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Carabus_riffensis_KETA569 GGAACTTCTTTAAGAATATTAATTCGAGCAGAATTAGGAAATCCAGGATCTTTAATTGGAGACGATCAAATTTATAATGTTATTGTTACAGCTCATGCTTTCGTTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGGGGTTTCGGAAATTGGTTAGTACCTTTAATACTAGGAGCCCCAGATATAGCCTTTCCCCGAATAAATAACATAAGATTTTGATTGCTTCCCCCCTCTCTCACTCTCCTCCTAATAAGTAGAATAGTAGAAAAAGGAGCAGGAACTGGGTGAACAGTTTACCCACCACTATCATCTGGAATTGCCCATAGAGGGGCTTCAGTAGACCTAGCTATTTTTAGATTACATTTGGCAGGAATTTCTTCTATTTTAGGAGCTGTAAATTTTATTACCACAATTATTAATATACGATCAGTGGGAATAACTTTTGACCGAATACCATTATTTGTGTGATCAGTAGGAATCACCGCATTATTACTTTTACTCTCTCTACCAGTATTGGCTGGAGCTATTACTATACTTTTAACCGATCGGAATCTAAATACTTCATTTTTTGAT Carabus_rugosus_KSAR65807 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Carabus_melancholicus_TIDI39104 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Carabus_monilis_SAOU1538 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Carabus_famini_EURY1625 GCGCTGA-GCGTCGTGCTTATACTCTGCCGTCGGGACAGTAGTGATATCTTTACTACTCTACGGAGTGTAAAATATCGTCAGGTCTCGACGAGTAGGTGGGCCGCGGCGGTGAGCGCAGAAGGACTGGGCGTGGGCCCGTCTGGAGCCGCCGTCGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATACTCCAGCGAGGCCCTGGAGGACTGACGTGGAGAAGGGTTTCGTGTGAACAGCCGTTGCACACGAGTCAGTCGATCCTAAGCCCTAGGAGAAATCCGATGTTAATGCAGTTGTGTCTTTATT-AT-ATGA-TGAC-ATT-A-GTGTTGTG-AG--TTTAAAACA-G-TTGACGTTA-CATACTT--TGATACAGATATA----TTAATGATGG-------CTGT-TCTATT------A-ACACTCGCTAA--TACTTTG---AA-CGTTCATACATATATAAAGTGTAGTAAACTATTT------CTGCTGTTGTGTGTTTTACACAAGAGTTAGTTG-TAGACTCTCACTTTTTGTG--TGTTGTTCGA-------AGTC--AG--------TG--TGTTTTATATGA---TAGTTCGATAC---ACATTTTATATTATTATTATTATG---ATGTAG-AAAAGTGTC-TTCT---GTCTCGATCCACTGATA--------AAATCGT-TGTTAGAGAA--ATATCACACTCATTGGGCGAAAGGGAATCCGGTTCCTATTCCGGAACCCGGCAGCGGAACCGTTTACAAGTCGGGCCCTCGTAAGAGAGTTCGTCGGGGCAACCCAACAGGACCTGGAGACGCCGTCGGGAGATCCGGGAAGAGTTTTCTTTTCTGTATGAGCGTTCGAGTTCCCTGGAATCCTCTAGCAGGGAGATAGGGTTTGGAACGCGAAGAGCACCGCAGTTGCGGCGGTGTCTGGATCGTCCCCTCGGACCTTGAAAATCCAGGAGAGGGCCACGTGGAGGTGTCGCGCCGGTTCG-ACCCATATCCGCAGCAG--TTCCA???? 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Carabus_famini_MORR54807, 11 Carabus_irregularis_ROMA94006, 12 Carabus_lusitanicus_VESC5, 13 Carabus_macrocephalus_FORO157, 14 Carabus_melancholicus_EALM42207, 15 Carabus_melancholicus_ROBU37, 16 Carabus_melancholicus_TIDI39104, 17 Carabus_monilis_SAOU1538, 18 Carabus_morbillosus_MAZA5908, 19 Carabus_morbillosus_TUNA1622, 20 Carabus_morbillosus_TUNB1623, 21 Carabus_morbillosus_TUNC1624, 22 Carabus_nemoralis_RONC1549, 23 Carabus_riffensis_KETA569, 24 Carabus_rugosus_KSAR65807, 25 Carabus_rugosus_SMAR43907, 26 Carabus_rutilans_SENY1548, 27 Carabus_violaceus_POPO83000; TREE Ingroup_D67_Q_INSI_200_ULN = (((5:10.330220426291998,(4:0.32161440977779776,3:0.32161440977779776):10.008606016513998):3.2898809144781005,11:13.620101340770098):8.7178934659517,(((23:10.31006149019105,(8:1.8506855239184716,(12:0.897561268565898,13:0.897561268565898):0.9531242553525985):8.459375966272148):4.602415112352951,((9:3.907694986936292,10:3.907694986936292):5.527616647280109,1:9.435311634216696):5.477164968327102):2.915902742274099,(((17:1.7609131847285013,27:1.7609131847285013):7.102705637882,6:8.863618822610729):5.750443800394697,((22:8.606762239558204,((24:1.0965505336961971,25:1.0965505336961971):6.707759007812504,(((18:0.3121110163516061,(21:0.10253674429559911,20:0.10253674429559911):0.20957427205600698):0.7678790681180008,19:1.0799900844696033):4.421123621695632,(26:2.094426010634601,2:2.094426010634601):3.4066876955306347):2.303195835343465):0.8024526980494002):3.6101594491982993,((14:2.978987499244539,(16:1.265381836084603,15:1.265381836084603):1.7136056631599006):6.622458956241697,7:9.6014464554864):2.615475233270402):2.3971409342486982):3.2143167218125033):4.5096154619036); 