#NEXUS
[written Wed Feb 23 08:17:49 CET 2011 by Mesquite  version 2.71 (build 514) at PC398/10.10.8.148]

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	Salmo_marmoratus_Zadlascica1  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	Salmo_marmoratus_Studenca1    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	Salmo_marmoratus_Studenca2    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	Salmo_marmoratus_Trebuscica1  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	Salmo_marmoratus_Huda_grapa1  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	Salmo_trutta_Neretva1         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	Salmo_trutta_Zeta1            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	Salmo_marmoratus_Neretva1     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	Salmo_marmoratus_Zeta1        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	Salmo_trutta_Sardinia1        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	Salmo_salar2                  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;



END;

BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "Marble trout BI phylogenetic tree (all loci).con"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Salmo_marmoratus_Predelica1,
		2 Salmo_marmoratus_Predelica2,
		3 Salmo_marmoratus_Zadlascica1,
		4 Salmo_marmoratus_Zadlascica2,
		5 Salmo_marmoratus_Studenca1,
		6 Salmo_marmoratus_Studenca2,
		7 Salmo_marmoratus_Trebuscica1,
		8 Salmo_marmoratus_Trebuscica2,
		9 Salmo_marmoratus_Idrijca1,
		10 Salmo_marmoratus_Idrijca2,
		11 Salmo_marmoratus_Lipovscek1,
		12 Salmo_marmoratus_Lipovscek2,
		13 Salmo_marmoratus_Huda_grapa1,
		14 Salmo_marmoratus_Huda_grapa2,
		15 Salmo_trutta_Neretva1,
		16 Salmo_trutta_Neretva2,
		17 Salmo_trutta_Zeta1,
		18 Salmo_trutta_Zeta2,
		19 Salmo_trutta_Ohrid1,
		20 Salmo_trutta_Ohrid2,
		21 Salmo_trutta_Zrmanja1,
		22 Salmo_trutta_Zrmanja2,
		23 Salmo_trutta_Krka1,
		24 Salmo_trutta_Krka2,
		25 Salmo_dentex_Neretva1,
		26 Salmo_dentex_Neretva2,
		27 Salmo_dentex_Zeta1,
		28 Salmo_dentex_Zeta2,
		29 Salmo_marmoratus_Neretva1,
		30 Salmo_marmoratus_Neretva2,
		31 Salmo_marmoratus_Zeta1,
		32 Salmo_marmoratus_Zeta2,
		33 Salmo_trutta_Sardinia1,
		34 Salmo_trutta_Sardinia2,
		35 Salmo_salar1,
		36 Salmo_salar2;
	TREE con_50_majrule = (1:1.3E-4,2:1.32E-4,3:1.31E-4,4:1.28E-4,(((5:6.54E-4,6:2.61E-4,(7:1.4E-4,8:1.38E-4)0.98:2.7E-4,9:1.38E-4,10:1.32E-4)1.00:6.41E-4,11:1.3E-4,12:1.34E-4,13:1.33E-4,14:1.34E-4)0.88:4.02E-4,((((((((15:1.36E-4,16:7.2E-4,(19:1.53E-4,20:1.25E-4)1.00:0.001697)0.76:4.07E-4,((17:2.24E-4,18:4.37E-4)1.00:4.74E-4,(27:1.4E-4,28:3.13E-4)0.56:3.72E-4)0.97:4.64E-4)1.00:5.63E-4,((21:9.49E-4,22:1.46E-4)1.00:0.001193,(33:1.31E-4,34:1.37E-4)1.00:0.001207)0.98:3.88E-4)0.99:6.55E-4,(23:2.59E-4,24:3.9E-4)1.00:5.47E-4)0.93:9.3E-4,(35:1.69E-4,36:1.82E-4)1.00:0.041044)1.00:0.002222,25:1.4E-4,26:1.31E-4)1.00:4.0E-4,(29:1.33E-4,30:2.69E-4)1.00:5.34E-4)1.00:7.85E-4,(31:2.59E-4,32:1.42E-4)0.99:2.7E-4)1.00:0.002016)0.96:2.98E-4);
	TREE con_50_majrule = (1:1.3E-4,2:1.32E-4,3:1.31E-4,4:1.28E-4,(((5:6.54E-4,6:2.61E-4,(7:1.4E-4,8:1.38E-4):2.7E-4,9:1.38E-4,10:1.32E-4):6.41E-4,11:1.3E-4,12:1.34E-4,13:1.33E-4,14:1.34E-4):4.02E-4,((((((((15:1.36E-4,16:7.2E-4,(19:1.53E-4,20:1.25E-4):0.001697):4.07E-4,((17:2.24E-4,18:4.37E-4):4.74E-4,(27:1.4E-4,28:3.13E-4):3.72E-4):4.64E-4):5.63E-4,((21:9.49E-4,22:1.46E-4):0.001193,(33:1.31E-4,34:1.37E-4):0.001207):3.88E-4):6.55E-4,(23:2.59E-4,24:3.9E-4):5.47E-4):9.3E-4,(35:1.69E-4,36:1.82E-4):0.041044):0.002222,25:1.4E-4,26:1.31E-4):4.0E-4,(29:1.33E-4,30:2.69E-4):5.34E-4):7.85E-4,(31:2.59E-4,32:1.42E-4):2.7E-4):0.002016):2.98E-4);

