#NEXUS
[written Tue May 15 15:48:07 EDT 2012 by Mesquite  version 2.75 (build 566) at Simba.local/128.36.181.52]

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=107;
	TAXLABELS
		Leotia_lubrica Cladonia_caroliniana Canoparmelia_caroliniana Lachnum_virgineum Sarcoscypha_coccinea Xylaria_hypoxylon Hypocrea_citrina Cochliobolus_heterostrophus Geoglossum_nigritum Botryotinia_fuckeliana Morchella_esculenta Scutellinia_scutellata Xylaria_acuta Trichoglossum_hirsutum Aleuria_aurantia Helvella_compressa Peziza_proteana Mollisia_cinerea Acarosporina_microspora Simonyella_variegata Physcia_aipolia Dermatocarpon_miniatum Trypethelium_unknown Roccella_fuciformis Peltigera_degenii Coccomyces_dentatus Cheilymenia_stercorea Chlorociboria_aeruginosa Caloscypha_fulgens Haematonectria_haematococca Cudoniella_clavus Gyromitra_californica Disciotis_venosa Ascobolus_crenulatus Hydropisphaeria_erubescens Mycoblastus_sanguinarius Sordaria_fimicola Chaetomium_globosum Pertusaria_dactylina Dothidea_sambuci Monilinia_fructicola Pyrenophora_phaeocomes Orceolina_kerguelensis Pyrgillus_javanicus Dendrographa_minor Dibaeis_baeomyces Pyrenula_pseudobufonia Stictis_radiata Lindra_thalassiae Lulworthia_grandispora Monascus_purpureus Spiromastix_warcupii Peziza_vesiculosa Lecanora_hybocarpa Bacidia_schweinitzii Umbilicaria_mammulata Capronia_pilosella Ramichloridium_anceps Endocarpon_pallidulum Exophiala_dermatitidis Exophiala_pisciphila Agonimia_sp Hypocenomyce_scalaris Staurothele_frustulenta Phacidiopycnis_pyri Peltula_umbilicata Peltula_auriculata Lichinella_iodopulchra Orbilia_vinosa Orbilia_auricolor Microascus_trigonosporus Dothidea_insculpta Diaporthe_eres Capnodium_coffeae Pleospora_herbarum Dermea_acerina Pyronema_domesticum Gnomonia_gnomon Diploschistes_ocellatus Trapelia_placodioides Pleopsidium_chlorophanum Acarospora_schleicheri Acarospora_laqueata Tremastophaeria_heterospora Westerdykella_cylindrica Saccharomyces_cerevisiae Saccharomyces_castellii Kluyveromyces_waltii Ashbya_gossypii Candida_glabrata Candida_albicans Kluyveromyces_lactis Debaryomyces_hansenii Neurospora_crassa Aspergillus_fumigatus Aspergillus_nidulans Magnaporthe_grisea Fusarium_graminearum Histoplasma_capsulatum Coccidioides_immitis Podospora_anserina Candida_lusitaniae Candida_tropicalis Candida_guilliermondii Pezizomycotina_sp._TC137 Pezizomycotina_sp._TC161 Pezizomycotina_sp._TC269 
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	TITLE  'Pezizomycotina: Xylonomycetes';
	DIMENSIONS  NCHAR=7259;
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	MATRIX
	Leotia_lubrica               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	Canoparmelia_caroliniana     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	Xylaria_acuta                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	Trichoglossum_hirsutum       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	Aleuria_aurantia             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	Helvella_compressa           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	Peziza_proteana              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	Mollisia_cinerea             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	Peltigera_degenii            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	Haematonectria_haematococca  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	Cudoniella_clavus            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	Gyromitra_californica        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	Disciotis_venosa             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	Ascobolus_crenulatus         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	Hydropisphaeria_erubescens   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	Mycoblastus_sanguinarius     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	Sordaria_fimicola            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	Chaetomium_globosum          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	Pertusaria_dactylina         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	Dothidea_sambuci             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	Monilinia_fructicola         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	Pyrenophora_phaeocomes       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	Orceolina_kerguelensis       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	Pyrgillus_javanicus          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	Dendrographa_minor           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	Lecanora_hybocarpa           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	Umbilicaria_mammulata        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	Diaporthe_eres               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	Dermea_acerina               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	Diploschistes_ocellatus      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	Trapelia_placodioides        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	Pleopsidium_chlorophanum     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	Saccharomyces_cerevisiae     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	Saccharomyces_castellii      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	Kluyveromyces_waltii         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	Ashbya_gossypii              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	Candida_glabrata             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	Candida_albicans             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	Kluyveromyces_lactis         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	Debaryomyces_hansenii        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	Neurospora_crassa            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	Aspergillus_fumigatus        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	Aspergillus_nidulans         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	Magnaporthe_grisea           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	Fusarium_graminearum         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	Histoplasma_capsulatum       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	Candida_tropicalis           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	Candida_guilliermondii       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	Pezizomycotina_sp._TC137     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	Pezizomycotina_sp._TC269     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;



