NEXUS
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[Matrix accession#: M2138]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2138;
	DIMENSIONS  NTAX=8;
	TAXLABELS
		Anas_strepera	Anas_sibilatrix	Anas_platyrhyncos	Anas_penelope	Anas_falcata	Anas_crecca	Anas_americana	Anas_acuta
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2138;
	DIMENSIONS NCHAR=1011;
	FORMAT SYMBOLS = " 0 1 2 A C G T " MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Anas_strepera           CATACATTTATATTCCCCATATATTAACCTATGGTCCCGGTAATAA-ACACTATTAACCAACTACCCTACATGCACGGACTAAACCCATCACATGTAAACGGTCATACCTCGCTCAACGGACTC-CCCT-CCCAACCAACCTAGGGTGAATGCTCTAAGACTCAAC-TTTCTAGCACCACATAAC-T-GCTCTC-CGGCCAAAACAAGACCCCAT--AAGATGAATGCTTAGCGGACATACCTTACTAATC-TCTAGGCTCCTC--------CCCATTACTCATGAAGCTGCGTACCAGATGGATTTATTAGTCGTACACCTCACGTGAAATCAGCAATCCTTGCACATAATGTCCGATGTGACTAGCTTCAGGCCCATACGTTCCCCCTAAACCCCTCGCCCTCCTCACATTTTTGCGCCTCTGGTTCCTCGGTCAGGGCCATCAATTGGGTTCACTCACCTCTTCCTTGCCTTTCAAAGTGGCATCTGTGGAATACTTCCACCATCTCAATGCGTAATCGCGGCATCCTCCAGCTTTTTGGCGCCTCTGGTTCCTTTTATTTTTTCCGGGGTTACCTCACAGCTGGCCCTTCCCAGTGACTTCGGGGGTCCCACAATCTAAGCCTGGACACACCTGCGTTATCGTCCTATCCTATATCTCAAGGGCTACTCGATGAGACGGTTGGCGTATATGGGGAATCACCTTGACACTGATGCACTTTGACCACATTCAGTTAATGCTCTCCTCCACAGCTCTATATAATAGGGCTATTTAGTGAATGCTCGATGGACATACCTTAAAAACAA-AAACCACCCCCCCCCACACAACCCCACG--ATATATATATAT--ACAACAC-GAATAACATAACAACATAACCTAAATTTATTAGAGAAACTCCAGCACTAAAGACGATCCAAATTTGATGACAATCATTACTTTGACCTAACAAACATTACCCGATTAGCCAACCACCTGCCC0110010111001001001110200011
		Anas_sibilatrix         CATACATTTATATTCCCCATATATTAACCTATGGTCCCGGTAATAA-ACACTATTAACCAACTATCCTACATGCACGGACTAAGCCCATCATATGTAAACGGACATACCCTACTCACTGGACTA-CCCT-CCCAACGGACCCAGGATGAATGCTCTAAGACCCGAC-TCTCCAACACCACATAACCT-GCTCTC-CGACCAGAACAAGGCCCCAT--AGAGTGAATGCTTGACGGACATACCTTACCAATA-TCTAGGCTCCTC--------CCCATTACTCATGAAGCTACGTACCAGATGGATTTATTAGTCGTACACCTCACGTGAAATCAGCAATCCTTGCATATAATGTCCGATGTGACTAGCTTCAGGCCCATACGTTCCCCCTAAACCCCTCGCCCTCCTCACATTTTTGCGCCTCTGGTTCCTCGGTCAGGGCCATCAATTGGGTTCACTCACCTCTTCCTTGCCTTTCAAAGTGGCATCTGTGGAAGACTTCCACCATCTCAATGCGTAATCGCGGCATCCTCCAGCTTTTTGGCGCCTCTGGTTCCTCTTATTTTTTCCGGGGTTACCTCACAGCTGGCCCTTCCCAGTGACTTCGGGGGTCCCACAATCTAAGCCTGGACACACCTGCGTTATCGTCCTATCCTATATCTCAGGGGTTACTCAATGAGACGGTTGGCGTATATGGGGAATCACCTTGACACTGATGCACTTTGACCACATTCAGTTAATGCTCTCCTCCGCAGCTCTATATAATAGGGCTATTTAGTGAATGCTCGATGGACATACCTTAAAAACAA-AAACCA---CCCCACACACAATCCCACAATATATATATACAC--ACAACAT-GAAT-ACATAACAATTTGACCTAAATTTATTAGAGAAACTCCAGCACTAAAGACGATTCAAATCCGATGACAATCATTACTTTGACCTAATAAACATTACCCGATTAGCCAACCACCTGCCC0110010111101001001110010001
