#NEXUS

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Actinoposthia_haplovata           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Anaperus_biaculeatus              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Anaperus_gardineri                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Anaperus_rubellus                 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Anaperus_tvaerminnensis           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Aphanostoma_bruscai               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Aphanostoma_collinae              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Aphanostoma_virescens             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Archaphanostoma_macrospiriferum   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Childia_brachyposthium            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Childia_crassum                   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Childia_groenlandica              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Childia_macroposthium             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Convolutriloba_retrogemma         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Hallangia_proporoides             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Haplocelis_dichona                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Haplogonaria_schillingi           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Haplogonaria_syltensis            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Myopea_callaeum                   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Notocelis_gullmarensis            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Oligofilomorpha_interstitiophilum 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Paedomecynostomum_bruneum         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Paramecynostomum_diversicolor     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Paratomella_rubra                 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Paratomella_unichaeta             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Pelophila_lutheri                 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Philactinoposthia_coneyi          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Philocelis_robrochai              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Philomecynostomum_lapillum        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Polycanthus_torosus               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Postmecynostomum_pictum           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Praeconvoluta_bocasensis          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Praeconvoluta_castinea            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Praeconvoluta_tigrina             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Praeconvoluta_tornuva             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Praesagittifera_naikaiensis       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Proaphanostoma_tenuissima         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Proporus_bermudensis              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Proporus_brochii                  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Proporus_carolinensis             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Pseudactinoposthia_sanguineum     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Simplicomorpha_gigantorhabditis   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Solenofilomorpha_crezeei          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Symsagittifera_psammophila        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Symsagittifera_roscoffensis       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2200000101110?1000000000021111211000??