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Praticolella_berlandieriana_G4_ESU4 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Praticolella_berlandieriana_D1_ESU4 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Polygyra_septemvolva 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Praticolella_candida_candida_S3 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Daedalochila_hippocrepis 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Linisa_tamaulipasensis 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Praticolella_griseola_U1_ESU4 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Praticolella_griseola_griseola_M1 TCGCCTGTTTATCAAAAACATAGCTATAGGT--TCATGTCTATGGTGATTTCTGCTCAATGTG-TAAATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTATAATTTAAGTCTGGTATGAAGGAAATTTTGAGGGTTTACTGTCTCTGAGGGATTGGTTG-AATTTTTTTAGGAAGTGCAAAAACTTTTT-TATAAATATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAACAT--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAGGTAACATTT------AACTTGCCTTTGGGATA---GGAAGCATGG-TGTGCGGAATAACTAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTT-TTAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGATTAGGTAC-CTTTAAGTTTAG-AGAAT-AATT----TG-CTCTGTTC-AGCGAATTCTA-CCTACTTGATCTGGATTC--ACCGGA-------------?---------------------------------------------------------------------------------------------------?---------------------------------------------------------------------------------------------------?---------------------------------------------------------------------------------------------------?---------------------------------------------------------------------------------------------------?------------------------------------------------------------------------------- Praticolella_griseola_griseola_M2 ?---CTGTTTATCAAAAACATAACTATAGGT--TCGTGTCTATGGCGATTTCTGCTCAATGTG-AAAATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTATAATTTAAGTCTGGTATGAAGGAAGTTTTGGGGGTTTACTGTCTCTGAGGGATTGATTG-AATTTTTTTAGGAAGTGCAAAAACTTTTT-TATAAATATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAACAT--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAGGTAACATTT------AACTTGCCTTTTGGTGTAA--GAAGCATGG-TGTGCAGACTAACTAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTT-TTAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGATTAGGTAC-CATTAAGTTTAGAA-AATTGATT-GG-TG-CTCTGTTC-AGCAAATTCTA-CCTACATGATCTGGATTCAGACCGGAACAGCAGGTGTGCTTACCGATGAGCATTTTTATAATGTTATTGTAACCGCGCATGCGTTTGTCATAATTTTTTTCATGGTAATACCTATCATGATTGGAGGTTTTGGTAATTGGATAGTTCCTTTGCTAATTGGCGCTCCCGATATAAGTTTCCCCCGGATAAATAACATGAGTTTTTGATTACTACCTCCTGCTTTTTTGCTGTTAATTAGTAGTAGATTGGTAGAGGGGGGGGCTGGTACCGGCTGGACGGTTTATCCTCCGTTAAGTTCTTTGGTTGGTCATAGGGGTGCTTCGGTGGATTTGGCTATTTTTTCTTTGCATTTAGCGGGTGTGTCTTCTATCTTGGGAGCGATTAATTTCATTACGACAATTTTCAATATACGTGCGCCCGGAATAAGAATGGAGCGGGTCAGATTGTTTGTGTGGTCTATTTTAATTACCGTTTCT-CATTA------------------------------------- Praticolella_griseola_griseola_V3 ?