinnis_modica_Teline_P Arytinnis_modica_Cham._P Arytinnis_nigralineata Arytinnis_pileolata Arytinnis_proboscidea Arytinnis_prognata Arytainilla_spartiophila_PO Arytainilla_spartiophila_SP Arytainilla_sulci Arytinnis_umbonata Arytainilla_serpentina Arytainilla_atlantica Arytainilla_telonicola Arytainilla_montivaga Arytinnis_romeria Arytinnis_fortunata Arytinnis_canariensis Arytinnis_menceyata Arytinnis_ochrita Arytinnnis_occidentalis Arytinnis_gomerae Arytinnis_hupalupa Arytinnis_berber Cacopsylla_alaterni Cacopsylla_mali Cyamophila_prohaskai Livilla_adusta Livilla_blandula Livilla_horvathi Livilla_maculipennis Livilla_maura Livilla_monospermae Livilla_nervosa Livilla_pseudoretamae Livilla_pyrenaea Livilla_radiata Livilla_retamae Livilla_spectabilis Livilla_syriaca Livilla_variegata Livilla_vicina Livilla_vittipennella Livilla_caprifuga Livilla_baetica Livilla_complexa Pseudacanthopsylla_improvisa ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M1735; DIMENSIONS NCHAR=342; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Livilla_radiata GAGTAGTAAAAGGTAAGA-TCTTTAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAACCTGCTCATTAATTGATAATCCACAACTTTAATTTACTTTTATTAAATT--ACTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTAGAAAGT--AATTTTTAAGGATTCTT-A-TTTAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAT-CAGAGTGGGTTACATTTTTTATAATGGATGGAAATTATTATTA-AAAT--AGTAATAGAAATGGGATTTAAAAGTA---AAGTGAA-CTTATTAAAGATTTTATATGAATTT-AGATTCTAAAGTATG Livilla_retamae GAGTAGTAAAAGGTAATA-TCTAGAAACTCAAAAGATTTGGCGGTATTTCATCTTATTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATATTCCACAACTTAAATTTACTTTTATGAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTAAAAAGT--AATTTTCGGGAGTTTTT-A-TAGAATTCATGTTAGATCAAGGTGCAGTA-TTTAAAAGAA-AAAAGTGGGTTACATTATTTATTATGGATGAAATTTATGTTTA-GAG--AATTAAAGGAAATGGGATTTAAAAGTA---AAATAGA-ATAATTAAAGATTTTGTATGAATTA-AGATTCTGAAATATG Livilla_spectabilis GAGTAGTATAAGTTATGA-TCTTTAAACTCAAAAAATTTGGCGGTACTTTATCTTATCAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATGTTCCACAACTTTAACTTACTTTTATTAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTAAAAAGTT--ATTTTCAAGCATTTTT-A-TGTAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTGAAAGAT-TAAAGTGGGTTACATTTTTTATAATGGATGAAAATTATTAGTA-AAGT--AATAATGGAAACAGGATTTGAAAGTA---AAGAGAG--TTATTAAAGATTTTACATGAATAT-AGATTCTAAAGTATG Livilla_syriaca GAGTAGTAGGAGTTAAGA-TCTTGAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAATCTGCCCATTAATTGATAATCCACAACTTTAATTTACTTTTATTAGATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTAAAAAGTT--ATTTTCAAGTATTTTT-A-TATAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAT-TGAGGTGGATTACATTTTTTATAATGAATGAAAATTATTGTTT-AACT--AATAATAGAAATAGGATTTAATAGTA---AAAGAAT?????????????????????????????????????????? Livilla_variegata GAGTAGTAAGAGGTAAGA-TCTTTAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTGTTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATGTTCCACGACTTTAATTTACTTTTATTAAGTT--ATTTGTATACCGTTGTCATAAATCTACTAAAAAGT--AATTTTTGAGGATTTTT-A-TAGAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAT-TAAAGTGGGTTACATTTTTTATAATGAATGAAAATTATTATTA-AAGT--AATAATGGAAATAGGATTTGAGAGTA---AGAGGAG--CTATTAAAGATTTTATATGAATAA-AGATTCTAAAGTATG