#NEXUS [written Wed Dec 28 23:45:34 EST 2011 by Mesquite version 2.75 (build 566) at ComPhy.local/10.0.1.9] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Ficus_boninsimae_F._nishimurae_F._iidaiana Ficus_pedunculosa_var._mearnsii Ficus_pedunculosa_var._pedunculosa Ficus_variegata Ficus_stenophylla_Hap1 Ficus_stenophylla_Hap2 Ficus_tannoensis Ficus_erecta_Hap1 Ficus_erecta_Hap2 Ficus_erecta_Hap3 Ficus_erecta_Hap4 Ficus_erecta_Hap5 Ficus_erecta_Hap6 Ficus_erecta_Hap7 Ficus_erecta_Hap8 Ficus_septica_Hap1 Ficus_virgata Ficus_microcarpa Ficus_septica_Hap2 Ficus_septica_Hap3 Ficus_ampelas Ficus_pumila Ficus_nipponica Ficus_ischnopoda Ficus_formosana_Hap1 Ficus_formosana_Hap2 Ficus_formosana_Hap3 Ficus_vaccinioides Ficus_superba Ficus_yoponensis Ficus_insipida_Hap1 Ficus_insipida_Hap2 Ficus_benguetensis_Hap1 Ficus_benguetensis_Hap2 Ficus_ampelas_Hap2 Ficus_irisana ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE g3pdh_gene; DIMENSIONS NCHAR=675; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX 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TACCGTGCACTCCATTACTGGTAAAGATCTGAGCAAATGTTCTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTACTATATGAACTGATGAGCTTTCTCTTGTTTTGGTAATTTATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCCAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCAGCCAAGGTAATATCTTGGCTAATTGAAAATGTATTCTGGTTGGGTTCGTGAATATGATTCGCTAACACACTTCTCTTTTTCACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGACGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGTTAGGCTTCAGAAGCCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCAGGCCATCAAGTGAGCTTTGATTTGTCTTCTATGTATCTCAAAGCACACATGTTTCTTGGTTTAACTTTCTATTATTACTTTTGTCCAACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACTGACTTCGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATTCCATGTCTGATCTACTT Ficus_formosana_Hap3 TACCGTGCACTCCATTACTGGTAAAGATCTGAGCAAATGTTCTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTACTATATGAACTGATGAGCTTTCTCTTGTTTTGGTAATTTATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCCAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCAGCCAAGGTAATATCTTGGCTAATTGAAAATGTATTCTGGTTGGGTTCGTGAATATGATTAGCTAACACACTTCTCTTTTTCACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGACGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGTTAGGCTTCAGAAGCCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCAGGCCATCAAGTGAGCTTTGATTTGTCTTCTATGTATCTCAAAGCACACATGTTTCTTGGTTTAACTTTCTATTATTACTTTTGTCCAACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACTGACTTCGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATTCCATGTCTGCTCTACTT Ficus_vaccinioides TACCGTGCACTCCATTACTGGTAAAGATCTGAGCAAATGTTCTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAATATATGAACTGATGAGCTTTCTCGTGTTTTGGTAATTTATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCGAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTTAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCAGCCAAGGTAATATCTTGGCTAATTGAAAATGTATTCTGGTTGGGTTCGTGAATATGATTCGCTAACACACTTCTCTTTTTCACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGACGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGTTAGGCTTCAGAAGCCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCAGGCCATCAAGTGAGCTTTGATTTATCTTCTATGTATCTCAAAGCACACATGTCTCTTGGTTTAACTTTCTATTATTACTTTTGTCCAACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACTGACTTCGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATTCCATGTCTGCTCTACTT Ficus_superba TACCGTGCACTCCATTACTGGTAAAGATCTGAGCAAATGTTGTTAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAATATATGAACTGATGAGCTTTCTCTTGTTTTGGTAATTTATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCGAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCATCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACTGGAGCAGCCAAGGTAATATCTTGGCTCACTGAAAATGTATTCTGGTTGGGTTCGTGAAAATGATTCGCTAACACAATTCTCTTTTTCACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCATTCCGTGTTCCTACAGTGGACGTCTCAGTTGTTGATCTCACTGTCAGGCTTCAGAAGTCTGCAAGCTATGATGAGATTAAGCAGGCCATCAAGTGAGCATTGATTTGTCTTCTATGTATCTCAAAGCACACATGTTTCTTGGTATAACTTTCTATTATTACTTTTGTTTAACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACCGAAGATGATGTTGTGTCTACCGACTTCGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTGTAGGTGTCAAATGTGAGCTTGTCTAATTCCATGTCTGCTCTACTC