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ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_MIT_all_x28) = 'Jukes-Cantor': 1 - 3646; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_XP_Q_INSI_200_complete) = 'Jukes-Cantor': 1 - 658; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_rrnL_allgaps_FFT_INSI_1) = 'Jukes-Cantor': 1 - 733; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D67_Q_INSI_200_allgaps) = 'Jukes-Cantor': 1 - 1035; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_cox1_pj_FFT_INSI_20_2P_SC) = 'Jukes-Cantor': 1 - 768; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_rrnL_FFT_INSI_1_nogaps) = 'Jukes-Cantor': 1 - 718; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_ITS2_Q_INSI_200_allgaps) = 'Jukes-Cantor': 1 - 682; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_NUC_all_AllGaps) = 'Jukes-Cantor': 1 - 3342; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_XP_Q_INSI_200_onlyCoding) = 'Jukes-Cantor': 1 - 543; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D13_E_INSI_200_allgaps) = 'Jukes-Cantor': 1 - 967; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 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universal: 1 - 3646; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_XP_Q_INSI_200_complete) = universal: 1 - 658; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_rrnL_allgaps_FFT_INSI_1) = universal: 1 - 733; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D67_Q_INSI_200_allgaps) = universal: 1 - 1035; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_cox1_pj_FFT_INSI_20_2P_SC) = universal: 1 - 768; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_rrnL_FFT_INSI_1_nogaps) = universal: 1 - 718; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_ITS2_Q_INSI_200_allgaps) = universal: 1 - 682; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_NUC_all_AllGaps) = universal: 1 - 3342; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_XP_Q_INSI_200_onlyCoding) = universal: 1 - 543; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D13_E_INSI_200_allgaps) = universal: 1 - 967; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D67_Q_INSI_200_nogaps) = universal: 1 - 602; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D13_E_INSI_200_complete_ULN) = unord: 1 - 970; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D13_E_INSI_200_nogaps_ULN) = unord: 1 - 917; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_cox1_x28_bc_FFT_INSI_20) = unord: 1 - 576; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_MIT_NUC_all_AllGaps_x28) = unord: 1 - 6988; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_cob_x28_FFT_INSI_20) = unord: 1 - 666; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_ITS2_Q_INSI_200) = unord: 1 - 928; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_nd5_FFT_INSI_20) = unord: 1 - 903; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_rrnL_complete_FFT_INSI_1) = unord: 1 - 733; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D67_Q_INSI_200) = unord: 1 - 1109; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_ITS2_Q_INSI_200_nogaps) = unord: 1 - 302; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_MIT_all_x28) = unord: 1 - 3646; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_XP_Q_INSI_200_complete) = unord: 1 - 658; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_rrnL_allgaps_FFT_INSI_1) = unord: 1 - 733; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D67_Q_INSI_200_allgaps) = unord: 1 - 1035; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_cox1_pj_FFT_INSI_20_2P_SC) = unord: 1 - 768; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_rrnL_FFT_INSI_1_nogaps) = unord: 1 - 718; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_ITS2_Q_INSI_200_allgaps) = unord: 1 - 682; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_NUC_all_AllGaps) = unord: 1 - 3342; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_XP_Q_INSI_200_onlyCoding) = unord: 1 - 543; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D13_E_INSI_200_allgaps) = unord: 1 - 967; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Ingroup_D67_Q_INSI_200_nogaps) = unord: 1 - 602; END; BEGIN TREES; TITLE Ingroup_Results_with_27_taxa_B; LINK TAXA = Ingroup_Datasets_with_27_taxa_B; TRANSLATE 1 Carabus_abbreviatus_BABA44, 2 Carabus_abbreviatus_TENE15007, 3 Carabus_auronitens_ROMA93906, 4 Carabus_cancellatus_ROMA94106, 5 Carabus_cancellatus_TACHcc816, 6 Carabus_clathratus_TURQ51901, 7 Carabus_coriaceus_TURQ91306, 8 Carabus_deyrollei_GALI1553, 9 Carabus_dufouri_ZUHE111, 10 Carabus_famini_EURY1625, 11 Carabus_famini_MORR54807, 12 Carabus_irregularis_ROMA94006, 13 Carabus_lusitanicus_VESC5, 14 Carabus_macrocephalus_FORO157, 15 Carabus_melancholicus_EALM42207, 16 Carabus_melancholicus_TIDI39104, 17 Carabus_monilis_SAOU1538, 18 Carabus_morbillosus_MAZA5908, 19 Carabus_morbillosus_TUNA1622, 20 Carabus_morbillosus_TUNB1623, 21 Carabus_morbillosus_TUNC1624, 22 Carabus_nemoralis_RONC1549, 23 Carabus_riffensis_KETA569, 24 Carabus_rugosus_KSAR65807, 25 Carabus_rugosus_SMAR43907, 26 Carabus_rutilans_SENY1548, 27 Carabus_violaceus_POPO83000; TREE Ingroup_D13_E_INSI_200_allgaps_ULN = (((10:1.9768513477515004,11:1.9768513477515004):6.8482738765435,(2:0.48334261883955065,1:0.48334261883955065):8.3417826054555):4.5451878296372,((12:6.937476203670602,23:6.937476203670551):3.7632531060648997,(((26:1.4263295068058,3:1.4263295068058):3.647660004766899,(15:0.7584941291740996,16:0.7584941291740996):4.315495382398599):3.4450173770688997,(((18:2.712865966587419,((20:0.3414987635203106,19:0.34149876352032127):0.7343867099160999,21:1.0758854734364034):1.6369804931509266):5.126436885035853,((6:4.94533258233305,((13:2.7243003836839126,(14:2.0456802068294007,9:2.045680206829399):0.678620176854503):1.6529683327477276,22:4.377268716431725):0.5680638659013209):1.0879939433376506,(24:1.9776670551335584,25:1.9776670551335567):4.055659470537062):1.805976325952578):0.48720767852437064,((8:6.15626617358355,(17:0.8242655275328978,27:0.8242655275328978):5.332000646050551):1.4119689129893498,(7:5.332699999243868,(4:1.582104472771399,5:1.582104472771399):3.7505955264724653):2.235535087328934):0.7582754435748509):0.19249635849394942):2.181722421093802):2.669583744196899); TREE Ingroup_D13_E_INSI_200_nogaps_ULN = (((17:0.9025250291587419,27:0.9025250291587419):5.6556226476925975,8:6.55814767685141):6.761520657558862,((((4:1.738210231823797,5:1.738210231823797):4.387834066077951,(11:2.069398526226811,10:2.069398526226811):4.056645771674839):3.479571706647448,((1:0.46651791282869404,2:0.46651791282869404):5.804513134181404,((16:0.7893399460905819,15:0.7893399460905819):3.6783018263868277,(26:1.4189055356700973,3:1.4189055356700795):3.0487362368073514):1.8033892745326012):3.3345849575390982):1.9112641375098676,(((((6:5.257705123236802,(((9:2.2009055511989493,14:2.2009055511989493):0.7473709702937414,13:2.9482765214927014):1.6567122608990594,22:4.604988782391821):0.6527163408449503):0.922979554107,(24:1.613889603657718,25:1.613889603657718):4.566795073686015):1.6848758484842499,(18:2.717516057633281,(21:1.1161022019540034,(20:0.35929808397370344,19:0.35929808397371765):0.7568041179803142):1.6014138556792012):5.148044468194749):0.6331339147193287,12:8.49869444054748):1.7512366125827192,(23:4.900577088874051,7:4.900577088874149):5.349353964256048):1.2669490889289676):1.8027881923510947); TREE Ingroup_'D13_E_INSI_200_complete_ULN' = (((11:1.981769813104254,10:1.981769813104254):6.840748658022848,(1:0.48037225214797097,2:0.48037225214797097):8.342146218979208):4.5071404540116,((23:6.936308235146148,12:6.93630823514615):3.7658201887494194,((((15:0.7493217886600991,16:0.7493217886600991):4.3004907621567,(3:1.4051214761992998,26:1.4051214761992998):3.6446910746174996):3.1513323446898998,((((20:0.34628504983760067,19:0.3462850498375971):0.7483315426159018,21:1.094616592453499):1.624359309394209,18:2.718975901847781):5.122163521702001,((25:1.9725211499170658,24:1.9725211499170623):4.066145777315649,(6:4.957210683396035,(((9:2.0426265180107492,14:2.0426265180107492):0.6879213280085512,13:2.7305478460193306):1.6268124126034493,22:4.357360258622849):0.5998504247731855):1.0814562438367634):1.8024724963170016):0.36000547195689947):0.32878526223620064,((8:6.120583324267489,(17:0.8302904295927984,27:0.8302904295927984):5.290292894674591):1.4520732089658743,((5:1.5920480046123586,4:1.5920480046123586):3.7333094712270407,7:5.325357475839469):2.2472990573938647):0.9572736245096358):2.1721982661525683):2.6275305012433297); 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TREE Ingroup_ITS2_Q_INSI_200_ULN = (((((8:2.4511167501689997,(13:1.2165933008533827,12:1.2165933008533827):1.2345234493156134):8.084695848840997,23:10.535812599009997):7.029087529180497,((9:3.644738176269197,10:3.644738176269197):5.5729082483048025,(1:1.1514424946499986,2:1.1514424946499986):8.066203929924):8.347253703616495):6.626908774135359,(11:20.949078883691993,((5:0.9339759128937963,4:0.9339759128937963):18.2629809991683,((15:1.3886793252435972,14:1.3886793252435972):1.603543526284401,16:2.9922228515279983):16.2047340605341):1.7521219716298937):3.2427300186338606):9.625733879772241,(6:22.741495905415,((((27:4.752026873576998,17:4.752026873576998):8.603149797662002,7:13.355176671239):5.792019622536994,((26:4.855312804716796,3:4.855312804716796):7.1198515948567085,((20:3.220036474312,((21:1.5588699914811528,19:1.5588699914811528):0.9988815668572482,18:2.557751558338486):0.6622849159735029):4.225277787512091,(24:3.2556689903840024,25:3.2556689903840024):4.189645271440092):4.52985013774941):7.17203189420249):1.3055834187735051,22:20.4527797125495):2.2887161928655004):11.076046876683094); END; BEGIN TREES; TITLE Ingroup_Results_with_28_taxa; LINK TAXA = Ingroup_Datasets_with_28_taxa; TRANSLATE 1 Carabus_abbreviatus_BABA44, 2 Carabus_abbreviatus_TENE15007, 3 Carabus_auronitens_ROMA93906, 4 Carabus_cancellatus_ROMA94106, 5 Carabus_cancellatus_TACHcc816, 6 Carabus_clathratus_TURQ51901, 7 Carabus_coriaceus_TURQ91306, 8 Carabus_deyrollei_GALI1553, 9 Carabus_dufouri_ZUHE111, 