Livilla_vicina GGGTAGTATAAGTTAAAA-TTTTTAAACTCAAAGGATTTGGCGGTATTTTATCTAATTAGAGGAACCTGTTTAATAATTGATAATCCACAATTTAAACTTATTTCTATTAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTAAAAAGT--AATTTTCAAGATTTTTT-A-TAAAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAGAAGAA-AAAAATGGGTTACATTATTTATGATGAATGAAAGTTATTAAA--AAATT-AATAATGGAAAGAGGATTTAATAGTA---AAAGAAA-GTTAATAGAAATTTTTTATGAATTT-AGATTCTAAAATATG Livilla_vittipennella GAGTAGTAAGAGGTAAGA-TCTTTAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATATTCCACGACTTTAACTTACTTTTATTAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTGAGAAGTG--ATTTTCAAGAATTTTT-G-TATAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAT-TAAAGTGGGTTACATTTTTTATGATGAATGAAAATTATTGTTA-AATAT-AATAATAGAAACGGGATTTAAAAGTA---AAAAGAA--TTATTAAAGATTTTATATGAATAT-AGATTCTAAAGTATG Livilla_caprifuga GAGTAGTATTAGCTAAAA-TCTTGAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAACCTGTTTATTAATTGATGTTCCACAACTTTAATTTACTTTTATAAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTATTAAAAAATG--ATTTTCAAAATTTTTT-A-TGAAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTA-TTTAAAAGAG-AAAAATGGGTTACATTATTTATTATGAATGAAAATTGTTATAA-ATTT--ATTAATGGAAATAGGATTTGATAGTA---AATGTAA----TTTAAAGATTTTTTATGAATAA-AGATTCTAAAATATG Livilla_baetica GAGTAGTATAAGTTAATA-TCTTGAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAACCTGTTTGTTAATTGATATTCCACAACTTTAATTTACTTTTATAAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTATTAAAAAAT--AATTTTCAAATTTTTTT-A-TGAAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAA-AAAGATGGGTTACATTATTTATTATGAATGAAAATTATTATTA-ATTT--ATTAATGGAAATAGGATTTAACAGTA---AATATAA----TTAAAAGATTTTTTATGAATAA-AGATTCTAAAATATG Livilla_complexa GAGTAGTAAAAGTTAAGA-TCTCGAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAACCTGTTTATTAATTGATATTCCACAACTTTAATTTACTTTCATAAGATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTATTAAAAAAT--AATTTTCAGAGAGTTTT-A-TTTAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTGAAAGAA-AAAAATGGGTTACATTATTTATTATGAATGGAAATTACTAT-A-AAATT-AGTAATAGAAATAGGATTTAATAGTA---AGTAAA------CTAAAGATTTTTTATGAATAG-AGATWCTAAAATATG Pseudacanthopsylla_improvisa GAGTAGTAATAGTTAAGA-TCTTGAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAACCTGTTTATTAATTGATATTCCACAACTTTAATTTACTTTTATTAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTATTAAAAAAT--AATTTTCATATTTTTTT-A-TGGAATGCATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAA-AAAAATGGGTTACTATAGTTACAATGAATGAAAATTATAAAAATGGAAT-TATGATAGAAATAGGATTTAACAGTA---AATAAA---TAAATAAAGAATTTTGATGAATAA-AGATTCTAAAATATG ; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; USERTYPE 1_to_0 STEPMATRIX = 4 A C G T . 1 0 1 1 . 1 0 0 1 . 1 1 0 1 . ; USERTYPE 2_to_1 STEPMATRIX = 4 A C G T . 2 1 2 2 . 2 1 1 2 . 2 2 1 2 . ; USERTYPE 13_to_10 STEPMATRIX = 4 A C G T . 16 10 16 16 . 16 10 10 16 . 16 16 10 16 . ; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; CHARSET poor_align = 152 - 154 254 - 264 300 - 305 ; TYPESET user_13_to_10 = 13_to_10: 1 - 342 ; TYPESET user_2_to_1 = 2_to_1: 1 - 342 ; TYPESET user_1_to_0 = 1_to_0: 1 - 342 ; EXSET * POORALIGN = 152 - 154 254 - 264 300 - 305 ; END;