		Anas_platyrhyncos       CATACATTTATATTCCCCATATATTAACCTATGGTCCCGGTAATAA-ACACTATTAACCAACTATCCTACATGCACGGACTAAACCCATCACATGTCAACGGACATACCCTACT-ATCGGACTA-CCCT-CCCAACGGACCCAGAGTGAATGCTCTAATACCCAACACCTC-AACACCACATAACAT-GCCC-C-CAACCAGAACAAGGCCCCAT-AATGATGAATGCTTGACAGACATACCCTACCAACACTCCAAATTCCTCTCCACCCACCCATTACTCATGAAGCTGCGTACCAGATGGATTTATTAATCGTACACCTCACGTGAAATCAGCAATCCTTGCACATAATGTCCGACGTGACTAGCTTCAGGCCCATACGTTCCCCCTAAACCCCTCGCCCTCCTCACATTTTTGCGCCTCTGGTTCCTCGGTCAGGGCCATCAATTGGGTTCACTCACCTC-TCCTTGCCCTTCAAAGTGGCATCTGTGGAATACTTCCACCATCTCAATGCGTAATCGCGGCATCTTCCAGCTTTTTGGCGCCTCTGGTTCCTTTTATTTTTTCCGGGGTTACCTCACAGCTGGCCCTTCCCAGTGACTTCGGGGGTCCCACAATCTAAGCCTGGACACACCTGCGTTATCGCGCTATCCTATATCTCAGGGATTACTCAATGAGACGGTTGGCGTATATGGGGAATCACCTTGACACTGATGCACTTTGACCACATTCAGTTAATGCTCT-CTCCACAGCTCTATATAATAGGGCTATTTAGTGAATGCTCGATGGACATACTTTAAAAAC-A-AAACCA---CCCCAACCACAACCCCACA--ATATATATATACATACAAAACGAAAT-GCAT---AACATGACCTAAATTTATTAGAGAAACTCCAGCACTAAAGACGATCCAAACCCGATGACAATCATTACTTTGACCTAACAAACATTACCCAATTAACCAGCCACCTGCCC0100011101100011110000001100
		Anas_penelope           CATACATTTATATTCCCCATATATTAACCTATGGTCCCGGTAATAA-ACACTATTAACCAACTATCCTACATGCACGGACTAAGCCCATCATATGTAAACGGACATACCCTACTTAGCGGACTA-CCCT-CCCAACGAACCCAGGATGAATGCTCTAAGACCTAAC-TCTCTAACACCACATAAGCT-GCCCTC-CGACCAGAACAAGGCCCCAT--AAGGTGAATGCTTAACGGACATACCTTATCATTA-TCTAGGCTCCTC--------CCCATTACTCATGAAGCTGCGTACCAGATGGATTTATTAGTCGTACACCTCACGTGAAATCAGCAATCCTTGCACATAATGTCCGATGTGACTAGCTTCAGGCCCATACGTTCCCCCTAAACCCCTCGCCCTCCTCACATTTTTGCGCCTCTGGTTCCTCGGTCAGGGCCATCAATTGGGTTCACTCACCTCTTCCTTGCCTTTCAAAGTGGCATCTGTGGAATACTTCCACCATCTCAATGCGTAATCGCGGCATCTTCCAGCTTTTTGGCGCCTCTGGTTCCTCTTATTTTTTCCGGGGTTACCTCACAGCTGGCCCTTCCCAGTGACTTCGGGGGTCCCACAATCTAAGCCTGGACACACCTGCGTTATCGTCCTATCCTATATCTCAGGGGTTACTCGATGAGACGGTTGGCGTATATGGGGAATCACCTTGACACTGATGCACTTTGACCACATTCAGTTAATGCTCTCCTCCGCAGCCCTGTATAATGGGGCTATCTAGTGAATGCTCGATGGACATACCTTAAAAACAA-AAACCA---CCCCACACACAACCCCACGGTATATATATATAC--ACAACAT-GAAT-ACATAACAATTTGACCTAAATTTATTAGAGAAACTCCAGCACTAAAGACGATTCAAATCTAATGATAATCATTACTTTGACCTAACAAACATTACCCGATTAGCCAGCCACCTGCCC0110010111101001001110010001
