#NEXUS [written Sat Oct 20 22:09:03 EDT 2012 by Mesquite version 2.75 (build 566) at Simba.local/10.0.1.39] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=53; TAXLABELS Halophytophthora_batemanensis_AF271223.1 Halophytophthora_avicenniae_HQ643147.1 Halophytophthora_sp._LT6430_HQ232465.1 Halophytophthora_sp._EMTD7 Halophytophthora_sp._EMTS7 Halophytophthora_sp._EMTD11 Halophytophthora_sp._EMTS2 Halophytophthora_sp._EMTS4 Halophytophthora_sp._EMTS6 Halophytophthora_sp._EMTS8 Halophytophthora_sp._EMTS12 Halophytophthora_sp._EMTS21 Halophytophthora_sp._EMTS23 Halophytophthora_sp._EMTS20 Halophytophthora_sp._EMTS22 Halophytophthora_sp._EMTS10 Halophytophthora_sp._EMTD12 Halophytophthora_sp._LT6465_HQ232469.1 Halophytophthora_sp._EMTD10 Halophytophthora_sp._EMTS19 Halophytophthora_polymorphica_HQ643313.1 Halophytophthora_vesicula_JF750389.1 Phytophthora_fallax_HQ261558.1 Phytophthora_kernoviae_HQ261602.1 Phytophthora_ilicis_HQ261582.1 Phytophthora_citricola_HQ643203.1 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Halophytophthora_sp._EMTS12 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Halophytophthora_sp._EMTS23 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Halophytophthora_sp._EMTS20 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Halophytophthora_sp._EMTS22 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Halophytophthora_sp._EMTS10 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Halophytophthora_sp._EMTD12 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Halophytophthora_sp._LT6465_HQ232469.1 acgtgaaccgttcgcagtgccc---tcgggcacgactgtgggg------ac-tc-------------------------cccg------cgt--------gcg-------t-gcatttttactttagtat----------ttttgc----gt---------gc----gtgc----gggttga----------gacctccattatg-gagtctg---ggct-tg--agc----ct-gc--gctgtgcattcg---tgcgttgtgc----ggga--t---------cgc---------ccgggcgccgccatttttttaa-accct---tacc---tgaat-actga--aatactgtg-----gggacga--aagtctctgctttt-aactaga-ta-gcaactttcagcagtggatgtctaggctcgcacatcgatgaaggacgctgcgaactgcgatacgtaatgcgaattgcaggattcagtgagtcatcgaaattttgaacgcatattgcacttccgggttatgcctgggagtatgtctgtatcagtgtccgtaaagaactcttgcctctcttccttccgtgt------------agtcggtggc-g------------ggga-----cg-gcag-acgtgaag-tgtcttg-c---t---g--g--cgc---gcgggaatattat-----tttgcg-cgacg-----gcg--g------caagtcctttgaaactt-ta----cttttct-ctctc-tttgccgaaagcgagctg-gaagtg-g-tct-gtg-gcg-gct-gcc-tttgt-g-cg--gc--gcg--gcgc-gtctgtt--cctgcga--ga--gcgt------tttggaga--gggcttgt--cga--ttc-gcggtatgttag-------gcttc--------ggc-------cggacagg--ac---gc-tta-ttggcg----ggct-cttt--c--------------t-gct--tttgcggtt---gagcgggtgc-----g-----cggcgctgc----gcgg---tg-g---gctt--ggctggc-gc-ggtggcac--actttt---ggca-ttttRaatcgcgagt------agtgcgc-ctggtgcgtgctgtttcatgctattttgt-gtggagcggcgcgtgcggg--c---gagggg---ggact-gtccattttgggaaaa Halophytophthora_sp._EMTD10 acgtgaaccgttcggagtgccc---tcgggcatgattgtgggg------ac-tc-------------------------cccg------cgt--------gcg-------c-gcatttttt-------------------ttatgc----gt---------gc----gtgc----gggttga----------gacccctactatg-gagtctg---ggct-tg--agc----ct-gc--gccgtgcattcg---tgcgtggtgc----gggc--t---------cgc---------ctgggcgccgcctat-ttttaa-accct---taac---taaat-actga--aatactgtg-----gggacga--aagtctctgctttt-aactaga-ta-gcaactttcagcagtggatgtctaggctcgcacatcgatgaagRacgctgcgaactgcgatacgtaatgcgaattgcaggattcagtgagtcatcgaaattttgaacgcatattgcacttccgggttatgcctgggagtatgtctgtatcagtgtccgtaaagaactcttgcctctcttccttccgtgt------------agtcggtggc-g------------ggga-----cg-gcag-acgtgaag-tgtcttg-c---t---g--c--tgc---gc-cgaatctttt-----ttcgag-cgacg-----gcg--g------caagtcctttgaaactt-ta----cttttct-ctctc-tttgccgaaagcgagctg-gaagtg-g-act-gtg-gcg-gct-gcc-tttgt-g-cg--gc--gct--gtgc-gtctgtt--cctgcga--ga--gcgt------tttagaga--gggcttgt--cga--ttc-gcggtatgttag-------gcttc--------ggc-------cggacagc--ac---gc-tta-ttggcg----ggct-cttt--c--------------t-gct--tttgcggtt---gagcgggtgc-----g-----cggcgctgc----gcgg---tg-g---gctt--ggctgct-gc-gt-ctatt--actttc---ggcg--tttaaatcgcgagt------agtgcgt-ct-gcgagtgctgtttcatttttt------ttgtttcggcgcctgcgga--c---gagggg---ggact-gtccatttt-gggaaa