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Tuber_ITCV885_Mexico ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????G-CCCTTA-ACAGGGG---CATACT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTAGAAAA---CTCTA----AAC-TTAAAGTCTGAGAAGGCCATGGGCCATAATC-T-TTAAACATTTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGCATTCCATAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCACTAACAACCCCA-TCAC-AACGAGTGTGGTATTGGCAGAAGTGGGTAG--------GGCT-GGC-----TGTGCTGG-C-CCCACTCTGCTAGAATG---AATAGGCCGGAAATGTAGACCATGGTAACAGACTTTCAGAGTATCTCGTGAT-GCTAA-ATTAGTTTGT-AGGC-TGGTCAGAA-TCCAGGCTG-TTGGACCCCC-ATTCTGTGTAAAGCAGT-AATGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAT-AAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTG-CCCCAGTAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tuber_lauryi_JT26987_Oregon_13 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTATCAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAT--AAATATATGGGA----TGCTCA-ATATGAG---TTCTCAACA-AAACACTTTCATGTGTATCC-TTCCATGTTGCTTCCTCAGGCCAGTAGCCATT-GCTACCAGCCAGGCCGATCTTCGGTCACTAGGTTG------------AGGTGCCTGGGGAAGGGTCAATCATGAAA---CTTTACATTGAC-TTATTGTCTGACAAGGCCATGTGCCATTATA-T-TTAAATATTTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCTTTGGTATTCCTTAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCACTAACAACC-AA-TCAC-CTTATGTGTGGTATTGGCAGATGTGGGTTGAGTACAA-AGCTTAGC-----AGTGATACTCTCCCACACTGTTGGAATG---AATAGGCTAGAAAAGTAGATCATAGCAACAGACTTTCAGAGTATTTTGAAAT-GCTAA-ATTAGTTTG--AAGC-TGGTCAGAA-TCTAGGCCA-TTTGACCCCC-ATTCTGTGTAGAGCAGT-AAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAT-AAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTG-CCTTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAAGCTCAAATTTGAAATCTAACGCCT-CTGGTGTTCGAGTTGTAATTTGGAGAGGCATCTTCCGGA Tuber_maculatum_AJ557519_2 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAC--CAATATCTGGGCATG-CAAAAG-ACACAKG---CTCCCGATA-AAACACATTTATGCGTATCC-TCCCATGTTGCTTCCCCAGGCCAGTGGCCACT-GCTGCCAGTCAGGCCGTTATTCGGTTACTTGGTTG------------AGGTGCCTGGGGAAGGGCCAATTATCAAA---CTTTACATTAAC-TTACTGTCTGAGAAGGCCATGTGCCGTAATA-T-TTAAACATGTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCTTAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCGCTAAAACCCAGA-TCAC-CTAGAGTGTGGTATTGGCAGAAGTGGATAT--------GGCT-ACTA--TCAGGGCTGT-T-CCCACTCTGCTGGAATG---AATAGGCTGGAAAAGTAGATCATAGCAACAGACTTTCAGAGTGTTTTGAAAT-GCTAA-ATTAGTTTG--AAGC-TGATCGGAA-CCCAGGCCA-CTTGACCCCC-ATCCTGCGTGAAGCAGT-AAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tuber_rapaeodorum_AJ557522_Hungary_42 ?AGCTATCATCCACGCGTGGAGCTCTCCATAGGTCGACCTGCAGGCGGCCGCACTAGTGATTCTTGGTCCATTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAC--CAATATCTGGG-ATG-CCAAAG-ACACAGG---CTCCCGATA-AAACACATTTATGCGTATCC-TCCCATGTTGCTTTCCCAGGCCAGCGGCCACT-GCTGCCAGCCATGCCGTTTTTCGGTTACATGGTTG------------AGGTGCTTGGGGAAGGGCTAATTATCAAA---CTTTACTTCACC-TTATTGTCTGAGAAGGCCATGTGCCGTAATC-T-TTAAACATGTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCTTAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCGCAAAAACCCAGA-TCAC-CTAGAGTGTGGTATTGGCAGAAGTGGCCGG--------GGCT-ATC-----AGCGCTGC-T-GCCACTCTGCTGGAATG---AATAGGCTGGAAAAGTAGATCATAGCAACAGACTTTCACAGTATTTTGAAAT-GCTAA-ATTAGTTTG--AAGC-TGATCGGAA-CCTAAGCCA-TTTGACCCCC-ATCCTGCGTAAAGCAGT-AAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAT-AAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTG-CCTTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAAGCTCAAATTTGAAATCTAACGCCT-CTGGTGTTCGAGTTGTAATTTGGAGAGGCATCTTCCGGA