		Anas_falcata            CATACATTTATATTCCCCATATATTAACCTATGGTCCCGGTAATAA-ACATTATTAACCAACTATCCTACATGCACGGACTAAACCCATCACATGTAAACGGACATACCTCGCTTAACGGACTCTCCCT-CCAATCCAACCCAGGATGAATGCTCTAAGACTCAAC-TCTCTAGCACCACATAAC-T-GCTCTT-CGGCCAAAACAAGGCCCCAT--AGGATGAATGCTCAATGGACATACCTTACTAACC-TCTAGGCTCCTC--------CCCATTACTCATGAAGCTTCGTACCAGATGGATTTATTAGTCGTACACCTCACGTGAAATCAGCAATCCTTGCACATAATGTCCGATGTGACTAGCTTCAGGCCCATACGTTCCCCCTAAACCCCTCGCCCTCCTCACATTTTTGCGCCTCTGGTTCCTCGGTCAGGGCCATCAATTGGGTTCACTCACCTCTTCCTTGCCTTTCAAAGTGGCATCTGTGGAATACTTCCACCATCTCAATGCGTAATCGCGGCATCCTCCAGCTTTTTGGCGCCTCTGGTTCCTTTTATTTTTTCCGGGGTTACCTCACAGCTGGCCCTTCCCAGTGACTTCGGGGGTCCCACAATCTAAGCCTGGACACACCTGCGTTATCGTCCTATCCTATATCTCAGGGGTTACTCGATGAGACGGTTGGCGTATATGGGGAATCACCTTGACACTGATGCACTTTGACCACATTCAGTTAATGCTCTCCTCCACAGCTCTATATAATAGGGCTATTTAGTGAATGCTCGATGGACATACCTTAAAAAC-A-AAACCA-CCCCCCCCACACAACCCCACG--ATATATATATAC--ACAACAC-GAATAACATAACAACATAACCTAAATTTATTAGAGAAACTCCAGCACTAAAGACGATCCAAATTTGATGACAATCATTACTTTGACCTAACAAACATTACCCGATTAGCCAACCACCTGCCC0111010111001001001100100011
		Anas_crecca             CATACATTTATATTCCCCATATATTTACCTATGGTCCCGGTAATGA-ACATCATTAGTCAACTACCCTACATGCACGGACTAAACCCATCACATGCTAACGGACATGCCCTACTCAACACACTA-CTCT-CCCAACGAACATAGGATGAATGCCTTAACA-CTAACAACTCTAGCACCACATACAATCTCCCTC-CGACCAGAACAAGGCCCCATGGAAG-TGAATGCTTGACAGACATACCCCGCCAATA-TCCAGGCTCCTC--------CCCATTACTCATGAAGCTTCGTACCAGATGGATTTATTGATCGTACACCTCACGTGAAATCAGCAATCCTTGCATATAATGTCCGATGTGACTAGCTTCAGGCCCATACGTTCCCCCTAAACCCCTCGCCCTCCTCACATTTTTGCGCCTCTGGTTCCTCGGTCAGGGCCATCAATTGGGTTCACTCACCTCTTCCTCGCCTTTCAAAGTGGCATCTGTGGAATACTTCCACCATCTCAATGCGTAATCGCGGCATCTTCCAGCTTTTTGGCGCCTCTGGTTCCTTTTATTTTTTCCGGGGTTACCTCACAGCTGGCCCTTCCCAGTGACTTCGGGGGTCCCACAATCTAAGCCTGGACACACCTGCGTTATCGTCCTATCCTATATCTCAGGAGTTACTCAATGAGACGGTTGGCGTATATGGGGAATCACCTTGACACTGATGCACTTTGACCACATTCAGTTAATGCTCTACTCCGCAGCTCTATATAATAGGGCTATTTAGTGAATGCTCGATGGACATACCTTAAAAACAACAAACCA---CCCCAATCACAATCCCACA--ATATATATATAC--ACAACAC-AAAT-ACATTACAATATGATCTAAACTTATTAGAGAAACTCCAGTACTAAAAACGATCCAAATCTAACGACAATCATTACTTCGACCTAACAAACATTACCCGATTAACCAGCCACCTGCCC0110001111111020001111000001