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GAAGTTAGAGTATT?AAGAGG???TA?GATA?CCCTCGTAATTCT???AACCTTAAACGA?TACCATC?TTAATCTTAGCC?AATGTAA?TTTAT????TACTTG?GTTAGGAT?TAA?ACCGGGAAACCAAAGCCATTTGGTTCCGGGGGGAGTATGGTTGCAAAATCGAAACTTAAAGGAATTGACGGAGGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACCTACCAGGTCCAGACATCTTAAGGATTGACAGATAGA?ATCTCTTTCATGA?TTAGATGGGCGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTAGTGGAGTGATTCGTCTGGTTAATTCCGATAACTAACGAGTTCTCT?TCCATCTAACTAGTAGATGACAC????TT???ATTGT?GTT?GTC??AAGAC?TTCTTAGAGGAACTAAGTACAAT?TAAA?TAGTACTAGTGAAGTGAGATTA?TAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCTGGACCGCACGCGCGCTACAATGCTTGCTTTAATG?TGTTGATAA???CTCTCTAAGCCGAGATGGTTTTGG?GAAATCGTTAAAAGT??ATAAGGATGTTCTTAGTGGGGATCAACTATTGTAACTAGTAGTTGTGAACTCGGAATTCCTAGTACTTAGATTTCACCAGAATCTAGGGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACA?CCGCCCGTCG?CTACTAC?TGATTGGTTG?CTTAAGCGAGTAACTTGGAGGCTGCC???AG?CTGATCGC??????????????????TTCGGTG??GTCTCTGGTATGCTG???AAGAGTGTCGAGCTTAAATGACTA?????????????????????????????????????GAGATCCCTTAGTAGCGGCGAGCGAACCGGG??AAGAGCTCATCGGGAAGGTTAAT?????????GGTGACATTAACCGGTGTCCGGTTT??GGATTGATGTCCTGACTA?????ACTAAACAATGTTGTAAGTCCATTGAAAAA?TGGCATCA?GAGA???AGGTGATAATCCT?GTCTCAACATTGTTGCTAACTAGTTAGTCCTTTGC??ATAGGCTCAATCTAGCGAGTAGAGTTGATTGAAAGTTCAACTTGAAT?CAGGAGATAAGTCTCTCCTAAAGCTAATTAT??AAGGCGAGACCGATAGTGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGCACTCTGAAGAGAGAGT?GAAAAGGTCGTGAAACTGTCAAGGTCGATCCGAAGGGT????ATGTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ACTG?TGAC??????????TCAATGCTTAGCTCT?AATAATGACTAAGC?GTC?????????????????AGAGTTGTGCAATCAATTTGACT???????????????????TGTA?????????????AGATTGTGATCAATTTTTGACTGTTGTTAACAGGCAATTTGACTTGATC?GGCACTTTTATGATTGGATGATGT?GTGTTCGCGCGCGCGTTCGTTCGATGATAATTGTGTGTAATGATCTATTGTCTCAT??????TGTTGTTAATGACATAGTTTGAATGCGATTCATTCTACTAAATGCAGGTCTTTGATAGCAAATT?CAATGTGCTCTTCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTGTA?AGTTACCTGCAAGTGTTGGCACTCA??TTGAAAGTG?TA?CTCGCGTAATGAAAGTGAAAACCAAATCGG?TG?AAAACTTCGGGCTCACTTTTTCACATTCATTGTGATTGAGAGAGAGGTTGTTGGATGTTTTGGTTTTAGTGGTGATAGCGC?CA?AGAT?GGTGTCTCGCAACCACAGACAGTTTTGCTCGA????????????????????????ATAAA?AGCTTAACTGATCTTGAGCAGGTAGCTTACGACCCGAAA?GATGGTGATCTATGCTTGGGCAGAGCGAA?GCCATACGAAAGTGTGGTGGAAGCTCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAGACCCGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTTCCTCCGAAGTTTCCCTTAGGATAGCAAAAGCTCAAGTTTAA??????????ATTTGTTTGATTACTGACAAAGCAATTTCATCGGTTAAAGCGAATGATTGGAGGCT???TGAGGAGACGTATGTGCTCTTCACCTACTCTCAAACTCTAAATCGGTGA?GATG?TTCTTGTGAC?TTAATT?GCACTCGAACTGT???????????TTT?????????????????????????GCGATGGACGTTTTCATCGAATTGAATG??CGAGTTTTTTGTGGGCCGTTTTTGGTAAGCAG?AACCGGCGATGAGGGATGAACCTAACGTTAAGTTAAGGCGCCTAA???CTACTTGCTCATGAG??TTACCATGAAAGGTGTTAATTGATATTGACAGCAGGGCGGTGGCCATGGAAGTTGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAATTAGCCCTGAAAATGGATGGCACTAGAGC?TCGTG??????????GCCTATACTTAACCATGAAT??TACAATTTG???AACTG??AAGTTTATTGTTGGCGGACGAAAGGCTATTCTCTCTATGTATGTAGTGAGTTGGCCGATGTCTAAAAACTTTATTCTTTGTTCGTAATTGAACTTTCGAATCACAATGGTGTGTTTATGTGTTTGTTTGTTTGTAGGGCACGCAAACTGCCGACACAACTGTCTTTATAGATAGTGTATCTAGCGGCTGTGT?????????????????????????????GTGTCTTTCATT??????????CATTCATTCAC?ATATGTATCACGATTCCCTGATTTGA?????????????AAATT???AT?TAATTCATGAGTAGGAGG?ACACATTGT?TTGC??GTTGAAGGTTT??AGCGTGAGCTAAACTGGAGCGATCAATGGAGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAGTACTCAAATGAGAAC?????????????????????TTTGAGGACTGAAGCGGGAA?AGGTTTTCATGTGAACAGTGGTTGAACATGAGTTAGTCGATGCTAA????AAACCAGACTAAAGTCGGTTTCTTTCAATCTTAACAGTTTAATAAATTGCTCTGTCATTGATTCAATGAATGATCGGAGGTGAATCTGATTGAACCCGTTTT??????????????????TTCGGGGGTGTGATCGGATGATTCTGATTGTTGGTTGTTTCAAACATGATTGGTGATTTAACTGTGTAGTTTTGAAAGCATATCAGGTTAAAATTCCTGAACTG???????????????????????????????????????????????????????????AT????????TCTAT?????????????????????TG??GAATAA???TACGT??????????TGGTAACAACTGCTA??AA?TCTAA?TTCGTTAATGTAACCTTGGCGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATAACATG???????????????????????????????????TA?????????????????????????GTAGATACCTTGG?AATTAGCTCAGC?TAGAGA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;
END;

