#NEXUS [written Mon Oct 22 15:09:54 EDT 2012 by Mesquite version 2.75 (build 564) at bio-152-3-13-89.biology.duke.edu/10.190.113.116] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=124; TAXLABELS Underwoodia_singeri_mes161_Chile Underwoodia_beatonii_JT28375_Australia Underwoodia_beatonii_JT28380_Australia Gymnohydnotrya_echinulata_clar4529 Gymnohydnotrya_australiana_OSC130601 L_C02_EcM_Salix_humboldtiana_Argentina R8M8_7x_EcM_Nothofagus_alpina_Argentina Dingleya_JT31575_Australia Nothojafnia_cf_thaxterii_N10_Argentina Labyrinthomyces_JT27750_Australia Reddellomyces_JT27723_Australia Leppia_JT28813_Australia Leppia_holotype_Australia Reddellomyces_JT27724_Australia Reddellomyces_JT4985_Australia Reddellomyces_JT6873_Australia P5M4_5a_EcM_Nothofagus_obliqua_Argentina L_C04_EcM_Salix_humboldtiana_Argentina Choiromyces_meandriformis_DL_Oregon Choiromyces_alveolatus_97 Choiromyces_alveolatus_HS2886 Choiromyces_meandriformis_RH691_Iowa Tuber_aestivum_JT30500_Sweden Tuber_mesentericum_CW105_Sweden 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Labyrinthomyces_JT27750_Australia 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Reddellomyces_JT27723_Australia 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Leppia_JT28813_Australia 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Reddellomyces_JT27724_Australia TGTTGCTTCCC-CAGCAGTC---TGACGCCCATACTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCAGGGCATTCCTTGGGGCATGCCTGCTCGAGCGTCACTCACAATGGTGGTGACGGAT-GTGACACC-GTTGAAATGGATC-CGGCGGACACTGGCTTAGTCGACCAGCCGGACCCCCCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAG-AGCTCAAATTT-GAAATCTGG-CGCCGCGACCGAGTTGTAATTTGGAGAGGCATCTTCCGGGGCCAGCCTATGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTTCGTGG?CTGGGTGCCCACCCGTATGTAGTGTCTTCTACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGCACAAGTA-GAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAATAGAGTCAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGAGACCAGACTCAGCCTAGGGCAAACATTTCCTTCTGGTTGTGCACTTGCCCATGG-CTGGGCCAGCATCAGTTGGGACGACGGGACAAATGTCTGGGGAATGTGGCTCCCCTAGTGTT?ATAGCCCCGGA----CACCATGCCGTCCGTCCCGACTGAGGACCGCGC-TCCGGCTAGGATGCTGG?CGTAATGGTCTTCAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCCATGCGAGTGTTTGGGCTTCAAACCCTTACGCGCAATGAGAGTGAACGGAGGTGGGAACGCGAGGGGCGCACCATCGA-CCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTT-GAGTAGGAGCATGGCTGTTGGG?ACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTG-AATAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GATTTCAATCTGACCTTAGCCGTCAAGTCTAA-CACTATCACTAATGGTCTAAAATATTCTCTCGCGACAGGTAACTGGGGCGAACAAAAGAAAGCAGCGTCTTCCAAGGCAGGTGTCTCTCAGGTGCTGAACCGGTATACCTTTGCCTCCACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACCCCTATCGGCAGAGACGGTAAAATTGCAAAACCTCGC-CAGTTGCATAACACCCATTGGGGACTGGTTTGCCCAGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGTCTTGTCAAAAACTTATCTTTGATGTC-TTATATCACTATTGGCACTCCTGGA-TACCCCTTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGATATGGAATTACTTGAAGAATATGAGCCTCAGC-GCTCTCCGAATGCGACTAAGGTTTTCGTCAACGGGGTTTGGGTTGG-AACTCACCGCGACCCTCTTATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTTAGCCACGAAGTTAGCGTCATCCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATTTTT-ACAGATGCCGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTATTCG-TTATCGACAATGATCCTCGTAGTGAGCGACGAGGACAGCTCGTTCTACAGAAAGAGCATATAGAAAAA???????????????????????????????????????????????????????????????? Reddellomyces_JT4985_Australia 