----TGTTTATCAAAAACATAACTATAGTTT-CGT-GTCTATAGCGATTTCTG-TCCATGTG-TAAATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTATAATTTAAGTCTGGTATGAAGGAAGATTTGGGGGTTTACTGTCTCAGAGGGATTGGTTG-AATTTTTTAAGAAAGTGCAAAAACTTTTT-TATAAATATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAACAT--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAGGTAACATTT------AACTTGCCTTTGGGATA---GGAAGCATAG-TTTGTGGAACAACTAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTT-TTAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGATTAGGTAC-CTTTAAGTTTAGAAGAATTAATT-GGTTG-CTCTGTTCGAGCGGATTCTA-CCTACATGATCTGGATTCAGACCGGAACTGCTGGAGTACTTACGGACGAGCATTTTTATAATGTTATCGTAACCGCGCATGCGTTTGTTATAATTTTTTTCATGGTGATACCGATCATGATTGGGGGCTTTGGTAATTGAATGGTTCCCTTGTTAATTGGGGCTCCAGATATGAGTTTTCCTCGGATGAATAATATGAGTTTTTGGTTATTACCTCCTGCTTTTTTGTTATTAATTAGCAGAAGATTGGTAGAGGGGGGGGCTGGCACCGGTTGGACGGTTTATCCTCCGTTAAGTTCTTTGGTTGGCCATAGGGGCGCTTCGGTGGATTTGGCTATTTTTTCTTTGCATTTAGCGGGTATGTCTTCTATCTTGGGGGCGATTAATTTTATTACAACAATTTTCAATACACGTGCTCCCGGAATAAGAATGGAGCGGCTTAGATTGTTTGTGTGGTCCATTTTAATT---------------------------------------------------- Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_N1 ?---CTGTTTATCAAAAACATAACTACAGGT--TATTTTCTGTAGCGATTTCTGCTCAATGTT-AAAATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTGTAATTTAAGTCTTGTATGAAGGAAAATTTGGAAGTTAACTGTCTCAAGCGAAGATATTTAAATTTTTT-ATAAAGTGCAAAAACTTTAA-GATAAATATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAAAT---------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAGTTACAATT------AACTAACTAATATTAAT--TGGAAGCCTTA-TTGGCTGTATAATTAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTA-AAAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGTTT-TATTAAGTTTAGAAGATTTAAGT-TATAG-CTCTGTTCGAGCATTATTTA-CCTACCTGATCTGGATTCAGACCGGAACGGCGGGGGTGTTAACAGATGAGCATTTTTATAATGTAGTTGTTACAGCTCATGCTTTTGTGATAATTTTTTTTATAGTAATACCGATTATAATTGGGGGCTTTGGCAATTGGATGGTTCCACTATTAATTGGGGCCCCCGATATAAGTTTTCCTCGGATGAATAATATAAGTTTTTGATTACTACCTCCGGCATTTTTGTTATTAATTAGTAGCAGGTTAGTTGAAGGCGGGGCAGGGACCGGTTGGACGGTTTATCCTCCTTTAAGATCTTTGGTCGGACATAGGGGGGCCTCAGTTGATCTAGCTATTTTTTCACTACATTTAGCGGGGATATCATCAATCTTAGGGGCAATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATACGTTCCCCTGGGCTTAGATTAGAACGGTTAAGACTTTTTGTATGGTCTATTTTAATTACTGTATTTCTATTGTTACTTTCTTTACCTGTTTTAGCGGGTGCTATTACTA Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_N2 T-GACTGTTTATCAAAAACATAACTACAGGT--TATTTTCTGTAGCGATTTCTGCTCAA-GTT-AAAATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTGTAATTTAAGTCTTGTATGAAGGAAAATTTGGAAGTTAACTGTCTCAAGCGAAGATATTT-AAATTTTTTATAAAGTGCAAAAACTTTAA-GATAAATATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAAAT---------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAGTTACAATT------AACTAACTAATATTAAT--TGGAAGCCTTA-TTGGCTGTATAATTAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTA-AAAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGTTT-TATTAAGTTTAGAAGATTTAAGT-TATAG-CTCTGTTCGAGCATTATTTA-CCTAC-TGATCTGGATTCAGACCGGAACGGCGGGGGTGTTAACAGATGAGCATTTTTATAATGTAGTTGTTACAGCTCATGCTTTTGTGATAATTTTTTTTATAGTAATACCGATTATAATTGGGGGCTTTGGCAATTGGATGGTTCCACTATTAATTGGGGCCCCCGATATAAGTTTTCCTCGGATGAATAATATAAGTTTTTGATTACTACCTCCGGCATTTTTGTTATTAATTAGTAGCAGGTTAGTTGAAGGCGGGGCAGGGACCGGTTGGACAGTTTATCCTCCTTTAAGATCTTTGGTCGGACATAGGGGGGCCTCAGTTGATCTAGCTATTTTTTCACTACATTTAGCGGGGATATCATCAATCTTAGGGGCAATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATACGTTCCCCTGGGCTTAGATTAGAACGGTTAAGACTTTTTGTATGGTCTATTTTAATTACTGTATTTCTATTGTTACTTTCTTTACCTGTTTTAGCGGGTGCTATTACTA Praticolella_berlandieriana_M3_ESU3 ?CGCCTGTTTATCAAAAACATAACTATAGGT---GTTATCTATAGCGATTTCTGCTCAATGTG-AAAATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTATAATTTAAGTCTGGTATGAAGGAAAATTTGGGGGCTAGCTGTCTCTTTGGAAATTTTTG-AATTTTTTCATAAAGTGCAAAAACTTTAA-TTTAATTATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAATTTT-------------ATTTTGTTGGGGCGACAAGGTAACAGTTT-----AACTTACCTATAATATT---GGAAGCATTA-AG-GCAGTATAATAAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTA-ATAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGTAC-TTTTAAGTTTAGAAGAATTAAAT-AGTTG-CTCTGTTCGAGCGGATACTA-CCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG-ACTGCCGGTGTTCTTACTGATGAACATTTTTATAATGTTATTGTAACGGCCCATGCCTTTGTTATAATTTTTTTTATAGTAATGCCTATTATAATTGGCGGTTTTGGTAATTGAATAGTTCCATTACTTATTGGAGCCCCAGACATAAGTTTTCCACGAATAAATAATATAAGTTTTTGGTTGTTACCCCCTGCTTTTTTACTATTAATTAGTAGAAGATTAGTAGAGGGTGGTGCGGGGACAGGTTGAACTGTTTATCCTCCATTAAGTTCTTTGGTTGGTCATAGAGGGGCATCTGTTGATTTGGCTATTTTTTCTTTACATTTGGCTGGTATATCTTCTATTTTAGGGGCTATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATACGTGCTCCAGGAATAAGTATGGAACGAGTTAGATTATTTGTTTGATCCATTTTAATT---------------------------------------------------- Praticolella_candida_candida_S1 ?---CTGTTTATCAAAAACATAACTATAGGG---GATATCTATAGCGATTTCTGCTCAATGTG-AGAATAAATAGCCGCAGTACTCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTTTAATTTAAGTCTGGTATGAAGGAAGATTTGGGGGTTAACTGTCTCCTGGGGAAAGGTTG-AATTTTTTCAAAAAGTGCAAAGACTTTTT-CTTAATTATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAATGT--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAGGTAACAGCT------AACTTACCTATAGATTA---GGA-GTATTA-TTTACGGAGCAAAGAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTT-TTAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGGAC-CGTTAAGTTTAGAAGAATTAATT-GGTTG-CTCTGTTCGAGCAAATATTA-CCTACCTGATCTGGATTCAGACCGGaACGGCAGGAGTACTTACTGATGAGCATTTTTATAATGTTATTGTTACGGCTCACGCGTTTGTAATAaTTTTTTTTATAGTAATACCTATTATAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGATAGTTCCTTTGCTTATTGGTGCTCCGGATATAAGTTTCCCTCGGATGAATAACATAAGTTTTTGGTTGTTACCTCCGGCTTTTCTATTATTAATTAGAAGCAGATTGGTAGAGGGGGGGGCTGGAACTGGTTGGACTGTATATCCTCCTTTAAGTTCGTTGGTTGGTCATAGGGGAGCTTCGGTTGATTTGGCTATTTTTTCTCTGCATTTAGCGGGAATATCTTCAATTTTAGGGGCAATTAATTTTATTACAACTATTTTCAATATACGAGCGCCCGGTATAAGGATGGAGCGGGTTAGACTATTTGTTTGATCTATTTTAATTACTGTGTTTTTATTACTTCTATCTTTACCAGTTTTAGCAGGAGCGATTACAA Praticolella_trimatris_R2 ?----------------------------------ATGTCTATGGCGATTTCTGCTCAATGT--ATTATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTATAATTCAAGTCTGGTATGAAGGAAGTTTTGGGGGGTAACTGTCTCTTTGAGAATTTTTG-AAATTTTTAAAAAAGTGCAAAAACTTTTA-TATAATTATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAAGGT--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAGTAACAATTAT---TAACTTACTTTTATATTA-TTGGAAGTGTGC-TACACAGATTATATAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTATGAAATAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGTAG-CATTAAGTTTAGAAGATTTAAGC-GATGG-CTCTGTTCGAGCAATTTATA-CCTACCTGATCTGGATTCAGACCGG--------------?--------------------------------------ACGCATTTGTTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTATAATTGGAGGTTTTGGAAATTGAATGGTGCCTTTGTTAATTGGGGCACCGGATATAAGGTTTCCTCGAATAAATAATATGAGATTCTGGTTATTGCCTCCCGCCTTTTTATTATTAATTAGGAGTAGGTTAGTAGAGGGGGGGGCAGGTACCGGTTGAACTGTGTATCCCCCGTTAAGTTCTTTGGTTGGTCATAGGGGAGCTTCTGTGGATCTTGCAATTTTTTCATTACATTTAGCTGGTATATCTTCTATCTTGGGGGCTATTAATTTTATTACTACAATTTTCAACATACGTGCTCCTGGCTTAAGCATGGAGCGGGTTAGATTATTTGTTTGGTCAATCTTGATTACTGTATTTTTATTATTACTTTCTTTACCAGTTTTAGCTGGTGCAATTACAA Praticolella_pachyloma_K1_ESU1 ?