#NEXUS [written Mon May 16 15:05:34 CEST 2011 by Mesquite version 2.74 (build 550) at Schneeweiss/131.130.131.227] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=52; TAXLABELS Melampodium_cupulatum_acc._1_clone_16 Melampodium_cupulatum_acc._1_clone_12 Melampodium_appendiculatum_clone_8 Melampodium_longicorne_acc._1_clone_9 Melampodium_tenellum_acc._2_clone_11 Melampodium_cupulatum_acc._1_clone_17 Melampodium_cupulatum_acc._1_clone_14 Melampodium_appendiculatum_clone_1 Melampodium_rosei_acc._1_clone_8 Melampodium_sericeum_clone_4 Melampodium_longicorne_acc._1_clone_31 Melampodium_strigosum_acc._1_clone_1n Melampodium_glabribracteatum_clone_2 Melampodium_glabribracteatum_clone_8 Melampodium_strigosum_acc._1_clone_6 Melampodium_strigosum_acc._1_clone_7 Melampodium_sericeum_clone_6n Melampodium_pringlei_acc._2_clone_22 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_15 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_18 Melampodium_pringlei_acc._3_clone_25 Melampodium_pringlei_acc._3_clone_15 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??TGTCTGTAA--------TTATTTAGATAATAAGGAAAA----AAACATTTTCTTTGAAGACTTA--ATCATTTGACTGGTCATTTAAATTAA----AGTTTGCAGTGCTGTTGGAGTGTTACCTTTATCTCTCCAATACGGTTTCCCGGTCATTGAGAAGTACGC-TAACTGA-TGAACTTCATC---TTCTCATTCAACTGCATAACTCTGTTCTTGG-ATCATTTCTTTATTT-TCACTGACATGAAT--TTATATTATATATAGATTCCTAAAAGGTGCTAGAAGTATCGATGAGCATTTTCACTCTGCTCCTTTTGAGAACAATATACCCGTATGCTTATATTCTTTACA--------CCTCTACATTTTATTGTGTCTTTCTGCTTA-TTTTAACTTACAAAAGTA--ATATTCCTTGACATTATGTGCTGG-TTTTCAGGTTCTTTTGGGTTTATTGAGTATATGGAATGTCTCTTTTCTTGGATATCCTGCAAGAGTAAGTTCTATTATTTACAAA-ACCAAACTCATTTAATTCA------TTTTTAATTGAATTCACTCAAATG-ATCTTTTCTTATGTTTCCCAGGCTATTCTACCTTACACTCAAGCTCTTGAAAAGCTTGCTCCACACATTCAGCAGGTGAATTAT-GATTCACA---TAGTATTTGTCTT--ATCTAATCTCTGCGTTTTCAACTTAATG Melampodium_sericeum_clone_5n AGTGTCTGTAA--------TTATTTAGATAATAAGGAAAA----AAACATTTTCTTTGAAGACTTA--ATCATTTGACTGGTCATTTAAATTAA----AGTTTGCAGTGCTGTTGGAGTGGTACCTTTATCTCTCCAATACGGTTTCCCGGTCATTGAGAAGTACGC-TAACTGA-TGAACTTCATC---TTCTCATTCAACTGCATAACTCTGTTCTTGG-ATCATTTCTTTATTT-TCACTGACATGAAT--TTATATTATATATAGATTCCTAAAAGGTGCTAGAAGTATCGATGAGCATTTTCACTCTGCTCCTTTTGAGAACAATATACCCGTATGCTTATATTCTTTACA--------CCTCTACATTTTATTGTGTCTTTCTGCTTA-TTTTAACTTACAAAAGTA--ATATTTCTTGACATTATGTGCTGG-TTTTCAGGTTCTTTTGGGTTTATTGAGTATATGGAATGTCTCTTTTCTTGGATATCCTGCAAGAGTAAGTTCTATTATTTACAAA-ACCAAACTCATTTAATTCA------TTTTTAATTGAATTCACTCAAATG-ATCTTTTCTTATGTTTCCCAGGCTATTCTACCTTACACTCAAGCTCTTGAAAAGCTTGCTCCACACATTCAGCAGGTGAATTGT-GATTCACA---TAGTATTTGTCTT--ATCTAATCTCTGCGTTTTCAACTTAATG Melampodium_pilosum_acc._1_clone_9 ??TGTCTGTAA--------TTATTTAGATAATAAGGAAAAA---AAACATTTTCTTTAAAGACTTA--TTC-TTTGACTGGTCATTTAAATTAATTTCAGTTTGCAGTGCTGTTGGAGTGTTACCGTTATCTCTCCAATACGGTTTCCCAGTCATTGAGAAGTACAC-TAACTTA-TGAACTTCATCTT-TTCTCATTCAACTGCATAACTCTGTTCTTGG-ATCATTTCTTTATTT-TCACTGACATGAGT--TTTTATTATATATAGATTCCTAAAAGGTGCTAGAAGTATCGATGAGCATTTTCACTCTGCTCCTTTTGAGAACAATATACCCGTATGCTTATATTCTTTACA--------CCTTTACATTTTATTGTGTCTTTCTGCTTA-TTTTAACTTACAAAAGTA--ATATTTCTTGACATTATATGCTGGTTTTTCAGGTTCTTTTGGGTTTATTGAGTATATGGAATGTCTCTTTTCTTGGATATCCTGCAAGAGTAAGTTCTATTATTTACAAA-ACCAAACTCATTTAACTCA------ATCTTAATTGAATTCATTCAAATG-ATCTTTTCTTATGTTTCCCAGGCTATTCTACCTTACACTCAAGCTCTTGAAAAGCTTGCTCCACACATTCAACAGGTGAATTAT-AATTCACA---TAGTATTTGTCTT--ATCTAATCTCTACGTTTTCTACTTAATG Melampodium_americanum_acc._2_clone_2n AGTGTCTGTAT--------TTATTTAGATAATAAGGAAAAAA--AAACATTTTCTTTAAAGACTTA--TTC-TTTGACTGGTCATTTAAATTAATTTCAGTTTGCAGTGCTGTTGGAGTGTTACCGTTATCTCTCCAATACGGTTTCCCAGTCATTGAGAAGTACAC-TAACTTA-TGAACTTCATCTT-TTCTCATTCAACTGCATAACTCTGTTCTT-GGATCATTTCTTTATTT-TCACTGACATGAGT--TTTTATTATATATAGATTCCTAAAAGGTGCTAGAAGTATCGATGAGCATTTTCACTCTGCTCCTTTTGAGAACAATATACCCGTATGCTTATATTCTTTACA--------CCTTTACATTTTATTGTGTCTTTCTGCTTA-TTTTAACTTACAAAATTA--ATATTTCTTGACATTATATGCTGG-TTTTCAGGTTCTTTTGGGTTTATTGAGCATATGGAATGTCTCTTTTCTTGGATATCCTGCAAGAGTAAGTTCTATTAATTACAAA-ACCAAACTCATTTAAATCA------TTCTTAATGGAATTCATTCAAATG-ATCTTTTCTCATGATTCCCAGGCTATTCTACCTTACACTCAAGCTCTTGAAAAGCTTGCTCCACACATTCAACAGGTGAATTAT-AATTCACA---TAGTA-TTGTCTT--ATCTAATCTCTGCGTTTTCAACTTAATG Melampodium_americanum_acc._2_clone_5n AGTGTCTGTAT--------TTATTTAGATAATAAGGAAAAAA--AAACATTTTCTTTAAAGACTTA--TTC-TTTGACTGGTCATTTAAATTAATTTCAGTTTGCAGTGCTGTTGGAGTGTTACCGTTATCTCTCCAATACGGTTTCCCAGTCATTGAGAAGTACAC-TAACTTA-TGAACTTCATCTT-TTCTCATTCAACTGCATAACTCTGTTCTT-GGATCATTTCTTTATTT-TCACTGACATGAGT--TTTTATTATATATAGATTCCTAAAAGGTGCTAGAAGTATCGATGAGCATTTTCACTCTGCTCCTTTTGAGAACAATATACCCGTATGCTTATATTCTTTACA--------CCTTTACATTTTATTGTGTCTTTCTGCTTA-TTTTAACTTACAAAATTA--ATATTTCTTGACATTATATGCTGG-TTTTCGGGTTCTTTTGGGTTTATTGAGCATATGGAATGTCTCTTTTCTTGGATATCCTGCAAGAGTAAGTTCTATTAATTACAAA-ACCAAACTCATTTAAATCA------TTCTTAATGGAATTCATTCAAATG-ATCTTTTCTCATGATTCCCAGGCTATTCTACCTTACACTCAAGCTCTTGAAAAGCTTGCTCCACACATTCAACAGGTGAATTAT-AATTCACA---TAGTA-TTGTC-T--ATCTAATCTCTGCGTTTTCAACTTAATG ; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "Melampodium_pgicII_analysis.nex"'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Melampodium_cupulatum_acc._1_clone_16, 2 Melampodium_cupulatum_acc._1_clone_12, 3 Melampodium_appendiculatum_clone_8, 4 Melampodium_longicorne_acc._1_clone_9, 5 Melampodium_tenellum_acc._2_clone_11, 6 Melampodium_cupulatum_acc._1_clone_17, 7 Melampodium_cupulatum_acc._1_clone_14, 8 Melampodium_appendiculatum_clone_1, 9 Melampodium_rosei_acc._1_clone_8, 10 Melampodium_sericeum_clone_4, 11 Melampodium_longicorne_acc._1_clone_31, 12 Melampodium_strigosum_acc._1_clone_1n, 13 Melampodium_glabribracteatum_clone_2, 14 Melampodium_glabribracteatum_clone_8, 15 Melampodium_strigosum_acc._1_clone_6, 16 Melampodium_strigosum_acc._1_clone_7, 17 Melampodium_sericeum_clone_6n, 18 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_22, 19 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_15, 