NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 21:07:15] [Matrix accession#: M2132] BEGIN TAXA; TITLE M2132; DIMENSIONS NTAX=68; TAXLABELS Marcelleina_personii_2 Marcelleina_personii_1 Ascobolus_crenulatus Scabropezia_flavovirens Marcelleina_pseudoanthracina Ascobolus_denudatus Ascobolus_carbonarius Iodophanus_carneous Iodophanus_hyperboreus Melastiza_contorta Byssonectria_terrestris Morchella_elata Neolecta_vitellina Peziza_ampliata Terfezia_claveryi Peziza_varia_1 Peziza_varia_2 Peziza_varia_3 Peziza_arvernensis Peziza_echinispora Peziza_subcitrina Peziza_lobulata Peziza_subviolacea Peziza_michelii Peziza_howsei Peziza_ampelina Peziza_polaripapulata Peziza_whitei Peziza_obtusapiculata Peziza_vesiculosa Peziza_retrocurvata Peziza_sp_3 Peziza_sp_4 Peziza_succosella Peziza_succosa Peziza_quelepidotia Peziza_natrophila_2 Peziza_subisabellina_2 Peziza_subisabellina_1 Peziza_bananicola Peziza_ellipsospora Peziza_phyllogena_2 Peziza_phyllogena_1 Tirmania_nivea Tirmania_pinoyi Plicaria_carbonaria Plicaria_trachycarpa Ruhlandiella_berolinensis Peziza_saniosa Peziza_badiofusca Peziza_limnaea Peziza_depressa Iodowynnea_auriformis_2 Hydnotryopsis_sp Peziza_gerardii_4 Peziza_gerardii_3 Peziza_gerardii_2 Peziza_gerardii_1 Pachyella_violaceonigra Pachyella_adnata Pachyella_punctispora Pachyella_babingtonii_2 Pachyella_babingtonii_1 Pachyphloeus_citrinus Sarcosphaera_coronaria Amylascus_tasmanicus Boudiera_dennisii Boudiera_tracheia ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M2132; DIMENSIONS NCHAR=1707; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Melastiza_contorta AGGCATGTGGACTCGTCAAGAATCTGGCCTTGATGTCGTACATCACCGTCGGCACTCCTGGACACCCTTTGGTCAACTTTATGGCTGAGCAAAACATGGAGTTCTTGGAGGAGTACGAGCCACAGAGATCTCCCAACGCTACGAAGATCTTTTTGAACGGAGTCTGGATCGGTATTCACCGAGACCCGCTCCATCTTGTTCGCCTTGTCCAGGAGCTCAGACGTCGCGGATCCATCAGCCACGAAGTCAGTGTTATTCGAGATATTCGTGACCGTGAATTCAAGATCTTTACCGATGCTGGCCGAGTATGCCGACCGCTCTTCGTCATTGACAACGACCCTACACATGAACGTCGCGGCCAGTTGGTTTTGACGAAGGATCACGTCATGCAGCTAGAGGAAGACGCGGAAGTTTCAGCAGAAGAACAG------AGGTTCGGATGGAAGGGCTTGCTGGAATGCGGTGCTGTGGAATATGTGGACGCAGAGGAAGAAGAGACAATCATGATTGTCATGACCCCCGAGGATCTTGAAGTGTCTCGCCAGGTCCAGCAGGGTTACGAACTGGCCGAGGAG---ACGGATCCGGGCAAGCGAGTCAAGACGCCCGTCAACAAGAAT------ACGAACCAGTACACCCATTGCGAAATCCACCCTAGTATGATTTTGGGTATCTGTGCCAGCATTATTCCCTTCCCGGATCACAATCAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Neolecta_vitellina 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Peziza_saniosa 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Peziza_gerardii_4 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Boudiera_tracheia AAGCCTGCGGACTTGTCAAGAATCTCGCGCTCATGGCGTACGTCTCCGTCGGATCACCATCGGAGCCCATTATCGACTTCATGCTGCAGCGGAACATGGAGGTACTCGAAGAATACGAGCCGTCTCGATCGCCAAACGCCACGAAGATTTTCGTGAACGGCGTCTGGGTTGGTATACATCGTGACCCAGCCTTTATTGTCAGAACTGTTCAGCGGTTGCGCCGGCAGAATCATATCGGATCCGAGGTGTCATTGGTCCAAGATGTTAGAAACAGGGAATTCAAGATCTGCACCGATGCCGGACGTATTCTCCGGCCGCTGTTTGTTGTCGACAATGACCCTGCGAGCCCCCGGCGTGGAGAGCTGGTGTTGCAGAAACATCATATCGAGAAATTGGAGGACGATAAAGAGGCAGAGGAAGAACAC---------AAATACGGGTGGCAAGGACTGATTAGTGATGGTGTAGTGGAGTACATCGACGCAGAGGAAGAAGAGACGGTCATGATTGTTATGACTCCGGAGGATCTGGAAACGTCAAGACAATTTCATGCCGGATACGAGATCTCCAGTGACAATGCCGACCCAGCGCAGCGGGTGAAGGCCCCGGTCAACAAGTAT------GCACATACATGGACACATTGTGAGATCCATCCCAGTATGATATTGGGCATTTGTGCCAGTATCATCCCATTCCCCGACCATAATCAGTCACCC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = 1: 3 - 1707 \ 3 1707 , 2: 1 - 1705 \ 3 , 3: 2 - 1706 \ 3 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; END;