Halophytophthora_sp._EMTS19 acgtgaaccgttcggagtgccc---tcgggcatgattgtgggg------ac-tc-------------------------cccg------cgt--------gcg-------c-gcatttttt-------------------ttatgc----gt---------gc----gtgc----gggttga----------gacccctactatg-gagtctg---ggct-tg--agc----ct-gc--gccgtgcattcg---tgcgtggtgc----gggc--t---------cgc---------ctgggcgccgcctaW-ttttaa-accct---taac---taaat-actga--aatactgtg-----gggacga--aagtctctgctttt-aactaga-ta-gcaactttcagcagtggatgtctaggctcgcacatcgatgaagRacgctgcgaactgcgatacgtaatgcgaattgcaggattcagtgagtcatcgaaattttgaacgcatattgcacttccgggttatgcctgggagtatgtctgtatcagtgtccgtaaagaactcttgcctctcttccttccgtgt------------agtcggtggc-g------------ggga-----cg-gcag-acgtgaag-tgtcttg-c---t---g--c--tgc---gc-cgaatctttt-----ttcgag-cgacg-----gcg--g------caagtcctttgaaactt-ta----cttttct-ctctc-tttgccgaaagcgagctg-gaagtg-g-act-gtg-gcg-gct-gcc-tttgt-g-cg--gc--gct--gtgc-gtctgtt--cctgcga--ga--gcgt------tttagaga--gggcttgt--cga--ttc-gcggtatgttag-------gcttc--------ggc-------cggacagc--ac---gc-tta-ttggcg----ggct-cttt--c--------------t-gct--tttgcggtt---gagcgggtgc-----g-----cggcgctgc----gcgg---tg-g---gctt--ggctgct-gc-gt-ctatt--actttc---ggcg--tttaaatcgcgagt------agtgcgt-ct-gcgagtgctgtttcatttttt------ttgtttcggcgcctgcgga--c---gagggg---ggact-gtccatttt-gggaaa Halophytophthora_polymorphica_HQ643313.1 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Halophytophthora_vesicula_JF750389.1 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Phytophthora_fallax_HQ261558.1 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Phytophthora_ilicis_HQ261582.1 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Phytophthora_citricola_HQ643203.1 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Phytophthora_katsurae_HQ643255.1 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Phytophthora_infestans_HQ261588.1 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Phytophthora_cactorum_HQ643170.1 acgtgaaccgtttcaaaccaaatag-ttgg----------ggg-----tct-tg-------------------------tctg------gtg--------gcg----g-ct-gct--------------ggctttatt--gttggc----gg---c----tgc-----tgc----tgg--gtga--------gccctatc--atg-gcgag-----cg---------t----tt-gg--gcttc------------------------ggc---c---------tga---------gctagtagcttttc--ttttaa-accca---ttcc---ttaat-actga-ttatactgtg-----gggacga--aagtccttgctttt-aactaga-ta-gcaactttcagcagtggatgtctaggctcgcacatcgatgaagaacgctgcgaactgcgatacgtaatgcgaattgcaggattcagtgagtcatcgaaattttgaacgcatattgcacttccgggttagtcctgggagtatgcctgtatcagtgtccgtacatcaaacttggctttcttccttccgtgt------------agtcggtgga-g------------gaga-----tg-ccag-atgtgaag-tgtcttg-c---g---g--c--tgg---tt----------------ttcgga-cc-g------act--g------cgagtccttttaaatgt-actgaactgtact-tctctttgctcgaaaagc-gtggc-gttgct-g-gtt-gtg-gag-gct-gct-attgtag-caa-gtt-ggc--gacc-gg---tttgtctgctg--cg--gcg-------ttaatgga--agagtgtt--cga--ttc-gcggtatggttg-------gcttc--------ggc-------tgaacaat--gc---gc-tta-ttgg-a----tgtt-tttt--c--------------t-gct--gtggcgtgat--ggac---cgg----tg-----aaccatagc---tcagt------t---gctt--ggctttt-ga-atcggctt--tgctgt---tgcg------------aagt------agagtgg-c----------ggcttcg-----------------gct----------g--t---c--gag---ggtcg-atcc------------ Phytophthora_arecae_HQ643146.1 