#NEXUS

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	Leucotrichum_schenkii_Salino4538         GCTTCCTCGCCTGGAGAAATGCCTAATATCTACAACTCACTAGTAGTCAAAGGACAAAATCCAGCCGGTCAGCAAATTCATGTTACTTGTGAGGTCCAACAATTATTAGGTAATAATGAAGTACGAGCCGTAGCTATGAGTGCTACAGACGGTTTGACAAGAGGTATGGGTGCTGTTGATACGGGAGCCCCTCTCAGTGTTCCCGTTGGTGAAACTACTCTTGGCCGAATATTCAACGTACTCGGTGAACCCGTAGATAATTTGGGCCCCGTTCGAAGTACTGCAATATCTCCAATTCACAGATCCGCCCCGGCATTTACCCAGTTAGATACCAAATTATCGATTTTTGAAACGGGTATAAAAGTTGTAGATCTTTTGGCTCCGTATCGTAGAGGCGGGAAAATTGGGTTATTTGGTGGAGCTGGAGTTGGAAAGACGGTCCCTATTACGGAATCAATCAATAATATTGCAAAAGCTCATGGAGGTGTATCCGTATCTGGTGGGGTAGGAGAACGCACGCGTGAAGGTAATGACCTTTACATGGAAATGAAAGAATCAAAAGTTATTAATGAACAGAATATTTCTGAATCAAAAGTAGCTTTGGTTTATGGTCAGATGAATGAACCACCGGGAGCTCGTATGAGAGTCGGCTCAACCGCTTTAACAATGGCTGAATACTTCCGAGATGTTAACAAACAGGATGTACTCCTATTTATTGACAATATTTTTCGCTTTGTTCAGGCAGGATCAGAGGTATCGGCGTTACTGGGACGGATGCCTTCCGCCGTGGGTTATCAACCGACCCTAGGTACAGAAATGGGCTCATTGCAGGAAAGAATTACTTCCACCAAGGAGGGATCAATAACTTCCATTCAAGCTGTTTATGTACCTGCGGATGATTTGACCGACCCGGCTCCCGCCACGACATCTGCACACTTAGACGCCACTACTGTACTTTCAAGGGGATTAGCAGCGAAAGGCATCTACCCAGCAGTAGACCCACTGGATTCGACATCGACTATGTTACAGCCTTGGATTGTAGGCGAGGAACATTATGAGACGGCACAGAGGGTTAAACAAACTCTGCAACGTTACAAAGAGCTTCAAGATATTATAGCTATTCTCGGACTAGACGAGTTATCTGAAGAGGATCGATTGACAGTAGCTAGGGCTCGAAAGATAGAACGTTTCTTATCGCAACCTTTCTTTGTGGCGGAAGTTTTCACCGGATCTCCGGGTAAATACGTTAGTTTATCAGAGACCATT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAAGCTGGTGTCAAAGATTATCGATTGACTTATTACACCCCCGAATACAAAACTAAAGATACCGACATCTTAGCAGCATTTCGAATGACCCCACAACCTGGAGTACCGGCTGAAGAAGCTGGAGCTGCGGTAGCTGCAGAATCCTCCACAGGTACGTGGACAACTGTATGGACAGATGGGTTGACTAGTCTTGACCGTTACAAGGGCCGATGCTACGACATTGAACCCGTCGCTGGAGAAGACAACCAGTATATCGCATATGTAGCTTATCCTTTGGATCTATTCGAAGAAGGTTCTGTTACTAATCTGTTTACCTCCATAGTCGGTAATGTTTTTGGATTTAAGGCTTTACGCGCTCTACGCTTGGAAGACCTTCGAATTCCTCCCGCTTATTCTAAAACTTTCATAGGACCGCCTCATGGTATTCAGGTTGAAAGGGATAAACTGAATAAATATGGACGTCCTTTATTGGGATGTACAATCAAGCCAAAATTGGGTCTGTCTGCTAAAAATTATGGTAGAGCCGTCTACGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTCACAAAAGATGATGAAAATGTAAATTCCCAACCATTCATGCGTTGGCGAGACCGTTTCCTATTTGTGGCAGAAGCTCTTTTTAAAGCCCAAGCTGAAACAGGGGAAATCAAAGGGCATTACTTAAACGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAGATGTTAAAAAGGGCTGTTTTTGCTAGGGAATTGGGTGCACCAATTGTCATGCATGATTATCTAACCGGAGGGTTTACTGCAAATACCAGCTTAGCCTATTATTGTAGAGATAATGGACTGCTTCTTCATATTCACCGCGCAATGCATGCTGTGATCGATAGGCAACGAAATCACGGTATGCATTTTCGTGTCTTAGCCAAAGCATTACGCATGTCCGGCGGAGATCATGTACATGCTGGAACTGTAGTAGGCAAATTAGAAGGGGAAAGAGAAGTTACCCTTGGCTTCGTTGATTTACTTCGCGACGATTACATTGAAAAAGATCGGAATCGCGGTATTTATTTCACCCAAGATTGGGTATCTATGCCGGGTGTATTACCCGTAGCTTCAGGAGGTATCCATGTCTGGCACATGCCTGCTCTAACTGAGATCTTTGGGGACGATTCTGTATTACAATTTGGCGGAGGAACCTTAAGCCATCCTTGGGGGAATGCGCCAGGGGCAGTAGCTAACCGAGTTGCATTGGAAGCTTGCGTACAGGCTCGTAATGAGGGTCGTGACCTTGCCCGTGAAGGTAATGAGATTATTCGTGAAGCTTCCAAG
;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Leucotrichum_6_cp_Indels;
	DIMENSIONS  NCHAR=77;
	FORMAT DATATYPE = STANDARD GAP = - MISSING = ? SYMBOLS = "  0 1";
	MATRIX
	Alansmia_cultrata_Dassler94              0???????????????????????????????????????????????????????????????000001?001010
	Alansmia_cultrata_MS1136                 0111?0101010010100001011001001?010010111?10001?10011101000011010111001?001010
	Alansmia_cultrata_MS1162                 0111?0101010010100001011001001?010010111?10001?10011101000011001111001?001010
	Alansmia_cultrata_MS1214                 0111?0101010010100001011001001?010010111?10001?10011101000011010111001?001010
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	Alansmia_lanigera_Leon3647               0???????????????????????????????????????????????????????????????1111???001???
	Alansmia_lanigera_Rojas3207              0????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
	Alansmia_senilis_MS1156                  0101?010101001110000000100?111?010010110100010?10011101000011001111001?000010
	Alansmia_senilis_Rojas3196               0101?010111001110000000100?1????????????????????????????????????111001?000010
	Alansmia_stella_MS1083                   0111?010111001011?0010010010?00110110011?00001?100111110100110011111???001010
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	Leucotrichum_mitchellae_MO3141           0110100111100001010011?01???11?001101111?10101??11?10110000011?1011001?001100
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	Leucotrichum_mortonii_LI16026            0????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
	Leucotrichum_organense_PL3630            0110010111?100010?1?11?01???11?001100111?101011001?1011001??????01101??011111
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	Leucotrichum_pseudomitchellae_Rojas3005  0????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
	Leucotrichum_schenckii_JP1664            0????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
	Leucotrichum_schenkii_Salino4538         0????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
;
END;