Ficus_yoponensis TACTGTGCACTCCATTACTGGTAAGGATCTGAGCAAATGTTGTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAATATATGAACTGATGAGCTTTCTCTTGTTTTGGTAATATATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCAAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCAAGGTAATAGCTTGGCTAATTGAAAACGCATTCTGGTTGGGTTTGTGAATATGATTCGCCAACACGCTTCTCATTTTTACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGACGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGTCAGGCTTCAGAAGCCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCATGCCATCAAGTGAGCATTAATTTGTCTTCTATGTATCTTAAAGCACACATGTTTCTTGGTTCAACTCTCTATTATTACTTTTGTTTAACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACCGACTTTGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATTCCATGTCTGCTCTGCTT Ficus_insipida_Hap1 TACTGTGCACTCCATTACTGGTAAGGATCTGAGCAAATGTTGTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAATATATGAACTGATGAGCTTTCTCTTGTTTTGGTAATATATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCAAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCAAGGTAATAGCTTGGCTTATTGAAAACGCATTCTGGTTGGGTTTGTGAATATGATTCGCCAACACGCTTCTCATTTTTACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGACGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGTCAGGCTTCAGAAGCCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCATGCCATCAAGTGAGCATTAATTTGTCTTCTATGTATCTTAAAGCACACATGTTTCTTGGTTCAACTCTGTATTATTACTTTTGTTTAACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACCGACTTTGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTGTAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATACCATGTCTGCTCTGCTT Ficus_insipida_Hap2 TACTGTGCACTCCATTACTGGTAAGGATCTGAGCAAATGTTGTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAATATATGAACTGATGAGCTTTCTCTTGTTTTGGTAATATATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCAAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCAAGGTAATAGCTTGGCTTATTGAAAACGCATTCTGGTTGGGTTTGTGAATATGATTCGCCAACACGCTTCTCATTTTTACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGACGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGTCAGGCTTCAGAAGCCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCATGCCATCAAGTGAGCATTAATTTGTCTTCTATGTATCTTAAAGCACACATGTTTCTTGGTTCAACTCTCTATTATTACTTTTGTTTAACAGGGAGGAGTCCGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTCTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACCGACTTTGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATTCCATGTCTGCTCTGCTT Ficus_benguetensis_Hap1 TACCGTGCACTCCATTACTGGTAAAGATCTGAGCAAATGTTCTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAATATATGAACTGATGAGCTTTCTCTTGTTTTGGTTATTTATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCGAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCAGCCAAGGTAATATCTTGGCTAATTGAAAATGTATTCTGGTTGGGTTCGTGAATATGATTCGCTAACAAACTTCTCTTTTTCACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGATGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGTCAGGCTTCAGAAGGCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCAGGCCATCAAGTGAGCATTGATTTGTCTTCTATTTATCTCAAAGCACACATGTTTCTTGGTTTAACTTTCTATTATTACTTTTGTTTGACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACCGACTTCGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATACCATGTCTGCTCTACTT Ficus_benguetensis_Hap2 TACCGTGCACTCCATTACTGGTAAAGATCTGAGCAAATGTTCTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAATATATGAACTGATGAGCTTTCTCTTGTTTTGGTTATTTATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCGAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACTGGAGCAGCCAAGGTAATATCTTGGCTAATTGAAAATGTATTCTGGTTGGGTTCGTGAATATGATTCGCTAACAAACTTCTCTTTTTCACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAACGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGATGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGTCAGGCTTCAGAAGGCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCAGGCCATCAAGTGAGCATTGATTTGTCTTCTATTTATCTCAAAGCACACATGTTTCTTGGTTTAACTTTCTATTATTACTTTTGTTTGACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACCGACTTCGTTGGTGACAGCAGGTAAGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATACCATGTCTGCTCTACTT Ficus_ampelas_Hap2 