#NEXUS [written Wed Jan 12 14:33:40 CST 2011 by Mesquite version 2.73 (build 544) at ia-smurphy-2.fm.pri/10.10.34.196] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=69; TAXLABELS 'Pedetes_capensis' 'Ctenodactylus_vali' 'Hystrix_brachyurus' 'Bathyergus_suillus' 'Cryptomys_hottentotus' 'Georychus_capensis' 'Heliophobius_argenteocinereus' 'Heterocephalus_glaber' 'Petromus_typicus' 'Thryonomys_swinderianus' 'Cavia_aperea' 'Cavia_porcellus' 'Cavia_tschudii' 'Dolichotis_patagonum' 'Galea_musteloides' 'Hydrochoerus_hydrochaeris' 'Kerodon_rupestris' 'Microcavia_australis' 'Cuniculus_paca' 'Cuniculus_taczanowskii' 'Dasyprocta_leporina' 'Myoprocta_acouchy' 'Dinomys_branickii' 'Chinchilla_lanigera' 'Coendou_bicolor' 'Erethizon_dorsatum' 'Sphiggurus_melanurus' 'Abrocoma_cinerea' 'Capromys_pilorides' 'Ctenomys_boliviensis' 'Ctenomys_haigi' 'Ctenomys_steinbachi' 'Clyomys_laticeps' 'Dactylomys_boliviensis' 'Dactylomys_dactylinus' 'Echimys_chrysurus' 'Euryzygomatomys_spinosus' 'Hoplomys_gymnurus' 'Isothrix_bistriata' 'Kannabateomys_amblyonyx' 'Lonchothrix_emiliae' 'Makalata_didelphoides' 'Makalata_macrura' 'Mesomys_hispidus' 'Mesomys_occultus' 'Phyllomys_blainvillii' 'Phyllomys_braziliensis' 'Proechimys_longicaudatus' 'Proechimys_quadruplicatus' 'Proechimys_simonsi' 'Thrichomys_apereoides' 'Trinomys_dimidiatus' 'Trinomys_eliasi' 'Trinomys_iheringi' 'Trinomys_paratus' 'Trinomys_setosus' 'Trinomys_yonenagae' 'Myocastor_coypus' 'Aconaemys_fuscus' 'Aconaemys_porteri' 'Aconaemys_sagei' 'Octodon_bridgesi' 'Octodon_degus' 'Octodon_lunatus' 'Octodontomys_gliroides' 'Octomys_mimax' 'Pipanacoctomys_aureus' 'Spalacopus_cyanus' 'Tympanoctomys_barrerae' ; 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'Trinomys_yonenagae' MAA-AGGTTTGGTCCTGGCTTTTTTATTAATTGTTAGTAAAATTATACATGCAAGTATCATCTAGTGAGAATGCCCTCTAATTCAAAGGAGCGGGTATCAAGCACAC------GTAG-CTCAC-AACACCTCGCTTAGCCACACCCCCACGGGA-CACAGCAGTAATTAAAATTAAGCAATAAACGAAAGTTTG-ACTAAGTTATACT-AGGGTTGGTAAATCTCGTGCCAGCCACC--GCGGTCATACGATTAACCCTAATTAATAAA----GGCGTTAAGAGTGT--TAAATAAGATTAAACTC-----------TGTCCAAGTTGTAAAAAACAAA-AGATA---------------CGAAAGTAATCTTATACACCAAAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATG-CTTAGCCGTAAACATAGGAATA-----ACAAAAATTTTCGCCAGAGAACTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCACCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCACTTCTTGCTAAT-TCAGTCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCCAATAGGGATT-AAAAGTAAGCACAATTATATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCTAATGAAGTGGAAAG-AGATGGGCTACATTTTCT-------------------AGTAATCTCTATGAAAC--AAGATT-TAAGG-A-GGATTTAGTAGTAAAT-TAAGAATAGAGAGCTTAATTGAATT--AGGCCATAAAGCAC-GCACACAC-CGCCCGTCACC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 'Myocastor_coypus' ???????????????TGGCATTTTTATTAATTATTAGCAGAATTATACATGCAAGAGTCATCATGTGAG-ATGCCCATCAAATCAAAGGAGCTGGTATCAAGCACAC------GTAG-CTCAC-AACACCTTGCTTAGCCACACCCCCACGGGA-TACAGCAGTAATCAAAATTAAGCTATAAACGAAAGTTCG-ACTAAGTCATGCT-AGGGTTGGTAAATCTCGTGCCAGCCACC--GCGGTCATACGATTAACCCTGATTAATAAA----GGCGTAAAGAGTAT--TAAATAAGATTAAATTT-----------CATCTGGGTCGTAAAAAACTAT-AGATA---------------CGAAGGTAATCTTATATACTAAAGCTAAGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATG-CTTAGTTGTAAACACAGAAACA-----ACAAAAATATCCGCCAGAGAAGTACTAGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAACCCATCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCACTTCTCGCTAAT-TCAGTCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCCAACAGGGATT-AAAAGTAAGCACAACGATATAA-AACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCAAAGAAGTGGAAAG-AAATGGGCTACATTTTCT-------------------AGTAATCCTTATGAAAC--AGGATT-TAAGG-A-GGATTTAGTAGTAAAT-TAAGAATAGAGAGCTTAATTGAATA--AGGCCATAAAGCAC-GCACACAC-CGCCCGTCACCCTCCTCAAATAT--------------------------AGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCATACTGGAAAGTGTGCTTGGAATAA? 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