BEGIN TREES;
	Title Leucotrichum_6cpDNA_consensus;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Alansmia_cultrata_Dassler94,
		2 Alansmia_cultrata_MS1136,
		3 Alansmia_cultrata_MS1162,
		4 Alansmia_cultrata_MS1214,
		5 Alansmia_glandulifera_MS1765,
		6 Alansmia_lanigera_Leon3647,
		7 Alansmia_lanigera_Rojas3207,
		8 Alansmia_senilis_MS1156,
		9 Alansmia_senilis_Rojas3196,
		10 Alansmia_stella_MS1083,
		11 Leucotrichum_madagascariense_RG287,
		12 Leucotrichum_mitchellae_BA48307,
		13 Leucotrichum_mitchellae_MO3141,
		14 Leucotrichum_mitchellae_VA195,
		15 Leucotrichum_mortonii_LI16026,
		16 Leucotrichum_organense_PL3630,
		17 Leucotrichum_organense_PL4232,
		18 Leucotrichum_organense_PL4302,
		19 Leucotrichum_pseudomitchellae_Rojas3005,
		20 Leucotrichum_schenckii_JP1664,
		21 Leucotrichum_schenkii_Salino4538;
	TREE con_50_majrule = ((1:0.051239,(5:0.021164,((6:0.002297,(7:0.002969,10:0.003333)1.00:0.002939)1.00:0.006286,((8:0.001429,9:0.00268)1.00:0.0072,(3:7.97E-4,(2:2.01E-4,4:3.98E-4)1.00:0.001397)1.00:0.008304)1.00:0.008148)0.98:0.002004)1.00:0.016578):0.011351,((19:0.010264,(12:0.001229,13:0.001205,14:2.01E-4)0.98:0.004201)1.00:0.016901,((17:0.003818,(16:7.72E-4,18:3.5E-4)1.00:0.003223)1.00:0.007134,(11:0.00859,(15:0.012935,(20:8.67E-4,21:0.004923)0.92:0.001858)0.74:0.001638)1.00:0.008151)1.00:0.007629)1.00:0.011351)[% ] [% ] [%  setBetweenBits = selected ];