BEGIN SETS;

    charset morphology = 1-44;
    charset 18S = 45-2034;
    charset 28S = 2035-7069;
    charset COI = 7070-7732;

END;

BEGIN PAUP;
    log append=yes start=yes file=Morphology_18S_28S_COI.nex.paup.log;
    set increase=auto autoinc=100 taxlabels=full;
    outgroup Diopisthoporus_longitubus;
END;

BEGIN TREES;

	translate
		1	Actinoposthia_beklemischevi,
		2	Atriofronta_polyvacuola,
		3	Pelophila_lutheri,
		4	Philactinoposthia_coneyi,
		5	Philactinoposthia_saliens,
		6	Pseudactinoposthia_sanguineum,
		7	Anaperus_biaculeatus,
		8	Anaperus_gardineri,
		9	Anaperus_rubellus,
		10	Anaperus_singularis,
		11	Anaperus_tvaerminnensis,
		12	Childia_brachyposthium,
		13	Childia_nsp_2,
		14	Childia_crassum,
		15	Childia_cycloposthium,
		16	Childia_groenlandica,
		17	Childia_macroposthium,
		18	Actinoposthia_haplovata,
		19	Childia_submaculatum,
		20	Childia_trianguliferum,
		21	Childia_vivipara,
		22	Amphiscolops_bermudensis,
		23	Heterochaerus_blumi,
		24	Amphiscolops_sp_Hendelberg,
		25	Convoluta_cf_boehmigi,
		26	Convoluta_convoluta,
		27	Neochildia_fusca,
		28	Praesagittifera_naikaiensis,
		29	Stomatricha_hochbergi,
		30	Waminoa_brickneri,
		31	Daku_woorimensis,
		32	Diopisthoporus_nsp,
		33	Diopisthoporus_longitubus,
		34	Diopisthoporus_psammophilus,
		35	Hallangia_proporoides,
		36	Haplogonaria_schillingi,
		37	Haplogonaria_syltensis,
		38	Haplogonaria_viridis,
		39	Haploposthia_lactomaculata,
		40	Haploposthia_rubra,
		41	Haploposthia_vandula,
		42	Kuma_albiventer,
		43	Kuma_viridis,
		44	Pseudohaplogonaria_rodmani,
		45	Simplicomorpha_gigantorhabditis,
		46	Hofstenia_miamia,
		47	Hofsteniola_pardii,
		48	Aphanostoma_bruscai,
		49	Aphanostoma_collinae,
		50	Aphanostoma_virescens,
		51	Archaphanostoma_macrospiriferum,
		52	Avagina_marci,
		53	Faerlea_glomerata,
		54	Haplocelis_dichona,
		55	Isodiametra_bajaensis,
		56	Isodiametra_cuernos,
		57	Isodiametra_divae,
		58	Isodiametra_hortulus,
		59	Isodiametra_nicki,
		60	Isodiametra_norvegica,
		61	Isodiametra_pulchra,
		62	Isodiametra_vexillaria,
		63	Otocelis_erinae,
		64	Otocelis_sandara,
		65	Praeconvoluta_bocasensis,
		66	Praeconvoluta_castinea,
		67	Praeconvoluta_tigrina,
		68	Praeconvoluta_tornuva,
		69	Proaphanostoma_tenuissima,
		70	Pseudaphanostoma_herringi,
		71	Pseudaphanostoma_smithrii,
		72	Raphidophallus_actuosus,
		73	Eumecynostomum_altitudi,
		74	Mecynostomum_auritum,
		75	Paedomecynostomum_bruneum,
		76	Paramecynostomum_diversicolor,
		77	Philomecynostomum_lapillum,
		78	Postmecynostomum_pictum,
		79	Pseudmecynostomum_bruneofilum,
		80	Pseudmecynostomum_phoca,
		81	Notocelis_gullmarensis,
		82	Philocelis_brueggemanni,
		83	Philocelis_karlingi,
		84	Philactinoposthia_nsp_2,
		85	Philocelis_robrochai,
		86	Philactinoposthia_sp_3,
		87	Paratomella_rubra,
		88	Paratomella_unichaeta,
		89	Polycanthus_torosus,
		90	Proporus_bermudensis,
		91	Proporus_brochii,
		92	Proporus_carolinensis,
		93	Convolutriloba_hastifera,
		94	Convolutriloba_longifissura,
		95	Convolutriloba_macropyga,
		96	Convolutriloba_retrogemma,
		97	Symsagittifera_corsicae,