---CTGTTTATCAAAAACATAGCTATAGGT-TAACTTTCTGTAGTGATTTCTGCTCCATGTT-AAAATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTATAATTTAAGTCTGGAATGAATGAAAATTTGGGGGGGGACTGTCTCGTCTGAATTATTTG-AATTTTTTTAAAAAGTGCAAAAACTTTTA-TGGAAATATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAAATT--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAGTAACAATT------AACTTACTTATATATATATTAGAAGTGTTT--ATACAGCATATATAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTC-AACAAGCTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGTAT-TCTTAGGTTTAGAAGATTTAAGT-TTTAAGCTCTGTTCGAGCG-ATATTA-CCTACCTGATCTGGATTCAGACCGG-ACCGCCGGGGTACTAACCGATGAACATTTTTATAATGTTATTGTGACGGCTCACGCTTTTGTGATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGTGGGTTTGGAAATTGGATAGTGCCTTTATTGATTGGGGCACCAGATATAAGTTTCCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGACTTTTGCCTCCTGCTTTTTTACTTTTGATTAGCAGTAGATTAGTGGAGGGTGGCGCTGGGACAGGTTGAACTGTTTATCCGCCTTTAAGTTCACTTGTTGGTCATAGTGGGGCTTCTGTTGATATGGCTATTTTTTCACTTCATTTGGCGGGTATATCTTCTATTTTAGGGGCTATTAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGGGCCCCAGGAATAAGAATAGAACGATTAAGACTTTTCGTGTGGTCAATCTTGATTACAGTTTTTTTATTATTATTATCTTTACCCGTTTTAGCTGGGGCCATCACA- Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_B1 ?---CTGTTTATCAAAAACATAACTACAGGT--TATTTTCTGTAGCGATTTCTGCTCAATGTT-AAAATAAATAGCCGCAGTACCCTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGGCTTGTAATTTAAGTCTTGTATGAAGGAAAATTTGGAAGTTAACTGTCTCAAGCGAAGATATTT-AAATTTTTTATAAAGTGCAAAAACTTTAA-GATAAATATTAGACGAGAAGACCCTAGAAATTTTTTAAAT---------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAGTTACAATT------AACTAACTGATATTAATT--GGAAGCCTTA-TTGGTTGTATAATTAAATTACTCTAGGGATAACAGCATAATTTA-AAAAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGTTT-TATTAAGTTTAGAAGATTTAAGT-TATAG-CTCTGTTCGAGCATTATTTA-CCTACCTGATCTGGATTCAGACCGG---GGCTGGGGTGTTAACAGATGAGCATTTTTATAATGTAGTTGTTACAGCTCATGCCTTTGTGATAATTTTTTTTATAGTgATACCGATTATAATTGGGGGCTTTGGCAATTGGATGGTTCCATTATTAATTGGGGCTCCCGATATAAGTTTTCCTCGGATGAATAATATAAGTTTTTGATTATTACCTCCGGCATTTTTGTTATTAATTAGTAGAAGGTTAGTTGAAGGTGGGGCAGGAACCGGTTGGACGGTTTATCCTCCTTTAAGATCTTTGGTCGGACATAGGGGGGCCTCAGTTGATCTAGCTATTTTTTCACTACATTTAGCGGGGATGTCATCAATCTTAGGGGCAATTAATTTTATTACAACTATTTTTAACATACGTTCCCCTGGGCTTAGATTAGAACGGTTAAGACTTTTTGTATGATCTATTTTAATTACTGTATTTCTATTGTTACTTTCTTTACCTGTTTTAGCGGGTGCTATTACTA ; END; BEGIN TREES; Title 85_tax_all_indiv_combined; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Triodopsis_vannostrandi, 2 Praticolella_trimatris_R1, 3 Praticolella_sp., 4 Praticolella_berlandieriana_H_ESU4, 5 'Praticolella "pachyloma" taeniata S1', 6 'Praticolella "pachyloma" taeniata S2', 7 Praticolella_griseola_Berlandieriana_J1, 8 Praticolella_griseola_Berlandieriana_J2, 9 Praticolella_berlandieriana_L_ESU4, 10 Praticolella_griseola_Griseola_R1, 11 Praticolella_berlandieriana_M1_ESU3, 12 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R1, 13 'Praticolella "taeniata" griseola C1', 14 'Praticolella "taeniata" griseola C2', 15 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R2, 16 Praticolella_pachyloma_Sp._C1, 