END;

BEGIN TREES;
	Title RAxML_107_6_loci_result;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Leotia_lubrica,
		2 Cladonia_caroliniana,
		3 Canoparmelia_caroliniana,
		4 Lachnum_virgineum,
		5 Sarcoscypha_coccinea,
		6 Xylaria_hypoxylon,
		7 Hypocrea_citrina,
		8 Cochliobolus_heterostrophus,
		9 Geoglossum_nigritum,
		10 Botryotinia_fuckeliana,
		11 Morchella_esculenta,
		12 Scutellinia_scutellata,
		13 Xylaria_acuta,
		14 Trichoglossum_hirsutum,
		15 Aleuria_aurantia,
		16 Helvella_compressa,
		17 Peziza_proteana,
		18 Mollisia_cinerea,
		19 Acarosporina_microspora,
		20 Simonyella_variegata,
		21 Physcia_aipolia,
		22 Dermatocarpon_miniatum,
		23 Trypethelium_unknown,
		24 Roccella_fuciformis,
		25 Peltigera_degenii,
		26 Coccomyces_dentatus,
		27 Cheilymenia_stercorea,
		28 Chlorociboria_aeruginosa,
		29 Caloscypha_fulgens,
		30 Haematonectria_haematococca,
		31 Cudoniella_clavus,
		32 Gyromitra_californica,
		33 Disciotis_venosa,
		34 Ascobolus_crenulatus,
		35 Hydropisphaeria_erubescens,
		36 Mycoblastus_sanguinarius,
		37 Sordaria_fimicola,
		38 Chaetomium_globosum,
		39 Pertusaria_dactylina,
		40 Dothidea_sambuci,
		41 Monilinia_fructicola,
		42 Pyrenophora_phaeocomes,
		43 Orceolina_kerguelensis,
		44 Pyrgillus_javanicus,
		45 Dendrographa_minor,
		46 Dibaeis_baeomyces,
		47 Pyrenula_pseudobufonia,
		48 Stictis_radiata,
		49 Lindra_thalassiae,
		50 Lulworthia_grandispora,
		51 Monascus_purpureus,
		52 Spiromastix_warcupii,
		53 Peziza_vesiculosa,
		54 Lecanora_hybocarpa,
		55 Bacidia_schweinitzii,
		56 Umbilicaria_mammulata,
		57 Capronia_pilosella,
		58 Ramichloridium_anceps,
		59 Endocarpon_pallidulum,
		60 Exophiala_dermatitidis,
		61 Exophiala_pisciphila,
		62 Agonimia_sp,
		63 Hypocenomyce_scalaris,
		64 Staurothele_frustulenta,
		65 Phacidiopycnis_pyri,
		66 Peltula_umbilicata,
		67 Peltula_auriculata,
		68 Lichinella_iodopulchra,
		69 Orbilia_vinosa,
		70 Orbilia_auricolor,
		71 Microascus_trigonosporus,
		72 Dothidea_insculpta,
		73 Diaporthe_eres,
		74 Capnodium_coffeae,
		75 Pleospora_herbarum,
		76 Dermea_acerina,
		77 Pyronema_domesticum,
		78 Gnomonia_gnomon,
		79 Diploschistes_ocellatus,
		80 Trapelia_placodioides,
		81 Pleopsidium_chlorophanum,
		82 Acarospora_schleicheri,
		83 Acarospora_laqueata,
		84 Tremastophaeria_heterospora,
		85 Westerdykella_cylindrica,
		86 Saccharomyces_cerevisiae,
		87 Saccharomyces_castellii,
		88 Kluyveromyces_waltii,
		89 Ashbya_gossypii,
		90 Candida_glabrata,
		91 Candida_albicans,
		92 Kluyveromyces_lactis,
		93 Debaryomyces_hansenii,
		94 Neurospora_crassa,
		95 Aspergillus_fumigatus,
		96 Aspergillus_nidulans,
		97 Magnaporthe_grisea,
		98 Fusarium_graminearum,
		99 Histoplasma_capsulatum,
		100 Coccidioides_immitis,
		101 Podospora_anserina,
		102 Candida_lusitaniae,
		103 Candida_tropicalis,
		104 Candida_guilliermondii,
		105 Pezizomycotina_sp._TC137,
		106 Pezizomycotina_sp._TC161,
		107 Pezizomycotina_sp._TC269;
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