#NEXUS [written Mon Mar 07 12:49:41 CET 2011 by Mesquite version 2.74 (build 550) at C007STAM0004/172.16.10.35] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Homo_sapiens Pan_troglodytes Pongo_abelii Macaca_sylvanus Theropithecus_gelada Papio_hamadryas Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Piliocolobus_badius Procolobus_verus Presbytis_melalophos Pygathrix_nemaeus Nasalis_larvatus Simias_concolor Rhinopithecus_avunculus Trachypithecus_obscurus Semnopithecus_entellus ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE TP2; DIMENSIONS NCHAR=894; FORMAT DATATYPE = DNA INTERLEAVE GAP = - MISSING = -; MATRIX Homo_sapiens GGTACCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACCGAGCCCACAGATGATGGAGAGCAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAAAGG Pan_troglodytes GGTACCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACCGAGCCCACAGATGATGGGGAGCAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Pongo_abelii GGTACCCTTTTAGGAGGTGGGGAAGGGCCACCGAGCCCCCAGATGATAGGGAGCAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Macaca_sylvanus GGTATCCTTTAAGGAGGTGGG-AAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGGGAGCAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Theropithecus_gelada GGTATCCTTTAAGGAGGTGGG-AAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGGGAGCAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Papio_hamadryas GGTATCCTTTAAGGAGGTGGG-AAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGGGASCAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Chlorocebus_aethiops GGTATCCTTTAAGGAGGTGGG-AAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGGGAGCAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Colobus_guereza GGTATCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCCCACAGACGATGGGGAGCAGACCTAGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Piliocolobus_badius GGTATCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGGGAGCAGACCTTGGGGGAAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Procolobus_verus GGTATCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGGGAGCAGACCTTCGGGGAAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAAG Presbytis_melalophos GGTATCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGAGAGTAGACCTTGGTGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Pygathrix_nemaeus GGTATCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGAGCCACAGAGCCCACAGATGATGGAGAGTAGACCTTGGGGGTAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Nasalis_larvatus GGTATCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGAGAGTAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Simias_concolor GGTATCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGAGAGTAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Rhinopithecus_avunculus GGTATCCTTTAAGGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGAGAGTAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Trachypithecus_obscurus GGTATCCTTTAAAGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCCCACAGATGATGGAGAATAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Semnopithecus_entellus GGTATCCTTTAAAGAGGTGGGGAAGGGCCACAGAGCMCACAGATGATGGAGAATAGACCTTGGGGGCAGTGAGAGGAAGGCTGCAGCCAGGTCACAGAGG Homo_sapiens AACCACAGGCAAGAAGGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATGGCAGTTGGCTAGCTGAATGTATGATACGTTGAC----GGAAAGTCTCTTTG---AAATTGG Pan_troglodytes AACCACAGGCAAGAAGGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATGGCAGTTGGCTAGCTGAATGTATAATACATTGAC----GGACAGTATCTTTG---AAATTGG Pongo_abelii AAC-ACAGGCAAGGAGGAAGAGGGAGAAGAAAAACAATGGCAGTTGGCTAGTTGAATGTATGATATGTTGAT----GGACAGGCTCTTTG---AAATTGG Macaca_sylvanus AACCACAGGCAAGGGTGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATGACAGTTGGCTAG-------TATGATATGTTGATTGACGGACAGGTTCTTTGGATAAATTGG Theropithecus_gelada AACCACAGGCAAGGGTGAAGAGGCAGAAGAGAAACAATGACAGTTGGCTAG-------TATGATATGTTGATTGACGGACAGATTCTTTGGATAAATTGG Papio_hamadryas AACCACAGGCAAGGGTGAAGAGGCAGAAGAGAAACAATGACAGTYGGCTAG-------TATGATATGTTGATTGAYGGACAGATTCTTTGGATAAATTGG Chlorocebus_aethiops AACCACAGGCAAGGGTGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATGACAGCTGGCTAG-------TATGATATGTTGATTGATGGACAGGTTCTTTGGATAAATTGG Colobus_guereza AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Piliocolobus_badius AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAA------------------------------------------------------------------- Procolobus_verus AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Presbytis_melalophos AACCACAGACAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Pygathrix_nemaeus AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Nasalis_larvatus AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Simias_concolor AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Rhinopithecus_avunculus AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Trachypithecus_obscurus AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Semnopithecus_entellus AACCACAGGCAAGGATGAAGAGGGAGAAGAGAAACAATG------------------------------------------------------------- Homo_sapiens ATGGGTTGATTAGGAGGATGGAAAGATGGACAGATAGCAGATAAGCTAGATGAAAGCATGAATGGAGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Pan_troglodytes ATGGGTTGATTAGGAGGATGGAAAGATGGACAGATAGCAGATAAGCTAGATGAAAGCATGAATGGAGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Pongo_abelii ATGGGTTGATTAGGAGSATGGAAAGATGGACAGATAGCAGATAAGCTAGATGGAAGCATGAATGGAGTTGCGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Macaca_sylvanus ATGGGTTGATTAGGAGGATGGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Theropithecus_gelada ATGGGTTGATTAGGAGGATGGACAGAT---------------TAGCTACATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Papio_hamadryas ATGGGTTGATTAGGAGGATGGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Chlorocebus_aethiops ATGGGTTGATTAGGAGGATGGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Colobus_guereza ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGAGGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Piliocolobus_badius ------------------------GAT---------------TAGCTAGATGGAAGYATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTAGATGACTGGGTGGGTAAA Procolobus_verus ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Presbytis_melalophos ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Pygathrix_nemaeus ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Nasalis_larvatus ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Simias_concolor ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Rhinopithecus_avunculus ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Trachypithecus_obscurus ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Semnopithecus_entellus ---GGTTGATTAGGAGGATAGAAAGAT---------------TAGCTAGATGGAAGCATGAATTGGGTTGAGAGGTTGGGTGGATGACTGGGTGGGTAAA Homo_sapiens CAATAAATAGGTTATAGAAAGGATAGTTGGAAGAATGCATTGGCTGAATGATAGGAAGTTTGGATACGATTAGCTGGATGGATGGATAAATGGATGAATG Pan_troglodytes CAATAAATAGGTAATAGAAAGGATAGTTGGAAGAATGCATTGGCTGAATGACAGGAAGTTTGGATACGATTAGCTGGATGGATGGATAAATGGATGAATG Pongo_abelii TAATAAATAGGTAATAGAAAGGATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATACGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Macaca_sylvanus TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Theropithecus_gelada TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGCATGGATGAATAAATGGATGAATG Papio_hamadryas TAATCAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGCATGGATGAATAAATGGATGAATG Chlorocebus_aethiops TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Colobus_guereza TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Piliocolobus_badius TAATAAATAGGTAATAG----GGCAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATG-ATGAATAAATGGATGAATG Procolobus_verus TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Presbytis_melalophos CAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGACAGGAAGTTTGGACGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Pygathrix_nemaeus TAATAAATAGGTAATAG----GA--GCTRGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Nasalis_larvatus TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGACGGATGAATAAATGGATGAATG Simias_concolor TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGACGGATGAATAAATGGATGAATG Rhinopithecus_avunculus TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAACGGATGAATG Trachypithecus_obscurus TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Semnopithecus_entellus TAATAAATAGGTAATAG----GATAGTTGGAAGAATGCATTGGTTGAATGATAGGAAGTTTGGATGTGATTAGCTGGATGGATGAATAAATGGATGAATG Homo_sapiens CACTGGCTGGCTAGTTATTTGGTTGGTTAGGTAGATGATCAGTTTGAAGATTGTGGTTGGTGGA--TGAATTGGTTAGAAATAGAGTTAAATAGTTGTAG Pan_troglodytes CACTGGCTGGCTAGTTATTTGGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTTGAAGATTGTGGTTGGTGGA--TGAATTGGTTAGAAATAGAGTTAAATAGTTGTAG Pongo_abelii CACTGGCTGGCTAGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGATTGTGGTTGGTGGA--TGAATTGGTTAGAAATAG--TTAAATAGCTGTAA Macaca_sylvanus CACTAGTTCACTCATTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTGA Theropithecus_gelada CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Papio_hamadryas CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTASTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Chlorocebus_aethiops CACTCGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Colobus_guereza CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATGTAGAGTTAAATAGATGTAA Piliocolobus_badius CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGYTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Procolobus_verus CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Presbytis_melalophos CACTGGTTCACTCTTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAACTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Pygathrix_nemaeus CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGKTTAGGTAGATGATTAGTTGRAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Nasalis_larvatus CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Simias_concolor CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Rhinopithecus_avunculus CAGTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Trachypithecus_obscurus CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Semnopithecus_entellus CACTGGTTCACTCGTTATT-GGTTGGTTAGGTAGATGATTAGTTGGAAGAATATGGTTGGTGGACATGAATTGGTTGGATATAGAGTTAAATAGATGTAA Homo_sapiens AAGTTTTGTAGGCTTGGTTTGATTGGTTAAATA-------------------------------------------------TTATCTTAATAGAGTAAT Pan_troglodytes AAGTTTTGATGGGTTGGTTTGATTGGTTAAATA-------------------------------------------------TTATCTTAACAGAGTAAT Pongo_abelii AAGTTTTGATGGGTTGGTTTGATTGGTTAAATA-------------------------------------------------TTATCTTAATAGAGTAAT Macaca_sylvanus AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAATAATGGTTGGCTAGGTAGGCTAGTTTAGATGAAGGGATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Theropithecus_gelada AAGTTTTGATGGGTTCATCTGATTGGTTAAATAATATTTGGCTAGGTAGGCTAGTTTAGATGAAGGGATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Papio_hamadryas AAGTTTTGATGGGTTCATCTGATTGGTTAAATAATGTTTGGCTAGGTAGGCTAGTTTAGATGAAGGGATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Chlorocebus_aethiops AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAATAATGGTTGGCTACGTAGGCTAGTTCAGATGAAGGGATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Colobus_guereza AAGTTTTGATGGGTTGATGTGATTGGTTAAATAATGGTTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Piliocolobus_badius AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAA----CGGTTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Procolobus_verus AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAATAACGGTTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Presbytis_melalophos AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAATAATGATTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Pygathrix_nemaeus AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAATAATGAYTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Nasalis_larvatus AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAAT---GATTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Simias_concolor AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAAT---GATCGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Rhinopithecus_avunculus AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAATAATGATTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGAGTAAT Trachypithecus_obscurus AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAATAATGATTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGATCAAT Semnopithecus_entellus AAGTTTTGATGGGTTGATCTGATTGGTTAAATAATGATTGGCTAGGAAGGCTAGTTCAGATGAAGGCATGATGTTGATAAATTTATCTTAATAGATCAAT Homo_sapiens ATAGAGTAATTGAATAAACAGAGAGA----AGAATAGATATCTAGACTAATG-GATAGAATGG-AAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATGAGTGAAC Pan_troglodytes ATAGAGTAATTGAATAAACAGATAGA----AGAATAGATATCTAGACTAATGGGATAGAATGGGAACGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATGAGTGAAC Pongo_abelii ATAGAGTAATTGAATAAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGGGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATGAGTGAAC Macaca_sylvanus ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGGGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATGGGTGAAC Theropithecus_gelada ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGGGATAGAATGGGAAAGAACTGTTGAATAAATGAATGGAATGGGTGAAC Papio_hamadryas ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGGGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATGGGTGAAC Chlorocebus_aethiops ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGACGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGGGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAA--------C Colobus_guereza ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAAAAGATATCTAGACTAATGCGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAGATGAATGGAATGGGTGAAC Piliocolobus_badius ATAGAGTAATTGAATGGACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGCGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAAT----GAAC Procolobus_verus ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGCGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGCAATGGGTGAAC Presbytis_melalophos ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGTGATAGAATGGGAAATAAATGTTGAATAAATGAATGGAATG-GTGAAC Pygathrix_nemaeus ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGCGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATG-GTGAAC Nasalis_larvatus ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACGAATGCGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATG-GTGAAC Simias_concolor ATAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACGAATGCGACAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATG-GTGAAC Rhinopithecus_avunculus ACAGAGTAATTGAATGAACTGATAGATGGAAGAATAGATATCTAGACTAATGCGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATG-GTGAAC Trachypithecus_obscurus ATAGAGTAATTGAATGAACTGAT----GGAAGAATAGATATCTACACTAATGCGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATG-GTGAAC Semnopithecus_entellus ATAGAGTAATTGAATGAACTGAT----GGAAGAATAGATATCTACACTAATGCGATAGAATGGGAAAGAAATGTTGAATAAATGAATGGAATG-GTGAAC Homo_sapiens TAATGAATGGGTGGATGACAAATGGAAGGGATAAATGGATGGATACCTGGATTCACATAGGTCAAAAGGACACTGACGGTAGTCTAAACTCTATCTATGT Pan_troglodytes TAATGAATGGATGGATGACAAACGGAAGGGATAAATGGATGGATACCTGGATTCACATAGGTCAAAAGGACACTGACGGTAGTCTAAACTCTATCTATGT Pongo_abelii TAATGAATGGATGGATGACAAATGGAAGGGATAAATGGATGGATAGATGGATTCACATAGGTCAAAAGGACACTGACAGTAGTCTAAACTCTAT----GT Macaca_sylvanus TAATGAATGGATGGATGACAAATGGAAGGGATAAATGGATGGATAGATGGATTCACATAGGTCAAAAGGACACTGAAGGTAGTCTAAACTCTATCTACGC Theropithecus_gelada TAATGAATGGATGGATGACAAATGGAAGGGATGAATGGATGGATAGATGGATTCACATTGCTCAAAAGGACACTGACAGTAGTCTAAACTCTATCTATGC Papio_hamadryas TAATGAATGGATGGATGACAAATGGAAGGGATGAATGGATGGATAGATGGATTCACATTGGTCAAAAGGACACTGACGGTAGTCTAAACTCTATCTATGC Chlorocebus_aethiops TAATGAATGGATGGATGACAAATGGAAGGGATAAATGGATGGATAGATGGATTCACACAGGTCAGAAGGACACTGACGGTGGTCTAAACTCTATCTATGC Colobus_guereza TAATAAATGGATGGATGACAAATGGA--------------------------------------------CATTGACGGTAGTCTAAACTCTATCTACGC Piliocolobus_badius TAATAAATGGATGGATGACAAATGGA--------------------------------------------CACTGACGGTAGTCTAAACTCTATATACGC Procolobus_verus CAATAAATGCATGGATGACAAATGGA--------------------------------------------CACTGACGGTAGTCTAAACTCTATCTACGC Presbytis_melalophos TAATGAATGGATGGATGACAAATGGA--------------------------------------------CACTGACGGTAGTCTAAACTCTATCTACGC Pygathrix_nemaeus TAATGAATGGATGGATGACAAATGGA--------------------------------------------CACTGACGGTACTCTAAACTCTATCTATGC Nasalis_larvatus TAATGAATGGATGGATGACAAATGGA--------------------------------------------CACTGACGGTACTCTAAACTCTATCTACGC Simias_concolor TAATGAATGGATGGATGACAAATGGA--------------------------------------------CACTGACGGTACTCTAAACTCTATCTACGC Rhinopithecus_avunculus TAATGAATGGATGGATGACAAATGGA--------------------------------------------CACTGACGGTACTCTAAACTCTATCTACGC Trachypithecus_obscurus TAATGAATGGATGGAAGACAAGTGGA--------------------------------------------CACTGACGGTAGTCTAAACTCTATCTACGC Semnopithecus_entellus TAATGAATGGATGGAAGGCAAGTGGA--------------------------------------------CACTGACGGTAGTCTAAACTCTATCTACGC Homo_sapiens CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGTTGTAAGACCTTACAGGAGGTCAAGGAGGTCACTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAGGTTCCTT Pan_troglodytes CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGTTGTAAGACCTTACAGGAGGTCAAGGAGGCCACTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAGGTTCCTT Pongo_abelii CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCTTACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAGGTTCCTT Macaca_sylvanus CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCC-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTCCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Theropithecus_gelada CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCC-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTCCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Papio_hamadryas