NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:07:05]
[Matrix accession#: M2114]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2114;
	DIMENSIONS  NTAX=63;
	TAXLABELS
		Rubus_ulmifolius	Rubus_saxatilis	Rosa_woodsii	Rosa_willmottiae	Rosa_wichurana	Rosa_virginiana	Rosa_villosa	Rosa_tomentosa	Rosa_tomentella	Rosa_suffulta	Rosa_subcollina	Rosa_subcanina	Rosa_stylosa	Rosa_stellata	Rosa_spinosissima	Rosa_sicula	Rosa_sherardii	Rosa_sertata	Rosa_sericea	Rosa_rugosa	Rosa_rubiginosa	Rosa_roxburghii	Rosa_pseudoscabriuscula	Rosa_primula	Rosa_persica	Rosa_palustris	Rosa_odorata	Rosa_nitida	Rosa_multiflora	Rosa_multibracteata	Rosa_mosqueta	Rosa_montana	Rosa_mollis	Rosa_micrantha	Rosa_majalis	Rosa_laxa	Rosa_laevigata	Rosa_jundzillii	Rosa_inodora	Rosa_hugonis	Rosa_helenae	Rosa_glauca	Rosa_gallica	Rosa_foetida	Rosa_elliptica	Rosa_ecae	Rosa_corymbifera	Rosa_columnifera	Rosa_chinensis_C38	Rosa_chinensis_C20	Rosa_carolina	Rosa_canina	Rosa_caesia	Rosa_bracteata	Rosa_blanda	Rosa_beggeriana	Rosa_banksiae	Rosa_arvensis	Rosa_arkansana_II	Rosa_arkansana_I	Rosa_altaica	Rosa_agrestis	Rosa_abietina
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2114;
	DIMENSIONS NCHAR=616;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = N GAP = - ;
	MATRIX
		Rubus_ulmifolius              -----TGTCGAAATTTTTTT-GCGAAAATGACTGNNNNNNNNNNNNNNNAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGG-ATGGTACCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT----------------ATTTATTTTTATTTAATTTCAGTAAATTAAAAAGTTCAA-CCAAAACCCATTTTAAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--TGAACCCCATTTATTTACTTACT-----ATTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTATGCTTAGCCTAT-TGTTTTCTATTTTTTTTTTTTAGCCTATTCTTTTTTTCATGTTTATGGGACGA-ATTCTGCATATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAATATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGATATTTCGATTC--AAAAAGTACAATATTAGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
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		Rosa_multiflora               AAATATGTCGAAATTTTTTT-GCGAAAATGACTGAAATCAAAAATAAATAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT--------------------------ATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAA-TCAAAACCTATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--CGAACCCTATTTATTTACTTACT-----ATTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-TATTTTCTATTTTCTTTTT--AGCCTATTCTTTTTTTCATGTTTATGG-ACGA-ATTCTGCCTATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGATATTTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTCGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
		Rosa_multibracteata           AAATATGTCGAAATTTTTTT-GCGAAAATGACTGAAATCAAAAATAAATAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT--------------------------ATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAA-TCAAAACCTATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--CGAACCCCATTTATTTACTTACT-----TTTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-TATTTTCTATTTTCTTTTT--AGCCTATTCTTTTTTTCATGTTTATGG-ACGA-ATTATGCCTATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAACATATATCACTCTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGATATTTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTAGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
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		Rosa_canina                   ------------------------------------------------------------AACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT--------------------------ATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAA-TCAAAACCTATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--CGAACCCCATTTATTTACTTATT-----ATTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-TATTTTCTATTTTCTTTTT--AGCCTATTCTTTTTTTCATGTTTATGG-ACGA-ATTCTGCCTATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGATATTTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTCGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
		Rosa_caesia                   AAATATGTCGAAATTYTTTT-GCGAAAATGACTGAAATCAAAAATAAATAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT--------------------------ATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAA-TCAAAACCTATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--CGAACCCCATTTATTTACTTATT-----ATTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-TATTTTCTATTTTCTTTTT--AGCCTATTCTTTTTTTCATGTTTATGG-ACGA-ATTCTGCCTATTTTTACATTTAGCGATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGATATTTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTCGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
		Rosa_bracteata                ---TATGTCGAAATTTTTTT-GCGAAAATGACTGAAATCAAAAATAAATAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTTTACTTATTGAATTTCAGTAAATACTTATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAA-TCAAAACCTATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--CGAACCCCATTTATTTACTTACT-----ATTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-TATTTTCTATTTTCTTTTT--AGCCTATTCTTTTTTTCATGTTTATGG-ACGA-ATTCTGCCTATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGATATTTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTAGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
		Rosa_blanda                   AAATATGCCGAAATTTTTTT-GCGAAAATNACTGAAATCAAAAATAAATAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT--------------------------ATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAAATCAAAACCTATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--CGAACCCCATTTATTTACTTACT-----ATTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-----------------------------TCTTTTTTTCATGTTTATGG-ACGAAATTCTGCCTATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGAATATTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTAGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
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		Rosa_banksiae                 AAATATGTCGAAATTTTTTT-GCGAAAATGACTGAAATCAAAAATAAATAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT--------------------------ATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAA-TCAAAACCTATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--CGAACCCCATTTATTTACTTACG-----ATTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-TATTTTCTATTTTCTTTTT--AGCCTATTCTTTTTTTCATGTTTATGG-ACGA-ATTCTGCCTATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGATATTTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTAGAAATTTGAAAAACAAAGGTTGGG
		Rosa_arvensis                 AAATATGTCGAAATTTTTTT-GCGAAAATGACTGAAATCAAAAATAAATAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT--------------------------ATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAA-TCAAAACCTATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCTATGGAATT--CGAACCCCATTTATTTACTTACT-----ATTTTTTTCTAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-TATTTTCTATTTTCTTTTT--AGCCTATTCTTTTTTTCATGTTTATGG-ACGA-ATTCTGCCTATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCTTATTATTTAGATATTTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTCGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
		Rosa_arkansana_II             AAATATGCCGAAATTTTTTT-GCGAAAATGACTGAAATCAAAAATAAATAAATGTTCGATAACAAAACAAGTTAAGTTGATCGGTTAATTGAATCAATAACAATAAGAAATGGGCCTTAGCAATCGATTCCGTTGGTACCAT-CCAACGGAATCCAATTCAATTGTTTACTT--------------------------ATTGAATTTCAGTAAATTCAAAAGTTCAA-TCAAAACCYATTTTCAAAATATCAAGTGGATGAATAAAAATTTTGTGCAAGTCTTTTATTTGCCTATCATTATAGACAATACCTTCCATATTATCBATGGAATT--CGAACCCCATTTATTTACTTACB-----ATTTTTTTCBAT-CTCATCG----GTCCTTATTTATGATTTCAGCATATCGATTTACGCTTAGCCTAT-----------------------------TCYTTTTTTCATGTTTATGG-ACGA-ATTCKGCCTATTTTTACATTTAG-GATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGCGAATTTCY-ATTATTTAGATATTTCGATTTT-AAAAAGTACAATATTAGAAATTTGAAAAACAAAGATTGGG
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BEGIN CODONS;
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 N: 1 - 616 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
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BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
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