#NEXUS [written Thu Jun 21 09:38:11 EDT 2012 by Mesquite version 2.72 (build 528) at rebecca-kimballs-macbook-pro.local/192.168.2.4] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Crypturellus_soui Tinamus_guttatus Dromaius_novaehollandiae Pterocnemia_pennata Rhea_americana Struthio_camelus Gallus_gallus Crax_alector Chauna_torquata Taeniopygia_guttata ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE 'Matrix in file "Smithetal.Novel40_Loci.nex"'; DIMENSIONS NCHAR=25130; FORMAT DATATYPE = DNA INTERLEAVE GAP = - MISSING = ?; MATRIX Crypturellus_soui ???ACATAGATCTTTTCCAGCATGT-TCAATATATTGCAGTACA--GTTTTCCTT---GGA-GCCTACTTAATGCACAGTGCAAATTGGGAAGGGTGCAAC--GTGACCGTCTCCCTAGGAAAGGAGTGGGCCTTGGCTGCTGTTTATCTCATGGTGAACCTGGCATTTTGTGATCTTTTCTG---AGAAAGATATATCC--ATAGAATGGGTAAGGACT------------------------------------------AGCGTAAATTAG----TCTTCGTGCAATTGGTTGCCGAGGCACTTTCATC------------------------CAGGCTTTGATTGTTCTTCAGACGATCTCCCTGCCTATTGTAGGCCGGGAGAG----------------------TAT-TCGTCAAACAAAGTGTTTTAGCCAACAGACAAACCAAATTAAGAAGAAA-CCTTG-TG-TTTTCATTAGGATACAAAGATCAACGCAAGAATTTTTCTGTCAGACAT-ATAT--TCTCCGAAGGAAA-TGC-ATGGTACACATAAAA-TATTTATGATCATTTCTTACATTGTAGCTATATCTATGTAAAAGCCAAAATAAATACAAACGGTTCCA?????????????????????????????????????????????????????? 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Dromaius_novaehollandiae GCATCTAGCAATTGGAGCTGTGTGGCTGAACATATCAGCCACAGCAGTTAGACAACTGTGAAAATGA---TCACAAAAATCCTATGATGGT--TAAAAAT---AGTGGCT----GATACTTTTTTAAACAGTA--------TTGAAAACTTGCTAGATTGTCTGAGCTT-----AAAGAT-ATATCTCAAATCATCAGAGGAAAAACATGAGACAGTATAAT--AGAGGTATTT-ATT-GGGGAAAGATATC-CTTTAAGCTTTATTGACTTAGTTTAA-----AAACTGTTTCTGCACACCACTAAGCAATCAGAACTTCTCACTCATAAATGACAATTGATACCCATTTGTTCAGACTTC-AAGCTACTAGTTGTTCTGA------CTCCACA-CTGCAAC----TTTGTTACTGCTTAAATTTAATGCACATGCCTCT-----TTCA???????????????????? Pterocnemia_pennata GCATCCAGCAGTTGGAGTTGTGTGGCTGAA-ATGCCAGCCATAGCTGTTAGACATCTATGAAAATGA---TCACAAAAATTATATGACAGT--TAAAAAT---AGTGTCT---GGTTA-CCTTTTAAACAGTA--------TTGAAAATTTTCTACGTCATCTGAGTTT-----AAAGATTATTTCTCAAAACATCAGAGGAAAA--ATGAGGCAATAAATAGAGGAGGTATTT-ATTTGGGGCAAGATATC-CATTAAGCTTTATTGACTTAGTTTAA-----GAACTGTTTCTGCACACCACTAACCAATTAGAACTTCTCACTCATAAATAACAGTTGATACCCATTTGTTCACACTTCTGAGTTACTAATTATTCTAA------TTCCAGA-TAGCAAC----TTTGTTAT---TTAAACTTAATGCAAATGCCTCT-----TTCAACAGGTTATTAATGAAACTC Rhea_americana GCATCCAGCAGTTGGAGCTGTGTGGCTGAA-ATGCCAGCCATAGCTGTTAGACATCTATGAAAATGA---TCACAAAAATTATATGACAGT--TAAAAAT---AGTGTCT---GGTTA-CCTTTTAAACAGTA--------TTGAAAATTTTCTAGGTCATCTGAGTTT-----AAAGATTATTTCTCAAAACATCAGAGGAAAA--ATGAGGCAATAAATAGAGGAGGTATTT-ATTTGGGGCAAGATATC-CATTAAGCTTTATTGACTTAGTTCAA-----GAACTGTTTCTGCACACCACTAACCAATTAGAACTTTTCAGTCATAAATAACAGTTGATACCCATTTGTTCACACTTCTGAGTTACTAATTATTCTAA------TTCCAGA-TAGCAAC----TTTGTTAT---TTAAACTTAATGCAAATGCCTCTTT-----CAACAGGTTATTAATGAAACTT