#NEXUS [written Sat Jun 18 17:42:13 EDT 2011 by Mesquite version 2.73 (build 544) at 040-084.bio.sunysb.edu/129.49.40.84] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Ametrida_centurio Ardops_nichollsi Ariteus_flavescens Artibeus_cinereus Artibeus_jamaicensis Brachyphylla_cavernarum Centurio_senex Chrotopterus_auritus Desmodus_rotundus Diaemus_youngi Diphylla_ecaudata Ectophylla_alba Enchisthenes_hartii Erophylla_sezekorni Furipterus_horrens Glossophaga_soricina Glyphonycteris_daviesi Glyphonycteris_sylvestris Lampronycteris_brachyotis Leptonycteris_yerbabuenae Lionycteris_spurrelli Lonchophylla_thomasi Lonchorhina_aurita Lophostoma_brasiliense Macrophyllum_macrophyllum Macrotus_waterhousii Mesophylla_macconnelli Micronycteris_hirsuta Micronycteris_megalotis Micronycteris_minuta Mimon_crenulatum Monophyllus_redmani Mormoops_megalophylla Noctilio_leporinus Phylloderma_stenops Phyllostomus_hastatus Pteronotus_davyi Pygoderma_bilabiatum Rhinophylla_pumilio Saccopteryx_bilineata 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Centurio_senex 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Chrotopterus_auritus 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Desmodus_rotundus 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Diaemus_youngi 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Ectophylla_alba 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Enchisthenes_hartii 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Erophylla_sezekorni 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Glossophaga_soricina 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Lonchorhina_aurita 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Lophostoma_brasiliense 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Macrophyllum_macrophyllum 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Macrotus_waterhousii 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Mesophylla_macconnelli 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Micronycteris_hirsuta 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Mimon_crenulatum 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Noctilio_leporinus 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Pteronotus_davyi 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Pygoderma_bilabiatum 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Tonatia_saurophila 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ATACAAATCGAAACCACCCTTTAAATATAAAGTCTTGTGACTCCGCCCTCAGCTTCTCTGTGAATTGGTCCTCTGGGTTGCTGGGTCAATCTACGGCTTTCTGCATCATAACTCGAACGCACGCTTAATCGTACCAATTGCGGAGTAATAGGTGCTCTCGTACTCAGCAAGGGCTCATTTTTATTGCTTACTCAGTGGCGGGCTTATAGGTCTAACTATCGAACTGAAATGGATCTCTCTTTGCGTATGCACGCTTATGGTAGTCTCCTGGGCAATTCTTTGGGGCACGTATACAACTCTTCGCATCCTAATGGACGACTGTCATGATTGGGGGTTTCGTGAAAGCACCTACCGTTTTGCTTCATTCTCTCCTTATGTGCGCCTGTATGTCACTCTTTCTCAGAACGGTCAAAACCACGGATCCTCGACCGAATATCCTTCACCTATAACATAAGAATCTGGTTTTGTATCTACGCCTTCGCTTGTTTTTTCCCGACTCTGGGACCGAAATAATCCGCAACCCTAAACCCCCCAATAACCGATGTATTCTTTGCTAGCATCTCGTCATCCAAAACTGGGGGTCTGCCTGTGCTCATTTATCTGCATATCCATCTCAACTCAACACGAGATATTTCGCCCTAGCATACTTTTGCTCTGTGCACCTTTACCTACTGATGGGGCACCGTGACACCTAATATATGGCAACGCTCATCTTATTCTATATCTGTTTATCCACATAGATATGAAATACTCTAATGAGACCTTACTCTTTGGGCTGGCGGATGTGGACGCTTAGCTCTATCGGCGACTGGCACCGGGCCTCTGGGAGACAATTAAAGTGTGTACGCCAGCTTGTATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGTTGTCCTTATATGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTCTCTCTCTGCTCTCACGTGAGCGGGTGGACGGTGACGTTACCCCCTGCGGAACTGCCAGCGGGCTCGTGATTGCATTTTCCTCATTGCGGGTTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATAACCCCGCCTTCCATACAACCCTTTTGTTGTCGTCTATACGCGTTTCTCTCTTCCTCCGTCTGCGCGGATACATTTCTACGACGAACTAAACACTTTTGACCGCGGGGGGGACCATCTTACACACTTTGACGTAAAGCATAACCATCTCAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGATTCCTGCTACCTGCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACTTGCACATTCAAAGGCAGTTTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGAGGAAAAACACCAAACAATGAGCTTTCTGATAAGATTTATGTCATGTCCGTTGTGTGCAAGAACAACAAGAAAGTTACTTTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTAGGAGACATCCCTGAAGCCAGATATGGGCATACAATTGATATGGTGTACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGTGTTGTCTTCGGAGGGCGATCATACATACCTTCTGCCCAAAGAACCACGGAAAAGTGGAATAGTGTAGCTGACTGCTTGCCCCACATTTTCTTGGTGGATTTTGAATTTGGGTGCTCTACATCATACATTCTTCCGGAACTTCAGGATGGGCTCTCTTTTCATGTCTCCATTGCCAGAAATGATACCATTTATATTTTAGGAGGGCATTCACTTGCCAATAACATCCGCCCTGCCAACCTATACAGAATAAGGGTTGATCTTCCCCTGGGTAGCCCCTCTGTGAATTGCACAGTTTTGCCAGGAGGAATCTCTGTCTCCAGCGCAATCCTGACTCAAACAAACAGTGATGAATTTGTTATTGTGGGTGGCTATCAGCTTGAAAATCAGAAAAGAATGGTCTGCAACATCATCTCTCTTGAGGGCAACAAGATAGAAATTCGTGAGATGGAGACCCCAGACTGGACCCCAGACATTAAGCACAGCAAGATATGGTTTGGAAGCAACATGGGAAATGGAGCCATTTTCCTTGGCATACCAGGAGACAATAAACAGGCTGCTTCAGAAACATTCTATTTCTACATGCTGAAATGTGCTGAAGACGATGTGAATGAAGAACCGAAAACATTCCCAAATAGTCAGACGTCAACAGAAGACCCAGGGGATTCCACTCCCTTTGAAGACTCAGAAGAATTTTGCTTTAGTGCAGAAGCAAATAATTTTGATGGTGATGATGAATTTGACACTTATAATGAAGAGGATGAGGAAGATGAGTCTGTCACCGGCTACTGGATTACTTGCTGCTCTACCTGTGATGTGGATATCAACACGTGGGTTCCGTTTTATTCAACTGAGCTGAACAAACCTGCCATGATCTATTGTTCTCATGGAGATGGCCACTGGGTCCACGCCCAGTGCATGGATCTGGCAGAACGCACACTCATCCAACTGTCAGAAGGAAGCAGCAAATATTACTGCAATGAGCATGTGAAGATAGCAAGAGCACTGCAGACCCCAAAACGAACTCTACCCTTAAAAAGGCCTCCACTGA-----------------------------------AGGTTCCACCTTCTATTGCCAGCAAACACTGCGCGTGGCCCTATCGATAGGGCGGTAGCACTAGTGCTACCGCCACCCGGGCAGTGTTAGTAAACGTTTGCTAATTTGCTAGGGTTGGTTCGTGCACCGCACGAAACCCGCAATAGAGGCGTGTGTGGTAAAGTTAGCTGCGCAGCTAACGTACTTTACCACACGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCAAGAGCCACGGCTCTTGCCAGCGCTGGATGGCGTGCTTACTAAAGCCTGTTCTATCGCGATCCACCCGCTAACCCCACTGCACCTTAAGGTGCACGTAGTGGGGTTAGCGGGTGGAGAATGGGCTTCCTAGGACGCCCCCACAAGGACGTTAGAACTAAGCTTAGTTTAAGCACGCCACGCGCCTCCTCATATACGAGGAGGCGCGAAGCGACTAGTCGCTTCAAAGCGCTTAAGCTCTAGCTAGATCAATGTGCTTTGAATTATATATCCGGAAGCTTTTAACTTACAGCTGTAACCCCAGCCTATTTAAAGCGCTAGCTTCATTATATAGTGAAGCTTTAAATAGGGTGCCGCTGGGGGTCCAAGAATGTTCCTTAAGCCTACGTAGACTTAAGGTCTGAAGGGCCCTTCAGACGGCCCTAGGAGTGGGCGCCCAGGCGCCCTCCTAGTTGGACTCTATATAGAGTTAAAACTTCTGCACAATCAGGTCTGATCGCGTCCGGGTGCGGGAGATGGAGTAAAGGAAACCCCGTGTTTCAAACACCTCTAGCGTTAGAGGGCCGCCGTGACGTTACGGCCGCGGTACCGTGAAGCTTGTTCTCAAGGACGGCCGGGGTTTTCTTTTCTCCATCGTTCCCCGCGGGGAATAGAGACCCTAGGAGCTTAATTTTAGCCTATAGGCTAAAATTGGTTGTGACCTCGGAGCTCCGAACGACCGTCGCCATATGGAAGTTCCTAGGGCGAATCCTATTGATCAATAGGGTTCGTGGATCAGGACCCAATGGTGCTATTGGTCGTTAACGAGTCCTGATCTACGACCGGATCCGGTCGTCTTTCTACGGAGAGAGACAGGGCCTTAAGGCCCTCAGATGATTATCTGCCCGGG Vampyrum_spectrum ATACAAATCGAAACCACCCTCTAAATATAACATCCTGTGACTCCGCCCTCAATTTCTCTGTGAATTGGTCCTCTGGATTGCTGCGTCAATCTACGGCTTTCTGCATCATAACTCGAACGCACGCTTAATCGTACCAATTGCGGAGTCATAGGTGATCTCGTACTCAGCAAGGGCTCATTTTTATTGCTTACTCAATGGCGGGCTTATAGGTCTAATTATCGAACTGAAATGGATCTTTCTTTGCGTATGCACGCTTATGGTAGTCTCC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACCTTACTTTTTGGGCTGGCGGATGTGGACGCTTAGCTCTATCGGCGACTGGCACCGGACCTCTGGGAGACAATTAAAGTATGTACGCCAGCTTGTATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTGTCCCTATATGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTCTTTCTCTGCTCTCACGTGAGCGGGTGGACGGTGACGTTACCCCTTGCGGAACTGCCAGCGGGCTCGTGATTGCATTTTCCTCACTGCGGGTTCTCATCTGGGCATAATTATACACATATAAATAACCCCGCCTTCCATACAACCCCTTTGTTGTCGTTTATACGCGTCTCTCTCTTCCTCCGTCTGCGCGGATACATCTCTACGACGAACTAAACACTTTTGACCGCGGGGGGGACCGTCTTACACACTT-GATGTAAAGCATAACCATCTAAAACTGAAGCCTGCAGTTTTCTCTAAGGATTCCTGCTACCTGCCTCCTCTTCGCTACCCAGCCACTTGCACATTCAAAGGCAGTTTAGAGTCTGAAAAGCAACAATACATTATCCATGGGGGGAAAACACCAAACAATGAGCTTTCCGATAAGATTTATGTCATGTCTGTTGTGTGCAAGAACAACAAGAAAGTTACTTTTTGCTGTACTGAGAAAGACTTGGTGGGAGACGTCCCTGAAGCCAGATATGGTCATACCATTGATGTGGTGTACAGTCGAGGGAAGAGCATGGGTGTTGTCTTCGGAGGGCGATCATACATACCTTCTGCCCAAAGAACCACAGAAAAATGGAATAGTGTAGCTGACTGCCTGCCCCACATTTTCTTGGTGGATTTTGAATTTGGGTGCTGTACATCATACATTCTTCCAGAACTTCAGGATGGACTATCTTTTCACGTCTCCATTGCCAGAAATGATACCATTTATATTTTAGGAGGGCATTCACTTGCCAATAACATCCGCCCTGCCAACCTATACAGAATAAGGGTTGATCTCCCCCTGGGTAGCCCGGCTGTGAATTGCACGGTTTTGCCAGGAGGAATCTCTGTCTCCAGTGCAATCCTGACTCAAACAAACAGTGATGAATTTGTTATTGTGGGTGGCTATCAGCTTGAAAATCAGAAAAGAATGGTCTGCAATGTCATCTCTCTTGAGGGGAACAAGATAGAAATTCGTGAGATGGAGACCCCAGATTGGACCCCAGACATTAAGCACAGCAAGATATGGTTTGGAAGCAACATGGGAAATGGAGCTGTTTTCCTTGGCATACCAGGAGACAATAAACAGGCTGCTTCAGAGACATTCTATTTCTACATGCTGAAATGTGCTGAAGATGATGTGAATGAAGAACAGAAAACATTCACAAATAGTCAGACATCAACAGAAGACCCAGGGGATTCCACTCCCTTTGAAGACTCAGAAGAATTTTGCTTCAGTGCAGAAGCAAATAATTTTGATGGTGATGATGAATTTGACACCTATAACGAAGATGATGAGGAAGATGAGTCTGTCACAGGCTACTGGATTACTTGCTGCTCTACCTGTGATGTGGATATCAACACGTGGGTACCATTTTATTCAACTGAGCTAAATAAACCTGCCATGATCTATTGCTCTCATGGAGATGGGCACTGGGTCCATGCCCAGTGCATGGATCTGGCAGAACGCACACTCATCCAACTGTCAGAAGGAAGCAGCAAGTATTACTGCAATGAGCATGTGAAGATAGCAAGAGCATTGCAGACCCCAAAACGAGCTCTACCCTTAAAAAAGCCTCCACTGA-----------------------------------AGGTTCCACCTTCTATTATTAGCAAACACTGCGCGTGCCCCTGTCGACAGGGTGGCAGCAC-TGTGCTGCCGCCACCCGGGCAGTGTTAGTGAACGTTTGCTAATTTGCTAGGGTTGGTTCGTGCACCGCACGAAACCCATAATAGAGGCGTGTGTGATAAAGCTAGCTGCGCAGCTAACGTACTTTATCACACGCTAAGATGGGCCCATCTTAGCAAGGGTCACGACCCTTGCCAGCGCTGGATGGCGTGCTTACTAAAGCCTGTTCTATCGCGATCCACCCGCTAACCCCACTGCACCCTAGGGTGCACATAGTGGGGTTAGCGGGTGGAGAATGGGCTACCTAGGTCCCCCCTAGAAGGGCGTTAGAACTAAGCTTAGTTTAAGCACGTCACGCGCCTCCTCGCATGTGAGGAGGCGCGAAGCGACTAGTTGCTTCAAAGCGCTTAAGCTCTAGCTAGATCAATGTGCTTTGAATTATATATCCGGAAGCTTTTAACTTACAGCTGTAACCCCAGCCTATTCAGAGCGCCAGCCTCATTATATAGCGAGGCTCTGAATAGGGTGCCGCTGGGGGTCCAGGAGTGCTCCTTAAGCCTGCGTAGACTTAAGATCTAAAAGGCCTTTTAGATGGCCCTAGGAGTGGGCGCCCAGGCGCCCTCCTAGCTGGACTCTATATAGAGTTAAAACTTCTGCACAATCAGGCCTGATCATGTCCGGGTGCGGGAGATGGAGTAAAGGAAACCCCGTGTTTCAAACACCTCTAGCGTTAGAGGGCCGCCGTGACGTTACGGCCGCGGTACCGTGAAGCTTGTTCTCAAGGACGGCCGGGGTTTTCTTTACTCCATCGTTCCCCGCGGGGAACAGAGACCCTAGGAGCTTAATTCTAGCCTATAGGTTAGAATTGGTTGTGACCTCGGAGCTCCGAACGACCGTCGCCAATTGGAAGTTCCTAGGGCGGATCCTATTGATCAATAGGGTTCGTGGATCAGGACCCAATGGTGCTATTGGTCGTTAACGAGTCCTGATCTACGACCGGATCCGGTCGCTCCTCTACGGAGAGAAGCAAGGCCTTAAGGCCTTCAGATGATTATCTGCCCGGG ; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "Table6_comparison.nex"'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Ametrida_centurio, 2 Ardops_nichollsi, 3 Ariteus_flavescens, 4 Artibeus_cinereus, 5 Artibeus_jamaicensis, 6 Brachyphylla_cavernarum, 7 Centurio_senex, 8 Chrotopterus_auritus, 9 Desmodus_rotundus, 10 Diaemus_youngi, 11 Diphylla_ecaudata, 12 Ectophylla_alba, 13 Enchisthenes_hartii, 14 Erophylla_sezekorni, 15 Furipterus_horrens, 16 Glossophaga_soricina, 17 Glyphonycteris_daviesi, 18 Glyphonycteris_sylvestris, 19 Lampronycteris_brachyotis, 20 Leptonycteris_yerbabuenae, 21 Lionycteris_spurrelli, 22 Lonchophylla_thomasi, 23 Lonchorhina_aurita, 24 Lophostoma_brasiliense, 25 Macrophyllum_macrophyllum, 26 Macrotus_waterhousii, 27 Mesophylla_macconnelli, 28 Micronycteris_hirsuta, 29 Micronycteris_megalotis, 30 Micronycteris_minuta, 31 Mimon_crenulatum, 32 Monophyllus_redmani, 33 Mormoops_megalophylla, 34 Noctilio_leporinus, 35 Phylloderma_stenops, 36 Phyllostomus_hastatus, 37 Pteronotus_davyi, 38 Pygoderma_bilabiatum, 39 Rhinophylla_pumilio, 40 Saccopteryx_bilineata, 41 Sphaeronycteris_toxophyllum, 42 Stenoderma_rufum, 43 Tonatia_saurophila, 44 Trachops_cirrhosus, 45 Trinycteris_nicefori, 46 Uroderma_bilobatum, 47 Vampyressa_pusilla, 48 Vampyriscus_bidens, 49 Vampyrodes_caraccioli, 50 Vampyrum_spectrum; TREE Morphology_MP_exclude_converge = ((((1,2,3,(7,41),38,42),4,5,12,13,27,46,47,48,49),(6,14),(8,50),((9,10),11),(16,20,(21,22),32),(17,18),19,23,24,(25,31),(26,((28,29),30)),35,36,39,43,44,45),15,(33,37),34,40); TREE Molecular_MP_exclude_coi3_down_cytb3_loops = ((((((((((((((1,38),41),7),(2,3)),42),(4,5),(12,13)),((27,47),(46,48),49)),39),(6,14,((16,20),32)),(8,50),((17,18),45),(21,22),23,(24,31,(35,36)),(25,44),43),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),33,37),(15,34),40); TREE Combined_MP_exclude_converge_excdown_saturated = ((((((((((((1,7,38,41),(2,3)),42),(4,5),12,13),((27,47),(46,48),49)),39),((17,18),45)),(((6,14),((16,20),32)),(21,22))),(8,50),((9,10),11),(19,((28,29),30)),23,24,25,(31,(35,36)),43,44),26),(33,37)),15,34,40); TREE Molecular_ML_8_models_excdown_saturated = ((((((((((((((((((((1,41),38),7),(2,3)),42),(4,5)),12),13),((((27,47),46),49),48)),39),((17,18),45)),(21,22)),23),((6,14),((16,20),32))),((8,50),(((24,(31,(35,36))),43),(25,44)))),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),(33,37)),(15,34),40); TREE mtrDNA_ML_partitioned_down_loops = ((((((((((((((((((((1,38),41),(7,42)),(2,3)),(4,5)),13),12),(((27,47),49),(46,48))),39),((17,18),45)),(21,22)),((6,14),((16,20),32))),((8,50),(((24,(31,(35,36))),25),(43,44)))),23),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),(33,37)),(15,34)),40); TREE Molecular_MB_6_models_exclude_mt3_loops = ((((((((((((((((((1,41),7),38),(2,3)),42),(4,5)),12,13),(((27,47),(46,48)),49)),39),((17,18),45)),((6,14),((16,20),32)),(21,22)),23),(8,50),((24,(31,35,36)),43),(25,44)),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),(33,37)),(15,34),40); TREE Combined_MB_8_models_exclude_converge_mt3_loops = ((((((((((((((((((1,(7,41)),38),(2,3)),42),(4,5)),13),12),(((27,47),48),(46,49))),39),((17,18),45)),(((6,14),((16,20),32)),(21,22))),23),((8,50),(((24,(31,35,36)),43),(25,44)))),((9,10),11)),(19,((28,29),30))),26),(33,37)),(15,34),40); TREE random = (1,((((((2,((4,31),7)),16),13),(((((((((((3,(5,(33,(36,41)))),15),34),(10,14)),24),((((((((6,9),((11,27),22)),32),((21,(28,45)),23)),26),18),(42,43)),20)),46),((((8,47),(12,35)),(29,(44,49))),30)),((17,19),(38,48))),50),25)),37),39),40); END; BEGIN SETS; CHARSET pos1mt = 1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 55 57 59 61 63 65 67 69 71 73 75 77 79 81 83 85 87 89 91 93 95 97 99 101 103 105 107 109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131 133 135 137 139 141 143 145 147 149 151 153 155 157 159 161 163 165 167 169 171 173 175 177 179 181 183 185 187 189 191 193 195 197 199 201 203 205 207 209 211 213 215 217 219 221 223 225 227 229 231 233 235 237 239 241 243 245 247 249 251 253 255 257 259 261 263 265 267 269 271 273 275 277 279 281 283 285 287 289 291 293 295 297 299 301 303 305 307 309 311 313 315 317 319 321 323 325 327 329 331 333 335 337 339 341 343 345 347 349 351 353 355 357 359 361 363 365 367 369 371 373 375 377 379 381 383 385 387 389 391 393 395 397 399 401 403 405 407 409 411 413 415 417 419 421 423 425 427 429 431 433 435 437 439 441 443 445 447 449 451 453 455 457 459 461 463 465 467 469 471 473 475 477 479 481 483 485 487 489 491 493 495 497 499 501 503 505 507 509 511 513 515 517 519 521 523 525 527 529 531 533 535 537 539 541 543 545 547 549 551 553 555 557 559 561 563 565 567 569 571 573 575 577 579 581 583 585 587 589 591 593 595 597 599 601 603 605 607 609 611 613 615 617 619 621 623 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