END;


BEGIN SETS;
	CHARSET LEUCATPB  (CHARACTERS = Leucotrichum_6_cpDNA)  =   1 -  1391;
	CHARSET LEUCRPS4trnS  (CHARACTERS = Leucotrichum_6_cpDNA)  =   1392 -  1894;
	CHARSET LEUCATPBRBCL  (CHARACTERS = Leucotrichum_6_cpDNA)  =   1895 -  2809;
	CHARSET LEUCTRNGR  (CHARACTERS = Leucotrichum_6_cpDNA)  =   2809 -  3941;
	CHARSET LEUCTRNLF  (CHARACTERS = Leucotrichum_6_cpDNA)  =   3942 -  4227;
	CHARSET LeucrbcL  (CHARACTERS = Leucotrichum_6_cpDNA)  =   4228 -  5538;
	CHARSET Indels  (CHARACTERS = Leucotrichum_6_cp_Indels)  =   1 -  77;
END;

BEGIN MRBAYES;
	set autoclose = yes nowarn = yes;
	log start filename = sortie - mb6_sic.log replace;
	Outgroup Alansmia_senilis_MS1156;
	CHARSET LEUCATPB = 1 -1391;
	CHARSET LEUCRPS4trnS = 1392 -1894;
	CHARSET LEUCATPBRBCL = 1895 -2809;
	CHARSET LEUCTRNGR = 2809 -3941;
	CHARSET LEUCTRNLF = 3942 -4227;
	CHARSET LeucrbcL = 4228 -5538;
	CHARSET indels = 5539 -5615;
	Partition region = 7 : LEUCATPB , LEUCRPS4trnS , LEUCATPBRBCL , LEUCTRNGR , LEUCTRNLF , LeucrbcL , indels;
	Set	partition = region;
	Lset		Applyto = ( 1 )	nst = 6 rates = propinv;
	Prset	Applyto = ( 1 )	statefreqpr = dirichlet ( 1 , 1 , 1 , 1 );
	Lset	Applyto = ( 2 ) nst = 6 rates = equal;
	Prset	Applyto = ( 2 ) statefreqpr = dirichlet ( 1 , 1 , 1 , 1 );
	Lset		Applyto = ( 1 )	nst = 6 rates = propinv;
	Prset	Applyto = ( 1 )	statefreqpr = dirichlet ( 1 , 1 , 1 , 1 );
	Lset	Applyto = ( 5 )	nst = 6 rates = gamma;
	Prset		Applyto = ( 5 )	statefreqpr = dirichlet ( 1 , 1 , 1 , 1 );
	Lset	Applyto = ( 5 )	nst = 2 rates = propinv;
	Prset		Applyto = ( 5 )	statefreqpr = dirichlet ( 1 , 1 , 1 , 1 );
	Lset		Applyto = ( 6 )	nst = 6 rates = propinv;
	Prset		Applyto = ( 6 )	statefreqpr = dirichlet ( 1 , 1 , 1 , 1 );
	Lset		Applyto = ( 7 )	nst = 1 rates = gamma coding = variable;
	Prset	Applyto = ( 7 )	statefreqpr = fixed ( equal );
	unlink shape = ( all ) pinvar = ( all ) statefreq = ( all ) revmat = ( all );
	mcmc nrun = 2 nchains = 4 ngen = 10000000 printfreq = 1000 samplefreq = 100 savebrlens = yes filename = mb6_sic.out;
	Log stop;
END;