#NEXUS [written Wed Sep 26 21:34:49 CEST 2012 by Mesquite version 2.75 (build 566) at JCarlos-Villarreals-MacBook-Pro.local/10.153.18.138] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=88; TAXLABELS Anthoceros_agrestis Anthoceros_angustus Anthoceros_caucasicus Anthoceros_scariosus Anthoceros_fusiformis Anthoceros_lamellatus Phaeoceros_tenuis Anthoceros_laminiferus Anthoceros_macounii Anthoceros_neesii Anthoceros_orizabensis Anthoceros_patagonicus_subsp_gremmensis Anthoceros_punctatus Anthoceros_sambesianus Anthoceros_tristanianus Anthoceros_tuberculatus Anthoceros_venosus Dendroceros_breutelii Dendroceros_chicoraceus Dendroceros_crispatus Dendroceros_crispus Dendroceros_difficilis Dendroceros_javanicus Dendroceros_paivae Folioceros_fuciformis Folioceros_glandulosus Leiosporoceros_dussii Megaceros_denticulatus Megaceros_flagellaris Megaceros_gracilis Megaceros_pellucidus Nothoceros_aenigmaticus Nothoceros_canaliculatus Nothoceros_canaliculatus_subsp_nova Nothoceros_endiviaefolius 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Anthoceros_laminiferus 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Anthoceros_neesii 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Anthoceros_punctatus 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Anthoceros_sambesianus 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Anthoceros_tristanianus 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Anthoceros_tuberculatus 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Anthoceros_venosus AGCCTCTGATTTATGTGTTATTTATTTATTTCCATTTCTTTCACGCCAATGCCGGTTACCGGAGATAACTTTATCTAACTATTTCTAGGATGGGAGGGAGTCGGTCCTGCTCTATATTCGTCAATTAATTCTTGGTTTACATGACTTTAGGCAAATAAAGCAGCTATCAAAGCTATGCCTGTGAATCGAGTAGGTGACTTCGGATCAGCTCTTGGGATTATGGGTGTTTTTACCCCTCCTCAAACAGTAGACTTTTCTACTATTTTTGCTTGTGCTAGTGTCTTCTCCGAACCCAATCATTTTTTTGTTTTTTGTAATATGAGATTTCATGCTATAACTGTTATTCGTATTTTACTGTTTATTGGCGCTGCCGGAAAATTTGCATAAATAGGATTGCATACTCGGTTACCCGATGTCATGGAAGGTCTCACTCCAGTATCCGCTTCGATTTATGTAGCTACTATGGTAACAGCAGGCGTTTTTATGATAGCGAGGTGCCCTCCCTCATACGAAAACTCACCTAATGCTTTGATTGTTATTACTTTTGTAGGAGCTATGACGTCATTCTTTGCGGCAACCACAGGAATATTACAGAACGATTTGAAGAGGGTCATAGCTTATCTCATTTGTAGTCAATCAGGCTATATGATCTTTGCTTGCGGCATTTCCAACTATTCCGTTAGCGTATATCATTTGATGAATTATGCTTTTCTTAAAGCATTACTTCCCTTGAGTGCAGGTTCAGTGATTCATGCCATGTCGGATGAGTAAGATATGCGTAAGATGGGAGGACTTGCTTCCCTGTTACCCTTTACCTATGCTATGATGCTTATAGGCAGCTTATCTCTAATCGGATTTCCCTTTTTAACTGGATTTCATCCCAAAGATGTGATTCCAGAACTTGCTTACACTAAATATACCATTAGTGGTAACTTTGCTTTCTGGTTGGGAAGTGTCTCTGTCTTCCTTAGTGCTTACCACTCCTTCCGCTTACTCTTTTTAACCTTCTTAGCACCAACTAATTCCTTCAAGCGAGACATCTTAGGATGTCATGATGCGCCCATTCTCATGGCAATCCTTTTAATCTGCTTGGCTTTTGGAAGTATTGGATTTAAAGCTGGTGTTAAAGATTATAGATTAACCCATTATACCCCTGATTACGAGACCAAGGATACTGATATTTTGGCAGCGTCTTGAATGACTCCTTAACCAGGGGTGCCACCTGAAGAAGCAGGAGCCGCAGTAGCTGCTGAATCTTCAACTGGTACATGGACTACTGTTTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGACCGTTACAAAGGTCGATGCTATGACATTGAACCTGTTGCTGGAGAGGAAAATCAATATATTGCTTATGCTGTTTATTTTTTAGATTTGTTTGAGGAGGGTTCTGTTACCAACATGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTTTTTGGATTTAAAGCTTTACGAGCTTCACGTCTAGAAGATTCACGAATTCCACTTGCTTATTCCAAAATCTTTCAAGGTCCACCTCATGGTATTCAAGTTGAAAGGGATAAATCGAATAAATATGGTCGTCCTTTATTAGGATGTACCATTAAACCAAAGTTAGGTTTATCTGCCAAAAACTATGGTAGAGCTGTATATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTCACCAAAGATGACGAAAATGTTAATTCTCAACCTTTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTTCTATTCGTAGCAGAAGCTATTTCTAAATCTCAAGCTGAAACAGGAGAGATTAAAGGGCATTACTTAAATGCCACTGCAGGTACATGTGAGGAAATGATGAAAAGGGCACAATTTGCTAGAGAATTAGGAATGCCTATCGTAATGCATGATTATTTGACAGGAGGTTTTATTGTAAATAYGAYTYTGGCTCATTATTGTAGAGACAATGGTTTACTTCTTCATATTCATCGTGCTATGTATGYAGTTACTGACAGACAAAGAAATCATGGTATTCACTTTCGTGTATCAGCTAAAGCATCATGTATGTCCGGGGGAGATCATATTCATCCAGGTAYAGTAGTAGGTAAATTAGAGGGAGAATGT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dendroceros_breutelii 