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Phytophthora_sojae_HQ643347.1 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Phytophthora_ramorum_HQ261662.1 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Phytophthora_cryptogea_HQ643219.1 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Phytophthora_megasperma_HQ643277.1 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Halophytophthora_exoprolifera_HQ643132.1 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Pythium_anandrum_HQ643436.1 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Pythium_intermedium_HQ643573.1 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Pythium_okanoganense_HQ643714.1 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Pythium_splendens_HQ643795.1 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Pythium_multisporum_HQ643700.1 acgtgaactgtcgtatttgattcgcgccgtgacgtgt---gtcgtcgctgcgtg-------------------------tgcgt-----ttg-------tgcg---tgcgt-ctt-------------------------cttgga----gatgtgtgcgcgagtgcgcgcgtggcggtgactgcgtgggtcggctgatc--gaa-g-gtc-----gc---------t----tt-gc--gctgt-----------------ctg----gcg---c---------gga---------gcggctgacttattc-tttcaa-accca---ttcg---ttagt-actgaaacatactgtg-----aggacga--aagtctttgctttt--actaga-ta-acaactttcagcagtggatgtctaggctcgcacatcgatgaagaacgctgcgaactgcgatacgtaatgcgaattgcagaattcagtgagtcatcgaaattttgaacgcatattgcactttcgggttatacctggaagtatgtctgtatcagtgtccgtatatcaaccttgcctctctttg-tcggtgt------------agtccg-gctcg------------gag------tgcgcag-atgtgaag-tgtctcg-c---g---ctac--gtcggtccacg-------------tttgtggctag------gcg--cg-----cgagtcctttgaaatgg-ac-acgatctttc-tattg--ctttctgc-ggagcgcg-gtattt-g-aac-gcg-gcg-gtc--tt-gggatcg-cct-gc--agt--cgat-agcgact--ttggcag--ag--acat---------atgga--ggagccct--cat--ttc-gcggtacgttag-------gcttc--------ggc-------tcgacaat--gt--tgcgttg-tgagtg----tgtg--att--c--------------c-gtc--tttgctttg---aggtgtactg---tcg-----gttgtgggct--tgaac---cctt---g-----cactgtg-tg-ctagta----gagtgg---tgcg------gtctctgtgg------tttgcgt-ct------atgtgtgtctt--------------gcggcgcac------g--t---aggtag---gaggg-tatcattt--gggaac Pythium_graminicola_HQ643545.1 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Pythium_monospermum_HQ643697.1 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Pythium_insidiosum_HQ643570.1 acgtgaaccgttctaaatat--------------------gtt-------c-tg-------------------------tgctt-----cgtcga----agcggactgctc-tct--------------------------ccgga----ga-------atgg-------------tcttgcgacggcttgaggctgaac--gaa-g-gcttgctcag---------t-gactc-gtatgactc------t---cgggttgtac----ggcggaa---------ctg---------ctggccgatgtctt--tttcaa-acccaattttac---taaac-actgatctatactccg-----aggacga--aagtctttggtttt-aatccat-ta-acaactttcagcagtggatgtctaggctcgcacatcgatgaagaacgctgcgaactgcgatacgtaatgcgaattgcaggattcagtgagtcatcgaaattttgaacgcatattgcactttcgggttatgcctggaagtatgcctgtatcagtgtccgtacatcaaacttgcctttctttt-tctgtgt------------agtcaggaat-c------------gaga-----tg-gcagaatgtgagg-tgtctcgag---c-cgt--c--ccc---tc----------------tttttg-----------gga--gatagcacgagtccctttaaatgt-ac-gttgatctct-ct-tg-tgtcttagt-gaagtgta-atgctc-g-aac-gca-gtg-atctgtt-cagattg-ctttgc--gct--ggtg-ggcgact--tcggaaa--gg--acat--------taagga--gatgacct--cta--ttg-gcggtatgttag-------gcttc--------ggc-------ccgacgtt--gc--agc-tga-cggg-g----tgtt-gttt--c--------------c-gtt--ctttccttg---aggtgtacctg--tcg-----tgtgtgaggt--cgaac---tg-----gacgctggttatt-gt-gtagta----gagtat---tgct-----------gcgct------ttgacgc-ct-------------------------------tcgg-----------g--t---aaagag---gacga-cactaatt--tgggaa Pythium_oligandrum_HQ643716.1 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Pythium_mastophorum_HQ643692.1 