#NEXUS [written Tue Mar 08 11:48:29 EST 2011 by Mesquite version 2.73 (build 544) at ComPhy.local/10.0.1.7] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Alb3; DIMENSIONS NCHAR=1204; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Chlorocebus_aethiops 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Trachypithecus_obscurus GAATTTCCTTCTTTTCAAGACTGAATAATATTCCAGTGCATTTGTGTACCACATTTTCTTTATCTAGTAATGTGTTGAT----GGACATTTAGGTTGGTTTTCTACATCTTGACTATTATGAATAGTGTGGCAATGAACACAGGAGAGCTACTATCTGTTAGAGATGATAGCATAGTTTTTATCATCAGAAAACACCAACTGATTTCTATGCTAATTTTGTTACCTGGGTGGAGTAATAATACAGCTATATATTCCTCATTTTAGATATCTTTGTATTTTTGCA-----------------------------TATAATAAAAAAGCAGAATACTTAGTCATGTTGAAGAACTTTAAATTTTTAGTATTTCCAGATCAATCTTCAAAACAAGAACAGGTTTATCTTTCTCTTACCACTCAATCCATATATACTTC-TGTGGGCAAGGTGAGTTTTTATCACTGGAGCCTTTCCCCTTCTTACTATGTACCTCTCCCTCATAGCAGAGTCAGGACTTTAACTTTACACAATATTATGGCGCTACATAAGAATTCTTAAAAATACATAAAAAAA-TTGATAAATTCTGTCTAGAGTAGTATATTTTCCCTGGGGTTACAGTTACTTTCATAATAAAAATTAGAGATAAGGAAAGGACTCATTTATTGGAAAGTGATTTTAGATAACATTTCTAGAAGAAAAATGTCTACATCTTAATAGTCACTTAATATATGATAGATTGTGTTACTCCTCAGTTTTCAACAGCATATACTAAAAAATGGCCCTCTAGAAAGGGGGCAGATGAGATGAGAAACTATCTGAATGTTTTCCTGCCCTAGGTGAATTCACATGCTGCTTAGAAGCTTATTTTCCCTTGATTTCTGTTACAATGATTGCTCTTACCCTTTAGTTTTAGGTTTTGAAATAGGAGTCATAAAACTTTCCTTAAAGCTATTGACTGTCTTTTTGCCCTGTTTTATTCACCAT-AGTTATAGTGTGACAGTTAATT-----CTTATGAAAATTATATAGAGATGGTTAAATCATCAGAAACTCTAAACCTGGGTTGGGAGGAGAAGTGGATTTTTAAATAATTTCCTCACCAAGCTTAACCAGTATATTAAATCCTTTCTACTGTTCTTTGGCTATAAAGAAAAAAGATATTGTCCAGCAACTGAAACCTGCTTTCTTCCATTTAGCATACTC ; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Alb3) = 'Jukes-Cantor': 1 - 1204; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Alb3) = universal: 1 - 1204; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Alb3) = unord: 1 - 1204; END; BEGIN TREES; Title nj_tree; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Chlorocebus_aethiops, 2 Colobus_guereza, 3 Homo_sapiens, 4 Macaca_sylvanus, 5 Nasalis_larvatus, 6 Pan_troglodytes, 7 Papio_hamadryas, 8 Piliocolobus_badius, 9 Pongo_abelii, 10 Presbytis_melalophos, 11 Procolobus_verus, 12 Pygathrix_nemaeus, 13 Rhinopithecus_avunculus, 14 Semnopithecus_entellus, 15 Simias_concolor, 16 Theropithecus_gelada, 17 Trachypithecus_obscurus; TREE PAUP_1 = ((9:0.072576,(3:0.028845,6:0.032283):0.035741):0.052051,((1:0.066114,(4:0.057029,(7:0.034056,16:0.029212):0.029702):0.01247):0.028775,((2:0.066249,(8:0.050853,11:0.043707):0.015858):0.013785,((10:0.065397,(14:0.058878,17:0.050313):0.011605):0.003497,((5:0.016171,15:0.016453):0.034982,(12:0.052951,13:0.047427):0.005357):0.011253):0.019644):0.037931):0.052051)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; END;