Tuber_foetidum_AJ557544_Hungary ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????T-CAATATTTGGG-GTG---CTTG-ACACTGG---CTCCCAATA-AAACCCATCCATGAGTACTC-TGCCATGTTGCTTCCCCAGGCCAGTGGCCACT-GCTGCCAGCCAGGCCGTTATTCGGTCACTTGGTTG------------AGGTGCCTGGGGAAGGGCCAATTAGTAAA---CTTTACATTAAC-TTACTGTCTGAGAAGGCCATGTGCCGTAATC-T-TTAAACATGTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCTTAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCACTAAAACC-AGA-TCAC-CAAGAGTGTGGTATTGGCAGAAGTGGGTGG--------GACT-ATA-----AGGGACCCTT--CCACTCTGCTGGAATG---AATAGGCTGGAAAAGTAGATCATAGCAACAGACTTTCAGAGTATTTTGAAAT-GCTAA-ATTAGTTTG--AAGC-TGATCGGAA-CCCAGGCCA-TTAGACCCCC-ATCCTGTGTAAAGCAGT-AAGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tuber_sancarloensis_Type_ITCV181_Mexico_7 ???????????????????????????????????????????????????????????????????????TTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTATTATAATGCGTGAAAATG-CCCCTA-ACACGGG---CATACT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTAGAAAA---CTCTA----AAC-TTACAGTCTGAGAAGGCCATGGGCCATAATC-T-TTAAACATTTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGCATTCCATAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCACTAACAACCCCA-TCAC-AAAGAGTGTGGTATTGGCAGAAGTGGGTAG--------GGCT-GGC-----AGTGTTGG-C-CCCACTCTGCTGGAATG---AATAGGCCGGAAATGTAGACCATGATAACAGACTTTCAGAGTATCCCCTGAT-GCTAA-ATTAGTTTGT-AGGC-TGGTCAGAA-TCCAGGCCG-TTGGACCCCC-ATTCTGTGTAAAGCAGT-AATGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAT-AAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCCAGTAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tuber_setatus_Type_ITCV180_Mexico_3 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCCCCTA-ACCAGGG---CTCTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATAAAA---CTCTA----AAC-TTACTGTCTGAGAAGGCCATGTGCCGTAATC-T-TTAAACTTTTTAAAACCTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCTTCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCATAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCACTAACAACCCAA-TCACCAAAGAGTGTGGTATTGGCAGAAGTGGGTAG--------GGCT-AGC-----AGTGCTGG-C-TCCACTCTGCTGGAATG---AATAGGCCGGAAATGTAGACCATGGTAACAGACTTTCAGAGTATTTTGGAAT-GCTAA-ATTAGTTTGT-AGGCTTGGTCAGAA-TCTAGGCCATTTGGACCCCC-ATTCTGCATAGAGCAGTAAATGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAT-AAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTG-CCCCAGTAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tuber_shearii_JT12498_North_Carolina ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????T?TGGG---TTCCCAAAACAAACACATTCATGTGTATCC-TCCCATGTTGCTTTCCCAAGCCAGTGGCCACT-GCTACCAGCCAGTCCATTATTTGGTCTTCAGGTTG------------AGGTGCTTGGGAAAGGGTCATTTAACAAA---CTTTATATTAAC-CTATTGTCTGATGAGGCTATATGCCATAATA-T-GTAAACATGTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCTTAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCACAAACAATCTGA-TCAC-CATATGTGTGGTATTGGCAGAAGTGGATAT--------AGTC-ATG-----AGTTTCAGAC-TCCACTCCGCTGGAATA---AATAGGCTGGAAAAGTAGATCATAGCAACAGACTTTCAGAGTATTTTGGAAT-ACTAA-ATTAGTTTA--GAGC-AGATCAGAA-TCCAGGCCA-GTTGACCCCC-ATCCTGTGTAATGCAGT-AAGGTTG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tuber_whetstonense_JT25783_Oregon_Paratype_10 ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????GAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTATTATAATGCGTGGAAATG-CCCCTA-ATAAGGG---CATACT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTATAAAA---CTCTA----AAC-TTACTGTCTGAGAAGGCCACGTGCCGTAATC-T-TTAAACATTTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCATAGGGCA----TGCCTGTTCGAGCGTCACTAACAACCCCA-TCATACAAGAGTGTGGTATTGGCAGAAGTGGGTAG--------GGCT-AGC-----AGTGCTGG-T-CCCACTCTGCTGGAATG---AATAGGCCGGAAATGCAGACCATGGCAACAAACTTTCAGAGTATTTTGAAAT-GCTAA-ATTAGTTTG--GAGC-TGGTCAGAA-TCCAGGCCA-TTGGACCCCC-ATTCTGTGTAAAGCAGT-AATGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAT-AAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTG-CCTTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAAAAGCTCAAATTTGAAATCTGACACCT-CTGGTGTTCGAGTTGTAATTTGGAGAGGCATCTTCTGGA ; END; BEGIN TREES; Title Fig3_Maculatum; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Tuber_multimaculatum_A200_Spain_Paratype, 2 Tuber_linsdalei_L63_Type_2, 3 Tuber_sp._ex._132b_Carya_Georgia_3, 4 Tuber_sp._ex._Epipactis_helleborine_Japan_2_AB428786, 5 Tuber_sp._ex._Populus_Germany_5_AJ510273, 6 Tuber_sp._ex._Salix_alba_Neatherlands_4_AJ920009, 7 Tuber_sp._ex._Salix_alba_Neatherlands_AJ920011, 8 Tuber_sp._ex._Epipactis_helleborine_California_AY634172, 9 Tuber_sp._ex._Epipactis_helleborine_California_AY634177, 10 Tuber_sp._ex._Quercus_garryana_Oregon_AY969006, 11 Tuber_sp._ex._Quercus_robur_Hungary_3_DQ355246, 12 Tuber_sp._ex._Populus_tremula_Austria_2_EF644167, 13 Tuber_sp._ex._Epipactis_helleborine_California_7, 14 Tuber_sp._ex._Quercus_Missouri_3_EU202706, 15 Tuber_sp._ex._Quercus_Missouri_2_EU202710, 16 Tuber_sp._ex._clone_Alaska_2_EU2922221, 17 Tuber_sp._ex._Epipactis_J8_New_York_3, 18 Tuber_beyelerii_JT32597_Oregon_3, 19 Tuber_foetidum_JT9769_Nepal, 20 Tuber_ITCV142_Mexico_2, 21 Tuber_ITCV4026_Mexico, 22 Tuber_ITCV4739_Mexico, 23 Tuber_ITCV885_Mexico, 24 Tuber_lauryi_JT26987_Oregon_13, 25 Tuber_maculatum_AJ557519_2, 26 Tuber_rapaeodorum_AJ557522_Hungary_42, 27 Tuber_foetidum_AJ557544_Hungary, 28 Tuber_sancarloensis_Type_ITCV181_Mexico_7, 29 Tuber_setatus_Type_ITCV180_Mexico_3, 30 Tuber_shearii_JT12498_North_Carolina, 31 Tuber_whetstonense_JT25783_Oregon_Paratype_10; TREE PAUP_1 = (1,((((2,18),((5,19),(9,((13,29),(20,22))))),(((6,7),((12,((21,23),28)),16)),(10,31))),11),((((3,14),30),((8,24),(15,17))),((4,27),(25,26)))); TREE PAUP_2 = (1,(((2,18),(((5,19),(9,((13,29),(20,22)))),(((6,7),((12,((21,23),28)),16)),(10,31)))),11),((((3,14),30),((8,24),(15,17))),((4,27),(25,26)))); TREE PAUP_3 = (1,((((2,18),(((6,7),((12,((21,23),28)),16)),(10,31))),((5,19),(9,((13,29),(20,22))))),11),((((3,14),30),((8,24),(15,17))),((4,27),(25,26)))); END; BEGIN SETS; CHARSET excluded = 1 - 121 131 - 136 146 - 149 155 - 166 172 - 179 230 - 247 265 - 277 288 - 299 307 - 309 315 - 318 545 - 548 576 - 584 592 - 597 604 - 608 696 - 699 802 - 928; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 928; EXSET * UNTITLED = 1 - 121 131 - 136 146 - 149 155 - 166 172 - 179 230 - 247 265 - 277 288 - 299 307 - 309 315 - 318 545 - 548 576 - 584 592 - 597 604 - 608 696 - 699 802 - 928; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED = N: 1- 928 ; CODONPOSSET CodonPositions = N: 1- 928 ; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 928; END;