		98	Symsagittifera_psammophila,
		99	Symsagittifera_roscoffensis,
		100	Endocincta_punctata,
		101	Myopea_callaeum,
		102	Oligofilomorpha_interstitiophilum,
		103	Solenofilomorpha_crezeei,
		104	Endocincta_nsp;
   tree Morphology_18S_28S_COI_non_structural_unfiltered_MrBayes_2x8chains_10Mgen = (33:0.108791,34:0.152684,((((((((((1:0.010128,6:0.022975)1.00:0.745476,((2:0.078880,(3:0.115747,((52:0.027398,69:0.021225)1.00:0.022759,53:0.062044)1.00:0.048138)0.67:0.040162)1.00:0.213772,(37:0.108111,70:0.116849)1.00:0.344578)1.00:0.574872)1.00:0.457781,(((((48:0.057338,66:0.100427)1.00:0.022598,((58:0.029983,60:0.064692)0.97:0.010149,((65:0.010804,67:0.020051)1.00:0.026838,68:0.030438)0.96:0.013062)1.00:0.024448)1.00:0.029205,49:0.065784)1.00:0.099041,51:0.189379)1.00:0.100618,(((50:0.293730,((56:0.542536,(57:0.290475,59:0.239895)0.96:0.049454)0.89:0.053732,(63:0.178295,72:0.174700)1.00:0.083308)0.98:0.050301,62:0.268691)0.99:0.177818,61:1.036008)0.97:0.163707,55:0.546568)1.00:0.751748)0.81:0.072300)0.94:0.078401,54:0.313764)0.70:0.028877,(36:0.068632,71:0.068079)1.00:0.032659)0.94:0.070619,((((((4:0.092516,84:0.204860)1.00:0.073360,83:0.228516)0.50:0.026805,(((5:0.104435,86:0.070075)1.00:0.125387,(82:0.037249,85:0.054327)1.00:0.296093)1.00:0.424702,31:0.431313)1.00:0.087050)1.00:0.166306,(((((((7:0.039511,8:0.139389)1.00:0.015131,((9:0.139981,11:0.309717)0.72:0.024981,10:0.054903)1.00:0.026332)1.00:0.022688,27:0.132459)1.00:0.042690,25:0.216808)1.00:0.039943,(((26:0.429183,28:0.567854)1.00:0.095684,((((93:0.022625,96:0.024259)1.00:0.018310,94:0.014186)1.00:0.037674,95:0.029349)1.00:0.099533,((97:0.006005,98:0.008775)1.00:0.014628,99:0.033039)1.00:0.122486)1.00:0.048530)1.00:0.040527,29:0.211251)1.00:0.032192)1.00:0.059621,((22:0.200948,24:0.332948)1.00:0.072549,(23:0.262425,30:0.442968)1.00:0.384584)1.00:0.082888)1.00:0.240602,(((((((((12:0.024816,17:0.024660)1.00:0.026927,21:0.049850)1.00:0.015013,14:0.027446)0.96:0.008460,16:0.086475)1.00:0.028874,((13:0.063084,19:0.063989)1.00:0.054065,18:0.048746)1.00:0.013371)1.00:0.017013,20:0.061340)1.00:0.016774,15:0.161426)1.00:0.123051,(((74:0.213736,80:0.044231)1.00:0.037729,(75:0.001447,79:0.011953)1.00:0.015639)1.00:0.067453,(76:0.171156,78:0.131890)1.00:0.030557)1.00:0.044334)1.00:0.053299,(73:0.020282,77:0.062519)1.00:0.129544)1.00:0.140379)0.98:0.074218)0.76:0.092669,81:1.510856)0.60:0.080274,64:0.394048)1.00:0.331143)0.65:0.035448,(((((38:0.014160,45:0.020049)1.00:0.071555,41:0.151602)0.97:0.019962,((42:0.045189,89:0.044383)1.00:0.014869,44:0.046108)0.99:0.011840)1.00:0.075698,39:0.473543)1.00:0.063641,((40:0.350889,43:0.209530)1.00:0.226643,(90:0.110030,(91:0.052524,92:0.077685)1.00:0.100411)1.00:0.065479)1.00:0.037968)1.00:0.044128)1.00:0.317768,(35:0.272850,((46:0.056909,47:0.133474)1.00:0.469903,(((100:0.117233,104:0.255411)1.00:0.181022,(102:0.165072,103:0.093186)1.00:0.035146)1.00:0.045309,101:0.238516)1.00:0.262530)1.00:0.090389)1.00:0.119069)0.95:0.090383,(87:0.078515,88:0.103512)1.00:0.586707)1.00:0.467968,32:0.562546)1.00:0.124832);

END;