Struthio_camelus GCATCCAGCAGTTGGAGCTGCATGGGTAAACATGCCAGACACAGCAGTTGGACATCTACAAAAATGA---TCACAAAAATCAT--GATAGTTTTAAAAACTCAAGTGGCTGATAGCTA-CTTTTTAAACAGTA--------TTGAAAACGGGCTGTATCGTCTGAGCTT-----AAAGA-TACTTCTCAAATCCTCAGAGGAAAAACATGAGGCAATA-------GAGGTATGT-ATTTGGTGCAAGATACC-CTTTAAGC-TTA--GACTTGGTTTAA-----AAACTGTTTCTGCATACCTCTAACCAATTAGAACTTCTCAGTCATAAATGACAATTGATACCC-TTTGTTCACGCTTCTGAGCTATCTAGAGTTAGAATTAGAACAACTAG-TAGCAAC----TTTGTTACTAATTAAACTTAATGCAAATACCTCTTTC------ACAGGTTATTAATGAAACTT Gallus_gallus GTGTCTGGCAGTCCAAGCTGCATGGCTGAATGTGC-TGATGTAGCAAATGTACTTCTGTGGAATAGA---CCTCAAAACAGATCTGAGAAC------AGCTTGAGTGACTGACAGCC-CGTGTTTAGAGGAGA-------CTTTAGGTTCAGTTGAGTT-GC-AAGTCCTC----AAG---ATTTCTCCCATTGCATAAGAAAAA---TGTTGCAGG-------AGAAGCGTTT-ATTAGGGGCAGGATAGTGTATTTGT--------ACTAAA-TTGAAGTTTAGATGGTTAAGCGTGTGCAGCTACCATTTA-AACTTCTCATTCATAGGCAAATGCTGATACC--TTTGTTCACAT--CTGTGCTACTATTTGTTTCAGTTCTAACTCTTTA-TAACAAC------TGT-----CTTAAGCTTAATGCAAGTGTCTGT---TTTTCAACAGGTTATTAATGAAACTT Crax_alector GCATCTGGCAGTCCACGCTGCCTGGCTGAACATAC-AGATGTAGCAAATGTACATCCATGGAATRGA---CCACAAAACTGATCTGAGAAT------GGCTTGAGCGGCTGACAGTT--CTGTTTAGAGAAGA---------TTAAGTTCAGTTAAATTAGC-AAGTTC------AAG---ACTTCTCTCATCACTTAAGAAAAA---TGTTGCAGT-------AGAAGTACTT-ATTAGGGGCAAGATTCTGTGTTCAG--------ACTAAG-TCAAAGCTTAAATGGCTTCTGCACACCACTGACCAGCTA-AACTTCT-------AAGTGAATGCTGTTAACTATTTGTTCAC----------------TTGTTCCAATTCTAACTCTTTA-TAACCAT--------------CTTAAGCTTAA?????????????????????????????????????????? Chauna_torquata GCATCTGGCAGTCCAAGCAGCATGGCTGAACATGC-AGATGTGGCAAAGAATTTTGTGATTTATTCA--ATGG--AAATCCATGTGAGAATAAAAAAAATTTGAGTAGCTGACAATTACCTGTTTAGAGAGGA-------TTTTAAGTTCAGCTGAGTT-GCTAAGGTCTCTGTAAAG---ACTTCTCCCATCACCTGAGAAAAA---TGTGGCAGTAAAC---ACAGGTACTT-ACTGGGGGCAAGATACTGTTTTCAG--------ACTAAG-TCAAAGTTCAGATGGTTTCTGCACACCATTAACCAACTAGAACTTCTCATTTAT----GACAGCTGGTATCTATTCGTA------------CTACTAGTTGTTCCAATTCTAGCTCCTT---AACAAC------TGT-----CTTAAACTTAATGCAAGTATCTCTGTTTTTTCAACAGGTTATTAATGAAACTT Taeniopygia_guttata GCAGCTGGCATTCCAAGCTGTGT----GAACATAC-AGATATAGCAAACAGGYTTSTCTGGGGAAAAAAATCA--AAATTCATCTGATAGT--RAAACTTTTAARTTGSTGACYGTTACCTGTGTATTGCTTA--------TTTAAGTTCAGCTGAATTAGC-AAATTCTSCMTAGA-----TTTCCTT---------AGGAAA-GCATATGACAGTAAAC---AGAGATACTTTACTTAGGATAAGATGCTGTTGTTGGT----GTAAGTAAA--TAAAACATGAATGGTTTTYGTATGCTATTTACAAACTAGAATTTCTCAT----AAGTGAGAGCTGATGCCCACTTGTGTACAT-TTTGGA--ACTGGATGTTCYACTTGTAGCTCTTAAAAAACCCACAAAAATCTTCCTMCTAAAACTTAATGCAAGCATTTCTG-TTTTTCATTAGGTTATTAATGAAACTT ; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "Smithetal.Novel40_Loci.nex"'; 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