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Cyclotella_sp._L1844 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Cyclotella_gamma 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Cyclotella_ocellata_LB8 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Cyclotella_stylorum_DA04_06 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Porosira_glacialis_CCMP1099 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Stephanodiscus_agassizensis_CHTC1 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Stephanodiscus_minutulus_Y98_1 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Stephanodiscus_yellowstonensis_Y7 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Thalassiosira_aestivalis_CCMP976 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'Thalassiosira anguste-lineata BEN02 30' 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Thalassiosira_gessneri_ANO2_08 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Thalassiosira_mediterranea_CS16 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Thalassiosira_minima_CCMP990 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Thalassiosira_oceanica_CCMP1001 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Thalassiosira_pseudonana_CCMP1057 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4969 4972 4975 4978 4981 4984 4987 4990 4993 4996 4999 5002 5005 5008 5011 5014 5017 5020 5023 5026 5029 5032 5035 5038 5041 5044 5047 5050 5053 5056 5059 5062 5065 5068 5071 5074 5077 5080 5083 5086 5089 5092 5095 5098 5101 5104 5107 5110 5113 5116 5119 5122 5125 5128 5131 5134 5137 5140 5143 5146 5149 5152 5155 5158 5161 5164 5167 5170 5173 5176 5179 5182 5185 5188 5191 5194 5197 5200 5203 5206 5209 5212 5215 5218 5221 5224 5227 5230 5233 5236 5239 5242 5245 5248 5251 5254 5257 5260 5263 5266 5269 5272 5275 5278 5281 5284 5287 5290 5293 5296 5299 5302 5305 5308 5311 5314 5317 5320 5323 5326 5329 5332 5335 5338 5341 5344 5347 5350 5353 5356 5359 5362 5365 5368; CHARSET Excluded = 1 - 33 1297 - 1299 1841 1843 - 1844 1846 - 1847 1849 1966 - 2034 2093 - 2109 2228 - 2229 2481 2532 - 2534 2540 - 2544 2548 - 2549 2613 - 2644 4118 - 4180 5327 - 5368; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 5368; EXSET * UNTITLED = 1 - 33 1297 - 1299 1841 1843 - 1844 1846 - 1847 1849 1966 - 2034 2093 - 2109 2228 - 2229 2481 2532 - 2534 2540 - 2544 2548 - 2549 2613 - 2644 4118 - 4180 5327 - 5368; EXSET Excluded = 1 - 33 1297 - 1299 1841 1843 - 1844 1846 - 1847 1849 1966 - 2034 2093 - 2109 2228 - 2229 2481 2532 - 2534 2540 - 2544 2548 - 2549 2613 - 2644 4118 - 4180 5327 - 5368; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED = N: 1- 2644, 1: 2645 - 5366\3, 2: 2646 - 5367\3, 3: 2647 - 5368\3; CODONPOSSET CodonPositions = N: 1- 2644, 1: 2645 - 5366\3, 2: 2646 - 5367\3, 3: 2647 - 5368\3; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 5368; END; BEGIN TREES; Title Total_Combined; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Bacterosira_bathyomphala_NB04_B6, 2 Bacterosira_sp._CCMP991, 3 Bellerochea_malleus_CCMP143, 4 Cyclostephanos_invisitatus_FHTC26, 5 Cyclostephanos_sp._WTC16, 6 Cyclostephanos_sp._WTC18, 7 Cyclostephanos_tholiformis_FHTC15, 8 Cyclotella_atomus_ROR01_4, 9 Cyclotella_bodanica_J98_1, 10 Cyclotella_sp._L1844, 11 Cyclotella_cryptica_CCMP331, 12 Cyclotella_distinguenda_ClnB, 13 Cyclotella_gamma, 14 Cyclotella_meneghiniana_F8, 15 Cyclotella_meneghiniana_L1263, 16 Cyclotella_cf._cryptica_LS03_01, 17 Cyclotella_meneghiniana_TI1, 18 Cyclotella_meneghiniana_WC03_01, 19 Cyclotella_ocellata_LB8, 20 Cyclotella_sp._MC01, 21 Cyclotella_striata_CCMP1586, 22 Cyclotella_stylorum_DA04_06, 23 Detonula_pumila_NB48, 24 Discostella_pseudostelligera_ROR01_1, 25 Discostella_stelligera_L1360, 26 Discostella_woltereckii_L435, 27 