		Anas_americana          CATACATTTATATTCCCCATATATTAACCTATGGTCCCGGTAATAA-ACACTATTAACCAACTATCCTACATGCACGGACTAAGCCCATCATATGTAAACGGACATACCCTACTCACTGGACTA-CCCT-CCCAACGGACCCAGGATGAATGCTCTAAGACTCAAC-TCTCCAACACCACACGACCT-GCCCTC-CGACCAAAACAAGGCCCCAT--AGAATGAATGCTTGATAGACATACCTTACCAATA-TCTAGGCTCCTC--------CCCATTACTCATGAAGCTACGTACCAGATGGATTTATTAGTCGTACACCTCACGTGAAATCAGCAATCCTTGCACATAATGTCCGATGTGACTAGCTTCAGGCCCATACGTTCCCCCTAAACCCCTCGCCCTCCTCACATTTTTGCGCCTCTGGTTCCTCGGTCAGGGCCATCAATTGGGTTCACTCACCTCTTCCTTGCCTTTCAAAGTGGCATCTGTGGAAGACTTCCACCATCTCAATGCGTAATCGCGGCATCCTCCAGCTTTTTGGCGCCTCTGGTTCCTTTTATTTTTTCCGGGGTTACCTCACAGCTGGCCCTTCCCAGTGACTTCGGGGGTCCCACAATCTAAGCCTGGACACACCTGCGTTATCGTCCTATCCTATATCTCAGGGGTTACTCGATGAGACAGTTGGCGTATATGGGGAATCACCTTGACACTGATGCACTTTGACCACATTCAGTTAATGCTCTCCTCCGCAGCTCTATATAATAGGGCTATTTAGTGAATGCTCGATGGACATACCTTAAAAACAA-AAACCA---CCCCACACACAATCCCACAATATATATATACAC--ACAACAT-GAAT-ACATAACAATTTGACCTAAATTTATTAGAGAAACTCCAGCACTAAAGACGATTCAAATCCAATGACAATCATTACTTTGACCTAATAAACATTACCCGATTAGCCAACCACCTGCCC0110010111101001001110010001
		Anas_acuta              CATACATTTATATTCCCCATATATTAACCTATGGTCCCGGTAATAAGAC-TTATTAATCAACTATCCTACATGCACGGACTAAACCCATCATATGTTAACGGACATACCCTACTCAACGGACTA-CCCTCCCCAACGGACCCAGGATGAATGCCCCAACACCCAACA--TCCAACACCACAT-CCAC-ACTCTCTCGACCAGAACAAGGCCCCAT--AAGATGAATGCTTGACAGACATACCTCGCCAATA-CCTAGGCTCCTC--------CCCATTACTCATGAAGCTACGTATCAGATGGATTTATTAGTCGTACACCTCACGTGAAATCAGCAATCCTTGCACATAATGTCCGATGTGACTAGCTTCAGGCCCATACGTTCCCCCTAAACCCCTCGCCCTCCTCACATTTTTGCGCCTCTGGTTCCTCGGTCAGGGCCATCAATTGGGTTCACTCACCTCTTCCTTGCCTTTCAAAGTGGCATCTGTGGAAGACTTCCACCATCTCAATGCGTAATCGCGGCATCCTCCAGCTTTTTGGCGCCTCTGGTTCCTTTTATTTTTTCCGGGGTTACCTCACAGCTGGCCCTTCCCAGTGACTTCGGGGGTCCCACAATCTAAGCCTGGACACACCTGCGTTATCGTCCTATCCTATATCTCAAGGGTTACTCAATGAGACGGTTGGCGTATATGGGGAATCACCTTGACACTGATGCACTTTGACCACATTCAGTTAATGCTCTCCTCCGCAGCTCTATATAATAGGGCTATTTAGTGAATGCTCGATGGACATACCTTAAAAACAA-AAACCA---CCCCAACCACAACCCCACA--ATATATATATAC--ACAACAC-GAAT-GCATGACAACATAACCTAAATTTATTAGAGAAACTCCAGCACTAAAGACGATCTAAATCCGATGACAATCATTACTTTGACCTAACAAATATTACCCAATTAGCCAGCCACCTACCC1010111010101101001110000001
	;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
USERTYPE indelcodes STEPMATRIX = 7 
 0 1 2 A C G T 
 . 1 1 1 1 1 1 
 1 . 1 1 1 1 1 
 1 1 . 1 1 1 1 
 1 1 1 . 1 1 1 
 1 1 1 1 . 1 1 
 1 1 1 1 1 . 1 
 1 1 1 1 1 1 . 
 ; 
 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;