20 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_18, 21 Melampodium_pringlei_acc._3_clone_25, 22 Melampodium_pringlei_acc._3_clone_15, 23 Melampodium_pringlei_acc._3_clone_23, 24 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_5, 25 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_6, 26 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_1, 27 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_20, 28 Melampodium_pringlei_acc._2_clone_8, 29 Melampodium_pringlei_acc._1_clone_12, 30 Melampodium_linearilobum_acc._3_clone_1f, 31 Melampodium_linearilobum_acc._3_clone_2, 32 Melampodium_nayaritense_acc._3_clone_13n, 33 Melampodium_nayaritense_acc._3_clone_1n, 34 Melampodium_nayaritense_acc._3_clone_10n, 35 Melampodium_mayfieldii_acc._2_clone_10b, 36 Melampodium_mayfieldii_acc._2_clone_9b, 37 Melampodium_mayfieldii_acc._2_clone_11, 38 Melampodium_mayfieldii_acc._2_clone_22, 39 Melampodium_mayfieldii_acc._2_clone_5, 40 Melampodium_mayfieldii_acc._2_clone_21, 41 Melampodium_mayfieldii_acc._2_clone_2b, 42 Melampodium_mayfieldii_acc._2_clone_6b, 43 Melampodium_longipes_acc._2_clone_7, 44 Melampodium_longipes_acc._2_clone_12, 45 Melampodium_diffusum_acc._1_clone_6a, 46 Melampodium_diffusum_acc._1_clone_5a, 47 Melampodium_americanum_acc._2_clone_7n, 48 Melampodium_pringlei_acc._3_clone_5, 49 Melampodium_sericeum_clone_5n, 50 Melampodium_pilosum_acc._1_clone_9, 51 Melampodium_americanum_acc._2_clone_2n, 52 Melampodium_americanum_acc._2_clone_5n; TREE pgiCII_MP = (1,2,(3,4,(5,((6,7),(8,9)),((((10,11,12,(18,19,20,22,23)),(13,14)),(15,16)),((17,(30,31)),(((21,24,25,26,27,28),(32,33)),29),((34,(51,52)),50),((38,39,40,41),42),43,44,(45,46),(47,(48,49)))),(35,36,37)))); TREE pgiCII_BI = (((5:0.059711,((6:0.003451,7:0.001737)1.00:0.01779,(8:0.034111,9:0.023907)1.00:0.010831)1.00:0.012313)0.98:0.018451,((35:0.005079,36:0.001719,37:0.005486)1.00:0.032787,((1:0.003537,2:0.003379):0.011147,(3:0.01375,4:0.006667)0.68:0.00358)1.00:0.033557)1.00:0.007481)0.68:0.023283,(((15:0.004811,16:0.005209)1.00:0.047883,((13:0.006811,14:0.003335)1.00:0.010575,(10:0.001684,11:0.001709,12:0.001662,(18:0.006795,19:0.001674,20:0.001625,22:0.008437,23:0.001708)1.00:0.005133)1.00:0.013674)0.91:0.01173)1.00:0.055707,((50:0.00877,(34:0.014054,(51:0.001724,52:0.003403)1.00:0.005175)1.00:0.010765)1.00:0.007881,(44:0.028391,(17:0.026528,(30:0.001643,31:0.001681)1.00:0.03541)1.00:0.022678,(29:0.017575,((32:0.003804,33:0.003362)1.00:0.007039,(21:0.006913,24:0.003466,25:0.001727,26:0.00694,27:0.005373,28:0.010438)0.97:0.007095)1.00:0.020879)1.00:0.024673,((47:0.0070,(48:0.003411,49:0.005163)1.00:0.010505)1.00:0.008719,(43:0.026829,(45:0.001784,46:0.003439)1.00:0.023914,(42:0.008559,(38:0.005277,39:0.001737,40:0.005583,41:0.001753)1.00:0.007164)1.00:0.023162)0.61:0.003384)0.70:0.004646)0.72:0.005453)1.00:0.032844)1.00:0.023283); END;