CCCATATTCAATCACAAAYGAGTAGCTGTAAGACCC-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTCCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Chlorocebus_aethiops CCCATATTCAATCATAAATGAGTAGCTGTAAGACCC-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Colobus_guereza CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCT---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAACTATTAAAAGTTCCTT Piliocolobus_badius CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCT---------GTGGCYTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Procolobus_verus CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCT---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Presbytis_melalophos CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCAT-AAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Pygathrix_nemaeus CCCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Nasalis_larvatus CGCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Simias_concolor CGCATATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Rhinopithecus_avunculus CCCACATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Trachypithecus_obscurus CCC-TATTGAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT Semnopithecus_entellus CCC-TATTCAATCACAAATGAGTAGCTGTAAGACCT-ACAGGAGGTCA---------GTGACTTCATGAAGTGCTCAGCTATTAAAAGTTCCTT ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 894; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 894; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 894; END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1299498581619; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 2843184502598693608; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters; tell It; setID 0 8865170213854611237; mqVersion 274; checksumv 0 2 2340566478 null getNumChars 894 numChars 894 getNumTaxa 17 numTaxa 17 short true bits 2305843009213693967 states 15 sumSquaresStatesOnly 298960.0 sumSquares -8.762203435012035E19 NumFiles 1 NumMatrices 1; mqVersion; endTell; getWindow; tell It; suppress; setResourcesState false false 512; setPopoutState 400; setExplanationSize 0; setAnnotationSize 0; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1440 782; setLocation -8 -8; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; desuppress; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord; tell It; showDataWindow #8865170213854611237 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker; tell It; getWindow; tell It; getTable; tell It; rowNamesWidth 243; endTell; setExplanationSize 30; setAnnotationSize 20; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 928 715; setLocation -8 -8; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.ibeam; endTell; setActive; setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.ibeam; colorCells #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState; tell It; setStateLimit 9; toggleUniformMaximum on; endTell; colorRowNames #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor; colorColumnNames #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor; colorText #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor; setBackground White; toggleShowNames on; toggleShowTaxonNames on; toggleTight off; toggleThinRows off; toggleShowChanges off; toggleSeparateLines off; toggleShowStates on; toggleAutoWCharNames off; toggleAutoTaxonNames off; toggleShowDefaultCharNames off; toggleConstrainCW on; toggleBirdsEye off; toggleShowPaleGrid off; toggleShowPaleCellColors off; togglePaleInapplicable on; toggleShowBoldCellText off; toggleAllowAutosize off; toggleColorsPanel off; toggleLinkedScrolling on; toggleScrollLinkedTables off; endTell; showWindow; getWindow; tell It; forceAutosize; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells; tell It; setColor Red; removeColor off; endTell; getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel; tell It; togglePanel off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector; tell It; autotabOff; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip; tell It; showStrip off; endTell; getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped; tell It; gapCosts 8 3 2 2; subCosts 10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10; endTell; getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA; tell It; emphasizeDegeneracy off; endTell; getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor; tell It; panelOpen false; endTell; endTell; endTell; endTell; end;