NEXUS
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[Matrix accession#: M1996]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1996;
	DIMENSIONS  NTAX=11;
	TAXLABELS
		Strawberry_2_Florida_phytoplasma	Periwinkle_little_leaf_phytoplasma	Candidatus_Phytoplasma_australiense_SLY2	Candidatus_Phytoplasma_australiense_SLY1	Candidatus_Phytoplasma_australiense_PYLC	Candidatus_Phytoplasma_australiense_PPA	Candidatus_Phytoplasma_australiense_MBWB	Candidatus_Phytoplasma_australiense_CBWB	Candidatus_Phytoplasma_australiense_CBRYL	Candidatus_Phytoplasma_australiense_AGY	Acholeplasma_laidlawii
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1996;
	DIMENSIONS NCHAR=424;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Strawberry_2_Florida_phytoplasma                ACTAATCCTAACGGCTTAAGATTAGGCATTATTAGAACTTGGGAATCTCAATGGTATGTTAACGATAAAGAAATTCCTAATTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTAAACT---AATCAATAATTTTGCTAAAAAAAGCGCTATCAGTCAAATTGACATCGAACGCCTAAAAGAAAAAAATAAAAACCGTATCACTATTTTTGTCCACACCGCTAAACCAGGCGTTATTATTGGAAAAGACGGCGATACA-CGCAACAAATTAGTTGTCAAACTCAAAGAACTTACCCAAAAAGAAGTTAATCTTAACGTTTTAGAAGTTAAAAACTCTGATAAAATCGCTTTATTAATTGCTCAAAATATGGCTGAACAACTAGAAAATCGTATGTTTTTCCGCCGTGTTCAAAAAATGGCAATCCAAAAA
		Periwinkle_little_leaf_phytoplasma              ACTAATCCTAACGGCTTAAGATTAGGCATTATTAGAACTTGGGAATCTCAATGGTGTGTTAATGATAAAGAAATTCCTAATTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTAAACT---AATCAATAATTTTACTAAAAAAAGTGCTATCAGTCAAATTGACATTGAACGCCTAAAAGAAAAAAATAAAAACCGTATCACTATTTCTGTCCACACCGCTAAACCAGGCGTTATTATTGGAAAAGATGGCGATACA-CGCAACAAATTAGTTGCCAAACTCAAAGAACTTACCCAAAAAGACGTTAATCTTAACGTGTTAGAAGTTAAAAACTCTGATAAAAACGCTTTATTAATTGCTCAAAATATGGCTGAACAACTAGAAAATCGTATGTTTTTCCGCCGTGTTCAAAAAATGGCAATCCAAAAA
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_SLY2        ACTAATCCTAATGGTTTAAGATTAGGAATTATTCGAACTTGGGATTCCCAATGGTGCGTTAACGACAAAGAAATACCAGCTTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTCAATT---AATTAATAATTTTAGCAAAAGAAGCTCTATTAGTCAAATTGAAATTCAAAGATTAAAAGAAAAAACTAAAAACCGCATTACAATTACGATCCACACT-CCAAACCAGGAATTATTATTGGCAAAGATGGTGAAACTTCGTAATAAAATTCAGGCCCAATTAAAAAAATTAACTCAAAAAGACATTAATTTAAACATTTTGGAAGTTAAAAATCCTGACAAAACCGCTGTATTAGTGGCTCAAAACATGGCCGAACAATTAGAAAATCGTATGAAATTCCGTCGTGTTCAAAAAATGGCAATCCAAAAA
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_SLY1        ACTAATCCTAATGGCTTAAGATTAGGAATTATTCGAACTTGGGATTCCCAATGGTGCGTTAACGACAAAGAAATACCAGCTTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTCAATT---AATTAATAATTTTAGCAAAAGAAACTCTATTAGTCAAATTGAAATTCAAAGATTAAAAGAAAAAACTAAAAACCGCATTACAATTACGATCCACACTGCCAAACCAGGAATTATTATTGGCAAAGATGGTGAAACT-CGTAATAAAATTCAGGCCCAATTAAAAAAATTAACTCAAAAAGACATTAATTTAAACATTTTGGAAGTTAAAAATCCTGACAAAACCGCTGTATTAGTGGCTCAAAACATGGCCGAACAATTAGAAAATCGTATGAAATTCCGTCGCGTTCAAAAAATGGCCATCCAAAAA
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_PYLC        ACTAATCCTAATGGCTTAAGATTAGGAATTATTCGAACTTGGGATTCCCAATGGTGCGTTAACGACAAAGAAATACCAGCTTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTCAATT---AATTAATAATTTTAGCAAAAGAAACTCTATTAGTCAAATTGAAATTCAAAGATTAAAAGAAAAAACTAAAAACCGCATTACAATTACGATCCACACTGCCAAACCAGGAATTATTATTGGCAAAGATGGTGAAACT-CGTAATAAAATTCAGGCCCAATTAAAAAAATTAACTCAAAAAGACATTAATTTAAACATTTTGGAAGTTAAAAATCCTGACAAAACCGCTGTATTAGTGGCTCAAAACATGGCCGAACAATTAGAAAATCGTATGAAATTCCGTCGCGTTCAAAAAATGGCCATCCAAAAA