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Reddellomyces_JT6873_Australia 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Tuber_castellanoi_JT28069_California_holotype 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Tuber_sp1_K201_Japan 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Tuber_sp2_K215_Japan 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Tuber_sp14_K186_Japan 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Tuber_malacodermum_JT32319_Spain 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Tuber_melanosporum_GB200_Italy 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Tuber_sp_JT13224_West_Virginia 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Tuber_sp_ITCV910_Mexico 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Tuber_aestivum_GB202_Italy 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Tuber_indicum_B_GB339_China 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Tuber_panniferum_JT4969_France ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGCGGCAAG-AGCTCAAATTT-GAAATCTGGCGTCATTCGCCGAGTTGTAATTTGGAGAGGCACCTTGCACGGTCGGCCTATGTTCCTTTGAACAGGACGTCGCAGAGGGTGAGAACCCCGTTCTCGG-CAGGGCGTCGTGCGGCTTGGGGTGTCTTCTACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGCACAAGTA-GAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAATAGAGTCAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGAGACCAGACTCGGCCATGGACTAACAGTCCTTCCCGGACGTGCACTTGTCCTTGG-CCGGGCCAGCATCGGTTGGGGCGGTGGGACAAAGGCCGCGGGAATGTGACTCCCTCAGTGTT?ATAGCCCGTGG----CGCAATGCCGCCTGCCTCGACCGAGGACCGCGC-TTCGGCTAGGATGCTGG?CGTAATGGTCTTCAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGCTTCAAACCCTAGCGCGTAATGAAAGTGAAMGTAGGTGGGAACGCAAGGGGCGTACCATCGA-CCGATCCTGATGTCCTCGGATGGATTTTGAGTAGGAGCATAGCTGTTGGG?ACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTG-AATAG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Helvella_acetabulum_MES215 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Reddellomyces_JT27799_Australia 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Dingleya_JT27860_Australia ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCTTCTCGCCTACACCCTTGGTGTCAAGCAACTTATTGTTGCTATCAACAAGATGGACACCACCAAGTGGTCTGAGGACCGTTTCAAGGAAATTGTTAAGGAAACCTCCAACTTCATCAAGAAAGTCGGATTCAACCCCAAGTCC-GTTC-CTTTCGTTCCTATCTCTGG-TTTCAACGGTTTGTACCCCA-CTCTTATCTATATCATT-TGCTAATGGCAAT---TAGGTGACAACATGATTGATGCCTCAAGCAACTGCCCCTGGTACAAGGGATGGGATAAGGAGACCAAAGCTGGAAAGTCTTCCGGAAAGACCCTTCTTGACGCCATTGATGCCATCGAG-CCCCCAAGCCGTCCTTC-CGACAAGCCCCTCCGTCTCCCTCT-CCAGGATGTCTACAAGATTGGTGGTATCGGAACGGTCCCAGTTGGTCGTGTCGAGACTGGTATTATCAAGCCCGGTATGGTCGTTACTTTCGCCCCTGCTGGTGTGACCACTG-AAGTCAAGTCCGTGGAAATGCACCACGAGCAGCTTGTTGAGGGTCTCCCCGGTGA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Dingleya_JT20122_Australia ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGACACCACCAAGTGGTCTGAGGACCGTTTCAAGGAAATTGTTAAGAAAACCTCCAACTTCATCAAGAAGGTCGGATTCAACCCCAAGTCG-GTTG-CTTTCGTTCCTATCTCTGG-TTTCAACGGTTTGTACCCCA-CTCTTATCTATATCATT-TGCTAATGGCAAT---CAGGTGACAACATGATTGATGTCTCAAGCAACTGCCCCTGGTACAAGGGATGGGAGAAGGAGACCAAGGCCGGAAAGTCTTCCGGAAAGACCCTTCTCGACGCCATTGATGCCATCGAA-CCCCCAAGCCGTCCTTC-CGACAAGCCCCTCCGTCTTCCTCT-CCAGGATGTCTACAAGATTGGTGGTATCGGAACGGTCCCAGTCGGTCGTGTCGAGACTGGTGTTATCAAGCCCGGTATGGTCGTTACTTTCGCCCCTGCTGGTGTGACCACTG-AAGTCAAGTCCGTGGAAATGCACCACGAGCAGCTTGTTGAGGGTCTCCCCGGTGA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Tuber_sp9_K213_Japan 