NEXUS
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[Matrix accession#: M1997]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1997;
	DIMENSIONS  NTAX=9;
	TAXLABELS
		Stolbur_phytoplasma	Candidatus_Phytoplasma_australiense_PDB	Candidatus_Phytoplasma_australiense_AGY	Candidatus_Phytoplasma_australiense_PYLC	Candidatus_Phytoplasma_australiense_CBWB	Candidatus_Phytoplasma_australiense_PYL	Candidatus_Phytoplasma_australiense_SLY1	Candidatus_Phytoplasma_australiense_SLY2	Candidatus_Phytoplasma_australiense_CBRYL
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1997;
	DIMENSIONS NCHAR=481;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Stolbur_phytoplasma                             GTTATGCCTCAAACTAGAGA--ACATATTTTGTTAGCTCGCCAAGTAGGGGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAACAAATGTGACCTTTGTCCGGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTTGAAATGGAAGTCCGTGAATTATTATCTAAATATGATTTTCCGGGCGATGATACCCCTATTATTAGAGGTTCTGCGTTAAAAGCTTTAGAAGGTGACAAACATTACATTGCACAAGTTAACGAATTAATCAACGCTTTAGATTCTTACATTGAAGATCCAGTGCGTGAAGTTGATAAACCTTTCTTAATGCCAGTCGAAGATGTTTTCACTATCACTGGTAGAGGAACAGTAGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGACAAGTTAAAGCTGGTGATGAAATAGAAATCATAGGTCTTAAAGACACTAGAAAAACCATCGTAACAGCAATTGAAATGTTTAAAAAAGATTTAGATTTTGCTCAAGC
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_PDB         GTAATGCCTCAAACTAGAGA--ACATATTTTATTGGCTCGCCAAGTTGGAGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAATAAATGTGATCTTTGCCCTGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTGGAAATGGAAGTTCGTGAATTATTATCTAAATACGATTTTCCGGGTGATGACACACCAATTATCAGAGGATCTGCTTTAAAAGCTTTAGAAGGTGACGCTCATTACGTTGCTCAAGTTAATGAATTAATTCAAACTTTAGATACTTATATTGAAGACCCAGCTCGTGAAGTTGACAAACCTTTCTTAATGCCAGTTGAAGATGTTTTCACTATTACTGGTAGAGGAACAGTTGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAGTAAAAGCTGGTGATGAGATTGAAATCGTAGGTTTGAAAGAAACTAAAAAAACAATTGTAACACGAGTGGAAATGTTTAAAAAAGACCTAGATTTTGCTCAAGC
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_AGY         GTTATGCCTCAAACTAGAGAGAACATATTTTATTGGCCCGCCAAGTTGGAGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAATAAATGTGATCTTTGCCCTGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTGGAAATGGAAGTTCGTGAATTATTATCTAAATACGATTTTCCGGGTGATGACACACCAATTATCAGAGGATCTGCTTTAAAAGCTTTAGAAGGTGACGCTCATTACGTTGCTCAAGTTAATGAATTAATTCAAACTTTAGATACTTATATTGAAGACCCAGCTCGTGAAGTTGACAAACCTTTCTTAATGCCAGTTGAAGATGTTTTCACTATTACTGGTAGAGGAACAGTTGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAGTAAAAGCTGGTGATGAGATTGAAATCGTAGGTTTGAAAGAAACTAAAAAAACAATTGTAACAGCAGTGGAAATGTTTAAAAAAGACCTAGATTTTGCTCAAGC
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_PYLC        GTAATGCCTCAAACTAGAGA--ACATATTTTATTGGCTCGCCAAGTTGGAGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAATAAATGTGATCTTTGCCCTGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTGGAAATGGAAGTTCGTGAATTATTATCTAAATACGATTTTCCGGGTGATGACACACCAATTATCAGAGGATCTGCTTTAAAAGCTTTAGAAGGTGACGCTCATTACGTTGCTCAAGTTAATGAATTAATTCAAACTTTAGATACTTATATTGAAGACCCAGCTCGTGAAGTTGACAAACCTTTCTTAATGCCAGTTGAAGATGTTTTCACTATTACTGGTAGAGGAACAGTTGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAGTAAAAGCTGGTGATGAGATTGAAATCGTAGGTTTGAAAGAAACTAAAAAAACAATTGTAACAGCAGTGGAAATGTTTAAAAAAGACCTAGATTTTGCTCAAGC