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Dendroceros_chicoraceus 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Dendroceros_crispatus 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Dendroceros_crispus 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Dendroceros_difficilis 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Folioceros_fuciformis 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Folioceros_glandulosus 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Phaeoceros_evanidus 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Phaeoceros_flexivalvis 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Phaeoceros_himalayensis 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Phaeoceros_inflatus ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGCTTTATATTTGTCAATTAATTTTTGGTTCACGTGACTTTAGGCAAATAAAGCAGCTATCAAAGCTATGCTTGTGAATTGAGTAGGTGACTTTGGATTAGCTCTCGGGATTATGGGTGGTTTTACCCTTTTTTAAATAGTAGACTTTTCTACTATTTTTGCTTGTGCTAGTGCCTTCTCTGAACCCAACCATTTTTTTCTTTTTTGTAATATGAGATTTCATGCTATAACTGTTATTTGTATTTTACTGTTCATTGGCGCTGTTGGAAAATTTGCATAAATAGGATTGCATACTTGGTTACCCGACGTCATGGAGGGTCCCACTCCAGTATCCGCTTTGATTCATGCAGCTACTATGGTCACAGCAGGCGTTTCTATGATAGCGAGGTGCCCTCCCTTATTTGAATACTCACCTAATGCTTTGATTGTTGTTACTTCTGTAGGAGCTATGATGCTATTTTTTGCGGCAACCACAGGAATATTACAGAACGATTTGAAGAGGGTCATAGCTTATTCCATTTGTAGTCAATTAGGCTATATGATCTTTGCTTGCGGCATTTTCAACTATTCTGTTAGCGTATTTCACTTGATGAATCATGCTTTTTTTAAAGCATTACCCTCTTTGAGTGCAGGTCCAGTGATTCATGCCATGTCGGATGAGTAAGATATGCGTAAGATGGGAGGACTTGCTTCCCTGTTACCCTTTACCTATGCTATGATGCTTATAGGCAGCTTATTTCCAATCGGATTTCCTTTTTTAACTGGATTTTATTCCAAAGATGTGATTCTAGAGCCTGCTTACACTAAATATACAATTAGTGGTAACTTTGCTTTCTGGTTGGGAAGTGTCTCTGTCTTSTTCACTTCTYMCCACTTCTTTCGCTTACTTTTSTTAACATTTTTAGC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGATCTAAAGCTGGTGTTAAGGATCATAGATTAACCTACCATACTCTTGATTATGAAACCAAGGATACTGATACTTTGGCAGCGTCTTGAATGACTCCTCAACCAGGGGTGCCAGCTGAAGAAGCAGGAGCCGCAGTAGCTGCTGAATCTTCAACAGGTACATGGACCACTGTTTGGACTGATGGACTTACTAGTCTTGATCGTTATAAAGGTTGATGCTATGACATCGAACCTGTTGCTGGAGAAGAGAATCAATACATTGCTTATGTTGCTTATCTTTTAGATCTCTCTGAGGAAGGTTCTGTTACCAACATGTCCACATCCATCGCAGGTAATGTTTTTGGATTTAAAGCTTCACGAGCCTCGCGTCTGGAAGATTCACGAATCCTACCTGCTTATTTAAAAACTTTCCAAGGTCCACCTCATGGTATTCAGGTTGAAAGGGATAAATTGAATAAATATGGTCGTCCTTTATTAGGATGTACCATTAAACCAAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAACTATGGTAGAGCTGTATATGAATGTCTTCGTGGCGGACCTGATTTCACTAAGGATGATGAGAATGTTAATTCTCAACCTTTCATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTGTTCGTAGCAGAAGCTATTTTTAAACCTCAAGCTGAAACAGGCGAGATTAAGGGGCATTACTTGAATGCGACTGCAGGTACGTCTGAGGAAATGATGAAAAGGGCACATTTTGCTAGAGAATTAGGGGTGCCTATTGTAATGCACGACTATTTGACAGGAGGTTCTACTGCAAATACGAGTTTGGCTCACTACTGTCGAGATAATGGTTTACTTTCCTACATTCATCGTGCTATGCATGCAGTTATCGACAGACAAAGAAATCATGGTATTCACTTTCGTGTATCAGCTAAAGCATCACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCATCCAGGTACTGTCGTAGGTAAATTAGAGGGAGAACGTGAAGTAACTTTAGGCTTTGTTGATTCACTTCGCGACGATTACATCGAAAAAGATCGAAGTCGTGGTATCTATTCCACTTAAGACTGGGTATCTATGCCTGGTGTTTTGCCTGTCGCTTCAGGAGGTATTCATGTCTGGCATATGCCTGCTTTAACTGAGATTTCCGGAGATGATTCTGTATCACAATTTGGTGGGGGAACTCTAGGGCACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATAGAGTCGCCTTAGAAGCCTGTGTGCAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGCCAAGG?????????????????????????????????????????????? Phaeoceros_laevis 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Phaeoceros_microsporus 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Phaeoceros_minutus 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Phaeoceros_mohrii 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Phaeomegaceros_chiloensis 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Phaeomegaceros_fimbriatus 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Phaeomegaceros_hirticalyx 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Phaeomegaceros_plicatus 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Psilotum_nudum ???CCTCGATTTATGTGTTATTCATCTATCCTTACTTTTTTTATGCCAATGTCGGTGACTGGAGATAACTTTCTCTGATTATTTCCAGGATGGGAGGGTGTAGGTCTCGCTTCATATTTGTCAATTAATTTCTGGTTTACACGACTTCAGGCCAATAAGGCAGCTATCAAAGCTATGCTTGTCAATCGAGTAGGTGATTTCGGATTAGCTCTCGGGATTATTGGTTGTTTTGCTCTTTTTCGAACAATAGACTTTTATACTCTTTTCGCTTGTGCTAGTGCCTTTTCCGAACCCAATCATTATTTAATTTCTTGCAATACGGGATTTCATGCCATAACTGTTATTTGTATTTTACCTTCTATAGGCGCTGTTGGAAAATCTGCACAAATAGGATTGCATACTTGGTCACCCGATGCAATGGAGGGCCCCACTCCAGTATCCGCTCTGATTCATGCAGCTACTACGGTAACAGCAGGCGTTTCTCTGATAGCAAGGTGCTCCCCTTTATTCGAATACTCACCCAATGCTTTGATTGTTATTACTTTTGTAGGAGCTATGACGTCATTCCTTGCGGCAACCACTGGAATATTGCAAAACGATCTAAAGAGGGTCATAGCTTATCCAACTCGTAGTCAATCAGGCTATATGATCTTTGCTCGCGGCATTTCCAACTATTCGGTTAGCGTCTTCCATTTAATGAATCACGCTTTTTCTAAAGCATTACTATTCTTGAGCGCAGGTTCAGTAATTCATGCCATGTCGGATGAGCAAGATATGCGTAGGATGGGAGGGCTTGCTTCCTCGTTACCTTTTACCTATGCTATGATGCCTATAGGCAGCTTATCTTTAATCGGATTCCCTTTTTCAACCGGATTCTATTCTAAAGATGTGATTTTAGAGCTTGCTTACACCAAATATACCATTAGTGGTAACTTCGCTTTCCGGTTGGGAAGTGTCTCTGTCTTCTTTACTTCCTATTATTCCTTCCGTTCACTTTTTTTAACCTTTCTAGCATCAACCAATTCCTTCAAGCGAGACATCTTGCGATGTCATGATGCGCCCATTCTTATGGCCATCCCTTTAATACTTTTGGCTTTTGGAAGTATT??ATTCAAAGCTGGTGTTAAGGATTATCGATTGACCTATTATACCCCTGATTATAAAGTCAGTGATACTGATATCCTAGCAGCATTTCGAATGACTCCTCAACCTGGAGTACCACCTGAGGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCTGAGTCTTCCACCGGTACGTGGACCACTGTATGGACTGATGGACTTACCAGCCTGGATCGTTACAAGGGTCGATGTTATGGTATCGAACCTGTTGCTGGGGAAGAAAATCAATATATTGCCTATGTAGCATATCCATTGGATCTATTTGAGGAAGGTTCTGTTACCAACATGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTATTCGGATTCAAAGCATTGAGAGCTCTACGTCTGGAAGATTTAAGAATTCCCCCTGCTTATTCGAAGACCTTCATGGGTCCACCTCACGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAATATGGACGTCCTTTATTGGGATGTACCATCAAACCTAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTTACTAAAGATGATGAGAATGTCAATTCTCAACCTTTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTTGTAGCAGAAGCTCTTTTCAAATCCCAAGCTGAAACAGGTGAAATTAAGGGACATTATTTGAACGCCACTGCAGGTACTTGCGAAGAAATGATGAAAAGAGCAGTCTTCGCTCGAGAATTAGGAGCCCCCATTGTTATGCACGACTATTTGACAGGAGGATTTACTGCAAATACTAGTCTGGCTTTCTATTGTCGAGATAATGGTCTACTTCTTCATATTCACCGTGCCATGCATGCTGTTATTGATAGACAAAGAAATCATGGTATGCACTTCCGTGTATTGGCTAAAGCATTGCGTATGTCGGGTGGAGATCATGTCCATGCTGGTACTGTAGTAGGTAAGCTTGAAGGGGAACGAGACGTCACTCTGGGATTTGTTGATTTACTTCGTGATGATTATATTGAGAAGGACCGGAGCCGCGGCGTCTATTTCACTCAAGATTGGGTTTCTATGCCAGGTGTACTGCCTGTTGCTTCGGGGGGTATTCATGTTTGGCACATGCCAGCTTTAACTGAGATCTTTGGGGATGATTCTGTATTACAGTTCGGTGGAGGAACCTTGGGACATCCTTGGGGAAATGCACCAGGTGCTGTGGCTAATCGAGTTGCGTTGGAAGCCTGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGGAATGACATTATTCGTGAAGCTAGTAAGTGGAGTCCCGAATTGGCT Takakia_ceratophylla ???CCTCGATTTATGTGTCATTTATCTATTTTTACTTTTTTTATGCTAATGTCGGTTACCGGAGATAATTTCATTCAATTATTCTTGGGATGGGAAGGAGTAGGTCTCGCTTCATATTTGTTAATTAATTTCTGGTTTACACGACTTCAGGCCAATAAAGCAGCTATAAAAGCTATGCTTGTCAATCGAGTAGGTGATTTTGGATTAGCTCTCGGGATTATGGGTTGTTTTACTATTTTTCAAACAGTAGACTTTTCGACTATTTTTGCTTGTGCTAGCGCCTTTTCCGAACCCCATCATTATTTTATTTTTCGTAATATGAGATTTCATGCCATAACTGTTATTTGTATTTTACTTTTTATTGGCGCTGTTGGAAAATCTGCACAAATAGGATTGCATACTTGGTTACCTGATGCAATGGAGGGTCCCACTCCAGTATCCGCTTTGATTCATGCAGCTACTATGGTAACAGCAGGCGTTTCCATGATAGCAAGGTGCTCCCCTTTATTTGAATACTCACCCAATGCTTTGATTGTTATTACTTTTGTAGGAGCTATGACGTCATTCTTCGCGGCAACCACCGGAATATTACAGAATGATTTAAAGAGGGTCATAGCCTATTCAACTTGTAGTCAATTAGGCTATATGATCTTTGCTTGCGGCATTTCTAACTATTCTGTTAGCGTATTTCACTTAATGAATCACGCTTTTTTTAAAGCATTACTCCTTTTGAGTGCAGGTTCAGTGATTCATGCCATGTCGGATGAGCAAGATATGCGTAAGATGGGAGGGCTTGCTTCCTTGTTACCTTTCACTTATGCTATGATGCTTATAGGCAGCTTATCTTTAATAGGTTTCCCTTTTCGTACCGGATTTTACTCCAAAGATGTTATTTTAGAGCTTGCTTATACTAAATATACAATCAGTGGTAACTTTGCTTTCCGGTTGGGAAGTGTCTCTGTCTTCTTTACTTCTTATTACTCTTTTCGTTTACTTTTCCTAACCTTTTTAGCACCAACAAATTCGTTCAAGCGAGACATCTTACGATGTCACGATGCGCCCATTCTTATGGCAATCCCTTTAATCCTTTTAGCTTCTGGAAGTATTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAGGTTAACTCATTACACTCCGGATTATGAGACCAAGGATACCGATATTTCGGCAGCATTTCGAATGACTCCTCAACCTGGAGTACCACCCGAGGAAGCGGGAGCTGCAGTAGCTGCAGAATCTTCCACTGGTACATGGACTACTGTTCGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAGGGTCGATGCTATGACATCGAGCCTGTTGCTGGAGAAGAGAATCAATATATTGCCCATGTCGCTTATCCCTCAGATCCATTCGAAGAAGGTTCTGTTACCAACTCATTCACTTCTATTGTAGGTAACGTATTTGGATTCAAAGCTTTACGAGCCCTACGTCCAGAAGATTTGCGAATTCCTCCTGCTTATGTCAAAACTTTTCAGGGTCCACCTCACGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATCGAACAAATATGGTCGTCCTTTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAACTAGGTTCATCTGCCAAAAACCATGGTAGAGCAGTATATGAATGTCCTCGTGGTGGACTTGATTTTACTAAAGATGATGAAAACGTAAATTCCCAACCTTTCATGCGATGGAGAGATCGTTCCTTATTCATAGCAGAAGCTATTTATAAATCTCAAGCCGAAACAGGCGAGATCAAGGGGCATTACTCGAATGCTACTGCAGGTACATGTGAAGACATGATGAAAAGGGCAGAATTTGCTAGAGAATTGGGAGTGCCTATCGCCATGCATGACTATTCGACAGGAGGTTTTACTGCAAATACTAGTTCAGCTCATTATCGCCGAGACAATGGTCCACTTCTTCACATTCACCGCGCAACGCACGCAGTTATCGACCGACAAAAAAATCATGGTATGCACTTCCGTGTATTAGCCAAAGCATTACGTCTGTCCGGTGGAGATCATATTCACTCCGGTACCGTGGTAGGTAAACTTGAAGGGGAACGTCAAGTAACTCCAGGGTTCGTTGATCCACTTCGTGATGATTACATCGAAAAAGATCGAAGTCGTGGTATTTATTTCACTCAGGACTGGGTCTCTTCGCCAGGTGTTTTACCTGTAGCTTCGGGAGGTATTCATGTTCGGCATATGCCCGCTTTGACCGAAATTTTTGGAGATGATTCTGTATTACAGTTCGGTGGAGGAACTTCGGGACACCCTCGGGGGAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATCGAGTTGCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAACGAAGGGCGTGACCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAGTTATTCGTGAAGCTTGTAAGTGGAGTCCYGAAYYAGCT Trichomanes_radicans ???CCTCGATTTATGTGTTATTTATCCATTTCTACTTTTTTTATGCCAATGTTGGTTACCGGAGATAACTCTATTTAATCATTTCTAGGATGGGAGGGAGTAGGTCTCGCTTCATATTTGTTGATTAATTCCTGGTTTGCATGACTTCAAGCCAATAAAGCAGCTATCAAAGCTATGCTTGTCAATTGAGTAGGTGATTTTGGATCAGCTCCCGGGATTATTGGTCGTTTTACTCTCTTTTAAACAGTAGACTTTTCTACTATTTCTGCCTGTGCTAGTGCCTTTTCCGAACCCAATCATTATTTCATTTCTCGTAATATGAGATTTCATGCCATAACGGTTATTCGTATTTTACCCTTTATCGGCGCTATTGGAAAATCTGCATAAATAGGATTGCATACCCGGTTACCCGATGCCATGGAGGGTCTCACTCCAGTATCCGCTTTGATTCATGCAGCTACTATGGTAACAGCAGGCGTTTCTATGATAGCAAGGTGCTCCCCTTCATTCGAATATTTACCCAATGCTTCGATTGTTATTACTCTTGTAGGAGCTATGACGTCATTCTTCGCGGCAACCACTGGAATATTGCAAAACGATTTAAAGAGGGTCATAGCCTATTCAACTTGTAGTTAATCAGGCTATATGATCCTTGCTCGCGGCATTCCCAATTATTCAGTTAGCGTATTTCATTTAATGAATCACGCTTTTTTTAAAGCATTACCCTTCCTGAGCGCAGGTTCAGTAATTCATGCCATGTCGGATGAGCAAGATATGCGTAGGATGGGAGGGCTTGCTTCCTTGTTACCTTCTACTTATGCCATGATGCTTATAGGCAGTTTATCTTTAATTGGATTCCCTTTCTTGACTGGATTTTATTCCAAAGATGTGATTTTGGAGCTTGCTTACACCAAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATCGATTAACTTATTATACTCCCGACTATGAAACCAAGGACACTGATATCTTGGCAGCCTTCCGAATGACTCCACAACCTGGAGTACCACCAGAAGAAGCTGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCAACGGGTACATGGACCACGGTATGGACAGATGGGCTTACTAGCCTTGATCGTTACAAGGGTCGATGCTATGATATCGAACCCGTTCCTGGAGAAGAGAATCAATATATTGCATATGTAGCCTATCCTTTAGATCTCTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAATCTATTCACTTCGATTGTAGGTAACGTATTCGGATTTAAAGCCTTACGTGCCCTACGGTTGGAAGATCTAAGAATACCTCCTGCTTATTCTAAGACTTTTATAGGCCCACCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGGGATAAACTGAACAAGTATGGTCGTCCTTTCTTAGGATGTACAATCAAACCAAAATTGGGTTTATCTGCTAAGAATTATGGTAGGGCTGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGACTCGATTTTACTAAGGATGATGAAAACGTAAACTCTCAACCATTCATGCGTTGGCGGGATCGTTTCTTGTTCGTAGCAGAAGCTCTCTTTAAAGCTCAAGGCGAAACGGGTGAGATTAAAGGGCATTATCTAAATGCTACTGCAGGTACGTGTGAAGAAATGTTAAAGAGAGCAATCTTTGCTAGAGAATTGGGAGCACCTATTGTCATGCATGATTACCTTACAGGAGGTTTTACTGCAAATACTAGCCTAGCTTTCTACTGTCGAGATAACGGCTTACTACTTCATATTCACCGCGCAATGCATGCTGTTATTGATAGACAGAAAAACCATGGTATGCACTTCCGTGTATTGGCCAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATGTCCATGCCGGGACTGTAGTAGGTAAACTGGAAGGAGAACGAGACATTACTTTAGGATTTGTCGATTTGCTACGTGACGATTATATCGAGAAAGACCGAAGCCGTGGTATCTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCAGGTGTAATACCTGTAGCTTCAGGAGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTCTAACTGAAATATTTGGAGACGATTCTGTCTTACAGTTCGGTGGTGGAACCTTAGGGCATCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCGGTGGCTAATAGAGTTGCATCAGAAGCTTGCGTACAAGCTCGTAATGAAGGGCGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGCTATTATTCGTGACGCTAGTAAGTG???????????????? Treubia_lacunosa AGTCCACGTTTCTTTTGCTATTTGTCAATTTTTACTTTTTTTATGCTTATGTTGGTAACTGGAGATAATTTTATTCAGTTATTTCTGGGATGGGAGGGAGTTGGACTCGCGTCATATTTATTGATCAATTTTTGGTTCACGCGCATTCAGGCAAATAAAGCGGCTATTAAAGCTATGCTCATAAATCGCGTAGGTGATTTTGGATTAGCTCTCGGGATTATGGGTTGTTTCACTATCTTTCAAACAGTTGACTTTTCCACTATTTTTGCTTGTGCTAGTGCCTTTTCTGAACCCCATCATTATTTCCTTTTTTGTAATATGGGATTTCACGCCATAACCGTTATTTGTATTTTAGTGTTTATCGGCGCTGTTGGAAAATCTGCACAGATTGGATTGCATACTTGGCTACCCGATGCAATGGAGGGGCCTACTCCAGTATCCGCTTTGATTCATGCAGCTACTATGGTAACAGCAGGCGTTTTTATGATAGCAAGGTGCTCCCCTTTATTTGAATACTCACCCAATGCTTTGATTATTATTACTTTTGTAGGCGCTATGACGTCATTCTTCGCGGCAACCACTGGAATATTACAAAACGATTTGAAAAGGGTTATAGCCTATTCAACTTGTAGTCAGTTAGGCTATATGATCTTTGCTTGCGGCATTTCCAACTATTCCGTTAGCGTATTTCATTTAATGAATCACGCCTGCTTCAAAGCACTTTTATTCTTGAGTGCAGGTTCAGTGATTCATGCTATGTCGGATGAGCAAGATATGCGTAAGATGGGAGGGCTTGCTTCCTTGTTACCTCTCACCTATGCTATGATGCTTATAGGCAGCTTATCTCTAATTGGTTTCCCTTTTTTAACGGGATTTTATTCAAAAGATGTTATTTTGGAGCTTGCTTACACGAAATATACTATTAGTGGTAACTTCGCTTTCTGGTTAGGAAGTGTATCGGTCTTCTTTACTTCTTATTACTCTTTTCGGTTACTTTTTTTAACCTTTCTAGCACCCACTAATTCATTCAAGCGAGACTTAAGTAGATGTCATGATGCGCCCATTCTTATGGCAATACCCTTAATCCTTTTGGCTTTTGGGAGTATTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATAGATTAACTTATTTTACTCCTGATTATAAAACTAAAGACACCGATATTTTAGCTGCATTTCGAATGACTCCTCAGCCTGGAGTGCCCCCAGAAGAAGCGGGAGCTGCCGTAGCTGCTGAATCTTCTACTGGTACATGGACTACTGTTTGGACTGATGGACTTACTAGTCTTGATCGTTATAAAGGTCGATGCTACGAAATTGAGCCTGTTGCAGGAGAAGAAAACCAGTACATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGATTTGTTTGAAGAAGGTTCTGTTACCAATTTATTTACTTCGATAGTCGGTAATGTATTCGGTTTTAAAGCTTTACGAGCTTTACGTCTTGAAGATTTACGAATTCCTCCGGCGTACTCAAAAACATTTCAAGGTCCACCTCATGGTATTCAAGTTGAACGAGATAAATTAAATAAATATGGTCGTCCTTTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAACTAGGTTTATCTGCTAAAAACTATGGTAGAGCTGTATATGAATGTCTTCGAGGAGGACTTGATTTTACTAAAGATGATGAAAATGTAAATTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGATCGATTTGTTTTTGTAGCCGAAGCACTTTTTAAATCTCAAGCAGAAACCGGTGAAATAAAAGGACATTACTTAAATGCTACTGCAGGTACTTGTGAAGAAATGATGAAAAGAGCAGCATTTGCTAGAGAATTGGGAGTTCCTATTGTTATGCATGATTATTTGACAGGAGGATTTACTGCAAATACTAGTTTAGCTCATTATTGTCGAGACAATGGATTACTTCTTCATATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAAAAAAATCATGGCATGCATTTTCGTGTATTAGCTAAAGCTTTGCGTTTATCTGGAGGTGATCAAATACATGCCGGTACAGTTGTTGGTAAACTTGAAGGAGAACGTCAAGTAACGTTAGGATTTGTAGATTTACTTCGTGATGATTATATCGAAAAAGATCGAAGTCGTGGTATTTATTTTACTCAAGATTGGGTTTCTTTACCAGGTGTTTTACCTGTAGCTTCAGGAGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTTTAACTGAAATTTTTGGAGATGATTCTGTATTACAATTTGGTGGTGGAACTTTGGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCTGTTGCTAATCGCGTTGCTTTAGAAGCTTGTGTTCAAGCTCGTAATGAAGGTCGTGATCTTGCACGTCAAGGAAATGAAGTTATTCGTGAAGCTTGCAAATGGAGTCCTGAATTAGCT ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Character_Matrix2; DIMENSIONS NCHAR=1; FORMAT DATATYPE = STANDARD GAP = - MISSING = ? SYMBOLS = " 0 1"; CHARSTATELABELS 1 'Pyrenoid presence=0; pyrenoid absence=1' ; MATRIX Anthoceros_agrestis 0 Anthoceros_angustus 1 Anthoceros_caucasicus 0 Anthoceros_scariosus 0 Anthoceros_fusiformis 1 Anthoceros_lamellatus 0 Phaeoceros_tenuis 0 Anthoceros_laminiferus 0 Anthoceros_macounii 0 Anthoceros_neesii 0 Anthoceros_orizabensis 0 Anthoceros_patagonicus_subsp_gremmensis ? Anthoceros_punctatus 0 Anthoceros_sambesianus 0 Anthoceros_tristanianus 1 Anthoceros_tuberculatus 0 Anthoceros_venosus 0 Dendroceros_breutelii 0 Dendroceros_chicoraceus 0 Dendroceros_crispatus 0 Dendroceros_crispus 0 Dendroceros_difficilis 0 Dendroceros_javanicus 0 Dendroceros_paivae 0 Folioceros_fuciformis 0 Folioceros_glandulosus 0 Leiosporoceros_dussii 1 Megaceros_denticulatus 1 Megaceros_flagellaris 1 Megaceros_gracilis 1 Megaceros_pellucidus 1 Nothoceros_aenigmaticus 1 Nothoceros_canaliculatus 0 Nothoceros_canaliculatus_subsp_nova 0 Nothoceros_endiviaefolius 1 Nothoceros_fuegiensis 1 Nothoceros_giganteus 1 Megaceros_minarum 1 Nothoceros_renzagliensis 1 Nothoceros_superbus 0 Nothoceros_vincentianus 0 Notothylas_breutelii 0 Notothylas_dissecta 0 Notothylas_javanica 0 Notothylas_levieri 0 Notothylas_orbicularis 0 Notothylas_vitallii 0 Paraphymatoceros_diadematus 1 Paraphymatoceros_hallii 1 Paraphymatoceros_pearsonii 1 Paraphymatoceros_proskauerii 1 Phaeoceros_brevicapsulus 0 Phaeoceros_carolinianus 0 Phaeoceros_bolussi 0 Phaeoceros_dendroceroides 0 Phaeoceros_engellii 0 Phaeoceros_evanidus 0 Phaeoceros_flexivalvis 0 Phaeoceros_himalayensis 0 Phaeoceros_inflatus 0 Phaeoceros_laevis 0 Phaeoceros_microsporus 0 Phaeoceros_minutus ? Phaeoceros_mohrii 0 Phaeoceros_oreganus 0 Phaeomegaceros_chiloensis 1 Phaeomegaceros_coriaceus 1 Phaeomegaceros_fimbriatus 1 Phaeomegaceros_hirticalyx 1 Phaeomegaceros_plicatus 1 Phaeomegaceros_sp 1 Phaeomegaceros_skottsbergii 1 Phaeomegaceros_squamuligerus 1 Phaeomegaceros_squamuligerus_subsp_hassellii 1 Phymatoceros_bulbiculosus 0 Phymatoceros_phymatodes 1 Sphaerosporoceros_adscendens 0 Azolla_filiculoides 1 Blechnum_brasiliense 1 Equisetum_hyemale 1 Huperzia_selago 1 Isoetes_lacustris 1 Lygodium_circinatum 1 Osmunda_regalis 1 Psilotum_nudum 1 Takakia_ceratophylla 1 Trichomanes_radicans 1 Treubia_lacunosa 1 ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Character_Matrix) = unord: 1 - 2442; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = Character_Matrix2) = unord: 1; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = Character_Matrix) = N: 1- 2442 ; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Character_Matrix) = N: 1- 2442 ; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Character_Matrix) = universal: 1 - 2442; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "nad5.rbcL.sept24.tree"'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Anthoceros_agrestis, 2 Anthoceros_angustus, 3 Anthoceros_caucasicus, 4 Anthoceros_scariosus, 5 Anthoceros_fusiformis, 6 Anthoceros_lamellatus, 7 Phaeoceros_tenuis, 8 Anthoceros_laminiferus, 9 Anthoceros_macounii, 10 Anthoceros_neesii, 11 Anthoceros_orizabensis, 12 Anthoceros_patagonicus_subsp_gremmensis, 13 Anthoceros_punctatus, 14 Anthoceros_sambesianus, 15 Anthoceros_tristanianus, 16 Anthoceros_tuberculatus, 17 Anthoceros_venosus, 18 Dendroceros_breutelii, 19 Dendroceros_chicoraceus, 20 Dendroceros_crispatus, 21 Dendroceros_crispus, 22 Dendroceros_difficilis, 23 Dendroceros_javanicus, 24 Dendroceros_paivae, 25 Folioceros_fuciformis, 26 Folioceros_glandulosus, 27 Leiosporoceros_dussii, 28 Megaceros_denticulatus, 29 Megaceros_flagellaris, 30 Megaceros_gracilis, 31 Megaceros_pellucidus, 32 Nothoceros_aenigmaticus, 33 Nothoceros_canaliculatus, 34 Nothoceros_canaliculatus_subsp_nova, 35 Nothoceros_endiviaefolius, 36 Nothoceros_fuegiensis, 37 Nothoceros_giganteus, 38 Megaceros_minarum, 39 Nothoceros_renzagliensis, 40 Nothoceros_superbus, 41 Nothoceros_vincentianus, 42 Notothylas_breutelii, 43 Notothylas_dissecta, 44 Notothylas_javanica, 45 Notothylas_levieri, 46 Notothylas_orbicularis, 47 Notothylas_vitallii, 48 Paraphymatoceros_diadematus, 49 Paraphymatoceros_hallii, 50 Paraphymatoceros_pearsonii, 51 Paraphymatoceros_proskauerii, 52 Phaeoceros_brevicapsulus, 53 Phaeoceros_carolinianus, 54 Phaeoceros_bolussi, 55 Phaeoceros_dendroceroides, 56 Phaeoceros_engellii, 57 Phaeoceros_evanidus, 58 Phaeoceros_flexivalvis, 59 Phaeoceros_himalayensis, 60 Phaeoceros_inflatus, 61 Phaeoceros_laevis, 62 Phaeoceros_microsporus, 63 Phaeoceros_minutus, 64 Phaeoceros_mohrii, 65 Phaeoceros_oreganus, 66 Phaeomegaceros_chiloensis, 67 Phaeomegaceros_coriaceus, 68 Phaeomegaceros_fimbriatus, 69 Phaeomegaceros_hirticalyx, 70 Phaeomegaceros_plicatus, 71 Phaeomegaceros_sp, 72 Phaeomegaceros_skottsbergii, 73 Phaeomegaceros_squamuligerus, 74 Phaeomegaceros_squamuligerus_subsp_hassellii, 75 Phymatoceros_bulbiculosus, 76 Phymatoceros_phymatodes, 77 Sphaerosporoceros_adscendens, 78 Azolla_filiculoides, 79 Blechnum_brasiliense, 80 Equisetum_hyemale, 81 Huperzia_selago, 82 Isoetes_lacustris, 83 Lygodium_circinatum, 84 Osmunda_regalis, 85 Psilotum_nudum, 86 Takakia_ceratophylla, 87 Trichomanes_radicans, 88 Treubia_lacunosa; TREE tree_1 = ((86:0.08090919766411409,(((82:0.14046513069778882,81:0.08187221383478749):0.020028954623963202,(80:0.1493054775185752,((84:0.07024756512367936,(87:0.08309454797141108,(83:0.21348154817674386,(78:0.10008882047878664,79:0.07589173396531324):0.07497085977726331):0.03828266531483582):0.016819113166575195):0.03431251999285079,85:0.09875766065291924):0.014205082325778662):0.029032980671950315):0.009774497216773814,(27:0.03502152070967418,((((76:0.002552299502986022,75:0.005245458742021036):0.03111222684663928,((69:0.0014423821466794107,67:5.187855122101848E-6):0.0015134135501048696,(((68:0.0034055935721428177,(72:0.003812958009418721,71:5.187855122101848E-6):5.187855122157359E-6):5.428932615954