17 Praticolella_pachyloma_Sp._R, 18 Praticolella_pachyloma_pachyloma_R3, 19 'Praticolella "taeniata" griseola C3', 20 Praticolella_flavescens_Flavescens_O1, 21 Praticolella_flavescens_Flavescens_O2, 22 Praticolella_pachyloma_Taeniata_W1, 23 Praticolella_pachyloma_Sp._C2, 24 Praticolella_jejuna_S1, 25 Praticolella_jejuna_S3, 26 Praticolella_jejuna_S4, 27 Praticolella_berlandieriana_V1_ESU2, 28 Praticolella_berlandieriana_V2_ESU2, 29 Praticolella_berlandieriana_V3_ESU2, 30 Praticolella_berlandieriana_Y_ESU4, 31 Praticolella_berlandieriana_R_ESU4, 32 Praticolella_berlandieriana_G5_ESU4, 33 Praticolella_berlandieriana_G2_ESU4, 34 Praticolella_pachyloma_taeniata_S2, 35 Praticolella_pachyloma_taeniata_S1, 36 Praticolella_berlandieriana_G4_ESU4, 37 Praticolella_berlandieriana_D1_ESU4, 38 Polygyra_septemvolva, 39 Praticolella_griseola_H2_ESU6, 40 Praticolella_sp._J, 41 Praticolella_sp._X, 42 Praticolella_sp._I, 43 Praticolella_berlandieriana_G3_ESU4, 44 Praticolella_berlandieriana_G1_ESU4, 45 Praticolella_pachyloma_Taeniata_W2, 46 Praticolella_sp._T_ESU5, 47 Praticolella_berlandieriana_M2_ESU3, 48 Praticolella_candida_candida_S3, 49 Millerelix_mooreana, 50 Daedalochila_hippocrepis, 51 Polygyra_cereolus, 52 Linisa_tamaulipasensis, 53 Praticolella_berlandieriana_D2_ESU4, 54 Praticolella_berlandieriana_D3_ESU4, 55 Praticolella_berlandieriana_D4_ESU4, 56 Praticolella_griseola_U1_ESU4, 57 Praticolella_griseola_U2_ESU4, 58 Praticolella_griseola_U3_ESU4, 59 Praticolella_griseola_K_ESU4, 60 Praticolella_griseola_L_ESU4, 61 Lobosculum_pustula, 62 Praticolella_griseola_H1_ESU6, 63 Praticolella_griseola_H3_ESU6, 64 Praticolella_martensiana, 65 Praticolella_candida_candida_S2, 66 Praticolella_griseola_R2_ESU4, 67 Praticolella_griseola_griseola_T, 68 Praticolella_griseola_griseola_V1, 69 Praticolella_flavescens_flavescens_P1, 70 Praticolella_flavescens_flavescens_P2, 71 Praticolella_griseola_griseola_P, 72 Praticolella_berlandieriana_A_ESU4, 73 Praticolella_flavescens_flavescens_P3, 74 Praticolella_pachyloma_candida_T_unbanded, 75 Praticolella_pachyloma_candida_T_banded, 76 Praticolella_griseola_griseola_M1, 77 Praticolella_griseola_griseola_M2, 78 Praticolella_griseola_griseola_V3, 79 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_N1, 80 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_N2, 81 Praticolella_berlandieriana_M3_ESU3, 82 Praticolella_candida_candida_S1, 83 Praticolella_trimatris_R2, 84 Praticolella_pachyloma_K1_ESU1, 85 Praticolella_berlandieriana_berlandieriana_B1; TREE best = (((1:0.37686948,((49:0.25883423,50:0.58141225):0.03753776,(61:0.56011956,(25:1.0E-8,(24:1.0E-8,26:1.0E-8):1.0E-8):0.27411265):0.04686397):0.05669634):0.02509544,((38:0.01272904,51:0.05745921):0.24771044,(52:0.21883471,(64:0.03808469,(41:0.00129785,(40:0.00415078,42:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):0.18567949):0.10193648):0.1071164):0.076795595,(((39:1.0E-8,62:0.01343244):0.15940178,(14:0.0025211,(13:0.00409698,19:0.0039485):0.00271464):0.12501596):0.02843921,((84:0.17107869,((79:1.0E-8,(80:0.00112386,85:0.01686838):0.0011925):0.18462688,(6:0.01791342,((18:0.00114094,(17:0.00312306,(3:1.0E-8,(12:1.0E-8,15:1.0E-8):0.0039288):0.00241623):7.1936E-4):0.01322298