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Tuber_sp7_K408_Japan 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Tuber_sp__JT9953_Quebec ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTGGTACTGGTGAGTTCGACGCTGGTAT?TCCAAGGATGGTCAGACCCGTGAACACGCCCTTCTAGCATACACCCTTGGTGTCAAGCAACTTATCGTTGCTATCAACAAGATGGACACTACCAAGTGGTCTGAGGACCGCTTTAAGGAGATTGTAAAGGAGACCTCCAACTTTATCAAGAAGGTCGGCTTTAACCCCAAATCG-GTCG-CCTTCGTCCCTATCTCTGG-CTTCAACGGTTTGT-CTTCC-AGTTCACTTGTACC-AT-TGCTAATGATACC---CAGGTGACAACATGATCGATGCTTCTTCCAACTGCCCCTGGTACAAGGGATGGGACAAGGAGACCAAGCTTGGCAAGTCCTCTGGAAAGACCCTCCTTGACGCCATTGATGCCATTGAG-CCCCCAAGTCGTCCTTC-CGATAAGCCACTTCGCCTTCCTCT-CCAGGATGTCTACAAGATTGGTGGTATTGGAACGGTCCCTGTCGGTCGTGTC?AGACTGGTATTATCAAGCCCGGTATGGTCGTTACCTTTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Labyrinthomyces_JT28821_Australia 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; END; BEGIN TREES; Title '4 loci ML tree from Tuberaceae_ITS_LSU_EF1a_RPB2_Final.nxs'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Underwoodia_singeri_mes161_Chile, 2 Underwoodia_beatonii_JT28375_Australia, 3 Underwoodia_beatonii_JT28380_Australia, 4 Gymnohydnotrya_echinulata_clar4529, 5 Gymnohydnotrya_australiana_OSC130601, 6 L_C02_EcM_Salix_humboldtiana_Argentina, 7 R8M8_7x_EcM_Nothofagus_alpina_Argentina, 8 Dingleya_JT31575_Australia, 9 Nothojafnia_cf_thaxterii_N10_Argentina, 10 Labyrinthomyces_JT27750_Australia, 11 Reddellomyces_JT27723_Australia, 12 Leppia_JT28813_Australia, 13 Leppia_holotype_Australia, 14 Reddellomyces_JT27724_Australia, 15 Reddellomyces_JT4985_Australia, 16 Reddellomyces_JT6873_Australia, 17 P5M4_5a_EcM_Nothofagus_obliqua_Argentina, 18 L_C04_EcM_Salix_humboldtiana_Argentina, 19 Choiromyces_meandriformis_DL_Oregon, 20 Choiromyces_alveolatus_97, 21 Choiromyces_alveolatus_HS2886, 22 Choiromyces_meandriformis_RH691_Iowa, 23 Tuber_aestivum_JT30500_Sweden, 24 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51 Tuber_sancarloensis_ITCV181_Mexico_holotype, 52 Tuber_sancarloensis_ITCV885_Mexico, 53 Tuber_JT9769_Nepal, 54 Tuber_sp_ITCV884_Mexico, 55 Tuber_sp_ITCV908_Mexico, 56 Tuber_brumale_GB21_Italy, 57 Tuber_brumale_GB22_Italy, 58 Tuber_californicum_JT28058_California, 59 Tuber_cf_borchii_China, 60 Tuber_dryophilum_GB35_Italy, 61 Tuber_dryophilum_GB37_Italy, 62 Tuber_excavatum_BM100_Spain, 63 Tuber_excavatum_China_GQ217540, 64 Tuber_excavatum_OSC80639_Italy, 65 Tuber_nitidum_BM105_Spain, 66 Tuber_ferrugineum_MA2721_Italy, 67 Tuber_fulgens_M2435_Italy, 68 Tuber_indicum_A_GB236_China, 69 Tuber_indicum_A_GB240_China, 70 Tuber_indicum_B_GB237_China, 71 Tuber_indicum_B_JT29410_Oregon, 72 Tuber_lyonii_GA21_Georgia, 73 Tuber_lyonii_OSC58244_Texas, 74 Tuber_magnatum_GB12_Italy, 75 Tuber_magnatum_GB13_Italy, 76 Tuber_magnatum_JT19460_Italy, 77 Tuber_sp_RH73_Iowa, 78 Tuber_sp1_K201_Japan, 79 Tuber_sp2_K215_Japan, 80 Tuber_sp14_K186_Japan, 81 Tuber_macrosporum_JT13362_Italy, 82 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