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Phytopythium_helicoides_HQ643382.1 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Phytopythium_cucurbitacearum_HQ643381.1 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Salisapilia_sapeloensis_HQ232466.1 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Salisapilia_nakagirii_HQ232467.1 tcgtgaatcgtt----------------------------gtt-----tgt-tt-------------------------gg-------------------ttt------ta-tct-------------------------atttgg----at---------ga-----------------------------aact------gta-t-tttcaattgtaaactctgtt----tt-gg--aattt-----------------tcc----ggt---t---------tta---------aaaac---------------------------------------------------gttt-----ttcatgatatcatggagagcgca-aatgaaagtatacaactttcagcagtggatgtctaggctcgcacctcgatgaagaacgctgcgaactgcgatacgtaatgcgaattgcagaattcagtgagtcatcgaatctttgaacgcacattgcactttcgggttatgcctggaagtatgtctgtgtcagtgtccgtacatcaatcttgtttcctttttt-------------------------------------------ggtt--------acag-tcgtgaag-tgtcttt-t----------t--tac---tc---------------------------------gtg--aa-----gaagtcctttgaaatgt-ac-gagcttttt---------------------atataaacgat--ggaat-gct-gct-gcat----tgtgtgg-ctttgtt-g----tatt-g--------tctat-----a--ttgt----------------tcgttcaa--taa--ttc-acggtatgtt-c-------tcttt--------ggg---------agcaa---ga--agt---g-aaga-a----ttgtttgtc--a----------------atg--tatat--------aat-------------------------ct--cacac---ta-----------ggctgat------------------------------------------------------------------------------------------------------------t------------ttcca-------tt--gggaaa ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 1218; END; BEGIN TREES; Title 'ME from ITS (1000 bootstraps, Tamura-Nei substitution model, pairwise deletion)'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 33 Halophytophthora_batemanensis_AF271223.1, 34 Halophytophthora_avicenniae_HQ643147.1, 27 Halophytophthora_sp._LT6430_HQ232465.1, 17 Halophytophthora_sp._EMTD7, 19 Halophytophthora_sp._EMTS7, 16 Halophytophthora_sp._EMTD11, 15 Halophytophthora_sp._EMTS2, 20 Halophytophthora_sp._EMTS4, 21 Halophytophthora_sp._EMTS6, 22 Halophytophthora_sp._EMTS8, 23 Halophytophthora_sp._EMTS12, 13 Halophytophthora_sp._EMTS21, 24 Halophytophthora_sp._EMTS23, 25 Halophytophthora_sp._EMTS20, 14 Halophytophthora_sp._EMTS22, 26 Halophytophthora_sp._EMTS10, 18 Halophytophthora_sp._EMTD12, 28 Halophytophthora_sp._LT6465_HQ232469.1, 29 Halophytophthora_sp._EMTD10, 30 Halophytophthora_sp._EMTS19, 32 Halophytophthora_polymorphica_HQ643313.1, 31 Halophytophthora_vesicula_JF750389.1, 12 Phytophthora_fallax_HQ261558.1, 11 Phytophthora_kernoviae_HQ261602.1, 3 Phytophthora_ilicis_HQ261582.1, 2 Phytophthora_citricola_HQ643203.1, 6 Phytophthora_katsurae_HQ643255.1, 4 Phytophthora_infestans_HQ261588.1, 5 Phytophthora_cactorum_HQ643170.1, 1 Phytophthora_arecae_HQ643146.1, 8 Phytophthora_sojae_HQ643347.1, 9 Phytophthora_ramorum_HQ261662.1, 10 Phytophthora_cryptogea_HQ643219.1, 7 Phytophthora_megasperma_HQ643277.1, 35 Halophytophthora_exoprolifera_HQ643132.1, 44 Pythium_anandrum_HQ643436.1, 48 Pythium_intermedium_HQ643573.1, 47 Pythium_okanoganense_HQ643714.1, 46 Pythium_splendens_HQ643795.1, 45 Pythium_multisporum_HQ643700.1, 40 Pythium_graminicola_HQ643545.1, 41 Pythium_monospermum_HQ643697.1, 43 Pythium_insidiosum_HQ643570.1, 42 Pythium_oligandrum_HQ643716.1, 49 Pythium_mastophorum_HQ643692.1, 36 Halophytophthora_kandeliae_HQ643134.1, 38 Phytopythium_boreale_HQ643372.1, 37 Phytopythium_helicoides_HQ643382.1, 39 Phytopythium_cucurbitacearum_HQ643381.1, 50 Halophytophthora_epistomium_HQ643220.1, 52 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