Ditylum_brightwellii_X85386, 28 Lauderia_annulata_CS30, 29 Lithodesmium_undulatum_CCMP1806, 30 Minidiscus_trioculatus_CCMP495, 31 Porosira_glacialis_CCMP1099, 32 Porosira_pseudodenticulata_CCMP1433, 33 Shionodiscus_ritscheri_LC01_12, 34 Skeletonema_grethae_AY684941, 35 Skeletonema_grethae_AY684942, 36 Skeletonema_japonicum_AY684968, 37 Skeletonema_menzellii_DQ011161, 38 Skeletonema_pseudocostatum_AY684952, 39 Skeletonema_subsalsum_AY684962, 40 Stephanodiscus_agassizensis_CHTC1, 41 Stephanodiscus_binderanus_ESB2, 42 Stephanodiscus_hantzschii_WTC21, 43 Stephanodiscus_minutulus_J95_21, 44 Stephanodiscus_minutulus_WTC1, 45 Stephanodiscus_minutulus_Y95_6, 46 Stephanodiscus_minutulus_Y98_1, 47 Stephanodiscus_neoastraea, 48 Stephanodiscus_niagarae_J95_16, 49 Stephanodiscus_niagarae_OKAA, 50 Stephanodiscus_parvus_FHTC11, 51 Stephanodiscus_reimerii_WLO11, 52 Stephanodiscus_yellowstonensis_Y7, 53 Thalassiosira_aestivalis_CCMP976, 54 Thalassiosira_angulata_BEN02_35, 55 'Thalassiosira anguste-lineata BEN02 30', 56 Thalassiosira_antarctica_CCMP982, 57 Thalassiosira_eccentrica_BER02_09, 58 Thalassiosira_gessneri_ANO2_08, 59 Thalassiosira_guillardii_CC03_04, 60 Thalassiosira_guillardii_CCMP988, 61 Thalassiosira_mediterranea_CS16, 62 Thalassiosira_minima_CCMP990, 63 Thalassiosira_minuscula_CCMP1093, 64 Thalassiosira_minuscula_FB02_31, 65 Thalassiosira_nodulolineata_BEN02_33, 66 Thalassiosira_nordenskioeldii_FB02_19, 67 Thalassiosira_oceanica_CCMP1001, 68 Thalassiosira_oestrupii_var_venrickae_CC03_15, 69 Thalassiosira_pacifica_FB02_35, 70 Thalassiosira_pseudonana_CCMP1057, 71 Thalassiosira_pseudonana_ETC1, 72 Thalassiosira_pseudonana_NEPC709, 73 Thalassiosira_punctigera_FB02_06, 74 Thalassiosira_punctigera_NB02_22, 75 Thalassiosira_rotula_CCMP1812, 76 Thalassiosira_sp._CCMP1065, 77 Thalassiosira_sp._CCMP353, 78 Thalassiosira_tumida_CCMP1469, 79 Thalassiosira_tumida_LA09_20, 80 Thalassiosira_weissflogii_CCMP1010, 81 Thalassiosira_weissflogii_L1296; TREE Fig._4 = ((3:0.141553,(27:0.03739,29:0.02643):0.055775):0.012524,((32:0.040069,(28:0.063809,31:0.025117):0.070543):0.014,(58:0.026101,(((59:0.0,60:2.53E-4):0.022824,(80:4.55E-4,81:5.67E-4):0.036329):0.009268,(76:0.0471,(((71:2.52E-4,(70:0.0,72:0.0):2.51E-4):0.018063,(12:0.061148,(((21:0.00579,22:0.012041):0.025858,(8:0.023776,(10:0.0017,20:0.003709):0.023155):0.005256):0.012309,((11:0.007251,16:0.01128):0.001384,((13:0.019373,18:0.012037):0.009040733333333334,(15:0.010312,(14:0.004134,17:0.004143):0.001148):0.003255):0.004815):0.004815):0.011813):0.016446):0.019735,((67:0.063194,(39:0.012508,(37:0.027806,(36:0.00451,(38:0.013926,(34:0.001767,35:0.002532):0.001953):0.002817):0.010958):0.012759):0.044178):0.008031,((65:0.042229,(55:0.016814,61:0.023728):0.008901):0.005512,((54:0.022409,((63:2.5E-4,64:0.0):0.021791,(56:0.010859,(((33:0.013233,68:0.062492):0.008253,(78:0.0,79:0.0):0.022251):0.003256,(75:0.01774,(57:0.012837,(73:0.0,74:0.0):0.011408):0.003684):0.005111):0.00401):0.003856):0.004477):0.001767,(((23:0.017677,(53:7.33E-4,69:5.16E-4):0.011148):0.00846,(30:0.037013,(62:0.00511,66:0.008655):0.013589):0.005961):0.004816,((77:0.011496,(1:0.00573,2:0.005291):0.01172):0.016021,(((25:0.0149745,26:0.010915):0.0149745,24:0.019976999999999998):0.019711,((9:0.022337,19:0.021342):0.008741,((7:0.012607,(4:0.007906,(5:0.0,6:0.0):0.00411):0.002962):0.005761,((48:2.51E-4,(52:0.0,(49:0.0,51:5.0E-4):2.5E-4):0.0):0.008203,((40:0.0,47:0.0):0.005201,(50:0.002863,(42:0.00101,(46:0.001006,(41:0.0,(43:0.001257,(44:5.05E-4,45:0.0):0.0):0.0):5.03E-4):0.001008):0.002492):0.00204):0.001822):0.003961):0.003159):0.006131):0.00874):0.00179):0.001658):0.003268):0.004918):0.013441):0.007072):0.003839):0.007739):0.029699):0.029585):0.0[% 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