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_PPA         ACTATTCCTAATGGCTTAAGATTAGGAATTATTCGAACTTGGGATTCCCAATGGTGCGTTAACGACAAAGAAATACCAGCTTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTCAATT---AATTAATAATTTTAGCAAAAGAAACTCTATTAGTCAAATTGAAATTCAAAGATTAAAAGAAAAAACTAAAAACCGCATTACAATTACGATCCACACTGCCAAACCAGGAATTATTATTGGCAAAGATGGTGAAACT-CGTAATAAAATTCAGGCCCAATTAAAAAAATTAACTCAAAAAGACATTAATTTAAACATTTTGGAAGTTAAAAATCCTGACAAAACCGCTGTATTAGTGGCTCAAAACATGGCCGAACAATTAGAAAATCGTATGAAATTCCGTCGCGTTCAAAAAATGGCCATCCAAAAA
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_MBWB        ACTAATCCTAATGGCTTAAGATTAGGAATTATTCGAACTTGGGATTCCCAATGGTGCGTTAACGACAAAGAAATACCAGCTTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTCAATT---AATTAATAATTTTAGCAAAAGAAACTCTATTAGTCAAATTGAAATTCAAAGATTAAAAGAAAAAACTAAAAACCGCATTACAATTACGATCCACACTGCCAAACCAGGAATTATTATTGGCAAAGATGGTGAAACT-CGTAATAAAATTCAGGCCCCATTAAAAAAATTAACTCAAAAAGACATTAATTTAAACATTTTGGAAGTTAAAAATCCTGACAAAACCGCTGTATTAGTGGCTCAAAACATGGCCGAACAATTAGAAAATCGTATGAAATTCCGTCGCGTTCAAAAAATGGCCATCCAAAAA
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_CBWB        ACTAATCCTAATGGCTTAAGATTAGGAATTATTCGAACTTGGGATTCCCAATGGTGCGTTAACGACAAAGAAATACCAGCTTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTCAATT---AATTAATAATTTTAGCAAAAGAAACTCTATTAGTCAAATTGAAATTCAAAGATTAAAAGAAAAAACTAAAAACCGCATTACAATTACGATCCACACTGCCAAACCAGGAATTATTATTGGCAAAGATGGTGAAACT-CGTAATAAAATTCAGGCCCAATTAAAAAAATTAACTCAAAAAGACATTAATTTAAACATTTTGGAAGTTAAAAATCCTGACAAAACCGCTGTATTAGTGGCTCAAAACATGGCCGAACAATTAGAAAATCGTATGAAATTCCGTCGCGTTCAAAAAATGGCCATCCAAAAA
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_CBRYL       ACTAATCCTAATGGTTTAAGATTAGGAATTATTCGAACTTGGGATTCCCAATGGTGCGTTAACGACAAAGAAATACCAGCTTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTCAATT---AATTAATAATTTTAGCAAAAGAAGCTCTATTAGTCAAATTGAAATTCAAAGATTAAAAGAAAAAACTAAAAACCGCATTACAATTACGATCCACACT-CCAAACCAGGAATTATTATTGGCAAAGATGGTGAAACTTCGTAATAAAATTCAGGCCCAATTAAAAAAATTAACTCAAAAAGACATTAATTTAAACATTTTGGAAGTTAAAAATCCTGACAAAACCGCTGTATTAGTGGCTCAAAACATGGCCGAACAATTAGAAAATCGTATGAAATTCCGTCGTGTTCAAAAAATGGCAATCCAAAAA
		Candidatus_Phytoplasma_australiense_AGY         ACTAATCCTAATGGCTTAAGATTAGGAATTATTCGAACTTGGGATTCCCAATGGTGCGTTAACGACAAAGAAATACCAGCTTTAATTAAAGAAGATTTTTTAATTCGTCAATT---AATTAATAATTATAGCAAAAGAAACTCTATTAGTCAAATTGAAATTCAAAGATTAAAAGAAAAAACTAAAAACCGCATTACAATTACGATCCACACTGCCAAACCAGGAATTATTAGTGGCAAAGATGGTGAAACT-CGTAATAAAATTCAGGCCCAATTAAAAAAATTAACTCAAAAAGACATTAATTTAAACATTTTGGAAGTTAAAAATCCTGACAAAACCGCTGTATTAGTGGCTCAAAACATGGCCGAACAATTAGAAAATCGTATGAAATTCCGTCGCGTTCAAAAAATGGCCATCCAAAAA
		Acholeplasma_laidlawii                          ACAAATCCAAACGGACTTAGATTAGGTATCATCCGTACTTGGGAATCAAAACGGTATGCTGATCAAAAAGATGTACCAGCACTTATTAAAGAAGATGCTTTAATTAGAGAATTCCTAAACGAGAACTTTAGTAAA-GCGGGTGTATC--TCAAATTGAGATTGAACGCGTTAAAGCTAAGTCTAAAGAAAGAGTTACAATTAAACTTTATGTTTCAAAACCTGGTATTGCATTAGGTAAAGAAGCATCAGTT-AAAAATAAAGCAGTTTCTAATTTAGAATACTTAACTAAAAAAGAAGTTATCTTAAATATTATTGAAGTAAGACGCCCTGAAAAAGTTGCGGTTTTAGTTGCTCAAAGCATTGCAGAACAATTAGAAAACCGTGCTTCATTCAGACGTGCTCAAAAAATGGCTATTCAACGT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 424 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;