END;


BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "Marble trout BI phylogenetic tree (noncoding loci).con"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Salmo_marmoratus_Predelica1,
		2 Salmo_marmoratus_Predelica2,
		3 Salmo_marmoratus_Zadlascica1,
		4 Salmo_marmoratus_Zadlascica2,
		5 Salmo_marmoratus_Studenca1,
		6 Salmo_marmoratus_Studenca2,
		7 Salmo_marmoratus_Trebuscica1,
		8 Salmo_marmoratus_Trebuscica2,
		9 Salmo_marmoratus_Idrijca1,
		10 Salmo_marmoratus_Idrijca2,
		11 Salmo_marmoratus_Lipovscek1,
		12 Salmo_marmoratus_Lipovscek2,
		13 Salmo_marmoratus_Huda_grapa1,
		14 Salmo_marmoratus_Huda_grapa2,
		15 Salmo_trutta_Neretva1,
		16 Salmo_trutta_Neretva2,
		17 Salmo_trutta_Zeta1,
		18 Salmo_trutta_Zeta2,
		19 Salmo_trutta_Ohrid1,
		20 Salmo_trutta_Ohrid2,
		21 Salmo_trutta_Zrmanja1,
		22 Salmo_trutta_Zrmanja2,
		23 Salmo_trutta_Krka1,
		24 Salmo_trutta_Krka2,
		25 Salmo_dentex_Neretva1,
		26 Salmo_dentex_Neretva2,
		27 Salmo_dentex_Zeta1,
		28 Salmo_dentex_Zeta2,
		29 Salmo_marmoratus_Neretva1,
		30 Salmo_marmoratus_Neretva2,
		31 Salmo_marmoratus_Zeta1,
		32 Salmo_marmoratus_Zeta2,
		33 Salmo_trutta_Sardinia1,
		34 Salmo_trutta_Sardinia2,
		35 Salmo_salar1,
		36 Salmo_salar2;
	TREE con_50_majrule = (1:1.89E-4,2:1.94E-4,3:1.92E-4,4:1.91E-4,((5:5.29E-4,6:2.62E-4,(7:1.8E-4,8:1.89E-4)0.98:3.6E-4,9:1.85E-4,10:1.81E-4,((((((((15:2.05E-4,(19:2.09E-4,20:1.81E-4)1.00:0.0022)0.84:3.63E-4,16:5.69E-4)0.68:4.0E-4,((17:2.81E-4,18:6.52E-4)0.99:5.82E-4,(27:1.81E-4,28:4.56E-4)0.88:5.71E-4)0.99:6.77E-4)1.00:7.31E-4,(21:9.31E-4,22:1.97E-4)1.00:6.65E-4)0.51:3.42E-4,(33:1.91E-4,34:1.81E-4)0.99:4.7E-4)1.00:9.16E-4,23:2.25E-4)0.84:3.66E-4,24:5.46E-4)0.95:9.25E-4,(35:2.87E-4,36:2.99E-4)1.00:0.055784)1.00:0.002541)0.72:8.1E-4,11:1.88E-4,12:1.94E-4,13:1.91E-4,14:1.91E-4,((25:1.84E-4,26:1.82E-4)0.88:4.25E-4,(29:1.81E-4,30:3.69E-4)1.00:6.35E-4,31:3.59E-4,32:1.85E-4)1.00:0.001576)0.54:5.84E-4);
	TREE con_50_majrule = (1:1.89E-4,2:1.94E-4,3:1.92E-4,4:1.91E-4,((5:5.29E-4,6:2.62E-4,(7:1.8E-4,8:1.89E-4):3.6E-4,9:1.85E-4,10:1.81E-4,((((((((15:2.05E-4,(19:2.09E-4,20:1.81E-4):0.0022):3.63E-4,16:5.69E-4):4.0E-4,((17:2.81E-4,18:6.52E-4):5.82E-4,(27:1.81E-4,28:4.56E-4):5.71E-4):6.77E-4):7.31E-4,(21:9.31E-4,22:1.97E-4):6.65E-4):3.42E-4,(33:1.91E-4,34:1.81E-4):4.7E-4):9.16E-4,23:2.25E-4):3.66E-4,24:5.46E-4):9.25E-4,(35:2.87E-4,36:2.99E-4):0.055784):0.002541):8.1E-4,11:1.88E-4,12:1.94E-4,13:1.91E-4,14:1.91E-4,((25:1.84E-4,26:1.82E-4):4.25E-4,(29:1.81E-4,30:3.69E-4):6.35E-4,31:3.59E-4,32:1.85E-4):0.001576):5.84E-4);