,((5:0.02630154,(34:0.00239646,35:0.00936432):0.00236253):0.00722497,((74:0.00456248,75:0.00577999):0.00430526,(23:0.00402994,(22:0.00624676,(16:1.0E-8,45:1.0E-8):0.00524464):0.00254105):0.00228417):0.00953943):0.00214944):0.01434424):0.07265183):0.06474956):0.02748224,(46:0.27444665,((2:0.00300242,83:7.3919E-4):0.15267192,((73:0.1136338,(20:0.11901931,(21:0.14567998,(69:0.00875717,70:0.01297125):0.10595226):0.01790049):0.01424555):0.08730604,(((65:1.0E-8,(48:0.01067619,82:1.0E-8):1.0E-8):0.10375807,(((10:1.0E-8,67:0.01546105):0.02646617,(63:0.08831239,71:0.02464861):1.0E-8):0.04047575,((68:0.01160513,78:0.01839888):0.03084633,((7:1.0E-8,8:1.0E-8):0.06079127,(76:0.01800479,77:0.04200257):0.00653248):0.00916633):0.00459603):0.10703758):0.04593348,(((11:0.0016775,(47:0.00123643,81:0.00803558):0.00461674):0.03554938,(29:1.0E-8,(27:0.00119715,28:0.00238504):1.0E-8):0.04233076):0.03252148,(55:0.06970051,(56:1.0E-8,((58:0.00116921,(44:0.00118721,(4:0.00117089,9:1.0E-8):0.00117146):0.00115803):0.00127802,(57:1.0E-8,((33:0.00360679,66:0.00324517):1.0E-8,((60:1.0E-8,(43:1.0E-8,53:1.0E-8):0.00148888):1.0E-8,((31:1.0E-8,(30:0.00117609,54:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8,(59:0.00591379,(32:1.0E-8,(72:0.00445601,(36:0.00716555,37:0.00978755):0.00321045):6.3969E-4):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):0.00352215):0.00456402):1.0E-8):1.0E-8):0.04243034):0.02484604):0.06377916):0.00349727):0.03305489):0.019387):0.02172751):0.00696074):0.076795595); 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outgroup outgroup / only; set maxtrees = 5000 increase = auto autoclose = no torder = right tcompress = yes taxlabels = full storebrlens = yes storetreewts = yes outroot = paraphyl; END; BEGIN LABELS; TAXAGROUPLABEL griseola COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ; CHARGROUPLABEL 16s COLOR = (RGB 0.73333333 0.73333333 0.73333333) ; CHARGROUPLABEL co1 COLOR = (RGB 0.73333333 0.73333333 0.73333333) ; END; BEGIN SETS; CHARSET 16s = 1 - 487; CHARSET c01 = 488 - 980; CHARSET 1ST = 491 494 497 500 503 506 509 512 515 518 521 524 527 530 533 536 539 542 545 548 551 554 557 560 563 566 569 572 575 578 581 584 587 590 593 596 599 602 605 608 611 614 617 620 623 626 629 632 635 638 641 644 647 650 653 656 659 662 665 668 671 674 677 680 683 686 689 692 695 698 701 704 707 710 713 716 719 722 725 728 731 734 737 740 743 746 749 752 755 758 761 764 767 770 773 776 779 782 785 788 791 794 797 800 803 806 809 812 815 818 821 824 827 830 833 836 839 842 845 848 851 854 857 860 863 866 869 872 875 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619 622 625 628 631 634 637 640 643 646 649 652 655 658 661 664 667 670 673 676 679 682 685 688 691 694 697 700 703 706 709 712 715 718 721 724 727 730 733 736 739 742 745 748 751 754 757 760 763 766 769 772 775 778 781 784 787 790 793 796 799 802 805 808 811 814 817 820 823 826 829 832 835 838 841 844 847 850 853 856 859 862 865 868 871 874 877 880 883 886 889 892 895 898 901 904 907 910 913 916 919 922 925 928 931 934 937 940 943 946 949 952 955 958 961 964 967 970 973 976 979; TAXSET outgroup = 1 24 - 26 38 40 - 42 49 - 52 61 64; CHARPARTITION GENE_REGIONS = 16s : 1 - 487, co1 : 488 - 980; END;