10 Carabus_famini_EURY1625, 11 Carabus_famini_MORR54807, 12 Carabus_irregularis_ROMA94006, 13 Carabus_lusitanicus_VESC5, 14 Carabus_macrocephalus_FORO157, 15 Carabus_melancholicus_EALM42207, 16 Carabus_melancholicus_ROBU37, 17 Carabus_melancholicus_TIDI39104, 18 Carabus_monilis_SAOU1538, 19 Carabus_morbillosus_MAZA5908, 20 Carabus_morbillosus_TUNA1622, 21 Carabus_morbillosus_TUNB1623, 22 Carabus_morbillosus_TUNC1624, 23 Carabus_nemoralis_RONC1549, 24 Carabus_riffensis_KETA569, 25 Carabus_rugosus_KSAR65807, 26 Carabus_rugosus_SMAR43907, 27 Carabus_rutilans_SENY1548, 28 Carabus_violaceus_POPO83000; TREE Ingroup_NUC_all_AllGaps_ULN = (((((16:1.6199040613723987,17:1.6199040613723987):1.3673719590310007,15:2.9872760204033035):18.372416767461996,((23:16.667373347187798,(((3:3.7757025465470946,27:3.7757025465470946):5.995088717857907,((19:2.0391822637280015,(21:1.3439175184640035,(22:0.9037704537621067,20:0.9037704537621067):0.44014706470190035):0.6952647452640015):5.216401640328897,(26:1.7122591574260007,25:1.7122591574260007):5.543324746630898):2.5152073603481035):4.385678316484649,(7:11.581564738490204,(8:9.263398399374005,(18:2.6146258683263994,28:2.6146258683263994):6.648772531047602):2.3181663391161997):2.57490484239945):2.510903766297849):3.2571075252345025,(((10:4.055498705382551,11:4.055498705382551):5.357435101224347,(2:0.7927906890692995,1:0.7927906890692995):8.620143117537602):7.013283688802005,((9:2.6797906078946987,(13:1.6265312026140997,14:1.6265312026140997):1.053259405280599):7.881792239499099,24:10.561582847393804):5.864634648015105):3.4982633770130995):1.435211915442995):2.470936959469004,(4:5.4567526756429,5:5.4567526756429):18.3738770716913):4.654560359377999,(6:18.462061601533897,12:18.46206160153395):10.023128505178352); TREE Ingroup_cox1_pj_FFT_INSI_20_2P_SC = ((((((5:3.945642540570571,4:3.945642540570571):13.08128905261449,((17:5.64708924092235,(16:0.9369683992169993,15:0.9369683992169993):4.710120841705351):8.052189630163651,8:13.699278871086204):3.3276527220989394):0.8781483127620575,(((19:2.65967007932165,((21:0.618708396808298,22:0.618708396808298):0.7346436911002066,20:1.353352087908501):1.3063179914131489):4.351314852771244,(26:3.847806327051,25:3.847806327051):3.163178605041894):9.090168037949057,((3:2.645119753063099,27:2.645119753063099):11.28212817544745,(7:11.80427162914069,(28:9.476754670040002,18:9.476754670040002):2.327516959100585):2.1229762993699595):2.1739050415314054):1.8039269359050465):0.644340365076097,(12:16.26339070603996,(24:10.516199165978101,((9:5.9884955322990105,13:5.9884955322990105):1.4075490590019886,14:7.396044591300999):3.1201545746770005):5.747191540061662):2.2860295649834335):1.284740901359907,((10:5.939764596933001,11:5.939764596933001):3.848342907887602,(1:0.43895449430625,2:0.43895449430625):9.349153010514453):10.046053667562399):1.7464163697579984,(6:16.457058757127534,23:16.457058757127534):5.12351878501385); TREE Ingroup_MIT_all_x28_Bygene_2P_SC = (((((11:5.326190231093001,10:5.326190231093001):4.899037176501,(2:0.2313189297540994,1:0.2313189297540994):9.993908477840002):7.556745099006502,(24:10.720896356089103,(14:7.313595657185701,(9:6.423832075799103,13:6.423832075799103):0.8897635813865978):3.4073006989033985):7.061076150511404):2.597533230691983,((23:16.3471856033483,8:16.3471856033483):2.8566674010816477,(((3:4.596303900640997,27:4.596303900640997):6.511433693424003,((26:3.021063555704881,25:3.021063555704881):3.4956359295391195,(((22:0.46499351085919827,21:0.46499351085919827):0.5023859245839013,20:0.9673794354430996):1.5882617840307667,19:2.5556412194738662):3.9610582657701343):4.5910381088209995):5.363651225316449,(7:14.066493474976202,(28:11.996849086337749,18:11.996849086337745):2.06964438863835):2.4048953444054497):2.7324641850484):1.1756527328626376):1.2056298263651115,(((16:1.0175625472862997,15:1.0175625472862997):4.575558869765601,17:5.593121417051805):14.689545248312601,((6:16.122940450060263,12:16.122940450060263):2.7204443715534374,(4:3.771702655390598,5:3.771702655390598):15.071682166223102):1.4392818437507024):1.3024688982933945); TREE Ingroup_cox1_bc_FFT_INSI_20_2P_SC = (((((27:3.692452660083802,3:3.692452660083802):6.114498142985898,((19:3.3129679737569013,((21:0.7803544877254396,22:0.7803544877254467):0.7427376562033992,20:1.5230921439288956):1.7898758298280057):3.4620630504113983,(25:3.508401648978001,26:3.508401648978001):3.2666293751902984):3.0319197789014005):5.529497884012251,((18:12.675784419602499,7:12.675784419602502):1.7182410057647015,28:14.3940254253672):0.94242326171495):2.28146168305825,(((13:10.332677628856668,(24:8.139291955228998,(14:6.400077577954429,9:6.400077577954429):1.7392143772745694):2.1933856736276702):3.949984710397331,((10:6.537565397505,11:6.537565397505):3.672516210553715,(1:0.3249882215016022,2:0.3249882215016022):9.885093386557116):4.072580731195284):1.0590869079104,12:15.341749247164598):2.276161122975802):2.1770460480530005,((23:13.91957109605517,8:13.919571096055103):3.8081744846020005,((6:14.412340189771902,(17:3.8783336414336027,(15:1.2842445721467044,16:1.2842445721467044):2.5940890692868983):10.534006548338104):1.064172752259699,(5:4.295046979836098,4:4.295046979836098):11.181465962195304):2.2512326386255985):2.0672108375362015); TREE Ingroup_rrnL_complete_FFT_INSI_1_SC = (((15:2.782902857318577,16:2.782902857318577):6.48261391369042,17:9.265516771009004):20.661143632488894,(((8:19.576815194860398,((6:15.938493051888903,((4:0.6903422508575012,5:0.6903422508575012):13.382767021632297,12:14.073109272489962):1.8653837793990053):2.6259668245746983,(18:11.315140084393445,28:11.315140084393445):7.249319792070153):1.0123553183967964):1.3499867419814002,(7:17.36458349374671,((3:10.409361426568898,27:10.409361426568898):4.0858647972097,((25:2.128849647129897,26:2.128849647129897):4.922674027762902,(20:1.3240693850947025,((21:0.2545349372777572,19:0.2545349372777572):0.3474409697203882,22:0.6019759069981454):0.7220934780965536):5.727454289797997):7.4437025488857):2.8693572699683045):3.5622184430948955):4.248091976340103,(23:20.642730185563952,((24:11.036496825615247,(9:7.635130540691005,(14:5.9533888316103205,13:5.9533888316103205):1.6817417090806845):3.4013662849240465):5.151484118953748,((11:3.331832378887132,10:3.331832378887132):5.898197791158701,(1:0.32009313358230784,2:0.32009313358230784):8.9099370364634):6.957950774522999):4.454749240995053):4.532163727617949):4.751766490315898); TREE Ingroup_rrnL_allgaps_FFT_INSI_1_SC = (((15:2.782902857318577,16:2.782902857318577):6.48261391369042,17:9.265516771009004):20.661143632488894,(((8:19.576815194860398,((6:15.938493051888903,((4:0.6903422508575012,5:0.6903422508575012):13.382767021632297,12:14.073109272489962):1.8653837793990053):2.6259668245746983,(18:11.315140084393445,28:11.315140084393445):7.249319792070153):1.0123553183967964):1.3499867419814002,(7:17.36458349374671,((3:10.409361426568898,27:10.409361426568898):4.0858647972097,((25:2.128849647129897,26:2.128849647129897):4.922674027762902,(20:1.3240693850947025,((21:0.2545349372777572,19:0.2545349372777572):0.3474409697203882,22:0.6019759069981454):0.7220934780965536):5.727454289797997):7.4437025488857):2.8693572699683045):3.5622184430948955):4.248091976340103,(23:20.642730185563952,((24:11.036496825615247,(9:7.635130540691005,(14:5.9533888316103205,13:5.9533888316103205):1.6817417090806845):3.4013662849240465):5.151484118953748,((11:3.331832378887132,10:3.331832378887132):5.898197791158701,(1:0.32009313358230784,2:0.32009313358230784):8.9099370364634):6.957950774522999):4.454749240995053):4.532163727617949):4.751766490315898); TREE Ingroup_MIT_NUC_all_AllGaps_x28_Bygene_2P_ULN = ((12:20.051222777529905,6:20.051222777529905):5.088946706531498,((((((7:12.087523711911096,(28:6.934431664852502,18:6.934431664852502):5.153092047058198):2.9025743507193926,((27:4.5052551774987,3:4.5052551774987):6.136573621683802,(((20:1.2160342384035001,(21:0.6902019304212992,22:0.6902019304212992):0.5258323079823004):1.4170667463673485,19:2.6331009847708486):4.3756330775791525,(25:2.8434638996304997,26:2.8434638996304997):4.1652701627195015):3.6330947368325006):4.348269263447591):2.139179653839907,(8:14.527218314271597,23:14.527218314271597):2.602059402199):2.422613136709,(((2:0.36811742294269756,1:0.36811742294269756):9.409417748845,(11:4.84303707101985,10:4.84303707101985):4.934498100767648):7.100874406797505,(24:10.538941302530748,(14:5.702543689456048,(9:4.730386766397702,13:4.730386766397702):0.9721569230583498):4.836397613074601):6.339468276054355):2.673481274593996):1.186773152456297,(17:4.663277348366603,(15:1.5637460971611024,16:1.5637460971611024):3.099531251205497):16.0753866572693):1.8794758716340034,(5:4.4073243955156975,4:4.4073243955156975):18.210815481754103):2.522029606791701); TREE Ingroup_rrnL_FFT_INSI_1_nogaps_SC = (((23:18.666868154416,(((2:0.30829080085549165,1:0.30829080085549165):8.812988765558455,(10:3.202211310538697,11:3.202211310538697):5.919068255875349):4.79019562100255,(24:10.9954433072738,((14:5.625570902655994,13:5.625570902655991):1.5305303161942518,9:7.156101218850246):3.8393420884235496):2.9160318801428):4.755392966999402):3.0448299709089994,(7:18.143821706243898,((8:16.5983213855746,(((4:0.6336097537989964,5:0.6336097537989964):11.544218547296387,12:12.177828301095383):3.0433118144376152,(18:9.924185330013,28:9.924185330013):5.296954785519999):1.3771812700416017):1.3969030855353992,(((26:2.1266204126579886,25:2.1266204126579886):4.910935626585406,((19:0.6116646511114423,(22:0.2551530810716489,21:0.25515308107163825):0.35651157003979694):0.7084692765650447,20:1.3201339276765438):5.7174221115667585):5.959455805032597,(27:10.399615461606002,3:10.399615461606002):2.597396382669997):4.998212626834):0.14859723513389866):3.5678764190811023):3.7766987546204795,(6:16.042973711299695,((15:2.089657429789998,16:2.089657429789998):5.9668885510450025,17:8.056545980835):7.986427730464694):9.445423168645785); TREE Ingroup_TREE1 = (((12:19.580325717407,(6:16.81768973498265,(17:6.395906475217998,(16:0.47746252215948815,15:0.47746252215948815):5.918443953058414):10.421783259764652):2.7626359824243494):5.106729827667802,(((5:4.5751470202730005,4:4.5751470202730005):16.7996420126137,(((1:0.14359208944505397,2:0.14359208944505397):9.847238048106096,(10:4.702688370008996,11:4.702688370008996):5.2881417675421964):9.078348860404954,((9:7.817222665726998,(14:6.262298123833846,13:6.262298123833846):1.5549245418931523):3.1053439478490006,24:10.922566613576002):8.146612384380148):2.305610034930549):2.275286035627449,((((25:2.9214212091099974,26:2.9214212091099974):3.5877541724501967,(19:2.407883180988545,(20:0.8175155397594942,(22:0.4265812893998078,21:0.4265812893998078):0.39093425035959406):1.5903676412289514):4.101292200571649):6.998052153922703,(3:7.855876658759627,27:7.855876658759627):5.651350876723271):3.1939395326790994,(7:14.220924251972086,(28:9.6162687923396,18:9.6162687923396):4.604655459632486):2.4802428161899144):6.948908000352148):1.0369804765606538):1.0745830646964976,(23:15.9222500273175,8:15.9222500273175):9.8393885824538); END; BEGIN TREES; TITLE Ingroup_Results_with_17_taxa; LINK TAXA = Ingroup_Datasets_with_17_taxa; TRANSLATE 1 Carabus_abbreviatus_TENE15007, 2 Carabus_auronitens_ROMA93906, 3 Carabus_cancellatus_ROMA94106, 4 Carabus_cancellatus_TACHcc816, 5 Carabus_clathratus_TURQ51901, 6 Carabus_dufouri_ZUHE111, 7 Carabus_famini_EURY1625, 8 Carabus_famini_MORR54807, 9 Carabus_irregularis_ROMA94006, 10 Carabus_lusitanicus_VESC5, 11 Carabus_macrocephalus_FORO157, 12 Carabus_melancholicus_EALM42207, 13 Carabus_melancholicus_ROBU37, 14 Carabus_melancholicus_TIDI39104, 15 Carabus_monilis_SAOU1538, 16 Carabus_morbillosus_MAZA5908, 17 Carabus_morbillosus_TUNA1622, 18 Carabus_morbillosus_TUNB1623, 19 Carabus_morbillosus_TUNC1624, 20 Carabus_riffensis_KETA569, 21 Carabus_rugosus_KSAR65807, 22 Carabus_rugosus_SMAR43907, 23 Carabus_rutilans_SENY1548; TREE Ingroup_XP_Q_INSI_200_complete_SC = (((((12:0.6834113539145754,14:0.6834113539145186):2.5001354000219926,13:3.183546753936646):16.56996809514881,((9:13.122186064953803,5:13.122186064953803):4.963257999197497,((20:10.419732205944008,(6:4.982649454821001,(10:2.698449628771204,11:2.698449628771204):2.2841998260497967):5.437082751123):4.863404412892002,((8:6.197362048111001,7:6.197362048111001):3.3746515461539968,1:9.572013594264998):5.711123024571005):2.8023074453149945):1.6680707849338035):3.1034488768009005,(3:17.186067924199605,(15:12.3883050535605,(((16:3.005760776509689,(17:1.9595322322166897,(19:0.6912849558914971,18:0.6912849558915006):1.2682472763251997):1.0462285442930916):4.169558416235962,(21:0.6849977094724906,22:0.6849977094724906):6.490321483273259):1.3687979438971496,(2:5.726819627207298,23:5.726819627207298):2.8172975094355017):3.8441879169172033):4.797762870638998):5.670895801686701):7.971106076510299,4:30.828069802396904); TREE Ingroup_XP_Q_INSI_200_onlyCoding_NP_ULN = (((((12:0.8517990532434006,14:0.8517990532434006):2.108046647038396,13:2.959845700281992):11.033585914200003,4:13.993431614481999):4.478856208288999,((1:9.3647278453295,(7:4.835055870420254,8:4.835055870420254):4.529671974908949):5.062604380581899,((6:4.514697061151402,(10:2.1152064610429466,11:2.1152064610428543):2.399490600108555):5.840333373861595,20:10.355030435013598):4.0723017908982):4.044955596859001):5.408878717796,(((15:9.277006468927954,(((21:0.7980232898742123,22:0.7980232898742123):4.658728885140537,(23:4.868673196613084,2:4.868673196613084):0.5880789784016649):2.3625147895045515,(16:3.191816824440803,((17:1.0212589279348006,18:1.0212589279348006):0.7834408967576021,19:1.8046998246924026):1.3871169997484962):4.627450140078402):1.4577395044084511):5.25056383098865,3:14.527570299916999):3.4217482318370003,(5:11.052868469789432,9:11.052868469789432):6.896450061964567):5.931848008812999); END;