END;


begi mrbayes;
	charset gp4 = 1 -237;
	charset gp5 = 238 -448;
	charset gp14 = 449 -704;
	charset gp16 = 705 -1048;
	charset gp31 = 1049 -1241;
	charset gp37 = 1242 -1515;
	charset gp38 = 1516 -1761;
	charset gp94 = 1762 -2174;
	charset hmg1 = 2175 -2697;
	charset rh = 2698 -3497;
	charset silva = 3498 -3904;
	charset sl = 3905 -4289;
	charset tf = 4290 -4800;
	charset gp1 = 4801 -5296;
	charset gp34 = 5297 -5566;
	charset gp85 = 5567 -6010;
	charset gp42 = 6011 -6322;
	charset gp81 = 6323 -6680;
	charset gp73 = 6681 -6914;
	charset ss2 = 6915 -7296;
	charset tfgb = 7297 -7589;
	charset tnfa = 7590 -8006;
	partition favored = 22 : gp4 , gp5 , gp14 , gp16 , gp31 , gp37 , gp38 , gp94 , hmg1 , rh , silva , sl , tf , gp1 , gp34 , gp85 , gp42 , gp81 , gp73 , ss2 , tfgb , tnfa;
	set partition = favored;

END;
BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  8006;

END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  8006;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  8006;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 1934038022963361637;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 8210879206638381447;
			checksumv 0 2 1695097416 null;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 427;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1280 906;
			setLocation -8 0;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #1934038022963361637 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #1934038022963361637;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					getTable;
					tell It;
						rowNamesWidth 162;
					endTell;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 853 839;
					setLocation -8 0;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.ibeam;
					endTell;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.ManageTrees.ManageTrees;
		tell It;
			showTrees 0 #mesquite.lists.TreesList.TreesList;
			tell It;
				setTreeBlock 1;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.NumForTreeList.NumForTreeList;
				tell It;
					suppress;
					setValueTask  #mesquite.trees.NumberOfTaxa.NumberOfTaxa;
					desuppress;
				endTell;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListRooted.TreeListRooted;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListPolys.TreeListPolys;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListPolyAssumption.TreeListPolyAssumption;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 853 839;
					setLocation -8 0;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
				endTell;
				showWindow;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #1934038022963361637  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 799.1298376700859.6318369098947814721;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 853 839;