TACCGTGCACTCCATTACTGGTAAAGATCTGAGCAAATGTTGTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAAGATATGAACTGATGAGCTTTATCTTGTTTTGGTAATTTATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCGAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCAGCCAAGGTAATATCTTGGCAAATTGAAAATGTATTCTGGTTGGGTTCGTGAATATGATTCACTAACACACTTCTCTTTTTCACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAATGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGACGTCTCCGTTGTTGACCTCACTGTCAGGCTTCAGAAGGCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCAGGCCATCAAGTGAGCATTGATTTGTCTTCTATGAATCTCAAAGCACACATGTTTCTTGGTTTAACTTTCTATTATTACTTTTGTTTGACAGGGAGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACCGACTTCGTTGGTGACAGCAGGTACGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATTCCATGTCTGCTCTACTT Ficus_irisana TACCGTGCACTCCATTACTGGTAAAGATCTGAGCAAATGTTGTCAGAAAGCCGCTTTGTTAGACTTTAAGATATGAACTGATGAGCTTTATCTTGTTTTGGTAATTTATAGCAACCCAGAAAACTGTTGATGGTCCATCATCGAAGGACTGGAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCAGCCAAGGTAATATCTTGGCAAATTGAAAATGTATTCTGGTTGGGTTCGGGAATATGATTCACTAACACACTTCTCTTTTTCACAGGCTGTCGGAAAGGTTCTGCCATCTCTTAATGGGAAACTGACTGGAATGTCCTTCCGTGTTCCTACAGTGGATGTCTCCGTTGTTGACCTCACTGTCAGGCTTCAGAAGGCTGCAACCTATGATGAGATTAAGCAGGCCATCAAGTGAGCATTGATTTGTCTTCTATGAATCTCAAAGCACACATGTTTCTTGGTTTAACTTTCTATTATTACTTTTGTTTGACAGGGTGGAGTCTGAGGGCAAGCTGAAGGGTATTTTGGGTTACACTGAAGATGATGTTGTGTCTACCGACTTCGTTGGTGACAGCAGGTACGTTTGTAATTTGAAAATTCTGTGTTCTTATAGGTGTCAAGTGAGAGCTTGTCTAATTCCATGTCTGCTCTACTT ; END; BEGIN TREES; Title g3pdh_result; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Ficus_boninsimae_F._nishimurae_F._iidaiana, 2 Ficus_pedunculosa_var._mearnsii, 3 Ficus_pedunculosa_var._pedunculosa, 4 Ficus_variegata, 5 Ficus_stenophylla_Hap1, 6 Ficus_stenophylla_Hap2, 7 Ficus_tannoensis, 8 Ficus_erecta_Hap1, 9 Ficus_erecta_Hap2, 10 Ficus_erecta_Hap3, 11 Ficus_erecta_Hap4, 12 Ficus_erecta_Hap5, 13 Ficus_erecta_Hap6, 14 Ficus_erecta_Hap7, 15 Ficus_erecta_Hap8, 16 Ficus_septica_Hap1, 17 Ficus_virgata, 18 Ficus_microcarpa, 19 Ficus_septica_Hap2, 20 Ficus_septica_Hap3, 21 Ficus_ampelas, 22 Ficus_pumila, 23 Ficus_nipponica, 24 Ficus_ischnopoda, 25 Ficus_formosana_Hap1, 26 Ficus_formosana_Hap2, 27 Ficus_formosana_Hap3, 28 Ficus_vaccinioides, 29 Ficus_superba, 30 Ficus_yoponensis, 31 Ficus_insipida_Hap1, 32 Ficus_insipida_Hap2, 33 Ficus_benguetensis_Hap1, 34 Ficus_benguetensis_Hap2, 35 Ficus_ampelas_Hap2, 36 Ficus_irisana; TREE Fig._3A = (((((1:0.007394904647216934,((2:1.2228517176568476E-6,3:0.001467513656461951):0.007404012759606005,(5:0.002949106996898144,6:0.0014720739477760252):0.0014633669067012772):1.2228517176568476E-6):0.0029391611725131314,((4:0.008999937358051262,((33:1.2228517176568476E-6,34:0.001470062428709784):0.001474797152096502,((16:0.0014825585392326535,19:1.2228517176568476E-6):0.005954008208871139,20:0.001476729372165659):1.2228517176568476E-6):0.0059936807455308605):0.0029360357224694975,(((36:0.002958549652382049,21:1.2228517176568476E-6):0.0014697458167887804,35:1.2228517176568476E-6):0.0028924155053740574,17:0.005997946617165507):0.01059523043807744):1.2228517176499087E-6):0.0014641038507301335,((29:0.01694351077807422,18:0.009009241635537322):0.009060032593536025,(23:0.001474470370931024,22:0.0014679199652908523):0.003605433821363052):0.0037711397634197924):1.2228517176637865E-6,((24:0.0029248019640889453,((((14:1.2228517176499087E-6,(13:0.0014544134228797953,(27:0.0014521380513890167,(25:1.2228517176568476E-6,26:0.0014510575328122444):1.2228517176568476E-6):0.0014519705496833582):1.2228517176499087E-6):1.2228517176637865E-6,12:0.0014610232388362204):1.2228517176499087E-6,15:0.002918815243341491):0.00291746940712663,(7:0.004427833014729092,28:0.0043980011821804915):0.0029303417062759296):1.2228517176568476E-6):0.001472337544285461,(8:1.2228517176568476E-6,((10:0.0014679122361946281,9:1.2228517176568476E-6):1.2228517176568476E-6,11:0.0029402131427918726):0.0014633004519115506):0.0029373544627924325):0.005906007026172805):0.015345230087877318,(30:1.2228517176568476E-6,(31:0.004459993547251302,32:0.002926425028354329):0.0014719263782037653):0.015345230087877318); END;