#NEXUS

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=19;
	TAXLABELS
		Halophytophthora_sp._EMTS2 Halophytophthora_sp._EMTD11 Halophytophthora_sp._EMTD12 Halophytophthora_sp._EMTD7 Halophytophthora_sp._EMTS22 Halophytophthora_sp._EMTS10 Halophytophthora_sp._EMTS7 Halophytophthora_sp._EMTS23 Halophytophthora_sp._EMTS8 Halophytophthora_sp._EMTS21 Halophytophthora_sp._EMTS12 Halophytophthora_sp._EMTS6 Halophytophthora_sp._EMTS4 Halophytophthora_sp._EMTS20 Halophytophthora_sp._LT6430 Halophytophthora_sp._LT6465 Halophytophthora_sp._EMTS19 Halophytophthora_sp._EMTD10 Halophytophthora_batemanensis_DQ365703 
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  cox2;
	DIMENSIONS  NCHAR=508;
	FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	Halophytophthora_sp._EMTS2              ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTD11             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTD12             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTD7              ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS22             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS10             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS7              ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS23             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS8              ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS21             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS12             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS6              ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS4              ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS20             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._LT6430             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttaggtagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagctgttccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcattaggtcaatttagagttttagaagtagacaatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaataaccgcttctgatgtattacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._LT6465             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcataactatttttgtttgttggatgttaggaagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagcagtaccttcttttgctttattatattcaatggatgaagtaattgatcctattattacagtaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattcggataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcattaggtcaatttagaattttagaagtagataatcgtgtagtagttcctactaatagtcatattcgtgttttaatcactgcttctgatgtactacattcatgggctgttccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTS19             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttatttagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagcagtaccttcgtttgctttattgtattcaatggatgaagtaattgatcctattattactttaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaaccattaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagacttttagaagtggataatcgtgtagtagttcctactaatagtcatatccgtgttttaataacagcttctgatgtattacattcatgggctattccttcttt
	Halophytophthora_sp._EMTD10             ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttagttatcgtaactgttttcgtttgttggatgttatttagagtaattactcttttcgatgaaaaaaaaaataaaattccagctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttcaattccagctttaattttattaacagtagcagtaccttcgtttgctttattgtattcaatggatgaagtaattgatcctattattactttaaaagtaataggtagtcaatggtattggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaaccattaatttttgatagttatatggtacaagaagatgatttagcaataggtcaatttagacttttagaagtggataatcgtgtagtagttcctactaatagtcatatccgtgttttaataacagcttctgatgtattacattcatgggctattccttcttt
	Halophytophthora_batemanensis_DQ365703  ttcaagatcctgcaactccagttatggaaggtattattaactttcatcatgatttaatgttttttttaattatcgtaactatttttgtttgttggatgttatttagagtaattactctttttgatgaaaaaaaaaataaaattcctgctactgttgtacatggtgctactattgaaattatttggacttctattccagctttaattttattaactgtagcagtaccttcttttgctttactatattcaatggatgaagtaattgatcctattattactttaaaagtaataggtagtcaatggtactggagttatgaatattctgataatttagaattttctgatgaacctttaatttttgatagttatatggttcaagaagatgatttagaattaggtcagtttagaattttagaagtagataatcgtgtagtagttcctacaaatagtcatattcgtgttttaattacagcttctgatgtattacattcatgggctattccatcatt
;
END;


BEGIN TREES;
	Title NJ_cox2;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Halophytophthora_sp._EMTS2,
		2 Halophytophthora_sp._EMTD11,
		3 Halophytophthora_sp._EMTD12,
		4 Halophytophthora_sp._EMTD7,
		5 Halophytophthora_sp._EMTS22,
		6 Halophytophthora_sp._EMTS10,
		7 Halophytophthora_sp._EMTS7,
		8 Halophytophthora_sp._EMTS23,
		9 Halophytophthora_sp._EMTS8,
		10 Halophytophthora_sp._EMTS21,
		11 Halophytophthora_sp._EMTS12,
		12 Halophytophthora_sp._EMTS6,
		13 Halophytophthora_sp._EMTS4,
		14 Halophytophthora_sp._EMTS20,
		15 Halophytophthora_sp._LT6430,
		16 Halophytophthora_sp._LT6465,
		17 Halophytophthora_sp._EMTS19,
		18 Halophytophthora_sp._EMTD10,
		19 Halophytophthora_batemanensis_DQ365703;
	TREE PAUP_1 = (19:0.040657765,((17:1.0E-8,18:1.0E-8):0.01812867,(16:0.02299365,(15:1.0E-8,(14:1.0E-8,(13:1.0E-8,(12:1.0E-8,(11:1.0E-8,(10:1.0E-8,(9:1.0E-8,(8:1.0E-8,(7:1.0E-8,(6:1.0E-8,(5:1.0E-8,(4:1.0E-8,(3:1.0E-8,(1:1.0E-8,2:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):0.00203695):0.00837353):0.02635475):0.040657765)[% ] [% ] [%  setBetweenBits = selected ];
END;