					setLocation -8 0;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindow.reroot;
					endTell;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
						endTell;
						setEdgeWidth 6;
						orientUp;
						setCornerMode Right_Angle  50;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setTree '((((((15:1.36E-4,16:7.2E-4,(19:1.53E-4,20:1.25E-4)1.00:0.001697)0.76:4.07E-4,((17:2.24E-4,18:4.37E-4)1.00:4.74E-4,(27:1.4E-4,28:3.13E-4)0.56:3.72E-4)0.97:4.64E-4)1.00:5.63E-4,((21:9.49E-4,22:1.46E-4)1.00:0.001193,(33:1.31E-4,34:1.37E-4)1.00:0.001207)0.98:3.88E-4)0.99:6.55E-4,(23:2.59E-4,24:3.9E-4)1.00:5.47E-4)0.93:9.3E-4,(25:1.4E-4,26:1.31E-4,((29:1.33E-4,30:2.69E-4)1.00:5.34E-4,((31:2.59E-4,32:1.42E-4)0.99:2.7E-4,(((5:6.54E-4,6:2.61E-4,(7:1.4E-4,8:1.38E-4)0.98:2.7E-4,9:1.38E-4,10:1.32E-4)1.00:6.41E-4,11:1.3E-4,12:1.34E-4,13:1.33E-4,14:1.34E-4)0.88:4.02E-4,(1:1.3E-4,2:1.32E-4,3:1.31E-4,4:1.28E-4):2.98E-4)0.96:0.002016)1.00:7.85E-4)1.00:4.0E-4)1.00:0.002222)1.00:0.020522,(35:1.69E-4,36:1.82E-4)1.00:0.020522);';
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
			makeTreeWindow #1934038022963361637  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 2;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 828.1298376745236.4916386953394185509;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 853 839;
					setLocation -8 0;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindow.reroot;
					endTell;
					setActive;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareTree.SquareTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
						endTell;
						setEdgeWidth 6;
						orientUp;
						setCornerMode Right_Angle  50;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 2;
					setTree '(((((((((15:2.05E-4,(19:2.09E-4,20:1.81E-4)1.00:0.0022)0.84:3.63E-4,16:5.69E-4)0.68:4.0E-4,((17:2.81E-4,18:6.52E-4)0.99:5.82E-4,(27:1.81E-4,28:4.56E-4)0.88:5.71E-4)0.99:6.77E-4)1.00:7.31E-4,(21:9.31E-4,22:1.97E-4)1.00:6.65E-4)0.51:3.42E-4,(33:1.91E-4,34:1.81E-4)0.99:4.7E-4)1.00:9.16E-4,23:2.25E-4)0.84:3.66E-4,24:5.46E-4)0.95:9.25E-4,(5:5.29E-4,6:2.62E-4,(7:1.8E-4,8:1.89E-4)0.98:3.6E-4,9:1.85E-4,10:1.81E-4,(11:1.88E-4,12:1.94E-4,13:1.91E-4,14:1.91E-4,((25:1.84E-4,26:1.82E-4)0.88:4.25E-4,(29:1.81E-4,30:3.69E-4)1.00:6.35E-4,31:3.59E-4,32:1.85E-4)1.00:0.001576,(1:1.89E-4,2:1.94E-4,3:1.92E-4,4:1.91E-4):5.84E-4)0.54:8.1E-4)0.72:0.002541)1.00:0.027892,(35:2.87E-4,36:2.99E-4)1.00:0.027892);';
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #8210879206638381447 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 853 839;
					setLocation -8 0;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;