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_CBWB        GTAATGCCTCAAACTAGAGA--ACATATTTTATTGGCTCGCCAAGTTGGAGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAATAAATGTGATCTTTGCCCTGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTGGAAATGGAAGTTCGTGAATTATTATCTAAATACGATTTTCCGGGTGATGACACACCAATTATCAGAGGATCTGCTTTAAAAGCTTTAGAAGGTGACGCTCATTACGTTGCTCAAGTTAATGAATTAATTCAAACTTTAGATACTTATATTGAAGACCCAGCTCGTGAAGTTGACAAACCTTTCTTAATGCCAGTTGAAGATGTTTTCACTATTACTGGTAGAGGAACAGTTGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAGTAAAAGCTGGTGATGAGATTGAAATCGTAGGTTTGAAAGAAACTAAAAAAACAATTGTAACAGCAGTGGAAATGTTTAAAAAAGACCTAGATTTTGCTCAAGC
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_PYL         GTAATGCCTCAAACTAGAGA--ACACATTTTATTGGCTCGCCAAGTAGGAGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAATAAATGTGATCTTTGCCCTGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTGGAAATGGAAGTTCGTGAATTATTATCTAAATACGATTTTCCGGGTGATGACACACCAATTATCAGAGGATCTGCTTTAAAAGCTTTAGAAGGTGACGCTCATTACATTGCTCAAGTTAATGAATTAATTCAAACTTTAGATACTTATATTGAAGACCCAGCGCGTGAAGTTGACAAACCTTTCTTAATGCCAGTTGAAGATGTTTTCACTATTACCGGTAGAGGAACAGTTGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAGTAAAAGCTGGTGATGAGATTGAAATCGTAGGTTTGAAAGAAACTAAAAAAACAATTGTAACAGCGGTGGAAATGTTTAAAAAAGACCTAGATTTTGCTCAAGC
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_SLY1        GTAATGCCTCAAACTAGAGA--ACATATTTTATTGGCTCGCCAAGTTGGAGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAATAAATGTGATCTTTGCCCTGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTGGAAATGGAAGTTCGTGAATTATTATCTAAATACGATTTTCCGGGTGATGACACACCAATTATCAGAGGATCTGCTTTAAAAGCTTTAGAAGGTGACGCTCATTACGTTGCTCAAGTTAATGAATTAATTCAAACTTTAGATACTTATATTGAAGACCCAGCTCGTGAAGTTGACAAACCTTTCTTAATGCCAGTTGAAGATGTTTTCACTATTACTGGTAGAGGAACAGTTGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAGTAAAAGCTGGTGATGAGATTGAAATCGTAGGTTTGAAAGAAACTAAAAAAACAATTGTAACAGCAGTGGAAATGTTTAAAAAAGACCTAGATTTTGCTCAAGC
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_SLY2        GTAATGCCTCAAACTAGAGA--ACACATTTTATTGGCTCGCCAAGTAGGAGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAATAAATGTGATCTTTGCCCTGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTGGAAATGGAAGTTCGTGAATTATTATCTAAATACGATTTTCCGGGCGATGAAACACCAATTATCAGAGGATCTGCTTTAAAAACTTTAGAAGGTGACGCTCATTACGTTGATCAAGTTAATGAATTAATTCAAACTTTAGATACTTATATTGAAGACCCAGCGCGTGAAGTTGACAAACCTTTCTTAATGCCAGTTGAAGATGTTTTCACTATTACTGGTAGAGGAACAGTTGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAGTAAAAGCTGGTGATGAGATTGAAATCGTAGGTTTGAAAGAAACTAAAAAAACAATTGTAACAGCAGTGGAAATGTTTAAAAAAGACCTAGATTTTGCTCAAGC
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_CBRYL       GTAATGCCTCAAACTAGAGA--ACACATTTTATTGGCTCGCCAAGTAGGAGTTCCTAAAATTGTTGTTTTCTTAAATAAATGTGATCTTTGCCCTGATGAAGAAATTTTAGAATTAGTGGAAATGGAAGTTCGTGAATTATTATCTAAATACGATTTTCCGGGCGATGAAACACCAATTATCAGAGGATCTGCTTTAAAAACTTTAGAAGGTGACGCTCATTACGTTGATCAAGTTAATGAATTAATTCAAACTTTAGATACTTATATTGAAGACCCAGCGCGTGAAGTTGACAAACCTTTCTTAATGCCAGTTGAAGATGTTTTCACTATTACTGGTAGAGGAACAGTTGTTACTGGTAGAGTTGAAAGAGGTCAAGTAAAAGCTGGTGATGAGATTGAAATCGTAGGTTTGAAAGAAACTAAAAAAACAATTGTAACAGCAGTGGAAATGTTTAAAAAAGACCTAGATTTTGCTCAAGC
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 481 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;