007E-4,((74:5.187855122157359E-6,73:5.187855122157359E-6):0.001449837112780128,(66:5.065829485807471E-4,70:5.187855122101848E-6):5.187855122157359E-6):4.7955906909002977E-4):0.0014619342979602656,(((19:0.0038198644349507482,((((18:5.187855122101848E-6,23:5.187855122101848E-6):5.187855122101848E-6,24:9.8031144639954E-4):5.187855122157359E-6,21:0.004718101757763549):0.001804335043257277,(22:0.0019191398656506209,20:0.004573776627786796):0.001689383893074159):0.002812717508338669):0.005571440987360843,(29:0.011131193491503044,(28:0.0028672161096635063,(30:0.001485079298147507,31:0.004663385582547808):0.001816900136867805):0.003376209548015263):0.0025226011579039254):0.00557996661123189,((35:0.006182085128063619,37:0.0020334727750055404):0.0014276655930050008,(36:0.005109423126417545,(39:0.0010771115917072027,(((33:6.374387672710702E-4,34:0.005273478733125336):0.001919261479902401,40:0.0021973151924065126):9.243229391994179E-4,(32:0.0014229381217613635,(41:0.004568938074131557,38:0.005768796575386814):0.0010347490646209767):5.079617488404353E-4):0.004703470287883205):0.004708176342482495):0.0014383263337399144):0.0027868339056770774):0.003955874624000988):4.0843457364203584E-4):0.022793485219012477):0.01432326513478066,((59:0.006975571226719879,((((65:4.954852706230972E-4,(((58:5.015405854345012E-4,55:0.004442401748737113):6.889094428175202E-4,((57:5.187855122101848E-6,(52:0.0010852031063338097,7:5.187855122157359E-6):0.0012329418238943846):0.002546003883953596,(62:0.00302359781213013,53:0.002514119219465538):0.0014671697480633794):0.0011477550460113894):0.0023750471305825083,61:5.029462739941093E-4):9.903762579584474E-4):5.187855122157359E-6,64:0.0019877893579361428):0.002408831992473326,(60:0.002766772437086895,56:0.00263829384720754):0.0011187463477941306):0.0025757210054185853,(54:0.0038952105586170793,63:0.0022101576043792592):0.003782884767343009):0.003227019235989892):0.005134656382999925,((43:0.004758932874632249,((45:0.006573243391193362,42:0.0021310872386396396):0.003602201292223217,((47:5.187855122101848E-6,44:0.004002566641573613):5.187855122157359E-6,46:0.009494063114927953):5.187855122157359E-6):7.692106057697323E-4):0.04334217351846559,(48:0.007496227130749655,((51:5.187855122101848E-6,49:5.187855122101848E-6):0.0011851674468237317,50:0.006284277769327051):0.0033316129691872143):0.002319208104638648):0.001796746392309423):0.01098120888926557):0.049357993750210716,(((77:0.024960306177305047,3:0.00856797971521095):0.0014296795842347887,((11:0.002902116819512135,(9:0.0017027570666678926,15:0.00389841992132689):0.004194235116978695):0.0035910599603503623,16:0.006498049544924722):5.38560231892693E-4):5.609281167624491E-4,((25:0.011626451031275797,26:0.004224206512959072):0.00430183606348622,(5:0.009482417598879023,(2:0.0038728706025604742,(10:0.008974318754679467,(1:0.010801459248542478,(13:0.0025102414840216802,(17:5.952164545516281E-4,((12:5.187855122157359E-6,(14:5.255335626338509E-4,6:5.187855122157359E-6):5.223659296693661E-4):5.236461645893309E-4,(8:0.006005763650956841,4:0.0010006658746668506):5.187855122157359E-6):5.343444960606014E-4):5.187855122157359E-6):9.707648363644905E-4):0.001212314362564193):0.003759208581885054):0.008221700161983647):8.79880875381267E-4):0.0022480484161890857):0.06788528850950676):0.01931054539402105):0.06835037800402327):0.011368982207136558):0.07370950799046615,88:0.07370950799046612); 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